3. 심리 및 판단
① 양도소득세 납세의무성립 전에 양도소득세를 신고하였으므로 청구인의 양도소득세 신고가 무효라는 청구주장의 당부
② 쟁점주식의 매매계약이 합의해제되었으므로 기납부한 양도소득세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령: <별지> 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구외법인은 2015.9.10. 설립되었고, 설립 당시 청구인, BBB(2018.7.1. 사임), CCC(2018.7.1. 사임)이 사내이사에, 청구인이 대표이사에 취임하였으며, 2019.2.14. AAA이 사내이사에 취임한 것으로 나타난다. (나) 2015.8.21.자 주식매매 및 신주인수 계약서에 의하면, 양수법인은 2015.11.30.(매입종결일)에 청구인 등으로부터 쟁점주식(청구외법인 주식 OOO주)을 OOO원(계약금 2015.8.31. OOO원, 중도금 2015.9.30. OOO원, 잔금 2015.11.30. OOO원)에 양수하고, 청구인 등은 매입종결일에 양수법인에게 쟁점주식에 대한 주권과 쟁점주식의 소유자가 양수법인으로 기재된 청구외법인이 발행한 주주명부를 교부하기로 하였고, 청구인은 2015.9.1.에 양수법인의 주식 OOO주(1주당 인수금액 OOO원)를 OOO원에 양수법인으로부터 인수하기로 약정한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 2016.2.24. 국세청홈택스를 통하여 쟁점주식의 양도에 대한 양도소득세를 예정신고하였는바, 양도일자를 2015.12.1., 취득일자를 2015.9.10., 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고하였다. (라) 2016.6.10.자 주식매매 및 신주인수 계약서(수정)에 의하면, 청구인과 양수법인 등은 2016.6.10. 주식매매 및 신주인수 계약서를 재작성하면서 쟁점주식의 매매대금을 OOO원에서 OOO원으로 증액하고, 지급일정을 계약금 2015.8.15. OOO원, 중도금 2016.3.15. OOO원, 잔금 2016.6.15. OOO원으로 변경한 것으로 나타난다. (마) 2017.1.10.자 주식매매 및 신주인수 계약서(수정)에 의하면, 청구인과 양수법인 등은 2017.1.10. 주식매매 및 신주인수 계약서를 재작성하면서 쟁점주식의 매매대금을 기존과 동일한 OOO원으로 약정하고, 지급일정을 계약금 2015.8.15. OOO원, 중도금 2016.3.15. OOO원, 잔금 2017.1.3. OOO원으로 변경한 것으로 나타난다. (바) 청구인은 2017.1.10. 처분청에 쟁점주식의 양도에 대한 양도소득세를 수정신고하였는바, 양도일자를 2015.12.1., 취득일자를 2015.9.10., 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고하였다. (사) 청구인이 양수법인으로부터 쟁점주식 매매대금으로 지급받은 현금내역은 아래 OOO과 같다. (아) 청구인, AAA(2019.2.14. 청구외법인의 사내이사 취임) 및 양수법인은 2018.12.28. 다음과 같이 계약해제합의서를 작성하였다. (자) 청구인은 쟁점주식 중 약 50%(OOO주, 반환한 양수법인 주식수에 비례하여 산정)만을 청구인이 돌려받은 이유는, 양수법인에 반환할 현금이 부족하여 쟁점주식 중 나머지 약 50%(AAA에게 이전된 OOO주)를 쟁점주식 매매대금으로 지급받은 현금 OOO원 및 양수법인으로부터의 차입금 OOO원과 상계처리하였기 때문이라며 청구인과 양수법인간 작성한 금전대차계약서 2매(OOO원, OOO원)를 제시하였다. (차) 청구인은 2020.9.11. 매매계약이 합의해제(2018.12.28.)되어 계약효력이 소급적으로 상실되었으므로 기납부한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.11.6. 이를 거부처분하였다. (카) 청구외법인이 처분청에 제출한 각 사업연도별 주식등변동상황명세서의 내용은 아래 OOO와 같다. (타) 양수법인의 2015사업연도 재무제표에 대한 감사보고서(감사인: CCC회계법인) 주석에는 2015사업연도 중에 “지분의 신규취득으로 지배권 획득”을 사유로 청구외법인(취득가액 OOO원, 지분율 100%)이 신규로 양수법인의 종속기업에 포함된 것으로 기재되어 있고, 2018사업연도 재무제표에 대한 감사보고서(감사인: DDD회계법인) 주석에는 2018사업연도 중에 “종속기업투자주식 처분에 따른 지배력 상실”을 사유로 청구외법인이 양수법인의 종속기업에서 제외된 것으로 기재되어 있다. (파) 청구인은 쟁점주식 매매계약 당시 양수법인의 3년 내 기업상장(IPO)을 확신하면서 부족한 자금을 신주를 발행하여 교환하는 방법으로 청구외법인을 비롯한 여러 계열사를 인수하였으나, 이후 계약과는 다르게 모법인인 ㈜EEE의 계열사 중 (주)FFF만을 별도로 단독 상장함으로써 주주들을 기망하였고, 2017년 이후 회계감사에서 2년 연속 감사의견 거절을 받아 기업상장(IPO) 신청이 불가능하게 되었다면서 양수법인의 기업상장 관련 언론기사를 제시하였다. 한편, 양수법인의 2017~2020사업연도 재무제표에 대한 감사의견은 “의견거절”로 확인된다. (하) 청구인은 쟁점주식의 주식매매 및 신주인수계약서 제8조(계약의 해제 및 손해배상) 제1항에서 ‘일방당사자가 본 계약을 위반하고 상대방 당사자가 상당한 기간을 정하여 그 이행을 최고하였음에도 불구하고 이를 시정하지 아니할 경우 그 상대방 당사자는 본 계약을 해제할 수 있다’고 규정하고 있고, 양수법인에게 쟁점주식 매매대금 이행에 대한 최고를 하였음에도 양수법인이 이를 이행하지 아니하였다면서 ㈜GGG 대표 DDD, 양수법인 대표 EEE, 양수법인 이사 FFF와의 카카오톡 대화 내용(2016.6.27.∼2018.9.20.)이 기재된 디지털 포렌식 감정서(2020.12.24. 작성)를 제시하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식의 양도시기가 도래하기 전에 청구인이 양도소득세 신고를 하였으므로 이 건 양도소득세 신고를 당연무효라고 주장하나, 청구인 및 양수법인 등간에 체결한 계약해제합의서에서 청구인이 2015.8.21. 쟁점주식에 대한 매매계약을 체결하고 양수법인에 주권미발행확인서를 발급한 것으로 나타나는 점, 2015.8.21.자, 2016.6.10.자 및 2017.1.10.자 주식매매 및 신주인수계약서 모두에서 매매종결일이 2015.11.30.이고, 매매종결일에 쟁점주식의 소유자가 양수법인으로 기재된 주주명부를 양수법인에게 교부한다고 기재되어 있는 점, 청구인은 2015.12.1.을 쟁점주식의 양도일자로 기재하여 2016.2.24. 처분청에 양도소득세 예정신고를 한 점, 청구외법인은 2015사업연도에 청구인이 양수법인에 쟁점주식을 양도한 것으로 기재하여 2016.3.30. 처분청에 주식등변동상황명세서를 제출한 점, 2016년 2월 유상증자한 청구외법인 주식을 양수법인이 인수한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점주식이 2015.12.1. 양수법인으로 명의개서된 것으로 봄이 타당하다 할 것이고, 설령 명의개서일자가 다소 불분명하다 하더라도 청구인의 양도소득세 신고행위의 하자가 중대・명백한 경우로 보기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인이 쟁점주식의 양도소득세를 자진신고·납부하여 납세의무가 이미 확정되었으므로 「국세기본법 시행령」 제25조의2 제2호 에서와 같이 부득이한 사유가 있다고 볼 수 있는 예외적인 경우가 아니면 합의해제는 이미 확정된 처분의 효력에 영향을 미칠 수 없다고 보는 것이 타당하다 할 것이며, 법원의 판결 등에 의하여 당초계약이 원인무효된 사실이 확인되거나 부득이한 사유에 의한 합의해제로 인정되지 않는 한 당초 매매거래와 재차 원소유자에게로의 이전거래는 각각 별개의 양도로 보아야 할 것이다(조심 2014구3214, 2014.12.3., 같은 뜻임). 청구인은 쟁점주식에 대한 매매계약이 양당사자간 합의해제되어 소급하여 무효이므로 기납부한 양도소득세(본세 50%, 가산세 100%)를 환급하여야 한다고 주장하나, 청구인과 양수법인 등은 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세의 납세의무가 확정된 이후인 2018.12.28. 계약해제합의서를 작성하면서, 쟁점주식 전체가 아닌 그 중 약 50%만을 청구인에게 이전하고, 나머지는 제3자인 AAA에게 이전한 점, 계약해제합의서 제2조에서 유상증자 주식을 포함한 청구외법인 발행 주식 전부를 계약해제합의 시점인 2018년 6월 기준으로 시행한 주식가치평가보고서의 금액으로 양도하기로 약정한 점, 양수법인의 기업상장이 중단된 사정 등을 합의해제의 부득이한 사유로 인정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.