양도소득세 신고이후 감액하여 체결된 금액을 쟁점부동산의 양도가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO서장이 2021.2.22. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

가.청구인은 2017.7.31. AAA으로부터 OOO 소재 토지와 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 보유하다가, 2019.2.11. OOO(이하 “주택조합”이라 한다)에 쟁점부동산을 양도한 후 2019.9.30. 처분청에 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

• 나. 청구인은 2019.8.20. 주택조합과 쟁점부동산에 대한 매매가액을 감액조정하여 OOO원으로 변경계약을 체결하였음을 이유로 2021.1.26. 처분청에 과다신고ㆍ납부된 양도소득세 OOO원을 환급해달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2021.2.22. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.5.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인과 주택조합이 쟁점부동산 매매대금을 감액하여 다시 계약하였으므로 이는 경정청구사유에 해당하고, 처분청은 쟁점 부동산 감액계약금액을 양도가액으로 인정하여 경정하는 것이 타당하다. (2) 주택조합은 설립인가를 받기 전부터 가칭 OOO이라는 명칭으로 2015.12.31. 주식회사 AAA(이하 “OOO”이라 한다)과 시행업무에 관한 업무대행 용역계약을 체결하였고, OOO은 주택조합을 대신하여 2015.6.29. AAA과 쟁점부동산을 매수하는 계약을 체결하였으나, AAA은 2017.1.17. 매매계약의 해제를 주장하며 OOO을 상대로 손해배상청구를 제기(OOO법원 2017가합10704)한바, OOO 대표 BBB의 배우자이며 OOO 운영에 관여하고 있던 청구인은 위 소송에 조정참가인으로 참가하였고, 법원은 청구인이 AAA으로부터 쟁점부동산을 매수하는 것으로 조정결정하였다. 이에 청구인은 위 조정결정에 따라 2017.7.31. AAA과 쟁점부동산 매매계약을 체결(OOO원)하였고, 2017.10.31. 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 마친 이후 2019.2.11. 주택조합과 쟁점부동산을 OOO원에 매도하는 계약을 체결하였으며, 주택조합은 2019.7.10. 매매를 원인으로 하여 쟁점부동산 소유권이전등기를 하였다. 그러나 2019.8.1. 주택조합 임원회의에서 임원들 중 일부가 청구인이 쟁점부동산의 양도차익으로 OOO원 상당의 양도차익을 누리는 것에 대한 문제를 제기하였고, 이에 청구인은 주택조합과 원만한 관계를 유지하지 위하여 2019.8.20. 쟁점부동산의 매매대금을 OOO원으로 변경하는 내용의 계약(이하 “감액계약”이라 하고 OOO원을 “감액계약금액”이라 한다)을 체결하였으며, 2019.8.22. OOO원, 2019.8.23. OOO원, 총 OOO원을 주택조합에 반환하였음에도, 주택조합은 감액계약금액으로 부동산거래신고를 하지 않았고, 청구인은 2019.9.30. 당초 계약내용대로 양도소득세를 신고ㆍ납부한 바, 처분청은 2019.8.20. 감액계약한 금액을 양도가액으로 인정하여 청구 인이 과다납부한 양도소득세 OOO원을 환급하는 것이 타당하다. (3) 국세기본법제45조의2 제1항의 경정청구 및 대법원2010.10.14. 선고 2010두7970 판결에 의하면, 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금이라 할 것이라고 보았고, 이는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우이므로 청구인의 양도금액 감액계약은 전형적인 경정청구사유에 해당한다. (4) 처분청의 경정거부처분은 다음과 같은 이유로 취소되어야 한다. (5) 처분청은 특수관계인간 양도소득세를 절감하기 위한 목적에서 허위로 감액계약을 체결되었을 것이라는 취지로 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 청구인은 감액계약으로 경제적 이익을 얻은 바 없고, 실제 감액계약에 따라 주택조합에 OOO원을 지급하였으며, 그 이후 주택조합 내 자금사용과 관련해서도 전혀 관여한 바 없다. 특히 감액계약이 체결된 배경은 청구인이 과도한 양도차익을 얻는 것에 대한 조합원들의 이의제기가 있었던 것이었고, 청구인이 OOO원을 반환할 무렵 CCC가 주택조합의 조합장 직무대행자로 선임되었으며, 그 이후 2019.10.18. DDD가 새 조합장으로 선출될 때까지 직무를 수행하였는바 청구인과 CCC는 특수관계자가 아니고, 허위계약을 할 이유도 없음에도 처분청은 감액계약이 허위로 체결된 것이라는 취지로 청구인의 경정청구를 거부하였다. (6) 또한 처분청은 감액계약서가 쟁점부동산의 소유권이 주택조합으로 이전되어 부동산등기가 된 이후 작성된 것이라는 점도 거부처분의 사유로 들고 있으나, 등기경료여부는 계약의 해제에 어떠한 영향도 미치지 않는다는 것이 민법상 당연한 법리이며, 대법원은 등기가 경료된 후에도 계약을 자유로이 해제할 수 있음을 전제로 하여 판시해왔다(대법원 2005.6.9. 선고 2005더6341 판결 등). 따라서 부동산등기가 경료된 이후 감액계약이 체결되었다 할지라도, 이는 청구인의 양도소득세 신고 이전에 이미 이루어진 것으로서 양도소득세 신고 당시 이미 경정사유가 존재하였음을 보여준다. (7) 민사소송법제358조에 의하면 사문서는 본인 또는 대리인의 서명이나 날인 또는 무인이 있는 때에는 진정한 것으로 추정한다고 규정되어 있고, 대법원 2016.5.12. 선고 2014다52087 판결은 성립의 진정함이 인정되는 처분문서에 대해서는 그 기재내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 법원이 처분문서에 기재되어 있는 문언대로의 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 한다는 입장이다. 따라서 감액계약은 매매계약의 당사자인 청구인과 주택조합 조합장이었던 EEE의 기명날인이 있어 성립의 진정이 인정되므로 감액계약서에 기재된 내용이 사실이 아니라고 보려면 위 날인 등이 위조되었다는 등 기재내용을 부인할 만한 분명한 반증이 있어야만 할 것이나, 처분청은 그러한 반증을 제시하지 못하고 있으므로 감액계약은 양도소득세 경정청구 사유에 해당하므로 청구인의 감액경정청구를 거부한 처분청의 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 제출한 감액계약서를 검토한 바, 청구인과 매수자인 주택조합의 조합장 EEE은 형제자매로 특수관계인이고, 계약변경사유가 EEE 외 관계인이 조합임원회의에서 쟁점부동산 취득금액 확인 중 이를 지적하여 계약을 변경하였다는 사유는 합리적이지 않다. (2) OOO법원 OOO(2020가합13369) 판결문에 보면, 감액계약서를 작성한 사유가 양도가액을 낮게 변경하면 양도소득세 및 지방세를 절감할 수 있다고 하여 변경하였다고 기재되어 있어 특수관계인간 양도소득세를 절감하기 위한 목적으로 감액계약을 체결한 것이확인되고, 주택조합으로 쟁점부동산의 소유권이전등기가 완료(2019.7.10.)된 이후인 2019.8.20. 감액계약서가 작성되었으므로 동 감액계약서가 청구인이 주장하는 사실을 근거로 한 계약으로 보기는 어려우므로 처분청의 경정청구 거부처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 양도소득세 신고이후 감액하여 체결된 금액을 쟁점부동산의 양도가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법룰 (1) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. (2) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 제시한 쟁점부동산의 매매와 관련된 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) OOO법원 OOO 조정조서(2017가합10704)에 의하면, 원고는 AAA, 피고는 OOO이고, 조정조항에 원고는 2017.7.3. 조정참가인에게 쟁점부동산을 OOO원에 매도하고, 조정 참가인은 이를 매수한다고 기재되어 있으며, 원고는 2017.10.31. 조정참가인으로부터 매매잔금을 지급받음과 동시에 조정참가인에게 쟁점부동산 소유권이전등기절차를 이행한다고 기재되어 있다. (나) 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 날짜는 기재되어 있지 아니 하고, 매도인은 청구인, 매수인은 OOO 위원장 EEE이며, 매매목적물은 쟁점부동산(공부상 기준, 토지 OOO, 건물 OOO), 매매대금은 OOO원, 인장날인 및 간인이 되어 있고, 계약의 성사 여부를 결정하는 조건이나 특약사항은 기재되어 있지 아니하다. (다) 2019.8.20.자 쟁점부동산 감액계약서에 의하면, 매도인은 청구인, 매수인은 OOO 조합장 EEE이고, 변경전 매매대금은 OOO원, 변경후 금액은 OOO원으로 기재되어 있으며, 매매계약 변경이유는 2019.8.1 조합임원회의중 필지별 취득금액 확인시 조합장 EEE 외 이사 CCC, 감사 DDD, 이사 FFF, 입주자협의회 의장 GGG 등이 쟁점부동산에 대하여 지적하여 매매대금을 변경하였다고 기재하고 인장날인 및 간인이 되어 있으며, 처분청도 감액계약서가 허위가 아님에는 이견이 없고, 감액된 금액으로 쟁점부동산 거래에 관하여 신고한 내역은 확인되지 아니한다. (라) OOO이 발급한 청구인 명의의 OOO계좌OOO 이체목록에 의하면, 청구인은 2019.8.22. 주택조합 명 의의 OOO 계좌OOO에 총 OOO원을 입금한 사실이 확인되고, OOO이 발급한 입금확인증에 의하면, 2019.8.23. 청구인이 주택조합 명의 동일계좌에 OOO원, 총 OOO원을 입금한 사실이 확인된다. (마) 쟁점부동산 등기부등본에 의하면, 쟁점부동산은 2017.7.31. 청구인에게 매매를 이유로 2017.10.31. 청구인에게 소유권이전등기되었고, 2019.2.11.자 매매를 이유로 2019.7.10. 주택조합에 소유권이전등기되었으며, 2019.10.19. 대표자 DDD로 변경됨을 이유로 2019.11.27. 등기명의인 표시가 변경되었다. (2) 청구인은 2019.9.30. 쟁점부동산 취득가액을 OOO원, 양도가액을 OOO원으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였고, 2021.1.26. 처분청에 쟁점부동산 감액계약을 이유로 양도가액을 OOO원으로 변경하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원으로 경정청구하였다. <표> 쟁점부동산 양도소득세 신고 및 경정청구내역 OOO (3) 처분청이 청구인의 감액계약을 인정하지 아니한 사유로 제시한 근거자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 주택조합의 시행업무대행사 OOO 대표 BBB의 배우자 이고, EEE은 청구인과 형제자매관계로 2019.7.2. 조택조합 설립인가당시 주택조합의 대표자로 쟁점부동산 계약 및 감액계약을 체결하였으며, CCC는 쟁점부동산 계약당시 주택조합의 이사였고, 2019.8.23.부터 2019.10.18.까지 주택조합 조합장 직무대행자로 확인된다. (나) OOO법원 OOO 판결문(2020.11.26.선고 2020가합13369 판결)에 의하면, 원고는 청구인, 피고1은 주택조합, 피고2는 CCC이고, 청구인과 주택조합은 청구인의 양도소득세가 OOO원, 주택조합의 취득세 및 등록세가 OOO원으로 절감되는 점을 고려하여 쟁점부동산 매매대금을 OOO원으로 변경하기로 약정하고 변경계약을 체결하였으나, 주택조합이 약정대로 부동산거래를 신고하지 않는 등 청구인의 양도소득세 납부에 협력하지 않았으므로 OOO원을 청구인에게 반환하여야 한다는 취지의 소송을 제기한 결과, 청구인이 제출한 증거만으로는 쟁점부동산 매매대금을 OOO원으로 변경하면서 부동산거래신고를 해주기로 약정하였다고 인정하기에 부족하다는 등 사유로 청구인이 패소하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 소득세법상 소득의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 과세연도의 소득을 계산하는 방식으로, 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지함으로써 과세의 공평을 기함과 함께 징세기술상 소득을 획일적으로 파악하려는 데 그 취지가 있을 뿐, 소득이 종국적으로 실현되지 아니한 경우에도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 적이 있 기만 하면 무조건 납세의무를 지우겠다는 취지에서 도입된 것이 아니라 하겠다 (대법원 2014.1.29. 선고 2013두18810 판결 참조). 처분청은 감액계약서가 특수관계인간 양도소득세를 절감하기 위하여 부동산등기 이후 작성된 것으로 보이므로 감액된 금액을 양도가액으로 인정하기 어렵다는 의견이나, 쟁점부동산 매매계약서와 2019.8.20.자 감액계약서에 기재되어 있는 매매물건이 동일하고, 매매금액만 감액되어 있으며, 처분청도 허위계약서가 아니라는 것에는 이견이 없고, 감액계약한 이후 이틀 뒤 청구인이 주택조합에게 쟁점토지대금 중 감액된 차액분(OOO원)을 입금한 점, 2019.8.20.자 감액계약서에 의하면, 쟁점부동산에 대한 매매계약 변경이유가 2019.8.1. 조합임원회의 중 쟁점부동산 취득가액에 대하여 지적하여 변경하였다고 기재되어 있고, 청구인은 주택조합 시행업무대행사 OOO 대표 BBB의 배우자로 주택조합과 원만한 관계유지를 위하여 감액계약을 체결하였다는 소명이 신빙성이 있어 보이는 점, OOO법원 OOO 판결문(2020.11.26.선고 2020가합13369 판결)에 의하면, 청구인이 주택조합에 감액된 토지대금 OOO원을 반환해달라는 취지의 소송을 제기한 결과, 법원은 청구인이 제출한 증거만으로는 부동산거래신고를 해 주기로 약정하였다고 인정하기에 부족하다는 등의 사유로 청구인 패소로 판결하여 청구인이 감액된 대금을 반환받을 방법도 없어 보이는 점, 대법원은 당초의 매매대금에 기초하여 양도소득세를 신고하였으나, 정산합의에 따라 당초 매매대금이 일부 감액된 경우 양도가액은 당초의 매매대금이 아닌 감액된 대금이 되는 것으로 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다고 판시(대법원 2018.6.15. 선고 2015두36003 판결)한 점 등에 비추어 처분청이 감액계약서에 따라 감액된 토지대금을 인정하지 아니하고 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.