소득세법제95조 제4항에서 ‘장기보유특별공제를 적용하는 자산의 보유기간은 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 규정하였을 뿐, 비거주자로서 자산의 보유기간을 제외한다고 별도로 규정하지 않아 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간을 제외하여야 한다고 보기는 어려운 점, 청구인이 쟁점주택만을 15년 이상 보유하였음에도 쟁점주택의 양도차익에 대하여 소득세법제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율의 적용을 배제하는 것은 불합리한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인이 거주자로서 1세대 1주택인 쟁점주택을 보유한 기간이 3년 미만인 것으로 보아 쟁점주택의 양도차익에 대하여 소득세법제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율의 적용을 배제하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.2.19. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 아파트의 양도차익에 대하여 소득세법제95조 제2항 표 2에 따른 장기보유특별공제율 100분의 80을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]
(1) 소득세법제95조 제2항 단서에서는 장기보유특별공제 적용시 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 표 2를 적용한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제159조의3 (2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것)에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택을 양도일 현재 1세대가 1주택을 소유하고 있을 경우의 그 주택으로 규정하고 있어 쟁점주택의 경우 양도일 당시 위 규정에 따른 1세대 1주택에 해당된다고 볼 수 있고, 소득세법제95조 제4항에서 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 규정하고 있는 반면, 소득세법상 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간을 계산함에 있어 비거주자로서 보유기간을 제외한다는 등의 예외 규정이 없어, 쟁점주택의 전체 보유기간은 청구인이 비거주자로서 보유한 기간을 포함하여 쟁점주택의 취득일부터 양도일까지로 산정한 15년이므로, 쟁점주택의 양도차익에 대하여 소득세법제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율인 100분의 80이 적용되어야 한다.
(2) 장기보유특별공제제도는 물가상승률 공제를 통한 국민의 주거안정이 취지인 점을 고려할 때, 양도일 현재 거주자이면 1세대 1주택에 대하여소득세법제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 그 입법취지에도 부합한다고 볼 수 있다. (가) 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유 자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것으로, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2015.4.23. 선고 2014두36921 판결 참조). (나) 1세대 1주택에 대하여 고율의 장기보유특별공제를 허용하는 취지가 양도소득세 부담 해소를 통한 국민의 주거생활 안정에 있는 점을 고려하여 소득세법제95조 제2항 단서는 양도일 현재를 기준으로 1세대 1주택인 경우에는 표 2를 적용할 수 있도록 규정하고 있는바, 거주자인 청구인이 1세대 1주택인 쟁점주택을 양도한 것에 대하여도 소득세법제95조 제2항 표 2에 따른 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다.
(1) 청구인은 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간까지 포함하여 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당되므로 소득세법제95조 제2항 단서에 따라 표 2의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다고 주장하나, 위 규정의 입법취지는 1세대 1주택에 해당되더라도 과세 요건을 충족하지 못함에 따라 과세되는 고가주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 통해 세부담 증가를 완화하기 위한 것으로, 소득세법 시행령제159조의3에 따라 장기보유특별공제를 적용되는 1세대 1주택을 소득세법상 1세대 1주택 비과세 규정과 같이 소득세법 시행령제154조 제1항의 거주자인 1세대가 보유요건을 충족한 경우로 해석하는 것이 타당하다.
(2) 국세청 예규 또한 거주자가 비거주자가 되었다가 다시 거주자가 되어 1세대 1주택을 양도하는 경우 거주자로서 보유한 기간만을 산정하여소득세법제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율을 적용한다고 해석하고 있고, 청구인의 경우 거주자로서소득세법상 쟁점주택을 보유한 기간은 2년 미만인바, 거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간에 대하여소득세법제95조 제2항 표 2에 따른 장기보유특별공제율을 적용하는 것보다 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간을 포함하여 소득세법제95조 제2항 표 1에 따른 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 청구인에게 유리하므로, 청구인이 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간을 통산하여 15년 이상 쟁점주택을 보유한 것으로 보아 처분청이 쟁점주택의 양도차익에 대하여소득세법제95조 제2항 표 1에 따른 장기보유특별공제율(100분의 30)을 적용하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.
(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제1조의2(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “거주자”란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다.
2. “비거주자”란 거주자가 아닌 개인을 말한다. 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. “1세대”란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사람을 포함한다. 이하 이 호에서 같다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 배우자가 없어도 1세대로 본다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표 1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 6 4년 이상 5년 미만 100분의 8 5년 이상 6년 미만 100분의 10 6년 이상 7년 미만 100분의 12 7년 이상 8년 미만 100분의 14 8년 이상 9년 미만 100분의 16 9년 이상 10년 미만 100분의 18 10년 이상 11년 미만 100분의 20 11년 이상 12년 미만 100분의 22 12년 이상 13년 미만 100분의 24 13년 이상 14년 미만 100분의 26 14년 이상 15년 미만 100분의 28 15년 이상 100분의 30 표 2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 11년 미만 100분의 80
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제121조(비거주자에 대한 과세방법) ② 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 국내원천 부동산소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호에 따른 국내원천 퇴직소득 및 같은 조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. (2) 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것) 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. (3) 소득세법 시행령 (2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 것) 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(장기보유특별공제에 관한 적용례) 제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다. (4) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제2조(주소와 거소의 판정)
③ 국내에 거주하는 개인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 본다.
1. 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때
2. 국내에 생계를 같이하는 가족이 있고, 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 때
④ 국외에 거주 또는 근무하는 자가 외국국적을 가졌거나 외국법령에 의하여 그 외국의 영주권을 얻은 자로서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 아니하는 때에는 국내에 주소가 없는 것으로 본다. 제2조의2(거주자 또는 비거주자가 되는 시기) ① 비거주자가 거주자로 되는 시기는 다음 각 호의 시기로 한다.
2. 제2조 제3항 및 제5항에 따라 국내에 주소를 가지거나 국내에 주소가 있는 것으로 보는 사유가 발생한 날
3. 국내에 거소를 둔 기간이 183일이 되는 날
② 거주자가 비거주자로 되는 시기는 다음 각 호의 시기로 한다.
1. 거주자가 주소 또는 거소의 국외 이전을 위하여 출국하는 날의 다음 날
2. 제2조 제4항 및 제5항에 따라 국내에 주소가 없거나 국외에 주소가 있는 것으로 보는 사유가 발생한 날의 다음 날 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.
⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.
⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.
⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.
2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제180조의2(비거주자에 대한 과세방법) ① 법 제121조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 비거주자”란 법 제1조의2 제1항 제2호의 비거주자를 말한다. 다만, 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때에는 제154조 제1항 제2호 나목 및 다목의 요건을 충족하는 비거주자는 제외한다.
② 법 제121조 제3항 및 제4항에 따라 과세되는 경우로서 제3조의2 제1호에 해당하는 비거주자로 보는 단체에 대해서는 그 단체의 구성원별로 분배받는 이익에 대하여 법과 이 영을 적용하여 과세한다.
(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인의 주민등록상 주소지 변동내역은 아래 <표>와 같고, 쟁점주택 양도일 당시 쟁점주택에서 거주하지 않은 것으로 나타난다. <표> 청구인의 주민등록상 주소지 OOO (나) 청구인의 재직증명서상 청구인은 1995.10.1.부터 2019.9.30.까지 OOO에서 근무하였고, 쟁점주택 취득일(2004.6.30.) 이후인 2005년 7월경부터 2019년 9월경까지 국외에서 근무한 것으로 나타난다. <표> 재직증명서상 청구인의 근무지 상세 내역 OOO (다) 청구인의 출입국 기록에 의하면 2006년부터 2019년까지 청구인의 국내 체류 기간은 183일 미만인 것으로 나타나고, 청구인은 OOO에서 근무하기 위해 2005.7.3. 출국하였다가 퇴직 후 2019.9.25. 국내에 귀국한 것으로 나타난다. <표> 청구인의 출입국 기록(2005∼2019년) OOO <표> 청구인의 국내․외 체류일자 (단위: 일) OOO
(2) 청구인이 OOO에서 근무하기 위하여 출국한 다음 날인 2005.7.4.부터 소득세법 시행령제2조의2 제2항에 따라 비거주자로 전환되었다가, 퇴직 후 국내에 귀국하여 국내에 거주할 것으로 인정되는 2019.9.25.부터 같은 조 제1항에 따라 거주자로 전환되어 쟁점주택을 양도한 사실과 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택 이외 다른 주택을 보유하지 아니하였다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간의 이견이 없다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주택을 거주자로서 보유한 기간이 2년 미만이므로 쟁점주택의 양도차익에 대하여소득세법제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다는 의견이나, 소득세법제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것) 제159조의3에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다’고 규정하고 있는데, 청구인이 쟁점주택만을 보유하다가 소득세법 시행령제2조의2 제1항 제2호에 따라 2019.9.25.부터 거주자로 전환된 이후인 2019.10.24. 양도한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 이견이 없는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 축소해석할 수 없는바(대법원 2011.7.14. 선고 2009두21147 판결), 소득세법제95조 제4항에서 ‘장기보유특별공제를 적용하는 자산의 보유기간은 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 규정하였을 뿐, 비거주자로서 자산의 보유기간을 제외한다고 별도로 규정하지 않아 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간을 제외하여야 한다고 보기는 어렵고, 청구인이 쟁점주택을 15년이상 보유한 점, 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있는바(대법원 2015.4.23. 선고 2014두36921 판결), 청구인이 쟁점주택만을 15년 이상 보유하였음에도 쟁점주택의 양도차익에 대하여 소득세법제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율의 적용을 배제하는 것은 불합리한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 거주자로서 1세대 1주택인 쟁점주택을 보유한 기간이 3년 미만인 것으로 보아 쟁점주택의 양도차익에 대하여소득세법제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율의 적용을 배제하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.