쟁점부칙은 2012.12.31.까지로 일몰되었고, 2017.12.19. 법률 제15225호호 개정되어 2018.4.1.부터 시행된 소득세법 제104조 제7항 제3호는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다고 명시하고 있는바, 청구인의 쟁점주택 양도는 이에 해당하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점부칙은 그 제목을 “양도소득세의 세율 등에 관한 특례”라고 정하고, 그 입법방식도 “이 법 시행 후 2010.12.31까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.”라고 규정하여 소득세법 제104조 를 배제한 전형적인 ‘특례규정’으로서 본조와는 독립된 양도소득의 대상과 세율을 정한 규정이라고 할 것이다. 법률을 개정‧폐지할 경우에는 “....을...로 개정한다.”는 방식 또는 “법률 제00호는 이를 폐지한다.”는 방식을 취하므로 이와 같은 명시적인 조항이 없다면 그 법률이나 규정은 효력을 잃지 않는다. 대법원도 법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니라고 판시하고 있다(대법원 2002.7.26. 선고 2001두11168 판결). 이와 같이 법률의 개정‧폐지는 반드시 명시적인 방법으로 입법되어야 하는바, 본조에 보충적인 부칙의 경과규정도 단순히 본조의 개정만으로 그 효력을 변경할 수는 없고, 정책적인 관점이나 특수한 상황을 전제로 하여 한정된 대상에 대하여 독립적인 내용의 ‘특례규정’을 정하였다면 이를 직접 개정‧폐지하거나 별도의 대체규정을 두어야 할 것이다. 그런데 쟁점부칙은 2009.1.1. 법률 제9270호로 그 효력이 발효된 후 개정되거나 폐지된 적이 없고 쟁점주택을 처분할 당시에도 여전히 그 효력은 존속되는 것이므로 처분청이 쟁점부칙 규정에서 정한 세율을 배제하고 개정된 소득세법의 세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 위법하다.
(2) 새로운 입법으로 과거에 소급하여 과세하거나 또는 이미 납세의무가 존재하는 경우에도 소급하여 중과세하는 것은 소급입법 과세금지원칙에 위배되는바(헌재 97헌바58 결정, 2000헌바82 결정, 대법원 1994.6.28. 선고 92누18467 판결 참조), 과세요건 법률주의 원칙에 따라 과세요건은 법률로만 정할 수 있고 법률에 의해서면 그 효력을 개폐할 수 있는 것이므로 쟁점부칙 규정은 주택취득시를 기준으로 양도행위가 언제 이루어지든 관계없이 양도소득세 과세요건 중 ‘납세의무자 및 세율’의 적용을 완결적으로 확정한 것으로 보아야 하고 이를 배제하여 개정된 법률에 따라 중과세율을 적용하는 것은 소급입법과세금지 원칙에 반하는 것이다. 쟁점부칙은 주택취득시를 기준으로 ‘양도소득세 과세요건 중 납세의무자 및 세율’을 완결적으로 확정한 규정으로서 입법자는 쟁점부칙을 신설하여 그 적용을 받는 납세의무자를 “2009.1.1.∼2010.12.31.까지 주택을 취득한 1세대 다주택자”로 극히 한정하면서, 그와 같이 한정된 납세의무자들에 대하여는 그 주택을 양도할 때에는 일반세율 등으로 세액을 산정하겠다고 규정하였으므로, 납세의무자 및 세율과 관련된 과세요건은 양도행위가 언제 이루어지든 관계없이 취득시에 그 요건을 이미 확정한 것으로 보아야 한다.
(3) 쟁점부칙 신설로 그 부칙에 근거하여 주택을 취득함으로써 다주택자가 된 특정 납세의무자는 그 주택을 양도할 때 쟁점부칙에서 정한 고정된 일반세율을 적용받을 것이라는 기대권을 가지는 지위를 넘어 그 적용을 요구할 구체적 권리를 행사할 수 있는 지위에 있다 하겠다. 또한 쟁점부칙과 같은 방법으로 취득시기를 기준으로 하여 납세자에게 세제혜택을 부여하는 입법은 조세특례제한법에서 찾아볼 수 있는 바, 조세특례제한법 제99조 는 일정한 조건하에 신축주택을 취득한 납세의무자가 있는 경우 취득과 관련하여 법에서 정한 조건을 충족하면 그 후 신법으로 종전 규정이 납세자에게 부여한 조세감면의 권리를 박탈할 수 없도록 규정하고 있는바, 같은 논리로 쟁점부칙은 양도시기와 관계없이 세율을 고정한 것이므로 개정된 소득세법을 적용하여 중과세할 수는 없는 것이다.
(4) 쟁점부칙은 “이 법 시행 후 2010.12.31.까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.”라고 정하여 ‘취득시기’를 한정하고 있을 뿐, 양도에 대한 종기(終期)를 별도로 정하고 있지 아니하므로 취득시기를 고려하지 아니한 채 쟁점 부칙에 정함이 없는 양도시기에 따라 개정 소득세법을 적용하는 것은 확장해석과 유추해석을 금하고 있는 세법의 엄격해석원칙에 반하는 것이다. 또한, 쟁점부칙을 해석함에 있어 쟁점부칙에는 양도기간에 대한 규정이 없지만 원칙으로 돌아가 납세의무성립일인 양도시기를 기준으로 변경된 세율을 적용할 수 있는 것을 용인한다면, 쟁점부칙이 신설된 그 다음 해에 개정세법을 통하여 중과세율을 적용할 수 있다는 논리가 성립될 수 있고 이 경우 취득시기를 정한 쟁점부칙은 무용지물이 되는 점에 비추어 보더라도 소급입법의 기준일이 양도소득세의 납세의무성립일이라는 처분청 의견은 취득시기를 정한 쟁점부칙의 입법취지를 몰각하는 것으로서 부당하다. 한편 쟁점부칙과 동시에 개정된 소득세법 제104조 제6항 의 입법형식과 비교하여 보더라도 입법자는 쟁점부칙을 신설하면서 양도시기와는 무관하게 취득시기를 기준으로 세율을 고정시킨 것이고, 나아가 쟁점부칙은 오로지 ‘취득시기’만을 한정하였을 뿐 ‘조정지역 편입여부에 따른 세율변경’을 정한 바 없다. 따라서 쟁점부칙이 향후 조정지역 포함 여부에 따라 세율의 변경 가능성을 전혀 규정하고 있지 아니함에도 이를 허용하고 있는 것으로 해석하는 것은 유추해석이나 확장해석을 금하고 있는 엄격해석원칙에 어긋나고, 만약 입법자가 쟁점부칙을 신설할 때 ‘향후 조정지역 포함 여부에 따라 세율의 변경 가능성’을 포함할 의도가 있었다면 그와 같은 내용을 조문에 규정하였어야 하고, 조세특례제한법 제98조의3 에서 “거주자는 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조의2 에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 … 미분양 주택은 … 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다.” 라고 규정하고 있는 것과 같이 쟁점부칙 신설 당시 “… 지역은 제외한다.”라는 등의 문구를 규정하였어야 하는 것이고, 쟁점부칙 신설당시 입법자의 의도가 나타나지 않고 납세자도 이를 예견할 수 없었으므로 쟁점주택 양도시 주택법상 조정지역에 포함되어 있다는 이유로 개정된 소득세법 제107조 제7항 을 적용할 수는 없는 것이다.
(5) 국가가 주택수요를 진작시킬 목적으로 쟁점부칙을 신설하여 다주택자라고 하더라도 위 요건을 충족하면 어떠한 경우에도 일반세율 등을 적용하겠다는 세율고정에 대한 공적견해를 표명하면서 국민에게 주택에 대한 투자를 권유하였다면 이를 신뢰한 국민에 대한 배신은 허용되지 않는다고 할 것이고, 국가가 국민의 기본권 보호 및 법적 안정성 측면에서 국민의 기득권을 보호해주는 것은 당연한 법리라고 하겠다.
(6) 조세부담은 국민들 사이에 공평하게 배분되어야 하고, 조세법률 관계에 있어서 국민은 평등하게 취급되어야 한다는 조세평등주의 원칙은 입법 및 해석의 원칙으로 작용하는 것이다. 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰보다 국가적으로 문제가 된 주택투기 억제라는 공익상의 요구에 따라 개인의 국가에 대한 신뢰는 변경될 수도 있겠으나, 이러한 법리는 국가가 관여하지 아니한 상태에서 주택을 취득한 납세의무자들에 대하여 적용될 수 있는 통상적인 법 원리일 뿐 주택수요 진작이라는 정책의 필요성 때문에 쟁점 부칙을 신설하는 등 입법을 통하여 적극적으로 국민들에게 주택 매입을 권면하였던 국가가 공공의 이익의 논리로 국민이 갖는 신뢰보호의 원칙을 부정하는 것 자체가 신뢰이익에 반함은 물론, 국가가 쟁점부칙이라는 적극적 입법을 통한 주택매수를 권유하여 이를 믿고 주택을 구입하여 다주택을 소유하게 된 자들과 스스로 주택을 취득한 다주택소유자들은 그 본질을 달리함에도 불구하고 이를 동일시하는 것은 “다른 것은 다르게, 같은 것은 동일하게” 취급해야 한다는 조세평등주의에 위배되는 것이므로 이 건 과세처분은 부당하다.
(1) 청구인은 쟁점주택의 취득일이 2009.4.24.이므로 쟁점부칙에 따른 특례세율 적용대상이라고 주장하나, 청구인은 양도일 (2019.7.22.) 현재 쟁점주택을 포함하여 총 3개의 주택을 보유하고 있는 다주택자에 해당하고, 쟁점주택의 소재지는 ‘OOO ’로서 OOO는 2017.9.6. ‘국토교통부 공고 제2017-1305호’에 의하여 지정지역으로 지정된 곳이므로 처분청이 소득세법 제104조 제7항 에 따라 중과세율을 적용하여 과세한 것은 정당하다.
(2) 쟁점부칙은 부동산 침체기인 2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 동안 취득한 부동산에 대하여 소득세법 제104조 제1항 (제4호부터 제9호까지)의 규정에도 불구하고 일반세율을 적용한다는 것일 뿐, 지정지역 안에 소재한 1세대 3주택 양도에 대한 중과세율 적용은 소득세법 제104조 제7항 에 관한 것으로서 1세대 3주택자가 지정지역 안에 소재한 주택을 위 기간 중에 취득하였다 하더라도 쟁점부칙을 적용할 수는 없다 하겠다.
(3) 청구인은 시행일 이전에 이미 존재한 사실(취득행위)에 대한 경과규정 소급입법은 부당하다고 주장하나, 소급과세금지의 원칙은 소급입법에 따라 재산권을 박탈할 수 없다는 헌법의 규정을 세법에 수용·구체화한 것으로서 이미 납세의무가 성립한 것에 대하여만 새로운 세법을 적용하는 것이 금지되고 아직 납세의무가 성립하지 아니한 것에 대하여 새로운 세법을 적용할 수 있는 것인바, 이 건의 경우 국세 성립일(쟁점주택 양도일: 2019.7.22.) 이전인 2017.9.6. 세법에 따라 지정지역으로 지정된 것을 적용한 것이므로 진정소급에 해당하지 아니하여 소급과세금지 원칙에 위배되지 아니한다.
(1) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것) 제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60
⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에 해당하는 주택을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은 항 제2호의3부터 제2호의6까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.
1. 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제1항 제2호의2에 따른 세율) 부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.> 제14조[양도소득세의 세율 등에 관한 특례] ① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.
1. 제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득 과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호의2에 따른 세율)
(2) 소득세법(2009.5.21. 법률 제9672호로 개정된 것) 제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 가산한 세율을 적용한다.
1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제1항 제2호의3에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
4. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용한다. 부칙<법률 제9672호, 2009.5.21.>
① [시행일] 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② [양도소득세의 세율에 관한 적용례] 제104조 제4항 및 제6항의 개정규정은 2009년 3월 16일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
(3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득 과세표준의 100분의 60
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.
1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항 제4호에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. 부칙<법률 제10408호, 2010.12.27.> 제2조[일반적 적용례] ① 이 법은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
(4) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것) 제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득 과세표준의 100분의 60
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2013년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.
1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항 제4호에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2013년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. 부칙<법률 제11611호, 2013.1.1.> 제2조[일반적 적용례] ① 이 법은 이 법 시행 후 발생하는 소득분부터 적용한다.
② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
(5) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정된 것) 제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세 기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액 (이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율 중 높은 세율을 적용한다.
1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산 제104조의2[지정지역의 운영] ① 기획재정부장관은 해당 지역의 부동산 가격 상승률이 전국 소비자물가 상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격 상승률 등을 고려할 때 그 지역의 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준 및 방법에 따라 그 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다. 부칙<법률 제12169호, 2014.1.1.> 제2조[일반적 적용례] ① 이 법은 이 법 시행 후 발생하는 소득분부터 적용한다.
② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
(6) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제104조[양도소득세의 세율] ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항(제3호의 경우에는 제1항 제8호)에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항(제3호의 경우 에는 제1항 제8호)에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 부칙<법률 제15225호, 2017.12.19.> 제1조[시행일] 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.
1. 제64조 제1항(제104조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 세율을 적용받는 자산에 한정한다), 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조 제4항 제1호 및 제2호, 같은 조 제5항 제2호, 같은 조 제7항ㆍ제8항 및 제104조의2 제2항의 개정규정: 2018년 4월 1일
(7) 국세기본법 제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대 하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
(1) 청구인은 2009.4.24. 취득한 쟁점주택을 2019.7.22. 양도한 후 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO 원(가산세 OOO원 포함)을 수정 신고․납부하였다가 2021.1.11. 쟁점주택의 취득일이 2009.3.16.～2012.12.31. 기간 내에 있으므로 그 양도차익은 쟁점부칙에 따라 일반세율을 적용하여야 하므로 아래 <표1>과 같이 기 납부한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 쟁점주택을 포함하여 총 3채의 주택을 보유하고 있는 다주택자이고, 쟁점주택이 지정지역 내에 소재하고 있어 일반세율을 적용할 수 없다고 보아 2021.1.20. 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. <표1> 이 건 경정청구 내역
(2) 청구인이 쟁점주택 양도일 현재(2019.7.22.) 보유하고 있는 주택의 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인의 주택보유 현황
(3) 국토교통부장관은 2017.9.6. 주택법 부칙 제2조에 따라 쟁점주택이 소재한 OOO를 조정대상지역 예정지로 지정하고, 예정지는 주택법(법률 제14866호로 2017.8.9. 일부개정된 것) 제63조의2 규정의 시행일(2017.11.10.)에 조정대상지역으로 지정되었다. (4) 소득세법 제104조 는 부동산 시장 정상화를 위하여 2014.1.1. 법률 제12169호로 개정되어 다주택자에 대한 중과제도가 폐지되었는바, 1세대 3주택 이상자에 대한 중과세율 적용에 대한 주요 세법개정 연혁을 살펴보면 다음과 같다. (가) 최초개정(2003.12.30. 법률 제7006호로 개정된 것) 개인의 경우 1세대 3주택 이상자에 대하여 60%의 세율을 2004.1.1. 이후 양도분부터 적용하였다. 다만, 부칙에 의하여 이 법 시행 전에 취득한 주택을 2004년 12월 31일 이전에 양도하는 경우에는 개정규정을 적용하지 아니하였다. (나) 1차 개정(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것) 2008년 말 소득세법을 개정하여 2008.12.31. 이전에 취득한 주 택을 2009.1.1.부터 2010.12.31.까지 양도하는 경우로서 1세대 3주택자는 45%의 세율을 적용하는 것으로 개정하였다. 또한, 2009.1.1.부터 2010.12.31.까지 취득한 주택은 양도시기와 관계없이 1세대 3주택 이 상자는 45%의 세율을 적용하는 것으로 부칙 제14조에 규정하여 수요를 진작할 수 있도록 하였다. (다) 2차 및 3차 개정(2009.5.21. 법률 제9672호 및 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것) 개인의 경우 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 양도분에 대하여 1세대 3주택 이상에 해당하여도 기본세율로 과세하되 투기지정지역에 소재하는 주택에 대하여는 100분의 10의 세율을 가산하도록 개정하였다. 이때 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 주택은 양도시기와 관계없이 2년 이상 보유한 경우 1세대 3주택자에 해당하여도 기본세율을 적용하도록 부칙 제14조도 개정하였다. (라) 4차 개정(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것) 2012.12.31.까지의 중과 유예조치를 2013.12.31. 양도분까지로 1년 연장하여 중과제도를 유예하였다. 다만, 취득분에 대하여 기본세율을 적용하는 특례는 2012.12.31.까지로 일몰되었다. (마) 5차 개정(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정된 것) 2014.1.1. 이후 양도분부터 다주택자에 대한 양도소득세 중과제도를 폐지하고 다만, 투기지정지역 내 3주택 이상자에 대하여 기본세율에 100분의 10의 세율을 추가과세하는 제도를 항구화하였다. (바) 6차 개정(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 소득세법 제104조 제4항 에서 규정하는 기본세율에 100분의 10을 추가과세하는 대상에서 투기지정지역 내 3주택 이상자를 삭제하는 대신 제7항을 신설하여 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택은 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하는 것으로 개정하였고, 동 개정법률은 부칙에 따라 2018.4.1. 시행되었다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택의 취득일이 2009.4.24.로서 2009.3.16.～2012.12.31. 기간 내에 있고, 2008.12.26. 개정된 소득세법 쟁점부칙은 주택 취득시기를 기준으로 양도소득세 과세요건 중 납세의무자 및 세율을 확정한 규정이므로 처분청이 2017년 신설되어 2018.4.1.부터 시행된 같은 법 제104조 제7항을 적용하여 과세한 것은 부당하다고 주장하나, 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 주택을 양도시기와 관계없이 2년 이상 보유한 경우 1세대 3주택자에 해당하여도 기본세율을 적용하도록 개정된 쟁점부칙은 2012.12.31.까지로 일몰되었고, 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되어 2018.4.1.부터 시행된 소득세법 제104조 제7항 제3호 는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다고 명시하고 있는바, 청구인은 1세대 3주택 이상자로서 국토교통부 공고(제2017-1305호, 2017.9.6.)로 조정대상지역으로 지정된 지역에 소재한 쟁점주택을 양도한 사실이 확인되므로 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다(조심 2018서4447, 2018.12.19. 외 다수, 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.