1. 처분개요
- 가. 청구종중은 개업일을 2007.12.28.로 하여 2010.12.2. 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 비영리법인이다.
- 나. 청구종중은 2006.12.21. OOO 중 OOO 지분(이하 “쟁점토지①”이라 한다)을 주식회사 AAA에게 OOO원에 양도하였고, 같은 날 OOO(이하 “쟁점토지②”라 하고 쟁점토지①과 함께 이하 “쟁점토지”라 한다)를 bbb에게 OOO원에 양도하였으며, 2007.1.30. OOO서장(당시 관할)에게 다음 <표>와 같이 2006년 귀속 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다. <표>
- 다. 이후 청구종중은 2012년부터 2018년까지 OOO 등 OOO 합계 OOO(이하 “청구외토지”라 한다)를 OOO원에 양도하고 청구외토지가 3년 이상 직접 고유목적사업에 사용한 고정자산에 해당하는 것으로 보아 그 양도소득을 과세소득에서 제외하여 법인세 신고(2012‧2016‧2017사업연도는 기한후신고, 2018사업연도는 정기신고)를 하였다.
- 라. 처분청은 청구종중이 양도한 청구외토지를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 없다고 하여 2019.11.29. 청구종중에게 2012사업연도 법인세 OOO원, 2016년 법인세 OOO원, 2017년 법인세 OOO원, 2018년 법인세 OOO원 합계 OOO원의 과세예고통지를 하였고, 이에 대하여 청구종중은 2020.1.15. 과세전적부심사청구를 제기한바, 처분청은 청구외토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하는 것으로 보아 2020.2.19. 심사청구채택 결정(이하 “쟁점과세전적부심사결정”이라 한다)을 하였다[쟁점과세전적부심사결정에 따른 결정서(이하 “쟁점과세전적부심사결정서”라 한다) 송달일 2020.2.24.].
- 마. 청구종중은 쟁점토지 역시 청구외토지와 마찬가지로 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하고, 쟁점과세전적부심사결정이 ① 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 가 규정하고 있는 “판결과 같은 효력을 가지는 그 밖의 행위”로서 후발적 경정청구 사유에 해당하고, 설령 이에 해당하지 아니하더라도 ② 같은 항 제5호에서 규정하고 있는 “제1호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유”로서 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 의 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우” 또는 같은 조 제4호의 “제1호의 규정과 유사한 사유”의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보아, 청구종중이 2007.1.30. 예정신고‧납부한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 2020.9.15. 처분청에 제기하였다.
- 바. 처분청은 청구종중의 경정청구가 후발적 경정청구사유의 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 2020.11.13. 경정청구 처리결과 통지서를 청구종중에게 등기우편으로 발송하였으나 2020.11.18. 반송되었고, 2020.11.19. 이를 재차 등기우편으로 발송하였으나 2020.11.30. 반송되었으며, 청구종중은 2021.2.24. 팩스로 위 경정청구 처리결과 통지서를 수령하였다.
- 사. 청구종중은 이에 불복하여 2021.4.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구종중 주장 및 처분청 의견
(1) 심판청구 기한을 도과하였다는 처분청의 본안전 항변은 타당하지 아니하다. 청구종중의 경정청구에 대하여 처분청이 처리기한을 넘겨 아무런 통보도 해오지 아니하자 청구종중의 대리인은 전화로 처분청 담당 직원에게 진행 과정을 문의하였는데, 담당 직원은 이미 2020.11.12. 거부처분을 하고 경정청구 처리결과 통지서를 청구종중의 주소지로 발송하였다고 밝혔다. 청구종중의 대리인이 처분청에 이를 문의한 이유는 최근 묘소 이장에 관한 근거 자료(사진과 족보)를 확보하여 이를 제출할 필요가 있었기 때문인데 처분청은 이미 거부처분을 하였다는 것이다. 그러나 대리인이 선임된 마당에 굳이 대리인의 사무실로 통지서를 발송하지 아니한 것을 이해하기 어려웠고, 특히 청구종중의 주소지에서 처분청의 경정청구 처리결과 통지서를 받은 사람은 아무도 없다고 하여 청구종중과 대리인은 모두 답답한 상황이었다. 이에 따라 청구종중의 대리인은 사무실에서 처분청에 팩스로라도 경정청구 처리결과 통지서를 보내달라고 요청하여 2021.2.24. 이를 팩스로 받아보았다. 팩스로 수령한 통지서 하단을 보면 팩스 수신 날짜와 시간이 표시되어 있다. 따라서 청구종중은 2021.2.24. 이 사건 거부처분의 존재를 알았다고 보아야 한다. 처분청은 청구종중에 대한 이 사건 경정청구 거부처분이 통지되지 않은 사실을 자인하면서도 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 의하면 청구인이 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못하면 통지를 받기 전이라도 다음 날부터 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있으므로 그때부터 심판청구 기간을 계산하여야 한다고 주장한다. 그러나 위 규정은 청구인이 경정청구를 한 때부터 2개월 이내에 통지를 받지 못한 경우에 처분을 기다리지 않고 바로 심판청구를 할 수 있다는 것을 규정한 조항이지 청구인이 통지를 받지 못한 경우, 반드시 그때부터 심판청구 기간을 계산해야만 한다는 규정은 아니므로 처분청의 주장은 근거가 없다.
(2) 쟁점과세전적부심사결정은 후발적 경정청구 사유에 해당한다. (가) 구 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 일부개정 전) 제3조 제1항 제3호에 의하면 내국법인의 토지 양도소득에 대하여도 법인세가 과세되는데, 같은 조 제3항 제5호는 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입을 과세 대상에서 제외하고 있고, 구 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 일부개정 전) 제2조 제2항은 이를 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입이라고 규정하고 있다. 청구종중은 청구외토지가 종중의 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산이라는 이유로 과세소득에서 제외하는 법인세 신고를 하였으나 처분청은 2019.11.29. 과세예고통지를 하였고, 이에 대한 과세전적부심사에서 2020.2.19. 심사청구가 채택되어 법인세를 납부하지 아니하였는바, 처분청이 채택 결정을 한 주된 이유는 청구외토지가 처분일 현재 3년 이상 청구종중의 고유목적사업인 ‘묘소’로 사용되었다는 데 있었다. 쟁점토지도 청구종중이 선대 묘소로 오랫동안 사용한 곳으로서, 그 처분일 현재 3년 이상 묘소로 사용해 왔다. 청구종중이 증빙으로 제출한 묘소 사진과 종원들의 족보를 보면 청구종중이 쟁점토지를 매도할 무렵 종원들이 쟁점토지에 모셔져 있던 선대 묘소를 다른 곳으로 이장한 자료들이 나타난다. 따라서 쟁점토지도 과세 대상이 아닌데, 청구종중은 2007.1.30. 당시 이를 알지 못한 채 과세표준 예정신고·납부를 하였다. 청구외토지와 쟁점토지 모두 청구종중의 묘소 또는 선산으로 사용되었으므로, 이는 종중단체인 청구종중의 고유목적사업에 사용되었다는 점에서 아무런 차이가 없고, 그렇다면 청구외토지에 대한 쟁점과세전적부심사결정은 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 가 규정하고 있는 “최초의 신고‧결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”에서 “판결과 같은 효력을 가지는 그 밖의 행위”의 성질을 갖는 후발적 경정청구 사유에 해당한다. (나) 설사 쟁점과세전적부심사결정이 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 사유에 직접 해당하지 않는다고 하더라도, 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 와 유사한 사유로서, 쟁점토지의 법정신고기한 후에 쟁점과세전적부심사결정이 내려진 이상, 같은 항 제5호에서 규정하고 있는 “제1호와 유사한 사유로서 해당 국세의 법정 신고기한 후에 발생한 사유”에 해당함이 명백하다. 남은 문제는 쟁점과세전적부심사결정이 “대통령령이 정하는 사유”에 해당하는지 여부인데, 국세기본법 시행령 제25조의2 는 “최초의 신고‧결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우”를 제1호 사유로 규정하고 있고, 제1호와 유사한 사유를 제4호 사유로 규정하고 있는바, 그렇다면 쟁점과세전적부심사결정은 그 성격상 제1호 사유에 직접 해당하거나 그렇지 않더라도 이와 유사한 사유에 해당한다고 보는 것이 타당하므로, 결국 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 또는 제4호에서 규정하고 있는 후발적 경정청구 사유에 해당한다.
(3) 후발적 경정청구 기한을 도과하지 아니하였다. 청구종중은 청구외토지에 관하여 2020.2.24. 쟁점과세전적부심사결정서를 받았으나 쟁점토지에 대한 양도소득세를 납부한 경위를 제대로 알지 못하고 있었고, 쟁점토지에 대한 양도소득세를 납부할 당시 청구종중의 대표자는 이미 사망한 OOO였으며, 현재 대표자는 이에 관여하지 아니하였다. 그러다가 최근 종중 서류를 정리하다가 쟁점토지에 대한 매매계약서와 양도소득세를 신고·납부한 서류를 확인하고 비로소 2007.1.30.자 양도소득세 신고·납부가 잘못되었음을 알게 되어 그로부터 3개월이 도과하기 전인 2020.9.15. 처분청에 2007.1.30.자 양도소득 과세표준 예정신고‧납부세액 OOO원을 ‘OOO원’으로 경정해달라고 청구하였다. 이에 대하여 처분청은 청구종중이 쟁점과세전적부심사결정서를 받은 2020.2.24. 후발적 경정청구 사유가 발생하였다고 보아야 하고, 청구종중의 경정청구는 법정 기간인 3개월을 지났으므로 경정청구가 부적법하다는 취지로 주장하나, 후발적 경정사유에 의한 경정청구 기간은 “그 사유를 안 날”부터 기산되는바, 청구종중이 쟁점과세전적부심사결정서를 받았다고 하여 그때부터 바로 이 사건 임야에 대한 후발적 경정사유를 알았다고 볼 수는 없고, 청구종중이 오래전에 당시 임원이 양도소득세를 납부한 자료를 확인한 다음 비로소 쟁점토지에 대한 세금도 잘못 납부되었다는 것을 알게 되었으므로 그때부터 경정청구가 가능하다고 보아야 한다. 경정청구는 잘못된 납세를 바로 잡는 절차이고, 국가가 잘못 받은 세금을 보유하는 것은 정당하지 않으므로, 이는 가급적 납세자의 권리와 이익을 보호하는 방향으로 해석하여야 한다.
(4) 쟁점토지는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하므로 과세대상에서 제외되어야 한다. 위에서 본 바와 같이, 쟁점과세전적부심사결정에서 청구외토지가 처분일 현재 3년 이상 청구종중의 고유목적사업인 ‘묘소’로 사용되었다고 보아 채택 결정하였고, 쟁점토지도 청구종중이 선대 묘소로 오랫동안 사용한 곳으로서, 그 처분일 현재 3년 이상 묘소로 사용해 왔으며, 이는 청구종중이 증빙으로 제출한 묘소 사진과 종원들의 족보, 쟁점토지에 모셔져 있던 선대 묘소를 다른 곳으로 이장한 자료들에 의해 알 수 있다.
(1) 청구종중의 심판청구는 불복기한을 도과한 부적법한 청구이므로 각하되어야 한다. 청구종중의 경정청구는 2020.9.15. 처분청에 접수되어 처분청은 2020.11.12. 처리하였고, 2020.11.13. 경정청구 처리결과 통지서를 청구종중에게 등기우편으로 발송하였으나 이 통지서가 2020.11.18. 반송됨에 따라, 처분청은 2020.11.19.에 당해 통지서를 등기우편으로 재차 발송하였으나 이 통지서 또한 2020.11.30. 반송되어 경정청구 처리결과 통지서가 송달되지 아니하였다. 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 의하면 경정청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 청구종중의 입장에서는 경정청구 처리결과를 기한 내에 송달받지 못함이 역수로도 명백하므로 이는 경정청구 거부를 한 것으로 보아야 할 것이다. 그런데, 국세기본법 제68조 제1항 에 의하면 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있는바, 경정청구 처리결과 통지서를 송달받지 못한 청구종중으로서는 2개월이 되는 날의 다음날부터 불복청구 제기가 가능하였다고 할 것인데, 청구종중은 2020.11.17.부터 3개월이 도과한 2021.4.2. 심판청구를 제기한 것이므로 이는 국세기본법에서 정한 불복제기 기간을 도과한 것이 역수상으로도 명백하다. 따라서 청구종중의 본 건 심판청구는 부적법하므로 각하되어야 한다.
(2) 쟁점과세전적부심사결정은 국세기본법 소정의 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다. (가) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 의하면 최초의 신고‧결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 그 사유를 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다고 규정되어 있다. (나) 또한 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호 에 의하면 제1호부터 제4호까지와 “유사한 사유”로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때라고 규정하고 있는데, 이 “유사한 사유”의 의미에 대해 동법 시행령 제25조의2 제1호는 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우”로 규정하고 있다. (다) 이와 관련된 조세심판원의 결정을 살펴보면, 판결의 영향은 당해 소송에서 제기된 다툼에 한정되는 것이므로 판결의 내용이 경정청구의 해당 과세연도와 다른 과세연도에 적용되는 법률을 근거로 판단한 경우 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다(OOO 참조)고 결정한 바 있고, OOO 판결에 의하면 “다른 사건의 대법원 판결은 후발적 경정청구 사유에 해당되지 아니한다”고 판시한 바 있다. (라) 결국 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 그 자체 및 그와 직접적인 관련이 되는 거래 및 행위에 대하여 납세자의 최초 신고 혹은 과세관청의 결정과 다른 내용으로 확정력 있는 결정이 있거나 과세관청의 해석이 변경된 경우에 후발적 사유에 의한 경정청구가 허용된다고 할 수 있다. 즉, 국세기본법 제45조의2 제2항 의 후발적 경정청구 사유는 당초 신고 혹은 결정과 직접적인 견련성이 인정되는 것으로 해석되어야 하는바, 청구종중이 경정청구를 한 양도소득세는 2006.12.21.자 쟁점토지의 양도에 대한 것인데 쟁점과세전적부심사결정은 청구종중이 2012년부터 2018년까지 양도한 청구외토지에 대한 것으로서 전혀 다른 대상에 대한 결정이므로 국세기본법 시행령 제25조의2 각 호의 사유에 해당하지 아니한다.
(3) 설령, 쟁점과세전적부심사결정이 국세기본법 소정의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 하더라도, 청구종중의 경정청구는 경정청구 기한을 도과하여 제기된 부적법한 경정청구이다. 청구종중은 청구외토지에 대한 쟁점과세전적부심사결정을 국세기본법 제45조의2 제2항 의 후발적 경정청구 사유로 들고 있다. 그런데 국세기본법 소정의 후발적 사유로 인한 경정청구는 그 사유를 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있으나, 청구종중은 쟁점과세전적부심사결정서를 2020.2.24. 수령하고도 무려 6개월이 경과한 2020.9.15.에 이르러서야 이 사건 경정청구서를 제출하였다. 이에 대하여 청구종중은 “2007.1.30. 납부한 양도소득세 납부경위를 알지 못하다가 최근에 종중 서류를 정리하던 중 매매계약서 등 신고서류를 확인하고 2007.1.30. 납부한 양도소득세 신고납부가 잘못되었음을 알게 되어” 후발적 경정청구를 한 것이라 주장하나, 그 “사유를 안 날”에 대해 다른 객관적인 증거가 없는 이상 후발적 경정청구 사유를 안 날은 쟁점과세전적부심사결정서를 수령한 2020.2.24.으로 보아야 하고, 이와 다른 사정에 대한 입증책임은 청구종중에게 있다. 따라서 청구종중은 법 소정의 후발적 경정청구를 제기할 수 있는 기간을 도과하여 경정청구를 제기한 것이 명백하므로, 이에 대해 거부통지를 한 처분은 적법하다.