쟁점조합원입주권과 장기임대주택을 소유한 청구인이 쟁점조합원입주권을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2011.11.22. OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유(미거주)하던 중 2017.9.15. 종전주택의 재건축정비사업 관리처분계획 인가로 재건축아파트를 취득할 수 있는 권리(이하 “쟁점조합원입주권”이라 한다)로 변경되었고, 2014.2.12. 취득하여 소득세법 시행령 제155조 제20호 에 따른 장기임대주택의 요건을 충족한 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 보유ㆍ임대하던 중, 2020.5.4. 쟁점조합원입주권을 양도하고 2020.7.18. 이에 대하여 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목에 따른 비과세가 적용되는 것으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점조합원입주권의 양도가 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목에 따른 비과세의 적용대상이 아닌 것으로 보아 2021.1.13. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정 ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.4.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점조합원입주권의 양도에 대하여 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목에 따른 비과세를 적용하여야 한다. 청구인은 쟁점조합원입주권의 양도 당시 쟁점조합원입주권 외에 양도소득세가 비과세되는 쟁점임대주택(장기임대주택)만을 보유하고 있었고 장기임대주택에 대하여 비과세를 하는 취지는 서민주거생활 보호를 위하여 민간의 주택을 임대주택시장으로 진입시켜서 전ㆍ월세 가격을 안정화하는 것이며, ‘1세대 1주택 비과세’ 또는 ‘일시적 1세대 2주택 비과세’에 관한 소득세법 제89조 제1항 제3호 가 대통령령에서 1주택 외의 ‘다른 주택’의 범위에 대하여 구체적으로 규정하고 있는 반면에, ‘1조합원입주권 비과세’에 관한 같은 법 제89조 제1항 제4호의 경우 ‘다른 주택’에 관한 구체적인 규정이 없는바, 쟁점조합원입주권의 비과세 여부 판단시 장기임대주택인 쟁점임대주택을 같은 법 제89조 제1항 제4호의 ‘다른 주택’에서 제외하는 것이 타당함에도 명확한 근거 없이 쟁점임대주택을 해당 ‘다른 주택’에 포함하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점조합원입주권의 양도에 대해서는 양도소득세 비과세를 적용할 수 없다. 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목에서 양도일 현재 ‘다른 주택’을 보유하지 아니한 경우에만 양도소득세 비과세를 적용받을 수 있도록 규정하고 있는바, 설령 다른 주택의 범위에 관한 별도 규정이 없다 하여 청구인이 쟁점조합원입주권의 양도 당시 보유한 쟁점임대주택을 ‘다른 주택’에서 제외되는 것으로 볼 수 없으므로 청구인은 해당 조항에 따른 비과세를 적용받을 수 없다. 또한 소득세법 시행령 제155조 제20항 에서 장기임대주택과 보유기간 중 2년 이상 거주한 주택을 소유한 1세대가 해당 거주주택을 양도한 경우에는 해당 거주주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 적용받을 수 있도록 규정하고 있는바, 쟁점조합원입주권은 주택이 아니고 청구인이 거주한 사실이 없으므로 청구인은 해당 조항에 따른 양도소득세 비과세도 적용받을 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점조합원입주권과 장기임대주택을 소유한 청구인이 쟁점조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) (2) 소득세법 시행령 제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (후단 생략)

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. (후단 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구인은 아래 <표> 기재와 같이 2007.5.31. OOO 공동주택을 취득하여 거주하다가 2020.1.28. 양도하였고 이에 대한 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였으며, 2011.12.22. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 2017.9.15. 종전주택의 재건축정비사업 관리처분계획인가로 쟁점조합원입주권으로 변경되었고, 2014.12.12. 취득하여 장기임대주택의 요건을 충족한 쟁점임대주택을 보유ㆍ임대하던 중, 2020.5.4. 쟁점조합원입주권을 양도하고, 2020.7.18. 이에 대하여 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목에 따른 비과세가 적용되는 것으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다. <표> 청구인의 주택 보유ㆍ양도 내역 (나) 국세청 전산자료 및 임대사업자등록증(OOO시장이 발급한 것)에 의하면, 청구인은 쟁점임대주택과 관련하여 2014.2.4. OOO시장 및 2014.3.10. 관할 세무서장에게 각각 임대사업자등록을 한 것으로 나타난다. (다) 주민등록등본에 의하면 청구인은 종전주택에 거주한 사실이 없는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목에서 ‘다른 주택’의 범위에 대한 구체적인 규정이 없다는 등의 이유로 쟁점조합원 입주권의 비과세 여부 판단시 쟁점임대주택(1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 장기임대주택)을 해당 조항의 ‘다른 주택’에서 제외하여야 한다고 주장하나, 위 조항에서 양도일 현재 ‘다른 주택’을 보유하지 아니한 경우에만 양도소득세 비과세를 적용받을 수 있도록 규정하고 있는바, 설령 ‘다른 주택’의 범위에 관한 구체적인 규정이 없다 하여 청구인이 쟁점조합원입주권의 양도 당시 보유한 쟁점임대주택을 ‘다른 주택’에서 제외되는 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청에서 쟁점조합원입주권의 양도가 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목에 따른 비과세의 적용대상이 아닌 것으로 보아 해당 비과세를 적용한 당초 신고를 부인하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.