고가주택을 양도할 당시 3주택(대체주택 및 임대주택)을 보유한 것으로 보아 장기보유특별공제 배제, 중과세율을 적용하여 과세한 처분에 대한 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1996.2.1. OOO(이하 “양도주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2018.1.15. 청구인의 배우자와 OOO(이하 “대체주택”이라 한다)의 각 2분의 1지분씩을 공동으로 취득하였고, 2018.4.6. 청구인의 배우자가 OOO호(이하 “임대주택”이라 한다)를 취득하고 임대주택으로 등록한 이후 2018.7.20. 양도주택을 양도가액 OOO원으로 양도하고 양도가액 OOO원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 소득세법 제55조 제1항 에 따른 세율(이하 “기본세율”이라 한다)을 적용하여 처분청에 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 양도주택을 양도할 당시 1세대 3주택자에 해당하였다고 보아 양도주택의 양도차익 중 OOO원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 2020.12.30. 청구 인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였
• 다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인의 경우 양도주택 양도 당시 소득세법 시행령에 따라 1세대 1주택 비과세 대상인 임대주택과 대체주택을 보유하고 있었으므로, 양도주택 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율이 적용되어야 한다.

(2) 처분청은 고가주택의 경우 9억원 초과분에 대한 양도소득이 과세대상으로서, 1세대 3주택 이상일 경우 장기보유특별공제가 배제되고 중과세율이 적용된다는 국세청 예규 등에 따라 이 건 양도소득세 과세처분을 하였으나, 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 소득세법 시행령이 개정되어 일반주택 이외 1세대 1주택 비과세 규정 적용대상인 장기임대주택 및 대체주택을 보유한 경우 일반주택 양도시 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하도록 하였는바, 위 예규는 국세청의 잘못된 법령해석임이 확인되었고, 그에 따른 처분청의 이 건 부과처분 또한 위법․부당하다.

• 나. 처분청 의견 소득세법제89조 제1항 제3호에서 고가주택을 1세대 1주택 비과세 대상에서 제외된다고 규정하고 있는바, 청구인은 양도주택을 양도할 당시 대체주택 및 임대주택을 보유한 1세대 3주택자로서 소득세법 시행령제154조 제1항의 1세대 1주택 비과세 적용대상에 해당되지 않으므로, 양도주택의 양도차익 중 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분청의 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 고가주택인 양도주택을 양도할 당시 3주택(대체주택 및 임대주택)을 보유한 것으로 보아 양도주택의 양도차익 중 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 답변서 등 이 건 심리자료 등에 의하면 양도주택을 양도할 당시 청구인 세대는 아래 <표>와 같이 양도주택 이외 대체주택 및 임대주택을 보유하고 있었던 것으로 나타나고, 양도주택의 양도 당시 서울특별시 및 경기도 성남시 전역이 주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역으로 지정되어 있었던 것으로 나타난다.

(2) 양도주택의 양도와 관련하여 청구인이 당초 신고한 내역과 처분청이 경정ㆍ고지한 내역을 비교하면 아래 <표>와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 양도주택의 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 부과처분이 위법․부당하다고 주장하나,소득세법제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도시 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 양도주택은 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택인 반면에 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 열거하는 주택에 해당되지 아니한 점, 같은 조 각 호 외의 본문 및 이외의 조항에서 대체주택과 임대주택 등 같은 법 시행령 제155조에 따른 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받는 주택을 주택 수의 계산에서 배제하도록 명시한 명문규정이 없는 점, 청구인은 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 에 따라 양도주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 주장하나, 같은 령 부칙 제2조는 ‘이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있는 점 등을 고려할 때 양도주택의 경우 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되어 중과세율 적용대상에 해당되는 것으로 판단된다. 또한 소득세법제95조 제2항에서 조정대상지역 내의 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 포함하여 법 제104조 제7항 각 호의 자산에 대하여 장기보유특별공제를 배제하도록 명확히 규정하고 있는바, 양도주택이 그 양도 당시 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되는 것으로 본 이상 장기보유특별공제의 적용이 배제된다 하겠다. 따라서 처분청이 청구인이 양도주택을 포함하여 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었으므로 소득세법제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.