건설중이던 쟁점건물을 양도하면서 그 양도가액에 상당하는 세금계산서를 교부한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서상 관련매입세액이 면세사업과 관련한 것으로 보기 어렵다고 판단됨
건설중이던 쟁점건물을 양도하면서 그 양도가액에 상당하는 세금계산서를 교부한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서상 관련매입세액이 면세사업과 관련한 것으로 보기 어렵다고 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2020.12.8. 청구인들에게 한 2019년 제1기〜2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은, 청구인들이 2019년 제1기〜2020년 제1기 중 건물 신축과 관련하여 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서상 매입세액을 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 부가가치세법제38조는 사업자가 자기의 과세사업을 위하여 공급받은 재화 또는 용역에 대한 매입세액을 ‘공제하는 매입세액’으로, 같은 법 제39조는 면세사업과 관련된 매입세액은 ‘공제되지 않는 매입세액’으로 규정하고 있는바, 같은 법 제10조는 과세사업과 관련한 공제 받은 매입세액을 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 경우 ‘재화의 공급’으로 보아 재화를 사용하거나 소비하는 때에 부가가치세를 과세하고, 같은 법 제43조는 면세사업에 사용 또는 소비되어 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우에는 당초 공제받지 못한 매입세액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제하도록 규정하고 있다. (가) 건축이 진행되고 있는 기간 중의 매입세액은 매입한 과세기간에 먼저 매입세액을 공제한 후 실제 사용 면적이 확정된 과세기간에 사후정산한 결과와 매입한 과세기간에는 매입세액을 불공제한 후 실제 사용면적이 확정된 과세기간에 사후정산한 결과는 동일하므로 쟁점세금계산서 관련 매입세액에 대한 청구인들과 처분청의 주장·의견 차이는 건축기간 중에만 발생하는 ‘일시적 차이’에 불과하다. (나) 부가가치세법제38조 제1항 제1호에 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 ‘공제하는 매입세액’으로 규정하고 있는 바, ‘자기의 사업을 위하여 사용할’이란 ‘장래에 과세사업을 위하여 사용할 예정’이라는 의미로 사업자가 재화 또는 용역을 매입한 과세기간 내에 실제 사용하지 않더라도 장래에 과세사업을 위하여 사용할 예정인 경우에는 매입한 과세기간에 매입세액을 공제하여야 할 것이다. (다) 대법원 2015.11.12. 선고 OOO판결은 ‘장래에 과세사업을 위하여 사용할 것’인지에 대하여 ‘사업자가 부가가치세를 신고할 당시의 사업계획 등을 기초로 향후 발생할 것으로 추정한 공급가액이나 사용면적의 예상치를 의미한다’고 판시한바, 이 건 쟁점건물이 장래에 과세사업을 위하여 사용될 것인지는 쟁점사업장의 부가가치세 신고내용과 청구인들의 사업계획 등을 참고하여 판단하여야 한다.
(2) 쟁점사업장은 ‘부동산 임대업’을 사업목적으로 하는 공동사업장으로 사업자등록과 부가가치세 신고를 ‘부동산 임대업’으로 신고해 온 과세사업자인바, 쟁점건물 신축 후에도 부동산 임대업을 영위하기 위하여 쟁점사업장은 쟁점건물이 준공되기 전에 자산과 부채를 법인에 현물출자하여 법인 전환할 것을 계획하였고, 나아가 쟁점병원 인력과 마케팅 담당 부서를 법인에 이전하여 위 법인은 ‘부동산 임대업’과 ‘병원관리사업’을 겸영하는 법인으로 운영될 예정이었다. (가) 위와 같이 쟁점사업장은 법인 전환될 예정이었고 쟁점건물이 준공된 후 쟁점병원이 쟁점건물에 입주하여 병원사업을 영위하려면 법인과 임대차계약이 체결되어야 하고, 위 법인은 쟁점건물이 준공되면 건물과 병원장비 및 시설을 쟁점병원에 일괄임대할 예정이므로 쟁점병원이 병원업을 운영하는 데 필요한 장비와 시설 등을 쟁점사업장이 매입하여 쟁점건물에 설치하면서 쟁점세금계산서는 모두 쟁점사업장의 사업자등록번호로 수취하였다. (나) 쟁점사업장의 법인 전환과 쟁점병원의 사용은 그 실행이 예정되어 있는 미래의 계획으로, 이에 따르면 쟁점건물을 쟁점병원이 병원용도로 직접 사용하는 것은 쟁점사업장이 법인으로 전환된 후에야 가능하므로 그 신축기간 중에 발생된 매입세액의 공제여부 판단은 청구인들의 사업계획에 존중하여 판단하여야 함에도, 사업계획 중 법인전환 과정은 배제하고 쟁점병원이 병원용도로 사용할 예정이라는 점만 채택하여 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 면세관련 매입세액으로 판단하는 것은 부당하다. (다) 사업계획 수립은 사업자의 고유영역이므로 청구인들은 쟁점사업장의 경영에 대하여 계획을 수립하고 그 성패에 대하여 스스로 책임을 부담하고 청구인들이 쟁점사업장을 과세사업 또는 면세사업으로 경영할 것인지에 대한 사업계획 역시 청구인들이 결정하고 그 책임을 부담하는 것으로, 청구인들은 쟁점건물을 법인에 현물출자하여 임대하는 과세사업에 사용하기로 사업계획을 수립하였던 것이다. (라) 처분청은 쟁점사업장이 쟁점건물을 쟁점병원에 임대하는 것은 자기 스스로에게 임대하는 것으로 쟁점병원이 병원용도로 사용하기 위하여 직접 건축하는 것에 해당하는 것으로 청구인들의 사업계획(법인전환 후 임대사업을 영위)은 미래의 계획에 불과하므로 매입세액을 공제받은 과세기간에는 사업계획만으로 매입세액을 공제할 수 없다는 의견이나, 이는 위 부가가치세법상 매입세액공제 원리에 대한 법리오해와 청구인들의 당초 사업계획에 대한 불신에서 비롯된 것이다. (마) 또한 처분청은 청구인들의 쟁점사업장에 대한 사업계획에 대하여 매입세액을 공제받기 위하여 실제로는 면세사업자이면서 과세사업자로 위장하기 위하여 현물출자와 과세사업을 영위하는 것으로 주장하고 있다는 의견이나, 처분청은 청구인들의 사업계획(현물출자, 임대사업 계속 영위 등)이 ‘허위이거나 거짓의 주장’이라는 근거는 전혀 제시하지 않고 청구인들의 사업계획은 장래의 계획일 뿐이고 현재는 확인되지 않는다는 이유로 인정하지 않고 있다. 쟁점건물이 과세사업 또는 면세사업에 사용될 것인지 여부는 쟁점건물이 준공될 때 실제 사용용도가 확정될 것으로 그때까지는 쟁점건물의 실제 사용면적을 확인할 수 없음에도 처분청은 청구인들의 ‘법인전환 사업계획’은 장래 계획에 불과하다며 인정하지 않으면서 ‘면세사업용 사용’은 마치 실제로 사용면적이 확정된 것처럼 편향적으로 받아들이고 있다. (바) 다만, 당초 청구인들은 쟁점건물이 2021년 11월경 준공될 것으로 예정하고 그 이전에 중소기업통합에 의한 법인전환을 완료하고 쟁점건물의 실제 사업용도가 임대사업용 건물로 확정될 것으로 예정하였으나, 쟁점건물의 준공예정일이 2022년 1월 중순으로 예정되자 쟁점사업장은 청구인들을 주주 및 이사로 하는 ㈜CCC(이하 “CCC”라 한다)에 신축공사 중이던 쟁점건물(토지제외)을 양도하고 그 건축주 명의를 변경하였고 이후 쟁점건물이 완공되면 쟁점사업장과 CCC를 통합하여 임대사업을 영위할 예정이다. 또한 청구인들은 위 건축공사 중이던 쟁점건물을 CCC에 양도하면서 그 매각가액에 대하여 매출세금계산서도 발행한 바 있다.
(3) 처분청은 청구인들이 쟁점사업장과 쟁점병원을 동일시하고 있다는 의견이나, 쟁점사업장과 쟁점병원의 구성원은 청구인들로 두 사업장의 사업계획과 의사결정은 동일한 구성원에 의하여 결정된다. (가) 위와 같이 쟁점건물이 준공되면 쟁점병원이 임차하여 병원으로 사용할 예정으로 그 설계·구상 단계에서 발주자를 쟁점병원으로 기재하는 것은 의사결정 주체가 동일하여 발생하는 자연스러운 현상이며, 관련 계약서에 쟁점병원이 기재되었으나 쟁점세금계산서는 쟁점사업장으로 정상발행되었음에도 청구인들이 쟁점사업장과 쟁점병원을 동일시하고 있다고 본 것은 잘못이라 할 것이다. (나) 또한 쟁점건물은 처음부터 쟁점병원이 사용하기로 계획되어 있고, 쟁점사업장은 쟁점건물과 관련시설을 법인에 현물출자 한 후에 쟁점병원에 임대하기로 계획되어 있으므로 쟁점병원이 요구하는 병원설비 등을 포함하여 설계·발주하는 것은 당연하다 할 것이다.
(1) 당초 쟁점병원과 쟁점사업장의 공동사업자는 청구인들과 aaa였으나 쟁점병원에서는 2019.3.14., 쟁점사업장에서는 2019.3.29. aaa가 공동사업에서 제외된 후, 현재 쟁점병원과 쟁점사업장의 공동사업자와 그 지분율은 청구인들로 각 1/3으로 동일하다. 쟁점사업장과 관련하여 2018.11.7. 청구인들과 aaa는 DDD(주)로부터 쟁점사업장 소재지에 소재하였던 기존 부동산을 OOO원(부가가치세 별도)에 취득하는 계약을 체결하고 2018.12.7. 각 지분별로 토지·건물의 소유권이전등기를 마쳤다가 청구인들은 aaa와 종전 체결하였던 동업계약을 파기하고 aaa를 제외한 청구인들만으로 2019.3.1. 쟁점병원에 대한 동업계약을 체결한 후 쟁점병원과 쟁점사업장에 대한 사업자등록을 변경신고하였으며 이에 따라 2019.3.22. 위 기존 부동산에 대한 aaa에 대한 지분 역시 청구인들에게 등기이전되었다.
(2) 청구인들 이 건 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 제출한 신고 증빙서류 등을 살펴보면, 2019년 4월〜2019년 11월 사이에 계약된 3건의 설계 계약서의 발주자가 모두 ‘OOO’으로 기재(실제는 ‘AAA’로 관련 세금계산서를 수취함)되어 있고, 2020년 4월〜2020년 5월 사이에 ‘AAA’로 발주자로 하여 계약된 2건의 계약서가 건물 신축과 관련 없는 병원 운영 및 설비 관련으로 확인되며 2020년 7월에 청구인들이 계약한 ‘BBB’의 공사감리 PM계약서의 건축주 ‘갑’란에 ‘AAA’로 기재되어 있다. 청구인들이 부가가치세 신고시 제출한 쟁점건물 신축관련 계약서 상 건축주가 ‘AAA’가 아닌 ‘BBB’으로 기재되어 있음에도 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하였고, 병원 운영 및 설비와 관련계약을 ‘BBB’이 아닌 ‘AAA’로 하여 계약한 점 등에 비추어 청구인들은 쟁점사업장과 쟁점병원을 동일시하고 있는 것으로 보인다. 또한 청구인들은 쟁점사업장의 법인 전환 등을 통해 건물신축 후에도 과세사업인 부동산 임대업을 계속하여 영위할 사업계획을 갖고 있다고 주장하나, 이는 미래의 확정되지 않은 계획에 불과하고 쟁점건물이 설계시점부터 병원용도에 적합한 구조로 설계하여 신축되고 있으며 쟁점병원이 쟁점건물의 상당부분을 사용할 예정인 점에 비추어 쟁점세금계산서 관련매입세액은 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액’에 해당한다고 할 것이다.
(1) 청구인들은 2015.2.23. 쟁점병원과 관련한 동업계약을 체결하였다가 2016.2.29. aaa를 공동사업자로 추가하여 쟁점병원을 운영하였고, 2019.3.14. aaa를 제외하여 현재까지 공동운영하고 있다. 청구인들과 aaa는 2018.10.1. 쟁점사업장(과세사업, 비주거용 건물임대업)을 공동사업으로 사업자등록하였다가 2019.3.29. aaa를 제외하였으며, 한편 CCC는 청구인들을 주주이자 사내이사로 있는 법인(대표이사 청구인 bbb)으로, 당초 2013.2.15. 설립되었다가 청구인들이 각 2021.8.25. 사내이사로 취임한바, 현재 쟁점병원, 쟁점사업장 및 CCC의 사업자등록 내용 등은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점병원, 쟁점사업장 및 CCC의 사업자등록 내용
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(2) 청구인들과 aaa는 2018.11.7. DDD(주)로부터 쟁점사업장에 소재하였던 기존 부동산(토지·건물)을 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결하였고 2018.12.7. 각 1/4 지분에 대한 소유권이전등기를 마쳤다가, 청구인들과 aaa간의 동업약정의 파기에 따라 2019.3.22. 기존부동산에 대한 aaa의 지분은 청구인들에게 이전(매매)된바, 쟁점병원과 쟁점사업장의 사업자등록 이력과 기존부동산의 취득 등을 날짜별로 정리하면 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점병원·쟁점사업장의 사업자등록 및 기존부동산의 취득
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(3) 청구인들은 2019.4.30.부터 쟁점건물 신축과 관련하여 OOO등과 설계, 공사도급공사 등에 대한 계약 등을 체결하였는데 그 계약내용, 발주자 등은 아래 <표3>과 같고, 위 과정에서 수급자들이 발급한 쟁점세금계산서는 쟁점사업장의 사업자번호로 수취하여 관련매입세액을 공제하였다. <표3> 쟁점건물 신축공사와 관련한 청구인들의 계약 체결내용
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(4) 청구인들은 2020.4.15. 세무법인 OOO가 작성한 ‘AAA 법인전환 검토’를 제시한 바, 위 자료에는 쟁점사업장의 법인전환에 대한 일정이 기재되어 있고, 같은 날 세무법인 하나가 작성한 ‘개인기업의 법인 전환에 따른 효과’에는 쟁점건물의 법인전환에 따른 조세 관련 검토내용이 기재되어 있다. 청구인들이 제시한 OOO이 작성한 ‘OOO세무컨설팅 보고서’에는 쟁점건물 부동산임대의 개인사업자에서 법인전환시 종합소득세, 법인세 예상액 등이 기재되어 있다.
(5) 청구인들은 2021.11.30. ‘건설중자산’(토지 제외)이던 쟁점건물을 CCC에 OOO원에 양도한바, 이에 따라 쟁점건물의 ‘건축관계자’를 청구인들에서 CCC로 변경(2021.12.7.)하였고 청구인들은 위 가액에 대하여 CCC에 매출세금계산서를 교부하였으며, 청구인들이 제시한 회계장부에 따르면 청구인들의 장부상 ‘건설중자산’으로 계상하였던 금액이 CCC의 장부에 동일하게 계상되었다. 쟁점건물은 지하 5층, 지상 7층의 건물로, 청구인들은 지하층은 지하주차장 등, 지상 1층은 카페, 약국 등, 지상 2층〜6층은 쟁점병원이 임대하여 사용할 목적이라고 제시하였고, 지상 1층 중 일부를 카페로 사용하게 할 목적으로 CCC와 안병오가 체결한 상가건물 임대차계약서를 제시하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건데, 부가가치세법제39조 제1항 제7호는 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있는바, 청구인들은 쟁점병원을 운영하는 자들이기는 하나 별도의 부동산임대업을 영위하기 위하여 쟁점사업장에 대한 사업자등록을 하고 쟁점건물을 신축하고 있는 점, 쟁점건물을 신축과 관련한 초기 계약 과정에서 발주자나 계약당사자에 쟁점병원을 기재하거나 쟁점사업장(AAA)과 함께 기재한 사정이 있다고 하나 이를 들어 청구인들이 부동산임대업이 아닌 면세사업인 병원업에 공할 목적으로 쟁점건물을 신축하고 있다고 단정하기 어려운 점, 이후 청구인들은 자신들을 주주 및 임원으로 하는 별도의 법인인 CCC를 설립하고 건설중이던 쟁점건물을 양도하면서 그 양도가액에 상당하는 세금계산서를 교부한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서상 관련매입세액이 면세사업과 관련한 것으로 보기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 부가가치세법 제3조(납세의무자) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
제6조(납세지) ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.
② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조(재화 공급의 특례) ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.
1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화 제37조(납부세액 등의 계산) ① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 제41조(공통매입세액 재계산) 감가상각자산에 대하여 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간)에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나면 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제49조에 따른 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. 제43조(면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례) 사업자는 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업 등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.