종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제될 재산세액을 계산하고 종합부동산세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 처분청은 종합부동산세 과세기준일 현재 청구법인이 보유하고 있는 과세물건(종합합산토지 25건, 별도합산토지 15건)에 관하여 공제할 재산세액을 종합부동산세법 시행령(2015.11.3. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3 제2항(이하 “쟁점시행령규정”이라 한다)에 따라 산정하는 등 하여 2020.11.18. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 결정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 대법원은 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되므로 종합부동산세와 재산세가 중첩되어 부과되는 부분에 대한 재산세액은 종합부동산세에서 공제되어야 하고, 이 때 공제할 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다고 판결OOO하였음에도, 쟁점시행령규정이 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제할 재산세를 계산하도록 규정한 것은 관련 대법원판결에 반하여 위법하므로 그 효력이 없고, 따라서 무효인 조항에 근거하여 과세한 이 사건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 관련 대법원판결은 종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 “종전시행규칙”이라 한다) ‘별지 제3호 서식’의 작성방법이 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것) 제5조의3 제1항(이하 “종전시행령규정”이라 한다)을 따르지 않아 위법하다고 하였을 뿐, 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제할 재산세액을 산정하는 것이 상위법에 위반된다고 한 바 없고, 관련 대법원판결에서 공제될 재산세액의 계산방식에 대하여 언급한 것은 사실이나 쟁점시행령규정이 이를 따르지 않았다고 하여 그 자체로 위법한 것이라 볼 수도 없으며, 종합부동산세법제14조 제7항이 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령에 위임한다고 하고 있으므로 공제범위도 그 위임의 범위에 포함되는 것으로 보아야 할 뿐만 아니라, 종합부동산세 과세표준에 대하여 부과되는 재산세액을 중복부과되는 금액으로 보아 공제하는 것이 합리적이라는 점 등에 비추어 쟁점시행령규정이 위법함을 전제로 이 사건 처분이 부당하다는 주장은 타당하지 않다.

• 가. 쟁점 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제될 재산세액을 계산하고, 그에 따라 종합부동산세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정된 것) 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ④ 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 별도합산세액”이라 한다)으로 한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것) 제5조의3 (토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. (3) 종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) [별지 제3호 서식부표(2)]

7. ⑨ 과세표준 표준세율 재산세액: 주택은 [(③ 감면후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)) × 종부세공정시장가액비율 × 재산세공정시장가액비율 × 0.4%], 종합합산토지는 [(③ 감면후 공시가격 - 5억) × 종부세공정시장가액비율 × 재산세공정시장가액비율 × 0.5%], 별도합산토지는 [(③ 감면후 공시가격 - 80억) × 종부세공정시장가액비율 × 재산세공정시장가액비율 × 0.4%]의 금액을 적습니다. (4) 종합부동산세법 시행령(2015.11.3. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

③ 토지분 재산세 표준세율의 적용 등 제1항과 제2항에 따른 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(5) 헌법 제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 쟁점시행령규정의 개정 경위는 다음과 같다. (가) 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에, 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. (나) 이에 따라 종합부동산세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제5조의3 제2항(이하 “당초시행령조항”이라 한다)은 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×별도합산과세대상 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “당초시행령산식”이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다. (다) 2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된지방세법및 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은재산세와종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였다. (라) 이에 따라 종전시행령규정은 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “종전시행령산식”이라 한다)에 의하도록 변경·규정하였고, 종전시행령산식 중 ‘별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 구체적 계산방법과 관련하여 종전시행규칙 ‘별지 제3호 서식’의 작성방법 부분에서 ‘(공시가격-과세기준금액)×종부세공정시장가액비율×재산세공정시장가액비율×재산세율’의 산식(이하 “종전시행규칙산식”이라 한다)에 따르도록 규정하였다. (마) 대법원은지방세법,종합부동산세법, 종합부동산세법 시행령관련 규정의 개정경위와 취지 등에 비추어 볼 때, 당초시행령산식의 분자에 기재된 ‘별도합산과세대상 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이 종전시행령산식의 분자에 기재된 ‘별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소ㆍ변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다고 전제한 뒤, 종전시행령산식에 따라 공제되는 재산세액은 종전시행규칙산식에 따를 것이 아니라 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다고 판시하였다(관련 대법원판결). (바) 위 (마) 관련 대법원판결 이후 기획재정부는 2015.11.30. 종전시행령규정을 개정하여 공제되는 재산세액을 ‘별도합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×[(별도합산과세대상 토지의 공시가격 합계액-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세율]÷별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 “쟁점시행령산식”이라 한다)으로 개정하였다. <표> 종전시행령산식 및 쟁점시행령산식의 비교 종 전 개 정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 관련 대법원판결에 위반하여 무효인 쟁점시행령규정에 근거하여 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 헌법 제107조 제1항과 제2항은 법률과 명령ㆍ규칙의 위헌ㆍ위법 여부에 관하여 헌법재판소와 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인이 위헌ㆍ위법임을 주장하는 규정에 관하여 헌법재판소 또는 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 쟁점시행령규정은 일단 유효하다고 보아야 하고, 따라서 처분 당시 유효한 쟁점시행령규정을 근거로 하여 이루어진 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다OOO

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.