쟁점비상근이사들이 청구법인에서 실제 등기이사로서의 직무를 수행하고, 그 대가로 쟁점인건비를 수취하였다고 보기 어렵고, 청구법인도 쟁점판매장려금이 접대비에 해당한다는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이며 쟁점연구원들이 연구개발업무 이외에 업체컨설팅 및 기술영업지원 등 매출활동에 직접 제공되는 일반적인 관리 및 지원활동을 병행한 것으로 보이므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없다할 것임
쟁점비상근이사들이 청구법인에서 실제 등기이사로서의 직무를 수행하고, 그 대가로 쟁점인건비를 수취하였다고 보기 어렵고, 청구법인도 쟁점판매장려금이 접대비에 해당한다는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이며 쟁점연구원들이 연구개발업무 이외에 업체컨설팅 및 기술영업지원 등 매출활동에 직접 제공되는 일반적인 관리 및 지원활동을 병행한 것으로 보이므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없다할 것임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 쟁점판매장려금을 접대비로 볼 수 없다. (가) 쟁점판매장려금은 판매촉진의 목적으로 지출된 판매부대비용에 해당한다. 조사청은 쟁점판매장려금의 산정기준이 쟁점거래처들이 아닌 다른 거래처들의 매출액을 기준으로 하였다는 사유로 쟁점판매장려금을 거래처와 원활한 거래관계를 도모하기 위하여 지급하는 접대비에 해당한다고 보았다. 그러나 청구법인은 쟁점거래처들에게 판매촉진(판매장려)의 목적으로 쟁점판매장려금을 지급하였고, 이러한 비용은 원칙적으로 손금에 산입되는 판매부대비용에 해당하며, 그 지급액수나 지급방법은 법인이 거래수량이나 거래금액에 따라 거래처의 협력정도 등을 감안하여 정할 수 있는 것이다. 대법원도 “거래처에 판매촉진의 목적으로 지급되는 판매장려금은 판매부대비용의 일종이라 할 수 있고, 이러한 판매장려금은 판매의 장려를 위하여 지출한 비용으로서 거래수량이나 거래금액에 따라 또는 거래처의 특수사정, 협력정도 등을 감안하여 상대방 사업자에게 금전 또는 사업용 자산으로 교부하는 것을 의미한다.”라고 판시하였다(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결). 또한 조세심판원 및 관련 유권해석도 “사전약정의 지급기준이 거래처별로 상이하게 차등적이거나 모든 거래처에 동일한 조건에 의하여 차별 없이 계속적으로 지급한 것으로서 건전한 사회통념상 상관행에 비추어 정상적인 거래로 인정될 수 있는 범위 안의 금액은 판매부대비용에 해당”되는 것으로 보고 있다(조심 2010서1000, 2010.11.18, 서이 46012-11991, 2003.11.19., 법인 46012-1522, 2000.7.7.). 청구법인의 거래방식을 살펴보면, 청구법인은 ① 쟁점거래처들에게 납품할 물품을 ㈜DDD와 같은 물류대행업체들(이하 “쟁점물류대행업체들”이라 한다)에 납품(1차거래)하고, 쟁점물류대행업체들은 이를 쟁점거래처들의 가맹점들에게 최종 납품(2차거래)을 하는 방식과 ② OOO과 같은 2차가공업체들(이하 “쟁점2차가공업체들”이라 한다)에게 납품(1차거래)하고, 쟁점2차가공업체들이 이를 쟁점거래처들의 가맹점들에게 최종 납품(2차거래)을 하는 방식으로 거래하였는바, 청구법인은 각 1차거래에서 발생한 매출액을 쟁점거래처들에 대한 매출액으로 인식하여 이를 기준으로 쟁점판매장려금을 산정·지급한 것이므로 쟁점판매장려금은 판매촉진의 목적으로 거래수량에 따라 지출된 비용으로서 판매부대비용에 해당한다. 또한 청구법인은 쟁점거래처들에 대한 판매촉진이 청구법인의 매출액과 직결되므로 쟁점물류대행업체들 또는 쟁점2차가공업체들에게 판매촉진을 위하여 판매장려금을 지급할 이유도 없다. (나) 쟁점판매장려금을 접대비로 볼 수 없다. 접대비의 판단기준에 대하여 대법원은 “접대비에 해당하기 위해서는 ① 해당 지출의 상대방이 사업에 관련 있는 자들이어야 하고(지출의 상대방 요건), ② 해당 지출이 접대비 및 교제비·기밀비·사례금 기타 명목 여하에 불구하고 이와 유사한 성질의 비용이어야 하며(소비성 요건), ③ 법인의 업무와 관련하여 지출한 것이어야 하고(업무 관련성 요건), ④ 지출의 목적이 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 것이어야 한다(지출의 목적 요건).”라고 판시한바 있다. 특히 대법원은 사업을 위하여 지출한 비용으로서 접대 등의 행위에 의하여 거래상대방과 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위하여 지출한 경우가 아니라면, 접대비라고 볼 수 없고(대법원 2008.7.10. 선고 2007두26650 판결), 법인이 수익과 직접 관련하여 지출한 비용은 섣불리 이를 접대비로 단정하여서는 아니된다고 판단(대법원 2012.9.27. 선고 2010두14329 판결)하여 접대비를 엄격하게 해석하고 있다. 청구법인은 청구법인이 생산한 물품의 판매촉진을 목적으로 쟁점거래처들에게 쟁점판매장려금을 지급하였는바, 앞서 살펴본 대법원 판례의 취지와 해석에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점거래처들과의 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위한 목적으로 쟁점판매장려금을 지급한 것으로 볼 수 없다.
(3) 쟁점연구인력개발비의 세액공제를 부인할 수 없다. 처분청은 청구법인이 연구개발업무만을 전담하지 아니하고, 연구개발활동에 포함되지 아니하는 업무를 병행하고 있는 쟁점연구원들에게 지급한 쟁점연구인력개발비를 연구인력개발비 세액공제 대상에 포함하여 법인세를 신고하였다고 보아 이를 세액공제 대상에서 부인한 것으로 보인다. 조세특례제한법제10조에서 규정하고 있는 연구인력개발비 세액공제를 적용하기 위해서는 연구소 직원들이 실제로 어떠한 업무를 수행하였는지를 판단의 주된 근거로 삼아야 한다(조심 2016중233, 2016.6.16. 등). 실제로 청구법인은 기업부설연구소를 두어 전담요원인 쟁점연구원들로 하여금 연구개발활동을 전담하여 수행하도록 운영하여 왔고, 쟁점연구원들은 연구개발활동에 포함되지 아니한 업무를 병행하여 수행한 바 없다.
(4) 이와 같이 쟁점인건비의 업무관련성이 부인될 수 없고, 쟁점판매장려금은 쟁점거래처들과의 협력정도 등을 감안하여 판매촉진을 위하여 지급한 것이므로 이를 접대비로 볼 수 없으며, 쟁점연구인력개발비는 그 세액공제 요건을 갖추었다 할 것이다.
(2) 쟁점② 관련 (가) 쟁점판매장려금은 실제 매출처가 아닌 특정 업체에게만 지급되었다. 조세심판원은 법인이 매출신장 등을 위하여 사전약정에 의하여 모든 거래처에 동일한 조건으로 금품을 지출한 경우에는 판매촉진비로 볼 수 있으나, 특정거래처에만 한정적으로 지원되었으므로 그 성격상 접대비로 보는 것이 타당(조심 2010서2821, 2010.11.3.)하고, 약정된 판매장려금을 지급하면서 특정업체에게 판매한 물량뿐만 아니라 별개 거래처에게 판매한 물량까지 포함해 판매장려금을 산정함으로써 특정업체에 대한 상품의 판매와 직접 관련이 없는 비용에 관하여 장려금이 지출되었으며, 특정업체의 매출에 비해 장려금이 과도한 것으로 보여 이는 특정업체와의 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위한 성격을 포함하는 것으로서 접대비에 해당(조심 2019서2947, 2020.2.24.)한다고 결정하였는바, 쟁점판매장려금은 쟁점거래처들의 매출액을 크게 초과(반기별로 쟁점거래처들의 매출액 대비 9%∼361% 지급)하여 쟁점거래처들에게 지급된 것으로서 청구법인의 내부지급기준에 따라 지급한 금액(2%～4%)이라고 보기 어렵고, 실제 다른 거래처가 쟁점거래처들에 비해 실적(매출)이 우수함에도 청구법인으로부터 판매장려금을 지급받지 못한 사실에 비추어 청구법인이 판매장려금을 쟁점거래처들에게 몰아준 것으로서 쟁점판매장려금은 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위하여 지급한 접대비에 해당한다. (나) 청구법인이 쟁점거래처들에게 쟁점판매장려금을 지급하여야 할 합리적인 이유가 없다. 법원은 판매장려금의 요건으로 ① 금품의 교부가 구매장려의 의미 또는 거래처의 판매강화를 위한 경비보조나 수입보전을 위한 지출일 것 ② 거래수량이나 거래금액에 따라 또는 거래처의 영업지역의 특수사정 및 협력정도 등을 감안한 지출일 것 ③ 상대방 사업자 그 자체에 대한 교부일 것 ④ 금전 또는 사업용 자산의 교부일 것이라고 판시(서울행정법원 2002.6.14. 선고 2000구42263 판결)하였는바, 쟁점판매장려금은 실제 매출한 업체에 대한 판매강화 혹은 경비보조나 수입보전의 목적이 없고, 특정지역의 시장점유율 상승, 판로개척, 신상품 특별판매 등과 같은 특별한 사정도 없으며, 상대방 사업자(실제 매출처)에게 직접 교부되지도 아니하였다. 또한 청구법인이 작성한 내부문서 상 판매장려금 지급기준 ⑤번에 “특정업체에게 더 주게 되면, 더 지급한 것에 대해서 타당한 근거가 없다면 접대비로 인정될 수 있음”이라고 기재되어 있는바, 청구법인은 판매장려금이 동일 기준에 의하여 모든 거래처에게 지급되어야 한다는 점을 인지하고 있었으나, 내부지급기준과는 무관하게 특정업체들인 쟁점거래처들에게 고액의 쟁점판매장려금을 지급하였고, 특히 쟁점거래처들 중 ㈜AAA과 ㈜CCC에게 지급약정도 없이 판매장려금을 지급하였음에도 조사청의 조사 당시 이에 대한 합당한 이유를 제시하지 못하였다. (다) 판매장려금 등을 지급함에 있어서 모든 거래처에 동일한 조건에 의하여 차별없이 관행적으로 계속하여 지급한 것으로서 그 지출경위, 성질, 액수 등을 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 볼 때 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요된 비용으로 인정될 수 있는 범위안의 금액은 손비에 해당하는 것(조심 2019서2947, 2020.2.24.)이나, 청구법인의 내부지급기준과 달리 다른 거래처들의 판매물량을 포함해 판매장려금을 산정하고, 이를 쟁점거래처들에게만 몰아준 행위는 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 볼 때 손비로 볼 수 없으며, 청구법인 스스로도 과다하게 쟁점판매장려금을 지급한 것에 대하여 정당한 사유를 제시하지 못하고 있으므로 쟁점판매장려금을 접대비로 봄이 타당하다.
(3) 쟁점③ 관련 (가) 쟁점연구원들이 수행하는 업무는조세특례제한법이 규정하고 있는 연구개발업무에 해당하지 아니한다. 조세특례제한법제2조 제1항 제11호는 “연구개발이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다.”라고 규정하고 있으나, 쟁점연구원들은 단순히 원료의 배합을 다르게 하여 제품의 맛, 향, 모양 등 거래처들의 요구에 맞는 제품의 레시피를 개발하거나 개선하는 업무를 수행하고 있는 것으로 확인되는 바, 쟁점연구원들이 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 수행하였다고 볼 수 없고, 청구법인이 거래처의 납품의뢰에 따라 맞춤형으로 제품을 연구‧생산한 것은 기존제품을 단순히 보완하거나 변형한 수준에 불과하다. (나) 쟁점연구원들은 연구를 전담하지 아니하고 영업업무를 병행하여 수행하고 있다. 연구인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비는 연구업무를 전담하는 직원에 대한 인건비이다. 그러나 쟁점연구원들은 영업부 직원과 함께 거래처를 방문하여 업체특성과 거래처 요구사항 등을 확인하는 영업활동을 병행하였고, 그 연구성과에 대하여 매출액, 원가절감 등을 통한 순이익 기여, 거래처가 원하는 제품개발 건수 등으로 평가하는 등 연구활동이 아닌 일반적인 기업의 이윤추구를 위한 활동을 수행하였다고 봄이 타당한바, 쟁점연구인력개발비는 세액공제 대상에 해당하지 아니한다. (다)조세특례제한법이 규정하는 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 병용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 연구활동이어야 하는 것(서울고등법원 2018.1.9. 2017누62718 판결)인바, 쟁점연구원들이 수행하는 연구활동은 단순히 원료배합비율의 조정을 통해 거래처들이 원하는 제품을 개발하는 것으로서 연구인력개발비 세액공제의 대상이 되는 연구활동으로 볼 수 없고, 영업활동을 병행하여 수행하는 것으로 확인되므로 쟁점연구인력개발비를 연구인력개발비 세액공제의 대상으로 볼 수 없다.
① 쟁점인건비를 가공으로 보아 손금불산입한 처분의 당부
② 쟁점판매장려비를 접대비로 보아 손금불산입한 처분의 당부
③ 쟁점연구인력개발비를 세액공제 대상에서 제외한 처분의 당부
(2) 청구법인은 쟁점비상임이사들이 청구법인에서 실제 업무를 수행하였다고 주장하며 아래 <표6>과 같이 2015사업연도부터 2019사업연도까지의 기간 중 청구법인의 이사회 회의록 3건을 제출하였는바, 이사회 회의록에는 대표이사와 이사회에 참석한 쟁점비상임이사들 등의 도장이 날인되어 있는 것으로 나타난다. <표6> 청구법인이 제출한 이사회 회의록 내역 OOO
(3) 쟁점②와 관련하여 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 청구법인의 장려금지급약정서에는 특정업체와 장려금지급약정을 체결하고 다음과 같은 기준에 따라 판매장려금을 지급하도록 규정하고 있는 것으로 나타난다. <청구법인의 장려금지급약정서 상 지급기준 발췌> OOO (나) 청구법인이 판매장려금 지급기준과 관련하여 작성한 내부문서에 의하면, 청구법인은 다음과 같이 매출·수금 달성률 대비 일정비율, 발생매출·품목매출 대비 고정비율 및 개별 단가산정 등의 방식으로 거래처에게 판매장려금을 지급하고 있고, 판매장려금 ⑤항에는 “판매장려금 지급 시에 모든 거래처에 동일한 기준에 의해서 지급하지 않고 특정업체에게 더 주게 되면 더 지급한 것에 대해서 타당한 근거가 없다면 접대비로 인정될 수 있음”이라고 기재되어 있으며, 해당 내부문서 하단에는 주의사항으로 “⑤항에 대한 장려금은 지양을 해야 함. 정상적으로 회계신고를 하고 있지 않음”이라고 기재되어 있는 것으로 나타난다. (다) 쟁점거래처들에 대한 쟁점판매장려금 지급내역에 의하면, 청구법인은 아래 <표7>과 같이 2016사업연도부터 2018사업연도까지 쟁점거래처들의 매출액에 쟁점거래처들 이외의 거래처들(쟁점물류대행업체들 및 쟁점2차가공업체들)에 대한 매출액을 합산하여 산정한 쟁점판매장려금(쟁점거래처들의 평균매출액 대비 평균판매장려금 비중은 48.0%∼82.1%)을 쟁점거래처들에게 지급한 것으로 나타난다. <표7> 쟁점거래처들에 대한 쟁점판매장려금 지급내역 (단위: 천원, %) OOO * 위 <표7> 중 ㈜AAA과 관련된 ㈜DDD, ㈜EEE, ㈜FFF, ㈜GGG 및 ㈜CCC(OOO)과 관련된 OOO는 쟁점물류대행업체들에 해당하고, ㈜CCC(OOO)과 관련된 OOO∼OOO는 쟁점2차가공업체들에 해당됨 한편 청구법인은 ㈜BBB(OOO)와 관련된 OOO)과 ㈜BBB(OOO)은 물류대행업체 또는 2차가공업체에 해당되지 아니하는 ㈜BBB(OOO)와 별개의 법인임에도 ㈜BBB(OOO), OOO) 및 ㈜BBB(OOO)이 같은 법인이라고 착각하여 ㈜BBB(OOO) 매출액에 OOO), ㈜BBB(OOO)의 매출액을 합산하여 산정한 판매장려금을 ㈜BBB(OOO)에게 일괄 지급하였는바, 설령 착오에 의하여 ㈜BBB(OOO)에게 판매장려금을 일괄 지급하였다 하더라도 청구법인은 당초부터 판매촉진을 목적으로 판매장려금을 지급한 것이므로 해당 판매장려금은 접대비가 아니라고 주장하고 있다.
(4) 청구주장과 같이 청구법인이 쟁점물류대행업체들과 쟁점2차가공업체들에 대한 매출액을 쟁점거래처들에 대한 매출액으로 인식하여 이를 기준으로 쟁점판매장려금을 산정·지급한 것임을 인정할 경우 청구법인의 ㈜AAA 및 ㈜CCC(OOO)에 대한 쟁점판매장려금 지급내역은 아래 <표8>과 같이 나타난다. <표8> 청구주장을 인정할 경우의 ㈜AAA 및 ㈜CCC(OOO)에 대한 쟁점판매장려금 지급내역 (단위: 천원, %) OOO
(5) 쟁점③과 관련하여 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 청구법인의 기업부설연구소인정서에 의하면, 사단법인 OOO협회장은 2008.12.30. 청구법인의 식품연구소를기술개발촉진법제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소로 인정하였고, 청구법인이 2016년∼ 2018년 OOO에 제출한 연구활동조사표에 의하면, 청구법인의 기업부설연구소에는 15명∼16명의 연구원이 근무하며, 이들은 ‘파우더 및 액상제품 조제기술’을 자체연구과제로 하여 연구활동을 수행한 것으로 기재되어 있다. (나) 쟁점연구인력개발비 지급내역은 아래 <표9>와 같다. <표9> 쟁점연구인력개발비 지급내역 (단위: 원) OOO (다) 쟁점연구원들이 작성한 ‘FORMULA SHEET’에 의하면, 쟁점연구원들의 주요연구활동내역은 다음과 같이 대부분 거래처의 요청에 의하여 거래처의 기존제품 개선, 다른 회사제품 copy 및 거래처 요구에 맞는 신제품 개발을 진행하는 업무인 것으로 나타난다. <거래처의 요구사항 메일내용 발췌> OOO <쟁점연구원들이 작성한 ‘FORMULA SHEET’ 주요내용 발췌> OOO (라) 청구법인의 ‘2016년 매출향상에 대한 강구 및 신입사원 능력향상 방안’ 문서 및 쟁점연구원들의 목표관리카드에 의하면, 청구법인은 쟁점연구원들의 업무실적을 원가절감 등을 통한 순이익, 개발제품 매출액 및 제품화된 제품개발 건수 등으로 평가하고 있고, 쟁점연구원들의 목표관리카드 상 성과지표는 이익률, 팀매출 달성률, 개인매출 달성률, 개선금액 달성률 및 제품출시 & 금액 개발보고서 작성인 것으로 나타난다. (마) 쟁점연구원들의 업무출장보고서에 의하면, 쟁점연구원들은 영업부 직원들과 함께 거래처에 출장하여 제품 테스트를 진행하고, 개선사항을 보완하는 업무를 수행한 것으로 나타난다. 이에 대해 처분청은 쟁점연구원들이 고객의 정확한 요구를 파악하고 문의사항에 대응하는 등 업체컨설팅 및 기술영업 지원활동도 병행하고 있다는 의견이다.
(6) 청구법인은 쟁점③과 관련하여 청구법인의 기업부설연구소인정서 및 기업부설연구소 연구개발인력현황을 제출하였는바, 기업부설연구소인정서의 내용은 위와 같고, 쟁점연구원들은 책임연구원, 선임연구원, 수석연구원, 주임연구원 및 연구원의 직위로 총 18명이 기업부설연구소의 전담요원으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점인건비를 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하나, 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되나, 법인의 임원에 대한 보수는 어디까지나 직무집행의 대가로 지급하는 것이므로 임원이 실제로 직무집행을 한 경우에 한하여 보수가 손비로 산입될 수 있는 것인바, 조사청의 조사 결과, 청구법인 내에 쟁점비상임이사들의 업무수행 공간이 없고, 청구법인의 연도별 조직도, 비상연락체계도, 내선전화번호에도 쟁점비상임이사들의 이름이 기재되어 있지 않으며, 쟁점비상임이사들이 직무와 관련하여 결재한 서류도 나타나지 아니하는 점, 청구법인은 2015사업연도부터 2019사업연도까지 기간 중 이사회를 3차례 개최하고, 이사회에 참석한 쟁점비상임이사들이 날인한 이사회 의사록을 제시하였으나, 쟁점비상임이사들은 모두 대표이사의 특수관계인들로서 청구법인의 이사회가 형식적으로 운영되었을 가능성이 높고, 이에 따라 청구법인이 제출한 이사회 의사록을 쟁점비상임이사들의 실제 직무수행에 대한 입증자료로 보기 어려운 점, 청구법인의 정관에 의하면, 제46조(보수와 퇴직금)에서 “임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다.”라고 규정하고 있고, 2015.1.1.부터 시행된 청구법인의 임원보수 지급규정 별첨1. 임원 기본급 호봉기준표(월 지급기준)에 의하면, 대표이사, 이사, 감사에 대하여 초임(3년)부터 9임 이상(27년)까지 각 연차별로 월 기본급이 책정되어 있으나, 청구법인은 쟁점비상임이사들에게 매 사업연도마다 쟁점비상임이사들 각각의 연차에 관계없이 동일한 금액의 인건비를 지급한 것으로 나타나는 점, 법인세법 시행령제43조 제2항은 “법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점비상임이사들 중 EEE에게 2017사업연도부터 2019사업연도까지 기준연봉액을 초과(2017사업연도: 기준연봉액 OOO원 / 지급연봉액 OOO원, 2018사업연도: 기준연봉액 OOO원 / 지급연봉액 OOO원, 2019사업연도: 기준연봉액 OOO원 / 지급연봉액 OOO원)하여 인건비를 지급한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점인건비 중 OOO원은 쟁점비상임이사들 명의의 계좌로 각각 지급하고, 나머지 OOO원은 대표이사의 OOO 계좌로 지급하였는데, 경리부장이 해당 대표이사 계좌에 입금된 금액을 다시 은행 CD기에서 수표로 출금한 후 본인의 계좌에 입금하여 횡령한 것으로 확인되는바, 쟁점비상임이사들은 경리부장이 본인들에게 지급될 급여의 43%에 달하는 금액을 횡령하여 다년간 정상적으로 지급받지 못하였음에도 이러한 사실을 전혀 인지하지 못하였고, 이는 당초부터 쟁점인건비가 쟁점비상임이사들의 업무수행에 대한 대가로 지급된 것이 아니라는 것을 방증하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점비상임이사들이 청구법인에서 실제 등기이사로서의 직무를 수행하고, 그 대가로 쟁점인건비를 수취하였다고 보기 어려운바, 처분청이 쟁점인건비를 가공경비로 보아 청구법인의 법인세 산정 시 이를 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점판매장려금이 접대비에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인의 장려금지급약정서에 의하면, 청구법인은 특정업체와 장려금지급약정을 체결하고, 장려금 지급기준에 의하여 매출액에 따라 2%∼4%의 판매장려금을 지급하는 것으로 규정하고 있음에도 2016사업연도부터 2018사업연도까지 쟁점거래처들의 매출액에 쟁점거래처들 이외의 거래처들에 대한 매출액을 합산하여 장려금 지급기준에 의한 판매장려금 지급비율(2%∼4%)보다 월등히 높은 비율(쟁점거래처들의 평균매출액 대비 평균판매장려금 비중은 48.0%∼82.1%)의 판매장려금을 쟁점거래처들에게 지급한 반면, 쟁점거래처들 이외의 거래처들에 대하여는 판매장려금을 전혀 지급하지 아니한 점, 설령 청구주장과 같은 거래방식을 인정한다 하더라도, 청구법인은 쟁점물류대행업체들(쟁점2차가공업체들)에게 물류비용(2차가공비용)만을 지급한 후 쟁점물류대행업체들(쟁점2차가공업체들)로부터 이에 대한 매입세금계산서를 수취하였어야 하고, 청구법인이 쟁점거래처들에게 납품할 물품대금을 쟁점물류대행업체들(쟁점2차가공업체들)에게 매출한 것으로 처리한 것은 세금계산서 발행의무 위반에 해당하여 가산세 부과대상이 되며, 쟁점물류대행업체들(쟁점2차가공업체들)이 쟁점거래처들로부터 수취한 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액 불공제 대상이 되게 되는 점, 청구법인은 상호가 유사한 ㈜BBB(OOO), OOO) 및 ㈜BBB(OOO)을 같은 회사로 착각하여 OOO), ㈜BBB(OOO)의 매출액을 합산하여 산정한 판매장려금을 ㈜BBB(OOO)에게 일괄 지급하였다고 주장하나, 청구법인이 3년 동안 장기간에 걸쳐 지속적으로 ㈜BBB(OOO)에게 판매장려금을 일괄 지급한 점에 비추어 청구주장을 인정하기 어려워 보이는 점, 처분청은 청구법인이 쟁점거래처들 중 ㈜AAA 및 ㈜CCC과는 장려금 약정이나 대리점 계약 없이 단가산정방식(매출단가를 인상하고, 단가 인상분만큼 장려금으로 지급)으로 판매장려금을 지급하였다는 의견인 점, 청구법인이 판매장려금 지급기준과 관련하여 작성한 내부문서에 의하면, ⑤항에서 “판매장려금 지급 시에 모든 거래처에 동일한 기준에 의해서 지급하지 않고 특정업체에게 더 주게 되면 더 지급한 것에 대해서 타당한 근거가 없다면 접대비로 인정될 수 있음”이라고 기재되어 있고, 해당 내부문서 하단에는 주의사항으로 “⑤항에 대한 장려금은 지양을 해야 함. 정상적으로 회계신고를 하고 있지 않음”이라고 기재되어 있는바, 청구법인도 쟁점판매장려금이 접대비에 해당한다는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점판매장려금을 접대비로 보아 청구법인의 법인세 산정 시 이를 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점연구인력개발비를 세액공제 대상에서 제외한 처분은 부당하다고 주장하나,조세특례제한법이 규정하는 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 병용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 연구활동이어야 하는바, 쟁점연구원들이 작성한 ‘FORMULA SHEET’에 의하면, 쟁점연구원들의 주요연구활동은 대부분 거래처의 요청에 의하여 거래처의 기존제품을 개선하거나, 다른 회사제품을 모방하는 등의 업무로서 이는조세특례제한법상 연구개발의 정의에 부합하지 아니하는 것으로 보이는 점,조세특례제한법제10조, 같은 법 시행령 제9조 및 별표6, 같은 법 시행규칙 제7조 제1항 및 제3항은 “내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 자체연구개발을 위하여 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무를 담당하는 자는 제외) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비가 있는 경우에는 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있는바, 전담연구원 이외의 행정사무를 담당하는 자 또는 연구업무 이외의 다른 업무를 겸직하는 자의 인건비는 공제 대상에 해당하지 아니하는 것인데, 쟁점연구원들의 업무출장보고서에 의하면, 쟁점연구원들이 영업부 직원들과 거래처에 함께 출장하여 제품 테스트를 진행하고, 개선사항을 보완하는 업무를 수행하고 있는 것으로 나타나 쟁점연구원들이 연구개발업무 이외에 업체컨설팅 및 기술영업지원 등 매출활동에 직접 제공되는 일반적인 관리 및 지원활동을 병행하고 있는 것으로 보이는 점, 청구법인의 ‘2016년 매출향상에 대한 강구 및 신입사원 능력향상 방안’ 문서와 쟁점연구원들의 목표관리카드에 의하면, 청구법인은 쟁점연구원들의 업무실적을 원가절감 등을 통한 순이익, 개발제품 매출액 및 제품화된 제품개발 건수 등으로 평가하고 있고, 쟁점연구원들의 목표관리카드 상 성과지표는 이익률, 팀매출·개인매출·개선금액 달성률 및 제품개발보고서 작성인 것으로 나타나는바, 영업부 등 다른 일반부서에 근무하는 직원들에 대한 평가방법·성과지표와도 다르지 않아 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구인력개발비를 세액공제대상에서 제외한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 법인세법 제19조[손금의 범위]
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제25조[접대비의 손금불산입]
① 이 조에서 “접대비”란 접대, 교제, 사례 또는 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로서 내국법인이 직접 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액을 말한다.
④ 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액의 합계액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. <각 호 생략> 제26조[과다경비 등의 손금불산입] 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조[소득처분] 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. <각 호 생략> (2) 법인세법 시행령 제19조[손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다) 제43조[상여금 등의 손금불산입] ① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.
② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.
⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다.
⑧ 제3항 및 제7항에서 “특수관계에 있는 자”란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. <단서 생략>
(4) 조세특례제한법 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
11. “연구개발”이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다. 제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. <각 호 생략> (5) 조세특례제한법 시행령 제1조의2[정의]조세특례제한법제2조 제1항 제11호에서 “대통령령으로 정하는 활동”이란 다음 각 호의 활동을 말한다.
2. 시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동
5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치 확인 등 조사ㆍ탐사 활동
8. 이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동
9. 기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동 제9조[연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. <각 호 생략> [별표6]
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. (6) 조세특례제한법 시행규칙 제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법제18조 제2항에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다. 1.기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
③ 영 별표6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 산업디자인진흥법 시행규칙제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. <단서 및 각 호 생략>
“결정내용은 붙임과 같습니다.”