청구법인이 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 자신의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 이상 당해 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당한다 할 것이고, 개발행위허가 제한기간을 비사업용 토지 사용기간에서 제외한다 할지라도 청구법인이 쟁점토지를 비사업용 토지로 사용한 기간은 비사업용 토지의 기간기준을 충족함
청구법인이 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 자신의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 이상 당해 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당한다 할 것이고, 개발행위허가 제한기간을 비사업용 토지 사용기간에서 제외한다 할지라도 청구법인이 쟁점토지를 비사업용 토지로 사용한 기간은 비사업용 토지의 기간기준을 충족함
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 성전건축용으로 2007.2.9. 대표자 OOO로부터 쟁점토지를 포함한 전체토지를 증여받았는바, 건축 준비기간에 전체토지(약 390평) 중 쟁점토지(약 197평)만 2008.6.26. 18층 이하 공동주택용 (아파트) OOO 부지로 편입(OOO 고시 제2008-911호, OOO)되었고, 이후 2010.6.29. 지구단위구역 결정고시(18층 이하, OOO시 고시 제2010-1075호), 2012.11.8. 변경공시(29층 이하, OOO시 고시 제2012-1469), 2013.11.14. 변경고시(27층 이하, OOO시 고시 제2013-279호) 가 있었다.
(2) 속칭 ‘알박기’ 등을 방지하기 위해 지구단위지역 OOO고시부터 개발을 제한하는 내용의 관련법이 통과되어 2007년 연말부터 시행된다는 언론보도(OOO, 2007.3.6.)가 있었고, 아파트 개발업체들이 경쟁적으로 개발계획 및 매입협상을 개시하며 개별 건축이 불가하다고 운운하는 등 여러 정황상 청구법인은 성전을 지을 수 없는 상황이었다. 공고 이후 2012.5.21. 매매계약을 하였으나 매각이 지연되었고, 청구법인은 대출을 받아 대체지역에 성전을 건축하였으며, 쟁점토지 매각대금은 전액 성전 건축의 채무상환에 사용하였다.
(3) 처분청은 청구법인이 쟁점토지에 성전을 건축할 수 있었다는 의견이나, 건축준비(유예) 기간이 있었음을 고려해야 하고, 2008년부터 “아파트지구단위계획 지역”으로 OOO고시, 재고시 등이 이루어지면서 공동주택 아파트용지로 지정되었으므로 쟁점토지는 고유목적 사업에 사용할 수 없는 부득이한 사유가 있는 경우에 해당한다.
(1) 법인세법제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항은 비영리 내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부에 따라 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로 쟁점토지의 처분대금을 청구법인의 법인세 과세소득으로 보아야 하는지에 관하여는 청구법인이 쟁점토지를 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는지 여부를 따질 필요가 없다(대법원 2006.7.27. 선고 2005두14370 판결, 서울고등법원 2012.12.20. 선고 2012누17997 판결 참조). 따라서 청구법인이 고정자산 처분일(2015.5.14.) 현재 쟁점토지를 3년 이상 당해 고유목적사업에 사용하지 아니하였으므로 법인세법 시행령제2조에 따라 유형자산 처분을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 또한, 청구법인은 쟁점토지가 지구단위계획지정으로 인하여 고유목적사업에 사용할 수 없는 법적 제한이 있었다고 주장하나, OOO시 시보 제1312호(OOO시 고시 제2013-279) 중 도시관리계획(지구단위계획) 결정(변경) 조서에 의하면, 쟁점토지가 2010.6.29. 제1종 일반주거지역으로 용도가 지정된 것으로 확인되는바, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령제71조 제1항 제3호 및 ‘OOO시 도시계획조례’ 제23조 제3항은 제1종 일반주거지역에서 건축할 수 있는 건축물로 1종 근린생활시설 및 종교시설이 규정되어 있고, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제54조는 지구단위계획에서 건축물을 건축 또는 용도변경하거나 공작물을 설치하려면 그 지구단위계획에 맞게 하도록 규정되어 있는데, 이는 지구단위계획이 적용되는 모든 토지에 적용되는 포괄적인 제한(용도지구 지정에 따른 제한과 같음)일 뿐, 토지의 사용․수익에 관한 일체의 재산권 행사를 제한하는 것은 아니므로 쟁점토지는 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하지 아니한다. 따라서 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 이 건 법인세 처분시 법인세법제55조의2 제1항 제3호에 따라 토지등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 추가하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(1) 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 개정된 것) 제3조[과세소득의 범위] ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제55조의2[토지등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 1.～2. 생략
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1.(생략)
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정된 것) 제2조[수익사업의 범위] ② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제92조의3[비사업용 토지의 기간기준] 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간
③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.
1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지
2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지
3. 법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)
4. 사립학교법에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지
5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지
(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2015.1.6. 법률 제12974호로 개정된 것) 제54조[지구단위계획구역에서의 건축 등] 지구단위계획구역에서 건축물을 건축 또는 용도변경하거나 공작물을 설치하려면 그 지구단위계획에 맞게 하여야 한다. 다만, 지구단위계획이 수립되어 있지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 제63조[개발행위허가의 제한] ① 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 지역으로서 도시ㆍ군관리계획상 특히 필요하다고 인정되는 지역에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 한 차례만 3년 이내의 기간 동안 개발행위허가를 제한할 수 있다. 다만, 제3호부터 제5호까지에 해당하는 지역에 대해서는 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거치지 아니하고 한 차례만 2년 이내의 기간 동안 개발행위허가의 제한을 연장할 수 있다.
1. 녹지지역이나 계획관리지역으로서 수목이 집단적으로 자라고 있거나 조수류 등이 집단적으로 서식하고 있는 지역 또는 우량 농지 등으로 보전할 필요가 있는 지역
2. 개발행위로 인하여 주변의 환경ㆍ경관ㆍ미관ㆍ문화재 등이 크게 오염되거나 손상될 우려가 있는 지역
3. 도시ㆍ군기본계획이나 도시ㆍ군관리계획을 수립하고 있는 지역으로서 그 도시ㆍ군기본계획이나 도시ㆍ군관리계획이 결정될 경우 용도지역ㆍ용도지구 또는 용도구역의 변경이 예상되고 그에 따라 개발행위허가의 기준이 크게 달라질 것으로 예상되는 지역
4. 지구단위계획구역으로 지정된 지역
5. 기반시설부담구역으로 지정된 지역
② 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 제1항에 따라 개발행위허가를 제한하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 제한지역ㆍ제한사유ㆍ제한대상행위 및 제한기간을 미리 고시하여야 한다.
③ 개발행위허가를 제한하기 위하여 제2항에 따라 개발행위허가 제한지역 등을 고시한 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 해당 지역에서 개발행위를 제한할 사유가 없어진 경우에는 그 제한기간이 끝나기 전이라도 지체 없이 개발행위허가의 제한을 해제하여야 한다. 이 경우 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해제지역 및 해제시기를 고시하여야 한다. 제76조[용도지역 및 용도지구에서의 건축물의 건축 제한 등] ① 제36조에 따라 지정된 용도지역에서의 건축물이나 그 밖의 시설의 용도ㆍ종류 및 규모 등의 제한에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(2015.3.11. 대통령령 제26142호로 개정된 것) 제71조[용도지역안에서의 건축제한] ① 법 제76조 제1항에 따른 용도지역안에서의 건축물의 용도ㆍ종류 및 규모 등의 제한(이하 “건축제한”이라 한다)은 다음 각호와 같다.
3. 제1종일반주거지역안에서 건축할 수 있는 건축물: 별표 4에 규정된 건축물 [별표4] 제1종일반주거지역안에서 건축할 수 있는 건축물(제71조 제1항 제3호 관련)
2. 도시ㆍ군계획조례가 정하는 바에 의하여 건축할 수 있는 건축물(4층 이하의 건축물에 한한다. 다만, 4층 이하의 범위안에서 도시ㆍ군계획조례로 따로 층수를 정하는 경우에는 그 층수 이하의 건축물에 한한다)
(1) 국세청의 전산자료에 의하면, 청구법인은 1988.10.24.국세기본법상 법인으로 보는 단체로 승인되었고, 대표자는 OOO이며, OOO에 소재하다가 2020.1.31. 같은 곳 OOO로 이전하였으며, ‘기독교 선교․교육․구제․복지’가 고유목적사업으로 되어 있다.
(2) 처분청이 OOO시에 쟁점토지의 지구단위계획 편입일을 의뢰하여 회신받은 공문(OOO시 도시정책과-2295., 2020.2.11.)에 의하면, 쟁점토지의 지구단위계획구역 지정일은 2010.6.29.(OOO시 공고 제136호)이고, 지구단위계획 결정일은 2013.11.14.(OOO시 공고 제279호)인 것으로 기재되어 있다.
(3) 청구법인이 제출한 증빙자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 기존의 교회건물 부지(OOO)가 하천복구사업에 포함되어 교회건축용으로 쟁점토지를 증여받게 되었다고 주장하며, 직전 교회 부지의 보상 관련 남양주시 시보(OOO시 공고 제2008-399호)를 제출하였다. (나) 2008.6.26.자 OOO시 시보(OOO시 공고 제2008-911호)에 의하면, 쟁점토지가 포함된 OOO이 제1종지구단위구역[공동주택용 OOO 제1지구단위구역, 18층 이하]으로 결정(최종 결정고시는 아님)되어 이해관계인의 의견을 청취한다고 기재되어 있다. (다) 2010.6.24.자 OOO시 시보(OOO시 고시 제2010-136호)에 의하면, 쟁점토지가 포함된 OOO의 명칭이 ‘OOO’에서 ‘OOO’로 변경된 것으로 나타난다. (라) 2012.11.8.자 OOO시 시보(OOO시 고시 제2012-1469호)에 의하면, “OOO의 OOO시 고시 제136호(2010.6.29.)로 결정된 지구단위계획구역 내에 신시가지개발 목적으로 공동주택을 건립하기 위한 도시관리계획(지구단위계획) 변경결정안에 대하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제28조 및 같은 법 시행령 제22조와 OOO시 도시계획조례제7조의 규정에 의거 토지소유자 및 이해관계인의 의견을 청취한다”고 기재되어 있고, 2013.11.14.자 OOO시 시보(OOO시 고시 제2013-279호)에 의하면, 쟁점토지가 포함된 OOO에 대하여 면적, 높이(최고 27층 이하) 등이 변경공시된 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 2008.7.24.부터 2010.7.23.까지 쟁점토지에서 건축행위를 할 수 없었다고 주장하며 제출한 2008.7.18.자 OOO시 시보(남양주시 고시 제2008-104호)에 의하면, “2008.7.24.부터 2010.7.23.까지 용도지역․지구․구역이 변경 입안되는 지역, 지구단위계획구역으로 입안되는 지역 등 약 28.2㎞에 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제56조 제1항 및 같은 법 시행령 제51조 규정에 의한 각종 개발행위(건축물의 건축 또는 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취)가 제한된다”고 고시되어 있다. (바) 청구법인 대표자 OOO이 OOO시에 정보공개를 청구하여 회신받은 공문(도시정책과-5979, 2021.4.21.)에 의하면, “OOO 지구단위계획 추진현황”은 아래 OOO과 같이 나타난다. OOO (사) 청구법인은 OOO 주식회사와 2012.5.23. 체결한 쟁점토지 매매계약서, 아래 OOO의 진정서, 탄원서(쟁점토지 관련 매각대금 과세처분에 대한 선처를 바람, OOO 외 20명 서명), 건축사사무소 OOO 공문(2021.4.19. 작성, 2007년 6월경 청구법인으로부터 성전건축에 필요한 인․허가 업무대행을 요청받았는데, 2008년 6월 인․허가를 위하여 OOO시청 도시계획과에 문의하자 지구단위계획이 공람중이어서 2008년 8월 재협의하라고 하였고, 2008년 8월 재협의한 결과 당 번지 일원이 지구단위계획에 의거 건축물신축 및 공작물설치 행위가 제한되어 있어 인․허가가 불가하다는 판정을 받고 청구법인 측에 통보한 사실이 있다는 취지) 등을 제출하였다. OOO
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 2008년 이후 개발행위허가 제한구역, 지구단위구역 지정 등으로 인해 고유목적사업에 사용할 수 없는 부득이한 사유가 있었으므로 이 건 법인세 부과처분이 부당하다고 주장하나, 법인세법제3조 제3항 제5호에 비영리내국법인이 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득에 해당하되, 같은 법 시행령 제2조 제2항에 과세소득에서 제외되는 대상을 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하는 경우로만 규정하고 있고 불가피하게 사용하지 못한 경우에 대하여는 규정하고 있지 아니하는바, 청구법인이 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 자신의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 이상 당해 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당한다 할 것이다. 또한 쟁점토지 일대가 제1종 지구단위계획구역으로 2010.6.29. 지정되었다고 하여 토지의 사용․수익에 관한 일체의 재산권 행사가 제한되었다고 보기 어렵고, 청구법인이 쟁점토지를 보유한 총 기간(2007.2.9.～2015.5.14., 8년 3개월) 중 OOO시장이 고시한 개발행위허가 제한기간(2008.7.24.～2010.7.23., 2년)을 비사업용 토지 사용기간에서 제외한다 할지라도 청구법인이 쟁점토지를 비사업용 토지로 사용한 기간은 법인세법제55조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제92조의3 제1호에서 정한 비사업용 토지의 기간기준(양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간)을 충족하므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당한다고 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.