[요지] 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호에서 ‘건설에 착공’하였다는 문언의 의미는 건축물의 건설에 착공한 경우를 말하는 것으로 보이는 점, 쟁점토지에 소재한 건축물은 청구법인이 쟁점토지를 양도한 후 건축허가 및 착공이 이루어진 것으로 청구법인이 시공한 사실이 없는 것으로 보이는 점, ○○○시장은 청구법인이 취득한 쟁점토지를 재산세 종합합산과세대상으로 보아 과세한 점, 그 외 청구법인이 제출한 증거서류만으로는 청구법인이 쟁점토지 지상의 건축물 건설에 착공하였음을 인정하기에 부족한 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 부동산개발업자로서 염전부지인 쟁점토지 일대를 공장용지로 개발한 후 양도하였다. (가) 청구법인은 부동산개발업의 관리 및 육성에 따른 법률제4조에 따라 2010.11.1. OOO에 부동산개발업 등록을 한 사업자로서 공장용지의 조성을 주업으로 하고 있다. (나) 청구법인은 2010.9.10. CCC 외 9인과 쟁점토지를 포함한 OOO을 공장용지로 개발하기 위한 업무협약을 체결하고 2011.10.12. OOO시장으로부터 개발행위허가를 득한 이후 2014.11.26.까지 염전부지였던 쟁점토지 일대를 공장용지로 개발하였다. (다) 청구법인이 이와 같은 선행공사를 진행한 결과 쟁점토지를 매입한 법인이 공장건물을 완성하기까지는 1년도 채 걸리지 아니하였다.
(2) 청구법인은 쟁점토지를 개발하기 위한 기반시설공사를 실시한 후 취득일로부터 2년 내에 양도한 이상 쟁점토지는 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’로서 이를 비사업용 토지로 볼 수 없다. (가) 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 토지를 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 사용하는 것을 방지하기 위한 것으로 부동산 투기수요를 억제하고 투기이익을 철저히 환수하는 것을 목적으로 부과하는 것이다. (나) 이에 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정할 때에는 취득, 양도 전후의 토지이용상황을 종합적으로 고려하여 판단하는 것이고, 청구법인과 같이 염전부지인 쟁점토지를 개발한 후 그 쟁점토지의 취득일로부터 2년 이내에 양도한 경우 법인세법제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 따라 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 없다.
(1) 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호는 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’를 비사업용 토지에서 제외하고 있는바, 해당 규정의 ‘착공’이란, “건물을 착공하기 위하여 필요한 준비행위, 즉 토지의 측량이나 지반 조사, 건물 신축 도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 등 준비 작업만으로는 부족하고, 신축할 건물의 기초 부분에 해당하는 토지 부분을 파내는 터파기 공사에 착수”하는 것을 의미하고OOO, 건물 건축에 관한 가시적이고 구체적인 행동에 나서지 않은 상태에서 토지에 대해 지반공사 및 분필만을 하고 양도한 것은 생산적 용도라기보다는 토지 자체의 부가가치만을 확대하기 위한 용도로서 이를 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 볼 수 없다OOO
(2) 청구법인이 제시한 공동사업 표준협약서, 각 도급계약서에 의하면, 청구인은 쟁점토지에 대한 부지 조성공사만을 수행하였을 뿐 건축물의 건설에 착공하였음을 알 수 있는 착공신고서 등은 제출하지 아니하였는바, 쟁점토지를 법인세법 시행규칙제46조의 제1항 제5호에 따라 비사업용 토지가 아닌 것으로 볼 수 없다.
(3) 나아가 처분청이 OOO시청을 통해 확인한 재산세 부과내역에 의하면, 쟁점토지는 2012년부터 2016년까지 재산세 종합합산과세대상으로 분류되어 과세된 것으로 확인된다.
3. 심리 및 판단
(1) 법인세법(2020.8.18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것) 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
(2) 법인세법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
1. 운동장·경기장 등 체육시설용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것(각 목 생략)
2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것(각 목 생략)
3. 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.
4. 청소년활동진흥법에 따른 청소년수련시설용 토지로서 동법에 따른 시설·설비기준을 갖춘 토지. 다만, 기획재정부령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지를 제외한다.
5. 종업원 등의 예비군훈련을 실시하기 위하여 소유하는 토지로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지(각 목 생략)
6. 관광진흥법에 따른 전문휴양업·종합휴양업 등 기획재정부령이 정하는 휴양시설업용 토지로서 기획재정부령이 정하는 기준면적 이내의 토지
7. 하치장용 등의 토지
8. 골재채취장용 토지
9. 폐기물관리법에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지
10. 광천지[광천지(청량음료제조업·온천장업 등에 사용되는 토지로서 지하에서 온수·약수 등이 용출되는 용출구 및 그 유지를 위한 부지를 말한다)]로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지
11. 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따른 양어장 또는 지소(池沼)용 토지(내수면양식업·낚시터운영업 등에 사용되는 댐·저수지·소류지(小溜池) 및 자연적으로 형성된 호소와 이들의 유지를 위한 부지를 말한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지(각 목 생략)
12. 블록·석물·토관제조업용 토지, 화훼판매시설업용 토지, 조경작물식재업용 토지, 자동차정비·중장비정비·중장비운전 또는 농업에 관한 과정을 교습하는 학원용 토지 그 밖에 이와 유사한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지의 경우에는 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지
13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지
⑦ 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 업종의 분류는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조의 규정에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간
③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.
1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지
2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지
3. 법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)
4. 사립학교법에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지
5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지
(3) 법인세법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 개정되기 전의 것) 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간
3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간
5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)
10. 법인이 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지: 휴업·폐업 또는 이전일부터 2년
13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간
(1) 등기사항전부증명서에 의하여 확인되는 청구법인의 쟁점토지 취득일은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점토지의 취득일 OOO
(2) 쟁점토지에 소재한 건축물의 일반건축물대장은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점토지 소재 건축물의 일반건축물대장 주요 내용 OOO
(3) 처분청이 제출한 청구법인의 재산세 과세내역서에 의하면, OOO시장은 청구법인이 2012년부터 2016년까지 취득한 쟁점토지를 재산세 종합합산과세대상 토지로 보아 과세한 것으로 나타난다.
(4) 처분청이 제출한 결의서에 의하면, 처분청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도차익 OOO원에 대해 2016사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원(가산세 포함)을 증액경정한 것으로 나타난다.
(5) 청구법인은 청구법인이 쟁점토지를 공장부지로 개발한 후 매도하였다고 주장하면서 아래 ＜표4＞와 같은 증거서류를 제출하였다. ＜표4＞ 청구법인이 제출한 증거서류 목록 및 내용 OOO (가) 청구법인이 제출한 2010.9.10.자 공동사업 표준협약서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (나) 청구법인은 아래와 같이 청구법인이 쟁점토지의 취득을 위해 각 쟁점토지 소유자와 체결한 토지매매계약서를 제출하였다. OOO
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호는 “지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지”의 경우 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안 이를 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정한바, 청구법인은 청구법인이 염전부지인 쟁점토지를 공장용지로 개발한 후 양도하였으므로 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호에 따라 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 없다고 주장하나, 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호에서 ‘건설에 착공’하였다는 문언의 의미는 건축물의 건설에 착공한 경우를 말하는 것으로 보이는 점, 쟁점토지에 소재한 건축물은 청구법인이 쟁점토지를 양도한 후 건축허가 및 착공이 이루어진 것으로 청구법인이 시공한 사실이 없는 것으로 보이는 점, OOO시장은 청구법인이 2012년부터 2016년까지 취득한 쟁점토지를 재산세 종합합산과세대상으로 보아 과세한 점, 그 외 청구법인이 제출한 증거서류만으로는 청구법인이 쟁점토지 지상의 건축물 건설에 착공하였음을 인정하기에 부족한 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.