청구법인은 AAA에 쟁점비용 상당액을 지급한 것은 AAA이 개발·생산한 장비를 한시적으로 독점취득하기 위해 AAA의 연구개발비용을 지원한 것으로 이를 청구법인이 AA에 조특법 시행령 별표6 제1호 나목 1)에 따라 과학기술 분야의 연구개발을 위탁한 것으로 보기 어려움
청구법인은 AAA에 쟁점비용 상당액을 지급한 것은 AAA이 개발·생산한 장비를 한시적으로 독점취득하기 위해 AAA의 연구개발비용을 지원한 것으로 이를 청구법인이 AA에 조특법 시행령 별표6 제1호 나목 1)에 따라 과학기술 분야의 연구개발을 위탁한 것으로 보기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점비용은 조특법 제10조의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당한다. (가) 청구법인은 반도체 장비인 이송장비OOO를 제조하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 사업자로 사업범위를 확대하기 위해 반도체 공정장비인 플라즈마 CVD 장비를 개발하기로 하고 관련 기술을 보유한 AAA과 연구용역 위탁계약을 체결하였는바, 일련의 과정은 해당 연구용역에 관한 투자계획서를 통해 확인할 수 있다. (나) 쟁점비용은 조특법 제10조가 정하는 모든 세액공제 요건을 충족한다.
1. AAA은 2011.4.15. 설립된 법인으로 사내에 기업부설연구소를 운영하고 있는바 해당 기업부설연구소는 2011.12.1. OOO으로부터 인정받은 연구소로서 쟁점비용은 해당 기업부설연구소의 인정일 이후 지급된 연구ㆍ인력개발비에 해당한다.
2. 청구법인과 AAA 간 플라즈마 CVD 장비개발 연구용역계약서에 의하면, AAA은 청구법인을 위하여 플라즈마 CVD 장비의 개발, 시제품 생산, Demo기 제작까지의 연구개발을 진행하고(제2조 제1항), 매월 말 개발진행현황을 청구법인에게 서면으로 보고하여야 하며(제2조 제2항) 연구개발 용역의 결과물인 장비와 향후 5년간의 독점 판매권을 청구법인이 가짐과 동시에 장비의 판매마진율(10%)을 AAA이 보장하도록 하였는바(제7조), AAA이 청구법인과의 연구용역계약에 따라 실시한 연구개발은 온전히 청구법인의 지휘ㆍ통제 하에 있었던 것으로 나타난다.
3. 이후 AAA은 실제로 해당 연구용역의 진행과정에 대해 정기적으로 중간보고를 하였고, 쟁점비용은 계약에 따라 지급되었으며 2018.7.26. 양 법인 간 작성한 최종합의문을 통해 청구법인과 AAA은 AAA이 기존 연구용역계약서에 따라 수행한 연구결과의 귀속 및 독점판매권은 청구법인에게 귀속됨을 재확인하였다. (다) 처분청은 청구법인이 이 건 경정청구에 관한 입증책임을 다하지 아니하였다는 의견이나, 청구법인은 이 건 경정청구 시 ① 투자계획을 확인할 수 있는 증명서류, ② 연구용역계약서, ③ 연구용역중간보고서, ④ 쟁점비용 지급증명서류, ⑤ 연구용역 종료 시 작성한 최종합의서, ⑥ 연구용역보고서, ⑦ 연도별 연구요약 설명자료, ⑧ 연도별 연구개발 인건비 내역서 등 다수의 증빙서류를 제출하였다. (라) 또한 처분청은 관련 특허권의 보유자가 AAA이므로 쟁점비용을 조특법 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 없다는 의견이나, 장기간의 연구가 필요한 반도체 장비의 특성을 고려하면, 특허권은 청구법인의 의뢰에 따른 최종 산출물이 아니므로 특허권의 귀속만을 이유로 쟁점비용이 조특법 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 볼 수 없다. (마) 나아가 처분청은 쟁점비용이 연구ㆍ인력개발비가 아니라 자금의 무상이전이라는 의견이나, 만약 처분청의 의견이 사실이라면 조사청의 세무조사 당시 쟁점비용이 모두 손금부인되었을 것임에도 조사청은 쟁점비용에 대해 부당행위계산 부인규정만을 적용하였는바, 이는 쟁점비용이 연구ㆍ인력개발비에 해당한다는 전제에서 비롯된 것이다. (바) AAA의 관할 세무서장인 OOO서장도 AAA에 대한 서면확인을 통해 쟁점위탁연구개발비가 정상적으로 수수된 것이라고 인정하였다.
1. OOO서장은 2021.5.10. AAA에게 쟁점비용 관련 거래가 가공거래에 해당하는지 여부에 관하여 해명자료를 요청하였고, AAA은 2021.5.14. OOO서장에게 이 건 심판청구시 제출한 연구용역계약서, 연구용역보고서 등 소명자료를 제출한바, OOO서장은 2021.6.30. AAA에 “AAA이 제출한 소명서 및 자료를 검토한바 정상신고 확인되어 서면확인을 종결한다.”는 내용으로 해명자료 검토결과 안내문을 송부하였다.
2. 처분청의 의견대로 쟁점비용이 자금의 무상이전대가라면, 쟁점비용 관련 거래는 가공거래에 해당하는 것이고, 쟁점비용은 AAA의 가공매출에 해당하므로 이에 대한 과세처분 및 조세범 처벌법위반에 따른 형사상 문제 등이 발생하게 된다.
3. 그러나 OOO서장은 AAA의 소명자료를 검토한 후 쟁점비용이 가공거래에 따라 수수된 것이 아닌 AAA의 정상적인 연구개발매출이라고 확인하였는바, 쟁점비용이 자금의 무상이전이 아니라 정상적인 위탁연구개발비에 해당한다는 사실을 OOO서장도 인정한 것으로 보아야 한다.
(2) 법문언의 내용 및 입법취지를 종합하면, 처분청이 부당행위계산 부인규정을 적용하여 청구법인의 손금에서 불산입한 쟁점부인액은 조특법 제10조의 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 계산할 때 포함되는 것이 타당하다. (가) 조사청은 2019년 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후 쟁점비용 중 쟁점부인액을 부당행위계산 부인규정에 따라 손금불산입하여 과세처분을 한 바 있다. (나) 그러나 조특법 제10조는 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우 그 연구ㆍ인력개발비를 세액공제 대상으로 정하고 있는바, 청구법인이 지급한 쟁점비용의 일부가 손금불산입되었다고 하더라도 쟁점비용 전액을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 적용 대상으로 보아야 한다.
1. 대법원은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 밝히고 있다OOO
2. 조특법 제10조는 명문 규정상 세액공제 대상이 되는 연구ㆍ인력개발비의 범위를 시가 내로 한정하지 아니하였고, 그 입법 취지 또한 연구개발을 촉진하여 기업의 기술을 축적하고 우수한 인력을 확보하기 위한 것이다.
(1) 청구법인은 쟁점비용이 세액공제 대상이 되는 연구ㆍ인력개발비에 해당되는지 입증하지 아니하였을 뿐만 아니라 쟁점비용은 사실상 청구법인이 AAA에 자금을 무상이전한 것에 해당한다. (가) 납세의무자가 경정청구를 함에 있어서 본인이 신고한 과세표준 및 세액의 크기가 과다하다는 사실 등은 자신이 입증하여야 한다. (나) 그럼에도 청구법인은 쟁점비용이 구체적으로 어떠한 연구활동에 사용되었는지에 대하여 밝힌 바가 없고, 해당 위탁연구를 통해 획득한 연구 결과물이 어떤 제품에 적용되었는지에 관하여 자료를 제출하지 아니하였으므로 쟁점비용이 조특법 제10조에 따라 세액공제 대상이 되는 연구ㆍ인력개발비에 해당되는지 입증하지 아니하였다. (다) 나아가 특허권의 보유권자가 AAA인 점, AAA은 사내 기업부설연구소에서 지출한 인건비를 본인의 연구ㆍ인력개발비로 보아 세액공제를 신청한 점으로 볼 때 쟁점비용은 청구법인의 연구ㆍ인력개발비가 아니라 사실상 자금의 무상이전에 해당한다.
1. 청구법인은 이 건 경정청구 시 쟁점비용 지출에 따라 획득한 특허권 보유 현황(14개)을 제출하였으나, 특허등록증 사본에 의하면, 해당 특허권은 청구법인이 아닌 AAA이 보유한 것으로 나타난다.
2. 또한 AAA은 사내 기업부설연구소에서 지출한 인건비를 AAA의 연구ㆍ인력개발비로 보아 별도로 세액공제를 신청하였다.
(2) 부당행위계산 부인규정에 따라 부인된 쟁점부인액은 조특법 상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당된다고 볼 수 없다. (가) 법인세법제19조 제1항은 손금을 “자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.”고 정하고 있는바, 법인세법제52조의 부당행위계산 부인규정에 따라 손금불산입된 비용은 법인세법상 손금에 해당하지 않는다. (나) 청구법인은 부당행위계산 부인규정에 따라 손금부인된 쟁점부인액도 조특법 상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 조특법 상 연구ㆍ인력개발비 또한 법인세법상 손금에 해당하는 것을 전제로 하는 것이므로 부당행위계산 부인규정에 따라 손금부인된 쟁점부인액은 당연히 조특법 상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 없다. (다) 부당행위계산 부인규정은 납세의무자가 정상적인 거래형식에 의하지 아니하고 경제적 이익을 분여함으로써 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 경우 이를 조세법적으로 부인하는 것으로 청구주장이 인용된다면 이와 같은 부당행위계산 부인규정과 조특법 상 세액공제의 취지에 반하는 것이다.
① 쟁점비용을 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
② 부당행위계산 부인규정에 따라 손금불산입된 위탁연구비도 조특법상 세액공제 대상으로 보아야 하는지 여부
(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
5. “손금(損金)”이란 소득세법 제27조 에 따른 필요경비 또는 법인세법 제14조 에 따른 손금을 말한다.
8. “조세특례”란 일정한 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입(損金算入) 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입(損金不算入) 등의 중과세(重課稅)를 말한다.
② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다. 제3조【조세특례의 제한】① 이 법, 국세기본법및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다.
2. 법인세법 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.
② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.
1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.
⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동
5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동
[별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원 (다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등 2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
3. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용
2. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용
1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항 에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2. 문화산업진흥 기본법 제17조의3 제1항 에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
(4) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제14조【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다. 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
(1) 청구법인의 사업보고서에 의하면, 청구법인은 1997.11.1. 설립되어 2003년 11월 코스닥증권시장에 상장한 주권상장법인으로 LCD 또는 반도체 생산 공정에서 웨이퍼를 이송하는데 주로 사용되는 설비를 설계․제조하는 업을 주된 사업으로 영위하고 있고, 2014～2018사업연도 손익계산서의 주요 재무지표는 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인 2014∼2018사업연도 손익계산서의 주요 내용 OOO
(2) 쟁점비용과 쟁점부인액의 세부 내역은 아래와 같다. <표3> 쟁점비용과 쟁점부인액의 연도별 내역 OOO
(3) 처분청이 제출한 경정청구검토서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
(4) 처분청이 제출한 AAA의 특허 보유현황은 아래와 <표4>와 같다. <표4> AAA의 특허 보유현황 OOO
(5) AAA이 2014∼2018사업연도 법인세 신고시 제출한 일반연구 및 인력개발비 명세서의 주요 내용은 아래 <표5>, <표6>과 같다. <표5> AAA이 각 사업연도 법인세 신고시 제출한 일반연구 및 인력개발비 명세서 OOO <표6> 일반연구 및 인력개발비 세부 명세서 OOO
(6) AAA의 각 사업연도 말일 기준 조직도는 아래 <표7>과 같다. <표7> AAA의 조직도 OOO
(7) 청구법인은 쟁점비용이 조특법 제10조의 세액공제 대상에 해당한다는 증빙서류로 아래와 같은 자료를 제출하였다. (가) 청구법인은 AAA과 체결한 2013.6.1., 2015.6.1., 2016.6.1., 2017.6.1.자 연구용역계약서를 제출하였고, 그 중 2013.6.1.자 연구용역계약서의 주요 내용은 아래와 같으며 각 계약서의 주요 내용을 비교하면 아래 <표8>과 같다. OOO <표8> 각 연구용역계약서 간 주요 내용 비교 OOO (나) 청구법인은 위 연구용역계약에 따라 AAA이 위탁연구를 진행하면서 청구법인에 중간보고를 수행하였다는 근거로 아래 <표9>와 같은 자료를 제출하였다. <표9> 청구법인이 제출한 중간보고 자료 OOO (다) 2018.7.26. 청구법인과 AAA 간 작성된 최종합의서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (라) 청구법인은 AAA이 2018.10.30. 청구법인에게 최종 연구개발보고서를 작성하여 제출하였다고 주장하면서 AAA이 작성한 “AAA OOO개발 보고서”를 제출하였다. (마) 청구법인은 OOO서장이 2021.5.10.부터 2021.6.30.까지 쟁점비용과 관련하여 AAA에 대한 서면확인을 실시한 후 쟁점비용과 관련된 거래를 모두 정상거래로 인정하였다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.
1. OOO서장이 2021.5.10. AAA에게 송부한 “해명자료 제출 안내”의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
2. AAA이 2021.5.14. OOO서장에게 제출한 자료소명서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
3. OOO서장이 2021.6.30. AAA에게 송부한 “해명자료 검토결과 안내”의 주요 내용은 아래와 같다. OOO
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해서 살피건대, 청구법인은 쟁점비용은 조특법 제10조가 정하는 모든 세액공제 요건을 충족하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법하다고 주장하나, 조특법 시행령 별표 6 제1호 나목 1)은 조특법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제8조 제1항에 따라 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 중 하나로 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용을 정하고 있는바, 관련 규정의 문언 및 입법취지에 의하면, 조특법에 따라 세액공제 대상이 되는 위탁 연구․인력개발비는 연구개발 자체의 위탁비용에 한하는 것이고 연구개발의 성과물을 구입하는 비용은 포함하지 않는 것으로 보이는 점, 청구법인과 AAA 간 연구용역계약서에 의하면, 청구법인은 AAA에 플라즈마 CVD 장비의 개발을 의뢰하면서 연구개발용역에 따라 발생하는 지적재산권, 개발도면 및 부속 프로그램은 AAA의 소유로 하되, 청구법인은 개발된 장비를 한시적으로 독점 판매할 수 있는 권한을 소유하기로 한바, 청구법인이 AAA에 쟁점비용 상당액을 지급한 것은 AAA이 개발․생산한 장비를 한시적으로 독점취득하기 위해 AAA의 연구개발비용을 지원한 것으로 이를 청구법인이 AAA에 조특법 시행령 별표 6 제1호 나목 1)에 따라 과학기술 분야의 연구개발을 위탁한 것으로 보기 어려운 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 쟁점②의 경우 쟁점①이 기각되어 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.