농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서나 면제세액계산서와 다르게 농업회사법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것이므로 해당 사업연도 종료일 현재 농업경영체로 등록하지 않은 경우까지 동 규정의 감면 적용대상으로 보기는 어렵다고 하겠음
농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서나 면제세액계산서와 다르게 농업회사법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것이므로 해당 사업연도 종료일 현재 농업경영체로 등록하지 않은 경우까지 동 규정의 감면 적용대상으로 보기는 어렵다고 하겠음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 조세특례제한법 제68조 제1항 의 농업회사법인 감면규정에 부합하는 실질적 요건을 갖추었고, 농업경영체 등록 확인서 제출은 형식적 요건에 불과하므로 농업회사법인 감면규정의 적용을 배제한 처분은 부당하다. (가) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 “농업경영체법”이라 한다) 제19조에 따르면 회사 형태, 농업인이 아닌 자의 출자한도, 부대사업 범위 등을 충족하면 농업회사법인 등을 설립할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구법인은 농업회사법인 설립과 운영 요건을 모두 충족한다. 또한 조세특례제한법 제68조 에 따르면 농업회사법인 요건을 농업경영체법에 따른 농업회사법인으로 규정하고 있으므로 청구법인은 조세특례제한법상 농업회사법인에 대한 감면요건을 충족한다. (나) 세법은 국세기본법상 실질과세를 규정하고 있으며, 형식은 중요하지 않고 과세 실질에 따라 과세한다는 원칙을 가지고 있다. 따라서 감면규정을 적용할 때에도 가장 중요한 것은 감면 취지에 맞는 실체적 요건을 갖추는 것이라 할 것이며, 이것이 필요조건이고 그 외에 감면을 적용받기 위한 제반 절차는 감면적용을 위한 필요조건은 아니다. 조세특례제한법상 농업회사법인 감면의 취지는 1차 산업인 농업관련 사업을 지원하고 보호하기 위한 목적이 가장 크며, 감면법인이 실질적으로 농업회사 요건을 충족하고 농업관련 사업을 적절히 영위하고 있는지가 감면 여부를 판단하는데 가장 중요한 요소다. (다) 또한 청구법인은 농업경영체 등록 요건을 사업개시 시점부터 갖추고 있었고, 다만 농업경영체 등록증 발급이 지연되었을 뿐이다. 청구법인은 2019년에 OOO세무서에서 감사를 실시할 때 농업경영체 등록확인서를 제출하였다. 여러 예규와 판례 등에서는 감면요건을 충족하였을 경우에는 감면신청서 등을 지연제출하였을 경우 감면을 배제하여서는 안된다고 결정하고 있다(대법원 1997.10.24. 선고 97누10628 판결 등) (라) 그러므로 절차규정 및 제출서류 등은 감면을 받기 위해 행정처리에 필요한 단순 협력의무라 할 것이다. 따라서 농업회사법인이 조세특례제한법 제68조 제1항 에 따른 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 적용받기 위해서는 해당 사업연도말까지 농업경영체법 제4조에 따라 농업경영체 등록을 하여야 하는 것이고, 해당 사업연도말까지 농업경영체 등록을 하는 등 조세특례제한법 제68조 제1항 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 법인세 과세표준 신고기한 내에 농업경영체 등록확인서를 미제출하더라도 감면을 적용받을 수 있는 것이다(국세청 법인 2016-137, 2017.2.20.). (마) 나아가 농업경영체 등록확인서의 제출은 농업회사법인이 농업경영체법상 보조금과 교부금 등을 수령하기 위한 형식적 등록절차일 뿐이고, 이미 농업회사법인의 요건을 충족하고 관련사업을 영위하고 있는 이상, 농어업경영체 등록과 확인서 제출은 농업회사법인 감면을 적용하기 위한 요건을 판단하기 위해 필요한 중요한 제출서류라고 보기 어렵다. 또한 농업경영체 등록 사실은 농업경영체등록관리시스템에 법인명과 법인번호만 입력하면 간단하게 확인할 수 있는 사항으로서 처분청도 얼마든지 쉽게 확인할 수 있는 내용이다. 따라서 단지 형식적 제출서류에 불과한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 해서 감면을 배제한다는 것은 납세자의 권익을 과도하게 침해하는 것이며, 과세형평에 어긋난다.
(2) (예비적 청구) 법인세법상 가산세는 과세권 행사의 적정을 기하고 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 일정한 사항의 의무를 과하고 그 이행을 확보하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라 할 것이고 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없는 것이다. 청구법인은 단순히 협력의무를 위반한 것이고 이는 세법해석상 의의가 있는 경우로 보아야 하므로 가산세까지 부과하는 것은 부당하다.
(1) 구 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)제68조 제1항에서는 “2018.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대하여 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일 부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고, 같은 조 제5항에서는 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다”라고 규정하고 있다. 위 위임에 따라 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제65조 제5항은 “ 조세특례제한법 제68조 제1항 에 따라 법인세를 면제받으려는 농업회사법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 등록 확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 따라서 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와는 달리 감면을 적용하기 위한 요건으로 농업경영체 등록이 없어 확인서를 제출하지 못하는 법인에 대하여는 법인세 감면을 적용할 수 없다.
(2) (예비적 청구) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다. 청구법인은 단순한 협력의무를 이행하지 아니한 경우로서 세법해석상 의의가 있어 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령에는 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 명시되어 있고 당시 보도자료나 국세청 홈페이지의 법인세 신고안내에도 반드시 제출하도록 안내하고 있으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
① 농업경영체 등록을 하지 않았다는 이유로 조세특례제한법 제68조 에 따른 농업회사법인 감면을 배제한 처분의 당부
② 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
(1) 조세특례제한법 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농업경영체법에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.
⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용 받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.
(3) 농업경영체법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. 농업경영체란 농업인과 농업법인을 말한다. 제4조(농어업경영정보의 등록) 농어업, 농어촌에 관련된 융자, 보조금 등을 지원 받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 농어업경영정보라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농어업, 농어촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지, 축사, 원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자, 보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인을 설립할 수 있다.
② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다. (4) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(1) 농업경영체 등록확인서OOO에 의하면, 청구법인은 2018.3.29. 최초로 농업경영체 등록을 한 것으로 확인된다OOO.
(2) 한편, 국세청 홈페이지 게시자료(법인세 신고안내)에 의하면, 농업회사법인이 2015.1.1. 이후 개시하는 사업연도분에 대한 법인세를 신고함에 있어서 작물재배업 관련 소득 등에 대하여 감면신청을 하는 경우에는 농업경영체 등록확인서를 함께 제출하도록 되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 조세특례제한법 제68조 제1항 및 같은 법 시행령 제65조 제5항에 의하면 농업회사법인에 대한 법인세를 감면받기 위해서는 과세표준 신고와 함께 세액감면신청서, 면제세액계산서 및 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정되어 있는바, 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서나 면제세액계산서와 다르게 농업회사법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것이므로 해당 사업연도 종료일 현재 농업경영체로 등록하지 않은 경우까지 동 규정의 감면 적용대상으로 보기는 어렵다고 하겠다(조심 2018전1838, 2018.8.14. 같은 뜻임). 따라서 처분청에서 청구법인이 농업경영체 등록을 하지 않았다는 이유로 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에서 규정한 각종 의무를 위반하는 경우에 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 조세특례제한법 제68조 제1항 및 같은 법 시행령 제65조 제5항에는 농업회사법인이 법인세를 감면받기 위해서는 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 명시되어 있고, 국세청도 그와 같은 사실을 홈페이지를 통해 안내한 것으로 나타나는 점 등을 감안하면, 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.