공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정하고 산정한 호수가 5호 이상인 경우 조특법 제97조 제1항의 감면대상에 해당한다고 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청에서 청구인이 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자에 해당하지 아니한다고 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정하고 산정한 호수가 5호 이상인 경우 조특법 제97조 제1항의 감면대상에 해당한다고 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청에서 청구인이 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자에 해당하지 아니한다고 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 법원OOO은 임대주택 수 계산 시 공유자별 공유지분 비율로 판단하는 것이 아니라 임대주택 전체를 기준으로 판단하여야 한다고 판결하였는바, 조세법령으로서 권원이 없고 행정청을 기속하기 위한 내부지침인 기획재정부 유권해석(재산제세과-771, 2006.7.3.)과 조특법 집행기준(97-97-4)을 근거로 과세관청이 법원 판례를 뛰어 넘어 과세행정을 집행할 수 없으므로 처분청이 청구인에게 조특법 제97조에 따른 감면규정을 배제하여 과세한 이 건 처분은 부당하다. 즉, 대법원 판례OOO로 기재부 유권해석과 집행기준이 실효됨에 따라 보완 입법된 조특법 시행령 제97조 제1항 후단의 시행시기인 2019.2.12. 전까지의 장기임대주택 5호 이상 해당여부를 판단하기 위한 임대주택 수 계산은 해당 임대주택의 2인 이상 소유여부와 무관하게 임대주택 전체 호수를 기준으로 판단하는 것이 타당하고 2019.2.12. 개정 시행된 조특법 시행령 제97조 제1항 후단규정을 2016.11.30. 양도분에 적용하는 것은 소급적용금지원칙과 확장해석금지원칙을 정면으로 위반한 처분에 해당한다.
(2) 처분청은 개정 조특법 시행령 부칙(2019.2.12. 대통령령 제29527호) 제14조에 따라 이 영 시행 이후 결정․경정한 이 건 처분은 정당하다는 의견이나, 2019.2.12. 조특법 시행령 제97조 제1항 후단에 “임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다”고 개정하면서 개정령 부칙(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것) 제2조 제3항에 “양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다”라고 규정하고, 제14조에 “제97조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정․경정하는 분부터 적용한다”라고 규정한 것은 2019.2.12. 이후 양도분으로서 양도소득세 무신고분에 대한 소득세법 제114조 제1항 에 따른 양도소득과세표준과 세액을 결정하거나 2019.2.12. 이후 양도분에 대한 양도소득세 신고분으로서 그 신고내용에 탈루 또는 오류가 있어 소득세법 제114조 제2항 에 따라 양도소득과세표준과 세액의 경정분부터 개정규정을 적용하는 것으로 해석하여야 하고 이러한 개정은 법원 판결에 따른 임대주택 수 계산의 명확화를 위한 보완목적이므로 처분청의 의견은 타당하지 않다.
(1) 조세특례제한법 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다 (3) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다. 부 칙 (2019.2.12. 대통령령 제29527호) 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. 제14조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제97조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.
(1) 쟁점주택의 등기부등본에 따르면 청구인은 배우자 AAA와 쟁점주택을 2000.9.6. 매매를 원인으로 하여 공동취득(각각 1/2지분)한 후 2016.11.30. 매매를 원인으로 BBB 외 1인에게 소유권을 이전한 사실이 나타나고, 청구인은 배우자와 함께 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후 2017.1.31. 조특법 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 OOO원을 감면받아 납부세액이 없는 것으로 하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
(2) 청구인은 배우자 AAA과 함께 2000.9.6.을 개업일로 하여 관할세무서에 주택임대사업자등록을 하였고, 쟁점주택의 일반건축물대장상 지하1층 3가구, 1층 2가구, 2층 2가구, 3층 1가구 총 8가구가 있는 것으로 나타나고 청구인이 배우자 AAA와 함께 총 8가구를 임대한 사실에 대하여 처분청과 청구인간 다툼은 없다.
(3) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인은 총 8가구인 쟁점주택을 임대하였으나 이를 공동소유하고 있었고 공동소유한 임대주택의 경우 공동소유자 각각의 임대호수가 5호 이상인 경우에 조특법 제97조에 따라 양도소득세가 감면되는 것이므로 청구인은 이에 해당하지 않는 것으로 보아 당초 적용한 감면세액 OOO원을 부인하고 2020.11.4. 가산세OOO를 포함하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
(4) 2019.2.12. 조특법 시행령 제97조 제1항 후단 신설과 관련한 2019년 간추린개정세법 내용은 아래와 같다. OOO
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인이 그 지분비율과 무관하게 쟁점주택 전부를 임대한 것으로 보게 되면 조특법 제97조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상이 지나치게 확대되고 같은 법 시행령 제97조 제1항에서 “임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자”라고 규정한 취지에 부합하지 아니하므로 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정하고 산정한 호수가 5호 이상인 경우 조특법 제97조 제1항의 감면대상에 해당한다고 보는 것이 합리적인 점OOO, 임대주택호수 계산 방법을 명확화하기 위하여 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 조특법 시행령 제97조 제1항을 개정하였고 동 개정 시행령 부칙 제14조에서 “제97조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다”고 규정하고 이에 대하여 대법원 등이 위헌․위법이라고 판결하지 아니한 이상 2019.2.12. 이후 경정한 이 건 처분이 잘못이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청에서 청구인이 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자에 해당하지 아니한다고 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.