청구법인이 쟁점계약에 따라 과업지시를 받아 수행한 쟁점활동이 연구․인력개발비 세액공제의 적용대상이 되는 공동연구에 해당하는지 여부

• 가. 청구법인은 정부출연연구기관인 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 체결한 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)에 따라, 한국형 우주발사체 개발에 참여하여, OOO으로부터 과업지시를 받아 수행한 활동(이하 “OOO사업” 및 “쟁점활동”이라 한다)에서 지출한 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)은, ｢조세특례제한법｣(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제1항 제2호에 따라 정부출연기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용에 해당하므로, 연구 및 인력개발비 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용받을 수 있었음에도 신고 시 누락하였다며, 2020.8.12. 이를 반영하여 2015～2019사업연도 법인세 합계 OOO원(<별지1> 기재 참조)을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점계약은 도급계약으로, 쟁점비용은 청구법인이 쟁점계약의 발주처인 OOO에 납품할 재화(우주발사체 부분품 등)의 제작과 그와 관련된 용역을 수행(쟁점활동)하는 과정에서 발생한 원가에 불과할 뿐, 쟁점세액공제의 적용대상이 되는 공동연구개발을 수행함에 따른 비용으로 인정하기 어렵다는 OOO지방국세청장의 검토결과에 따라, 2020.11.2. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점활동의 실체는 ｢조세특례제한법 시행령｣ [별표7]이 신성장기술로 규정한 “우주발사체 부분품”을 정부출연연구기관(OOO)과 함께 공동으로 연구개발한 것으로, 그 과정(쟁점활동)에서 지출한 쟁점비용에 대해 쟁점세액공제가 적용되어야 함은 당연하다.

(2) 처분청은 쟁점활동의 실체는 살펴보지 않은 채, 계약형식을 이유로 마치 건설하도급과 같은 단순도급용역으로 보았으나, 국가가 선정한 미래핵심산업(우주발사체)인 OOO 개발을 건설도급용역과 비교하는 것 자체가 부당하며, 계약형식 측면에서도 조특법이 “공동연구”에 대한 특정 계약형식을 요건으로 두지 않은 상황에서, 공동연구는 고유특성에 따라 다양한 형식으로 이루어 질 수도 있는바, 단지 법적요건도 아닌 계약형식을 이유로 공동연구 활동이 아니라고 단정하는 것은 법령의 자의적 해석이다.

(3) 그간 조세심판원의 유사 결정례(조심 2011서4789, 2012.7.12. 외 결정으로, 이하 “쟁점선결정”이라 한다), OOO사업의 범국민ㆍ국가적 지원당위성과 이를 세제측면에서 지원하려는 입법자의 의지, 대형국책연구사업의 경우 국가(갑)와 민간(을)이 관행상 국가용역계약의 형식(쟁점계약)을 빌려 위ㆍ수탁과 유사한 구조로 수행되는 현실 등을 종합적으로 고려하여, 쟁점비용에 대한 쟁점세액공제는 적용되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점활동은 발주처인 OOO과 청구법인 간에 위․수탁 도급계약(쟁점계약)이 체결됨에 따라, 청구법인이 수탁자의 지위에서 납품할 재화와 관련 용역을 발주처에 공급한 것일 뿐, 청구법인은 OOO과 공동으로 연구개발을 수행하는 지위에 있었던 것으로 볼 수 없다.

(2) 청구법인은 도급계약에 따른 업무를 수행하는 과정에서 쟁점비용을 자체적으로 지출하였을 뿐, OOO과 공동개발자의 지위에서 연구개발비용을 상호 분담하지 않았다. 청구법인 명의로 쟁점계약의 결과물(지식재산권 등)이 등록된 사실이 없을 뿐만 아니라, OOO은 청구법인 외에 다른 기관들과 공동연구를 하는 경우에는 공동연구협약서, 공동연구 비용정산 등 관련 문서를 생산ㆍ관리하고 있었으나, 쟁점계약의 경우에는 위․수탁 계약이기에 그와 같은 공동연구 활동임을 나타내는 관련 서류 등 증빙자료는 갖추지 못하였다.

(3) 쟁점계약이 위․수탁 등 도급계약에 불과함에도, 쟁점비용이 OOO사업과 관련된 활동을 수행하는 과정에서 지출한 것이라는 이유만으로 쟁점세액공제를 허용할 경우, 청구법인은 수탁자로서 보장된 수익(용역대가)은 누릴 수 있는 반면, 연구개발 주체로서의 실질적 위험을 부담하는 지위에는 있지 않아, 형평에 부합하지 않을 뿐만 아니라, 지나치게 과도한 조세지원이 될 우려가 있다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점계약에 따라 OOO의 과업지시를 받아 수행한 쟁점 활동이 쟁점세액공제의 적용대상이 되는 공동연구에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지2> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 처분근거 등의 주요내용은 다음과 같다. (가) 이 사건의 경위는 다음과 같다. OOO (나) 연도별 쟁점비용의 발생 현황은 다음 <표>와 같다. OOO (다) 처분청은 OOO이 쟁점계약과 달리, 다른 기관들과 공동연구를 하는 경우에는 공동연구 활동임을 나타내는 관련 문서를 생산하여 관리ㆍ보관하고 있었다면서, 아래와 같은 문서 목록을 제시하였다. OOO (라) 그 밖에 쟁점활동에 대한 처분청의 의견을 정리하면 다음과 같다. OOO

(2) 청구법인의 항변 및 제시사항을 정리하면 다음과 같다. (가) 기본입장 OOO (나) 처분청 의견에 대한 항변 OOO (다) 청구법인은 쟁점활동을 공동연구로 인정할 객관적 증빙이 부족하다는 처분청의 의견에 대하여, OOO의 과업지시서, 인력구성현황, 구 미래창조과학부가 2015.11.27. 발표한 보도자료, OOO 발사에 대한 대통령담화문, 핵심부분품(엄빌리칼) 설계도 및 결제과정, OOO 발사체 외관에 표기된 청구법인의 엠블럼 사진, 월간 과학잡지 OOO의 기획기사 등을 제시하였다.

(3) “쟁점선결정”은 민간방산업체가 OOO 등 정부출연기관과 체결한 용역계약에 따라 방산물자를 개발ㆍ납품하는 과정에서 지출한 비용에 대해 R&D세액공제를 적용할 수 있다는 것인데, 청구법인은 이 사건과 유사하다고 주장하는 반면, 처분청은 오히려 이 사건에는 세액공제가 적용될 수 없음을 보여주고 있다는 의견인바, 이를 정리하면 다음과 같다. OOO

(4) 공동연구의 개념 등과 관련하여, 조특법령은 쟁점세액공제의 근거법령에 해당함에도, 별도의 명문규정 등을 두고 있지 않아, 다른 법령 등에 규정된 관련 사항들을 정리해 보면 다음과 같다. OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점계약은 단지 형식에 불과할 뿐이며, 쟁점활동의 본질적인 실체를 살펴보면 정부출연연구기관인 OOO과 자신의 공동연구개발 수행으로, 그 수행 과정에서 자신이 지출한 쟁점비용에 대한 쟁점세액공제 적용은 당연하다고 주장하나, 조특법령은 쟁점세액공제를 규정하면서, 공동연구에 대한 구체적인 정의나 요건 및 범위에 관한 세부적 사항 등은 별도로 두고 있지 않아, 그에 대한 해석 및 판단이 이 사건의 핵심사항이 되는바, 법률의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면, 원칙적으로 다른 해석방법은 사용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없고, 특정 법률규정에서 사용된 용어를 그 규정의 입법취지와 목적을 중시하여 문언의 통상적인 의미와 다르게 해석하려 해도, 당해 법률 내의 다른 규정들 및 다른 법률과의 체계적 관련성 내지 전체적인 법체계와의 조화를 무시할 수 없어 일정한 한계는 있을 수밖에 없는데(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81035 판결, 같은 뜻임), 청구주장에 따른 해석(함께 한 활동으로 공동연구)이 법령해석상 명확한 개념으로서, 관련 법령의 입법취지, 조세형평성, 신고 및 집행관행 등 다른 개념 및 사정을 고려할 여지가 전혀 없다고 단정하기 어려운 바, 그렇다면 법적안정성을 침해하지 않는 범위에서 “공동연구”가 규정하려는 구체적 타당성을 추구하기 위해 가능한 한 사용된 문언의 통상적 의미에 충실하게 해석하면서도, 나아가 그 규정의 입법취지와 목적, 제ㆍ개정연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적ㆍ논리적 해석방법을 추가적으로 동원하여 그 목표에 맞는 타당한 해석을 할 필요가 있다고 할 것인바(대법원 2013.1.17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결, 같은 뜻임), 조특법 시행령 제9조 제1항은 연구개발을 크게 단독활동과 타인과 연계된 활동으로 구분하여, 제1호에서는 “자체연구”를, 제2호에서는 “위탁연구와 공동연구”를 함께 묶어 규정하고 있어, 이에 따르면 타인과 연계된 활동에 해당되더라도 해당 참여자 간의 지위나 각자 수행한 활동의 성격에 따라 위탁연구와 공동연구로 달리 구분하여 취급하고 있음을 알 수 있는데(적어도 타인과 함께 활동하였다는 이유만으로 무조건 공동연구로 구분되는 것은 아님을 알 수 있다), 청구법인은 이 사건 쟁점활동이 물리적으로 함께 수행된 점을 강조하며 타인(OOO)과의 공동활동으로서 공동연구에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 개발사업의 주관자 또는 주체자로서 OOO사업에 공동으로 참여한 것이 아니라 사업주관자(OOO)와의 도급계약에 따라 참여한 것으로, 위에서 살펴본바와 같이 조특법령이 타인과 연계된 활동을 “위탁”과 “공동”으로 구분하여 달리 취급하고 있는 이상, 도급계약을 통해 수탁자의 지위로 참여한 경우까지 공동연구에 포함시킬 의도였다고 해석하기 어려워 보이는 점[예를 들면, 비록 참여한 정도나 지분이 다르더라도 공동사업자들의 소득은 사업자라는 동일한 지위에서 발생한 것으로 모두 사업소득으로 분류되는 반면, 사업자(고용자)와 고용계약을 거쳐 사업에 참여한 자(피고용자)가 사업자와 함께 사업을 영위하였다 하더라도, 고용자(사업자)의 소득은 사업소득으로, 피고용자의 소득은 근로소득으로 각각 달리 분류되어야 하는 것과 같은 이치이다], 굳이 쟁점계약의 형식적 측면을 고려하지 않더라도, 위와 같이 청구법인이 공동연구자가 아닌 도급계약의 수탁자로서 OOO사업에 참여한 사실은, 쟁점활동이 OOO사업의 주관자인 OOO의 과업지시를 받아 수행된 것이라는 점에서 재차 확인되고 있고(만약, 청구법인이 OOO과 공동으로 연구하는 관계에 있었다면, 각 참여자들의 활동은 상호 협의의 대상이 되어야 하며, 일방의 과업지시에 따른 상하 지휘관계는 될 수 없을 것이다), 청구법인이 OOO과 체결한 수백 건의 개별계약 제목 등을 살펴보더라도, 쟁점활동이 OOO과의 공동연구였음을 나타내는 사항은 찾기 어려운 반면, 오히려 납품업자의 입장에서 OOO의 지시․감독을 받아 납품할 부품을 개발하였거나 그와 부수된 관리 용역 등을 제공한 것으로 나타나고 있는 점, 청구법인의 이 사건 OOO사업 참여가 공동연구자의 지위로 참여한 것은 아니었기에 공동연구로는 볼 수 없다 하더라도, 쟁점활동을 수행하는 과정에서 청구법인 스스로의 연구개발이 있었다면, 청구법인의 자체연구로 볼 수는 있겠으나(발주처인 OOO이 세액공제를 받는 대상이 아니어서, 이중으로 세액공제되는 문제는 발생하지 않는다), 청구법인이 그 전제가 되는 우주개발분야의 전담부서를 갖추지 않은 이상, 쟁점비용에 쟁점세액공제가 적용될 수 없기는 마찬가지인 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비용에 쟁점세액공제를 적용하여 법인세를 환급해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 이 사건 법인세 경정청구 및 심판청구 세액 OOO <별지2> 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 (2019.12.31. 개정 전) 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (후단 생략)

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술 연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 (단서 및 각목 생략) (2) 조세특례제한법 시행령 (2020.2.11. 개정 전) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관 및 ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. (단서 생략)

1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

• 가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
• 나. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

⑧ 법 제10조 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비로 안분하여 계산한다.

⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 해당되는지 여부에 관한 사항 및 제22조의5 제1항에 따른 사항을 심의하기 위하여 산업통상자원부장관 소속으로 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회를 둘 수 있다. <개정 2017. 2. 7.>

⑪ 제10항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부와 산업통상자원부의 공동부령으로 정한다. [별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용 1.연구개발

• 나. 위탁 및 공동연구개발

1. 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁 포함한다)함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

• 다) 정부출연 연구기관 [별표7] 신성장ㆍ원천기술의 범위 (제9조 제1항 관련) 구분 분야 대상기술 11.항공ㆍ우 주 나.우주 3) 우주발사체 부분품 개발기술: 우주발사체 개발을 목적 으 로 하는 액체엔진(핵심부품), 대형구조물(추진체 탱크, 동체, 연결부, 페어링, 탑재부, 분리기구 등), 관성항법 유도시스템, 자세제어시스템, 전력시스템, 원격측 정ㆍ추적시스템, 비행종단시스템 등에 대한 기술 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ⑥ 영 제9조 제1항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다.

(4) 국제조세조정에 관한 법률 제9조(정상원가분담액 등에 의한 결정 및 경정) ① 과세당국은 거주자와 국외특수관계인이 사전에 원가ㆍ비용ㆍ위험(이하 이 조에서 “원가등”이라 한다)의 분담에 대한 약정을 체결하고 이에 따라 무형자산을 공동으로 개발 또는 확보(이하 이 조에서 “공동개발”이라 한다)하는 경우 거주자의 원가등의 분담액이 정상원가분담액보다 적거나 많을 때에는 정상원가분담액을 기준으로 거주자의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. ※ 국가체결 용역계약일반조건(기획재정부 계약예규 제382호) 제1조(목적) 이 예규는 계약당사자간에 이행하여야 할 용역에 관한 계약조건을 정함을 목적으로 하며, 계약당사자는 이 예규에 정한 계약문서에 따라 신의와 성실의 원칙에 입각하여 계약을 이행하여야 한다. 제20조(검사) ①계약상대자는 용역을 완성하였을 때에는 그 사실을 계약담당공무원에게 서면으로 통지하고 필요한 검사를 받아야 한다. 기성부분에 대하여 완성 전에 대가의 전부 또는 일부를 지급받고자 할 때에도 또한 같다.

② 계약담당공무원은 제1항의 통지를 받은 때에는 계약서 기타 관계서류에 의하여 통지를 받은 날부터 14일 이내에 그 이행을 확인하기 위한 검사(관련법령 또는 특수조건으로 정한 경우 및 필요하다고 인정하여 미리 서면으로 요청한 경우에는 계약상대자의 입회하에 실시한다)를 하여야 한다. 제27조(대가의 지급) ①계약상대자는 용역을 완성한 후 제20조에 의한 검사에 합격한 때에는 대가지급청구서(하수급인에 대한 대금지급 계획을 첨부하여야 한다)를 제출하는 등 소정의 절차에 따라 대가지급을 청구할 수 있다. 제29조(계약상대자의 책임 있는 사유로 인한 계약의 해제 또는 해지)

① 계약담당공무원은 계약상대자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 계약의 전부 또는 일부를 해제 또는 해지할 수 있다.

④ 계약상대자는 제1항에 의하여 계약이 해제 또는 해지되는 경우에는 지급받은 선금에 대하여 미정산잔액이 있는 경우에는 그 잔액에 대한 약정이자상당액[사유발생 시점의 금융기관 대출평균금리(한국은행 통계월보상의 금융기관 대출평균금리를 말한다)에 의하여 산출한 금액]을 가산하여 발주기관에 상환하여야 한다. 제35조의2(계약목적물의 지식재산권 귀속 등) ① 해당 계약에 따른 계약목적물에 대한 지식재산권은 발주기관과 계약상대자가 공동으로 소유한다.