조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점매입세액을 부가가치세법 제39조제1항제8호에 따라 불공제한 처분의 당부 및 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

사건번호 조심-2021-중-0673 선고일 2021.08.26

면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간에 발생한 매입세액은 법 제39조제1항제8호에 따라 이를 매출세액에서 공제할 수 없고, 2017년 제2기 부가가치세의 과세표준 신고기한(2018.1.25.)은 조세심판관합동회의 결정일 이후에 도래한 점 등을 감안하면, 청구인에게 신고불성실가산세를 감면할 수 있는 사유가 있다고 보기 어렵다.

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2016.12.12. 주택신축판매업을 영위할 목적으로 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하고, 2017.10.30. 국민주택 규모 이하의 주거용 오피스텔 OOO호(이하 “이 건 오피스텔”이라 한다)를 신축하였으며, 동 오피스텔을 2019년까지 분양하고 그 수입금액을 면세사업 수입금액으로 신고하였다.
  • 나. 처분청은 확인결과, 이 건 오피스텔 공급이 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보고 2020.2.3. 과세사업자로 직권등록한 다음, 2020.2.13. 청구인에게 2018년 제1기〜2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 결정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 처분청이 과세사업자로 부가가치세를 부과하자, 2020.2.24. 2017년 제1기 및 제2기에 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서의 매입세액 OOO원 및 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 2017년 제1기분 OOO원 및 2017년 제2기분 OOO원의 환급을 청구하는 기한후 신고를 하였다.
  • 라. 처분청은 기한후 신고내용 검토결과, 쟁점매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액에 해당한다고 보아 불공제하고, 2020.11.6. 청구인에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO원(신고 및 납부불성실가산세 포함)을 경정·고지하였다(2017년 제1기 부가가치세는 매출세액이 없어 고지세액이 없음).
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2020.11.23. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 주거용 오피스텔 신축·분양 사업을 할 목적으로 2016년 10월 사업부지에 대한 매매계약을 체결하고, 2016년 11월 일반과세자로 사업자등록을 하였다. 당시 대출을 받기 위해서 부득이 청구인의 주소지인 OOO에 사업자등록을 하였고, 당연히 과세사업이라고 판단하여 과세사업자로 사업자 등록신청을 하였다. 2017년 1월에 건축허가를 받은 다음, 사업자등록의 정정신고를 위해 사업장 소재지인 OOO 민원봉사실에 문의하였는데, 담당자가 국민주택 규모 이하의 주거형 오피스텔 분양사업은 면세사업이라는 취지로 답변함에 따라 이를 믿고 개업일을 2016.12.12.로 하여 면세사업자로 사업자등록을 하였다.

(2) 청구인은 2019년 2월까지 이 건 오피스텔 분양을 완료하고 2019년 11월 폐업신고를 하였다. 사업이 종료되어 다음 해에 종합소득세만 신고하면 모든 게 끝나는 줄 알았는데, 난데없이 부가가치세 OOO원이 추징되었고, 업친데 덮친격으로 쟁점매입세액도 사업자등록 전 매입세액이라는 이유로 불공제되었다.

(3) 부가가치세법에서 사업자등록 전의 매입세액을 불공제하는 취지는 사업자등록을 하기 전의 매입은 사업과 관련이 없을 개연성이 농후하기 때문에 불공제하는 것인데(그래서 준비기간에 해당되는 매입세액은 공제가 가능하도록 정함), 쟁점매입세액 중 사업과 관련이 없는 것은 없다. 물론 과세사업자임에도 납세자의 과실로 면세사업자로 사업자등록을 했다면 이때 받은 세금계산서는 공제하지 아니함이 타당하나, 청구인은 담당공무원의 안내에 따라 면세사업자로 변경하였고, 처분청 등 과세관청도 2017.12.20. 조세심판원 합동회의 결정이 있기 까지는 오피스텔이 부가가치세 과세대상인지에 대하여 혼란이 있었으므로 쟁점매입세액을 불공제하는 것은 부당하며, 과세관청이 납세자를 과세사업자로 직권등록하는 것은 납세자의 의사와 무관한 것이므로 그 이전에 발생한 매입세액을 불공제하는 것 또한 이치에 맞지 않는다.

(4) 동일한 사건에 대한 조세심판원의 결정례를 보면, 과세관청의 담당공무원이 안내를 잘못한 경우에도 부가가치세를 과세하는 것은 어쩔 수 없다고 하더라도 납세자에게는 귀책사유가 없다고 보아 신고불성실가산세를 취소한 사례가 많고, 매입세액 불공제에 대한 불복내용은 전혀 보이지 않는다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당초 과세사업자로 사업자등록을 하였다고 주장하나, 청구인이 2016.11.4. 최초로 사업자등록을 한 것은 부동산임대업이므로 주택신축판매업과 관련이 없다. 또한 청구인은 처분청 담당공무원의 안내에 따라 면세사업자로 사업자등록을 하였다고 주장하나, 그러한 사실을 확인할 증빙을 제시하지 못하고 있고, 설령 청구인의 진술대로 세무공무원의 안내에 따라 면세사업자를 등록하였다고 하더라도 세무공무원의 일반적인 안내는 상담 행위에 불과하므로 과세관청의 공적인 견해 표명으로 볼 수도 없다. (2) 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 의 ‘제8조에 따른 사업자등록’이란 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이고 사업자가 면세사업자용이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 부가가치세법 제8조 제1항 에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결 등 참조).

(3) 그 동안 오피스텔에 대한 부가가치세 과세여부는 세법해석상 대립이 있다가 2017.12.20. 조세심판원 합동회의에서 과세사업으로 결정이 되었으므로 그 때까지 납세자에게 정상적으로 신고·납부의무를 이행할 것을 기대하는 것은 무리라고 할 것이나, 이 건 부가가치세는 그 이후에 신고기한이 도래한 것이므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 쟁점매입세액을 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 에 따른 사업자등록전 매입세액으로 보고 불공제한 처분의 당부

② 신고불성실가산세를 감면할 수 있는 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법 제5조(과세기간) ① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음 각 호와 같다.
2. 일반과세자

구분 과세기간 제1기 1월 1일부터 6월 30일까지 제2기 7월 1일부터 12월 31일까지

② 신규로 사업을 시작하는 자에 대한 최초의 과세기간은 사업 개시일부터 그 날이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다. 다만, 제8조 제1항 단서에 따라 사업개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청한 날부터 그 신청일이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다. 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

(2) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세행정시스템(NTIS)에 의하면, 청구인은 다음과 같이 2016.11.4. OOO를 방문하여 과세사업자(부동산임대업)로 사업자등록 신청을 하고(2016.12.31. 폐업), 2017.2.24. 다시 OOO를 방문하여 면세사업자(주택신축판매업)로 사업자등록 신청을 한 것으로 나타난다. OOO

(2) 청구인이 2017년 제1기 및 제2기에 면세사업자 등록번호(OOO)로 수취한 매입세금계산서는 이 건 오피스텔의 신축과 관련된 것으로서 그 내역은 다음과 같다. (단위: 원) OOO

(3) 청구인은 2016년 11월 OOO를 방문하여 과세사업자(부동산임대업)로 사업자등록을 한 다음, 2017년 1월 사업장 소재지를 정정하기 위하여 OOO를 방문하였는데, 담당공무원이 국민주택 규모 이하의 주거용 오피스텔 분양사업은 면세사업이라고 해서 면세사업자로 사업자등록을 하였다고 주장하나, 제출된 자료의 내용만으로는 그와 같은 사실이 확인되지 않는다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 부가가치세법 제8조 제1항 은 사업자가 사업을 개시한 경우에는 20일 이내에 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다고 규정하고 있는바, 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하려고 하는데 입법 취지가 있는 것으로서, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 관할 세무서장에게 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서 교부행위에 불과하며, 부가가치세법 제8조 제1항 에서의 사업자등록의무는 부가가치세 납세의무가 있는 과세사업자에게 있고 면세사업자는 사업자등록의무가 없으므로 여기서 말하는 사업자등록이란 과세사업자의 사업자등록만을 의미한다고 봄이 타당하며, 따라서 사업자가 과세 또는 면세 사업을 영위하였는지 여부를 불문하고 면세사업자로 등록한 경우에는 같은 규정의 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간에 발생한 매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호의 사업자등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다고 하겠다(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결). 따라서, 처분청이 쟁점매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 보고 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 법에 규정된 의무를 정당한 사유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 행정상의 제재이므로 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때에는 이를 부과할 수 없다고 할 것인데, 청구인은 부가가가치세 과세대상 사업을 영위하였으므로 그 수입금액에 대하여 부가가치세를 신고할 의무가 있는 점, 청구인의 주장과 같이 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정이 있기 전까지는 공부상 업무시설로 되어 있는 오피스텔의 공급이 부가가치세 면제대상인지 여부에 대하여 견해의 대립이 있었으나 이 건 신고불성실가산세의 전제가 되는 2017년 제2기 부가가치세의 과세표준 신고기한(2018.1.25.)은 위 결정일 이후에 도래한 점 등을 감안하면, 청구인에게 신고불성실가산세를 감면할 수 있는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)