청구법인의 법인등기부 상 부동산 임대 및 매매업은 목적사업에서 삭제되었고, 국세청 전산시스템에서도 해당업종이 확인되지 않는 점, 이에 대하여 청구법인은 보조금을 지급받기 위하여 불가피하게 목적사업에서 삭제한 것이라고 하나, 이는 청구법인의 내부적인 사정에 불과할 뿐, 법령상 제한 등의 불가피한 사유에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제3호에서 규정하는 제1호 및 제2호 외의 부동산으로 보아 취득일로부터 2년의 유예기간을 적용하고, 그에 따라 쟁점토지의 취득일을 쟁점토지의 유예기간 기산일로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
(1) 청구법인이 2011년 2월 취득한 토지는 산업단지 조성을 위한 토지의 취득으로서 비업무용 부동산의 유예기간을 산정함에 있어 최초 토지의 취득일인 2011년 2월이 아니라 산업단지 조성공사 완료일인 2014년 8월을 기산일로 하여야 한다. (가) 비업무용 부동산을 판정함에 있어 유예기간을 두는 취지는 토지를 취득함과 동시에 즉시 업무용으로 사용하기에는 어려움이 있으므로 업무용으로 사용하기까지의 준비기간, 건설기간 등을 참작하여 일정한 기간을 두는 것으로 이해된다. (나) 유예기간의 적용은 해당 토지가 건설이 가능한 상태 즉, 업무용으로 사용될 수 있는 상태임을 전제하는 것으로 만일 산업단지 조성을 위해 취득한 토지에 대해 산업단지 조성공사 완료일이 아닌 토지취득일을 기산일로 하는 경우, 해당 토지는 업무용으로 사용하기 위해 산업단지를 조성하는 데만 수년의 시간이 소요되는바, 업무용으로 바로 사용 가능한 일반 부동산의 유예기간이 통상 5년인 점을 고려할 때 현저히 불리한 상황에 놓이게 된다. 한편, 토지를 취득한 후 추가로 지출하는 조성공사비(자본적 지출)에 대한 유예기간 기산일이 조성공사 완료일인 점을 고려할 때, 동일 지번의 토지에 대해 업무무관 여부를 달리 판단하게 되는 불합리한 결론에 이르게 된다. (다) 이러한 점을 고려하여 관련 유권해석(법인세과46012-1985)에서는 산업단지 조성이 완료되지 아니하여 업무에 사용하지 못한 토지의 비업무용자산 유예기간 기산일은 산업단지 조성이 사실상 완료된 날로 회신하고 있으며, 관련 조세심판례(조심 2016중3921, 2017.6.27.)에서도 산업단지를 조성하여 분양하는 자의 유예기간 기산일을 조성공사 완료일로 판시하고 있는바, 청구법인이 분양한 산업단지 또한 동일하게 산업단지 조성공사 완료일을 유예기간 기산일로 보는 것이 타당하다. (라) 관련 법령 및 유권해석을 종합하여 볼 때 산업단지 조성 토지의 업무무관 부동산 유예기간 기산일은 조성공사 완료일인 2014년 8월부터 기산하는 것이 타당하며, 자체적으로 사용하는 토지와 분양목적 토지의 유예기간 기산일을 달리 정할 수는 없다.
(2) 산업단지 조성토지의 업무무관 자산 유예기간 기산일이 조성공사 완료일인 경우 산업단지 조성 중에 있는 부동산은 업무유관 부동산에 해당하는바, 분양(양도) 시 추가 납부하는 세액은 조성공사가 완료되어 업무무관자산 유예기간이 적용되는 시점부터 계산되는 것이 타당하다. (가) 법인세법 시행규칙제27조에서는 업무무관부동산 양도 시 양도일 이전 시점에 업무무관비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니한 금액을 정산하여 양도시점에 납부하도록 규정되어 있다. (나) 이는 결국 업무무관 부동산을 전제하고 있는 것으로 업무무관 부동산에 해당되나 유예기간 동안에 업무무관 비용 등에 대해 과세표준에 산입하지 아니한 금액을 양도시점에 일시에 납부하는 규정인바, 산업단지 조성완료 시점을 업무무관 부동산 유예기간 기산일로 볼 경우, 즉 산업단지 조성기간 동안 해당 부동산을 업무유관 부동산으로 볼 경우 산업단지 조성기간의 업무무관 비용 등에 대해서는 추가로 납부할 세액이 없는 것으로 판단된다. (다) 만일 조성공사 완료일이 아니라 당초 토지 취득시점인 2011년 2월부터 추가납부세액을 계산하여야 한다면 산업단지 분양을 목적으로 토지를 취득하고 조성공사를 완료한 직후 지체없이 분양한 토지의 경우에도 업무무관자산 보유에 따른 법인세를 납부하여야 하는바, 이는 업무에 사용가능한 부동산을 업무에 사용하지 아니하고 보유하고 있는 것에 대해 패널티를 부과하고자 하는 당초 입법취지에도 부합하지 아니한다. (라) 청구법인이 2015년과 2016년에 분양한 산업단지 토지에 대한 업무무관자산 추가납부액 중 2011년부터 2013년까지의 기간, 즉 산업단지 조성중인 기간에 대한 추가납부액은 업무유관 자산에 대한 것으로 환급되어야 한다.
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실 등이 나타난다. (가) OOO산업단지는 청구법인의 인천 변압기 공장을 이전하는 등 청구법인이 자체적으로 사용하고자 하는 목적과 제3자에게 분양할 목적으로 조성되었고, 청구법인은 자체적으로 사용하는 토지 중 미 사용분과 분양목적인 쟁점토지에 대해서 아래 <표1>과 같이 유예기간 종료일부터 업무무관 자산으로 보아 지급이자 손금불산입 등 관련 세무조정을 해온 것으로 나타난다. (나) 처분청과 청구법인 모두 쟁점토지와 관련한 산업단지 조성 준공일이 2014.8.13.이라는 사실에 대하여는 이견이 없으나, 처분청은 분양목적인 쟁점토지의 경우 취득일인 2011년 2월을 유예기간의 기산일로 적용하여야 한다는 의견이고, 청구법인은 청구법인이 사용할 목적의 토지와 분양목적의 쟁점토지 모두 산업단지 준공일인 2014.8.13.을 유예기간의 기산일로 적용해야 한다고 주장한다. (다) OOO 고시 제2009-27호와 제2011-113호에 따르면 OOO일반산업단지의 개발은 2009년 1월 OOO 일원의 면적 1,162,376㎡를 대상으로 시행자를 OOO으로 하여 공영개발 방식으로 진행되다가 2011년 4월 시행자를 청구법인으로, 면적을 1,134,659㎡로 하여 전면매수에 의한 개발방식으로 변경된 것으로 아래 <표2>와 같이 나타난다. (라) OOO일반산업단지 관리기본계획 승인(변경) 고시(OOO 고시 제2019-14호, 2019.1.21.)에 나타나는 산업단지의 개요와 분양내역은 아래 <표3>과 같다. (마) 청구법인의 법인등기부에 의하면, 청구법인의 목적사업 중 부동산 임대 및 매매업은 2012.3.23. 삭제되었다가, 경정청구 제기 전인 2020.3.20. 다시 추가되었고, 국세청 전산시스템 상 청구법인이 영위하는 업종 중 해당 업종은 확인되지 않는다. (바) OOO군청의 공문(경제과-40909, 2011.12.28.)과 보조금 교부결정서에 따르면, 청구법인의 법인등기부 상 부동산 임대 및 매매업 등의 일부 업종을 삭제할 것을 조건으로 OOO군청이 청구법인에게 수도권 이전기업 설비투자교부금 OOO을 교부하기로 결정한 것으로 나타난다. (사) 청구법인의 계정별원장 중 건설중인자산 계정은 2010년 10월부터 2014년 10월까지 있었던 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 비업무용 부동산의 유예기간을 산정함에 있어 쟁점토지의 유예기간 기산일은 산업단지 조성공사 완료일이라고 주장하나, 법인세법 시행령제49조 제1항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제26조 제2항에서 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산이란 각 사업연도 종료일 현재 법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무 등에 직접 사용하지 아니하는 부동산이라고 규정하고 있는데, 청구법인의 법인등기부 상 부동산 임대 및 매매업은 2012.3.23. 목적사업에서 삭제되었고, 국세청 전산시스템에서도 해당 업종이 확인되지 않는 점, 이에 대하여 청구법인은 OOO군청의 보조금을 지급받기 위하여 불가피하게 목적사업에서 삭제한 것이라고 하나, 이는 청구법인의 내부적인 사정에 불과할 뿐, 법령상 제한 등의 불가피한 사유에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 법인세법 시행규칙제26조 제1항 제3호에서 규정하는 제1호 및 제2호 외의 부동산으로 보아 취득일로부터 2년의 유예기간을 적용하고, 그에 따라 쟁점토지의 취득일을 쟁점토지의 유예기간 기산일로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.