청구법인은 2011년에 본사를 수도권 밖으로 이전하여 2003.12.30. 개정된 조특법이 적용되는바, 같은 법 제63조의2 제7항에서 법인세를 감면받은 지방이전법인이 감면받은 기간이 경과한 이후에도 수도권에 본사를 설치한 경우 감면받은 세액을 납부하도록 명백하게 규정되어 있는 점, 쟁점예규는 과세관청 내부에 있어서 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 그 자체만으로 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 아니한 점 등에 비추어 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 OOO 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 신고불성실가산세 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점예규를 신뢰하여 본사를 다시 수도권으로 이전하였는바 쟁점감면의 추징사유가 발생한 데에 청구법인에게 귀책사유가 없으므로 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙, 조세관행존중 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다. (가) 청구법인은 본사가 OOO에 있고, 제조공장은 OOO에 위치하고 있어 효율적인 경영에 어려움을 겪어 본사를 다시 수도권 안으로 이전하기 위해 검토하는 과정에서 가장 큰 쟁점은 기감면받은 세액의 추징여부였고, 이에 따라 쟁점예규를 비롯한 여러 예규를 확인하게 되었으며, 쟁점예규 등을 신뢰하여 쟁점감면 기간이 종료한 뒤에 수도권으로 본사를 다시 이전하여도 감면받은 세액을 추징하지 않는 것으로 판단하여 OOO로 이전하게 되었다. (나) 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적견해를 표명하여야 하고, ② 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자에게 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.
1. 국세청은 2008년부터 세법해석 사전답변제도에 따라 납세자의 신청이 들어오면 유권해석을 하면서 해석내용을 일반에 공개하고 있고, 세무서 역시 이에 따라 과세행정을 집행하고 있는바 국세청의 답변이 특정 납세자의 요청에 대한 유권해석이라고 하더라도 이는 일반적인 납세자에 대한 견해 표명이라고 볼 수 있다.
2. 청구법인은 본사를 수도권 밖으로 이전할 당시에는 직접 국세청에 질의를 해서 “본사이전 등기일부터 3년 미만인 업종의 소득에 대해서는 감면을 적용할 수 없다”는 등의 회신을 받고, 청구법인이 감면대상임을 확인한 뒤에 본사를 OOO로 이전하였다. 청구법인은 본사를 다시 수도권 내로 이전할 때는 비록 별도의 질의를 거치지 않았지만, 검토 당시 쟁점예규 외에 5건의 국세청 예규에서 감면기간이 경과한 후에 수도권 안에 공장 또는 본사를 설치하여도 감면받은 세액을 추징하지 않는다고 회신하는 등 유사한 사실관계에 대해 국세청의 지속적인 질의회신이 있었다. 따라서, 청구법인 입장에서는 별도의 질의회신을 하지 않아도 쟁점예규의 사실관계와 청구법인이 처한 입장이 일치하므로 쟁점예규를 신뢰하여 의사결정을 할 수 있었다.
3. 이 건은 국세청이 공적으로 표명한 견해(쟁점예규)를 나중에 잘못되었다고 하여 취소한 것인데, 해당 견해표명이 납세자가 부당한 원인을 제공하거나 사실을 은폐 또는 허위보고 하여 이루어진 것이 아닌 이상 납세자가 국세청의 견해 표명을 신뢰한 데에 아무런 과실이 없으므로 납세자의 신뢰를 보호하여야 한다. 법원은 세무서 직원의 세무지도를 믿고 부가가치세 면세대상이라고 생각하여 부가가치세를 징수하지 아니한 경우 신뢰보호의 대상이 된다고 판단하였다. (다) 법원에서는 아래와 같이 납세자가 과세관청 공무원의 의견을 신뢰하여 한 행위에 반하여 소급하여 과세처분을 하는 것이 위법하다고 판결한 바가 있다. 1) 구청장의 지시에 따라 총무과 직원이 대체 취득에 따른 취득세 면제를 제의함에 따라 납세자가 해당 구청에 소유 부동산을 매각한 경우, 총무과 직원이 비록 취득세를 담당하는 세무공무원이 아니라고 하더라도 그의 언동을 공적인 견해표명으로 인정하여 신의성실원칙의 적용대상으로 인정하였다(대법원 1995.6.16. 선고 94누12159 판결).
2. 대법원은 국세청이 연초 발간하는 “외국인 투자기업에 대한 안내책자”에서 이익준비금의 자본전입에 따라 외국투자자가 받는 무상주에 대해 조세감면방식을 안내한 것을 공적인 견해표명으로 인정하였다. (라) 처분청은 조특법 제63조의2 제7항 제3호가 2003.12.30. 개정되어 “감면을 받는 기간 중에”라는 문구가 삭제되었으므로 개정규정에 따라 본사를 수도권에 재설치한 경우 감면세액의 추징대상임이 명확하다는 의견이나, 만일 개정 전 예규내용이 개정된 법률에 저촉된다면 적극적으로 새로운 해석 및 예규를 생산 및 공표하여 법 집행의 혼란을 방지해야 할 의무가 과세관청에게 있다. 그러나, 국세청은 법 개정이후에도 종전과 동일한 내용의 쟁점예규를 그대로 공표함으로써 법해석 능력이 부족한 청구법인과 같은 중소기업의 경우 국세청의 예규를 그대로 신뢰할 수 밖에 없었고, 국세 청도 감사원의 감사결과가 있기 전까지 쟁점예규를 그대로 유지하였다.
(2) 청구법인은 앞서 살펴본 바와 같이 국세청의 예규를 신뢰하여 본사를 수도권 내로 재이전하였으므로 청구법인의 2018사업연도 법인세 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는바 처분청이 청구법인으로부터 추징한 2018사업연도 법인세 중 이자상당가산액 및관련 가산세는 취소되어야 한다. (가) 세법상 가산세는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없다. (나) 이 건은 처분청이 감사원의 감사가 있기 전까지 유지하던 기존 예규를 취소하고 감면을 배제하여 추징한 건으로 본사 재이전에 따른 추징여부를 둘러싼 법령해석의 견해 대립에 기인한 것인 점, 중소기업인 청구법인이 쟁점예규를 신뢰한 데에 고의 또는 과실이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점예규를 신뢰하여 2018사업연도 법인세를 신고하지 아니한 데에 무지와 착오를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.
(1) 이 건 처분은 2003.12.30. 개정된 조특법 제63조의2 제7항 제3호가 적용된 건으로, 개정 법령에서 수도권에 본사를 다시 설치한 경우 설치일부터 5년 이내에 감면받은 세액을 추징하도록 명시하였는바 청구법인이 수도권에 본사를 재설치한 2018사업연도부터 5년 이내 감면받은 세액을 추징한 처분은 정당하다. (가) 2003.12.30. 개정 전 조특법 제63조의2 제7항 제3호에서는 “감면을 받는 기간 중에 수도권에 본사를 설치한 경우 설치일 이후 감면받은 세액을 법인세로 납부”라고 되어 있어 감면기간이 종료된 후에 수도권을 설치한 경우에는 추징대상으로 하고 있지 아니하였고, 이에 따라 개정 전 법률이 적용된 국세청의 예규에서는 감면기간 종료 이후 재이전시에는 추징대상이 되지 않는다고 회신하였는데, 청구법인이 제시하고 있는 국세청의 예규 중 쟁점예규를 제외한 나머지 예규는 모두 2003.12.30. 개정 전 조특법이 적용된 건이다. (나) 쟁점예규는 2003.12.30. 개정된 조특법 제63조의2 제7항 제3호를 명백하게 위배한 법해석이므로 신뢰보호의 대상이 될 수 없다. 신의성실의 원칙 등은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 이익을 보호할 가치가 있는 경우에는 합법성의 원칙을 훼손하더라도 신뢰이익을 더 보호해야 할 필요한 있는 경우에만 제한적으로 적용되는 것으로 ① 과세관청의 공적인 견해표명, ② 과세관청의 견해표시가 정당하다고 신뢰한 데에 대한 납세자의 귀책이 없어야 한다.
1. 과세관청의 공적인 견해표명으로 인정되려면 지속적인 견해표명이 있어야 하나 쟁점예규와 같은 내용의 예규는 단 한차례에 불과하여 공적인 견해표명으로 보기 어렵고(국심 2000중2781, 2001.1.29.), 청구법인은 쟁점예규와 관련하여 질의회신의 당사자가 아니다.
2. 2003.12.30. 개정된 조특법 제63조의2 제7항 제3호는 문리해석상 명확하므로 법률과 정면으로 배치되는 쟁점예규를 신뢰한 데에 청구법인의 귀책이 없었다고 보기도 어렵다. 국세청의 사후검증 결과 쟁점감면을 적용받은 이후 수도권에 본사를 재설치한 후 이에 대한 법인세를 신고하지 아니하여 감면세액을 추징당한 사업자가 5개밖에 안 되는 사실에 비춰 보더라도 일반적인 납세자라면 쟁점예규가 상위 법률에 위배된다는 사실을 명확히 알 수 있었다. (다) 국세청은 질의회신 방법으로 “서면질의” 및 “세법해석 사전답변”제도를 두고 있는데, 쟁점예규는 서면질의에 해당하여 국세법령사무처리규정에 따른 답변의 구속력이 없다.
(2) 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 쟁점예규는 상위법령인 조특법령을 명백히 위배하여 쟁점예규를 신뢰한 데에 납세자의 귀책사유가 없었다고 인정하기 어려우므로 가산세 감면대상이 아니다. 또한, 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고납세의무에 해태에 정당한 사유가 있다고 하며 가산세 뿐만 아니라 과다환급액에 더하여 징수되는 이자상당가산액에 대해서도 감면해야 한다고 주장하나, 이자상당가산액은 가산세가 아니라 본래 납부하여야 할 세액의 이자성격으로 조특법에 따라 감면세액 추징시 당연히 가산되는 금액이므로 국세기본법제48조의 가산세 감면의 정당한 사유 규정을 적용할 수 없다.
① 청구법인이 쟁점예규를 신뢰하여 감면기간 종료 이후 본사를 수도권으로 이전하였으므로 이 건 처분이 신의성실의 원칙 등을 위배하였다는 청구주장의 당부
② 가산세, 이자상당가산액 감면에 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(2) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전 법률) 제33조의2(사업전환 중소기업 및 무역조정지원기업에 대한 세액감면) ④ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 하며 해당 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 제63조의2(법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까 지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝 나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.
⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.
3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우
⑧ 제2항에 따라 감면받은 법인세액을 제7항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제60조의2(법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면) ⑫ 법 제63조의2 제7항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 다음 각 호의 구분에 의하여 계산한다.
3. 법 제63조의2 제7항 제3호에 해당하는 경우: 본사설치일 또는 공장설치일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액. (이하 생략)
(1) 청구법인은 2011년에 본사를 OOO에서 OOO로 이전하여 조특법 제63조의2에 따라 이전일부터 6년이 되는 날이 속하는 과세연도(2017사업연도)까지 쟁점감면을 적용받을 수 있는 법인으로 쟁점감면을 적용받은 세액은 2013·2016·2017사업연도 법인세 합계 OOO원이다.
(2) 청구법인은 쟁점감면 적용기간이 종료한 이후인 2018년에 본사를 청구법인의 제조공장이 위치한 OOO(수도권 내 지역)로 이전하였다.
(3) 조특법 제63조의2 및 조특법 시행령 제60조의2는 2003.12.30. 아래와 같이 개정되었고, 청구법인은 2011년에 본사를 이전하였으므로 2003.12.30. 개정 이후 조특법령의 적용대상이다. <2003.12.30. 개정 전·후 조세특례제한법 비교> <2003.12.30. 개정 전·후 조세특례제한법 시행령 비교>
(4) 감사원은 2019년 11·12월에 국세청에 대한 조세지출제도 운영실태 감사를 실시하여 아래와 같은 내용의 쟁점예규가 2003.12.30. 개정 전 조특법 제63조의2를 근거로 하여 잘못 회신하였다고 지적하였고, 이에 따라 국세청은 2020.6.8. 해당 예규를 국세법령정보시스템에서 삭제하였다. <쟁점예규(법인-146, 2012.2.24.)>
(5) 청구법인은 쟁점예규와 동일한 취지로 해석된 국세청 예규 5건을 아래와 같이 추가 제시하였는데, 처분청은 해당 예규는 모두 2003.12.30. 개정 전 조특법이 적용된 사안이어서 본 건과는 사실관계가 다르다는 의견이다.
(6) 청구법인은 2011년 본사를 수도권 밖의 지역으로 이전할 때는 국세청에 서면질의를 하여 법인세 감면요건 충족여부를 확인한 후 이전하였으나, 2018년에 본사를 다시 수도권 내로 이전할 때는 쟁점예규를 신뢰하여 별도의 질의를 하지 않았다고 주장하며, 2011년 국세청의 회신내역을 아래와 같이 제시하였다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점예규를 신뢰하여 수도권에 본사를 재이전한 것이므로 이 건 처분은 국세기본법 제15조 에서 규정하는 신뢰보호의 원칙 등에 반하므로 부당하다고 주장하나, 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다. 이 건의 경우, 청구법인은 2011년에 본사를 수도권 밖으로 이전하여 2003.12.30. 개정된 조특법이 적용되는바, 같은 법 제63조의2 제7항에서 법인세를 감면받은 지방이전법인이 감면받은 기간이 경과한 이후에도 수도권에 본사를 설치한 경우 감면받은 세액을 납부하도록 명백하게 규정되어 있는 점, 쟁점예규는 과세관청 내부에 있어서 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 그 자체만으로 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 아니한 점 등에 비추어 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이다. 다만, 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 이니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등과 같이 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이며, 단순한 법령의 부지나 오해 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다. 이 건의 경우, 국세청은 2003.12.30. 개정된 조특법이 적용된 쟁점예규를 2012년에 생성한 후 감사원의 감사지적에 따라 2020.6.8. 공식적으로 폐기하기 전까지 계속하여 국세법령정보시스템에 게시하여 왔는바, 청구법인이 이를 근거로 수도권에 본사를 재이전함에 따라 감면받은 법인세를 신고를 아니한 것에 대하여 청구법인에게만 귀책사유가 있다고 보기 어려운 점, 청구법인은 2011년 본사를 수도권 밖으로 이전할 때에는 국세청에 서면질의하여 법인세 감면요건 충족여부를 확인하였으나 2018년 수도권으로 본사를 재이전할 때에는 쟁점예규가 있어 별도의 질의를 하지 아니하였다고 주장하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 수도권으로 본사를 재이전함에 따라 감면받은 법인세를 신고하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다. 다만, 이자상당가산액은 청구법인이 법인세를 감면받은 사업연도부터 추징사유가 발생한 사업연도까지 부담하여야 하는 이자 성격이고, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 이행하도록 하는 취지 외에 법정남부기한과 납부일 간의 기간에 대한 이자에 상당하는 금액임과 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청은 신고불성실가산세를 제외하고 청구법인에게 2018사업연도 법인세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.