조세심판원 심판청구 법인세

쟁점토지2가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 토지인지 여부

사건번호 조심-2021-전-6777 선고일 2022.05.30

쟁점토지2 중 일부는 청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산이라고 할 것이므로 처분청은 쟁점토지2 중 일부의 처분수입을 과세소득에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

[주 문] OOO서장이 2021.11.10. 청구인에게 한 2021사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 OOO 소재 합계 5필지 토지의 처분으로 인한 수입을 과세소득에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2019.11.27. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인(개업일은 2021.3.1.)받은 비영리법인으로서 2021.4.1. 청구법인 소유의 OOO(이하 번지만 기재한다) 외 25필지를공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 OOO에게 OOO원에 수용·양도하고, 2021.4.15. OOO외 5필지를 제3자에게 OOO원에 양도한 후 2021.7.31 처분청에 2021사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. 청구법인은 위 2021.4.1. 수용·양도된 26필지 중 아래 OOO와 같이 OOO 합계 13필지(이하 “쟁점토지1”이라 한다)의 양도소득이법인세법 시행령제2조 제2항에 따른 “고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입”에 해당한다는 사유로 2021.8.2. 처분청에 아래 OOO과 같이 2021사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지1이 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 2021.11.10. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.10. 심판청구를 제기하면서 아래 OOO와 같이 쟁점토지1 외에 청구법인이 2021.4.15. 제3자에게 양도한 6필지 중 OOO 또한 청구법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당한다고 주장하며 청구세액을 OOO원으로 증액하여 심판청구를 제기하였다.
  • 라. 이후 청구법인은 우리 원에 항변서를 제출하면서 아래 OOO와 같이 종중원의 분묘가 있는 필지 및 그 연접필지인 OOO 합계 6필지(이하 “쟁점토지2”라 하고, 쟁점토지1 및 OOO을 통칭하여 “쟁점토지”라 한다)에 대하여만 청구법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당한다고 청구주장을 변경하여 청구세액을 OOO원으로 감액하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2021.8.2. 처분청에 쟁점토지1의 양도소득에 대하여 2021사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 이후 처분청의 경정청구 검토과정을 거치면서 다음과 같이 최종 환급대상을 쟁점토지2로 하여 청구세액을 OOO원으로 조정하였다. 청구법인은 쟁점토지2 외에도 쟁점토지1 중 실제 선산임야에 해당되는 면적이 다수 있으나, 처분청과 조율하여 업무편의상 쟁점토지2에 해당되는 면적에 대하여만 최종 환급을 요구하였다. (2) 청구법인의 규약을 살펴보면, 제2조(목적)에서 “본 회는 OOO 위주 이하 선조의 덕업을 경은선양하며 종원 간 상호 친목을 도모하고 종중재산의 영구하고도 합리적인 관리운영을 기함을 목적으로 한다.”라고 규정하고 있고, 제5조(사업의 종류)에서 가) 숭조사업과 종원 간 친목을 위하는 사업을 위시하여 총 4가지 사업을 규정하고 이를 성실히 이행할 것을 명시하고 있다.

(3) 쟁점토지는 청구법인이 수백년 간 선산으로 유지해 온 임야로서 쟁점토지에는 청구종중의 선조인 32세손 휘 OOO(분묘번호 44), 33세손 휘 OOO(분묘번호 67), 33세손 휘 OOO(분묘번호 65) 등 총 47기의 분묘가 존재한다. 처분청은 쟁점토지에 소재한 분묘 47기가 청구법인의 종중원으로 추정되는 분묘 19기, 무연고 분묘 21기 및 김씨 등 제3자 소유 분묘 7기로 확인된다는 의견이나, 청구법인이 제출한 종중 묘지대장을 살펴보면, 179-1·2·3·4의 분묘는 모두 청구법인 조상들의 분묘로 확인되고, 분할 전 산18-1(2020.7.9. 산18-1, 산18-16, 산18-17로 분할)에도 총 32기의 분묘가 확인·관리되고 있음을 알 수 있다. 또한 분할 전 산18-1에는 위 묘지대장 상 분묘 이외에도 세부내역이 파악되지 아니하는 분묘도 있는데, 이 또한 청구법인의 분묘이다.

(4) OOO 가 제시한 ‘OOO 일반산업단지 조성사업지구 내 분묘현황’을 살펴보면, 쟁점토지에 소재하고 있는 분묘 47기 중 분할 전 OOO에 44기가 있고, OOO에 각 1기씩이 소재하고 있는 것으로 나타나는데, 분할 전 OOO에는 분묘 44기 이외에도 청구법인의 선조(1대조)인 AAA의 분묘를 비롯한 7기의 분묘가 OOO 문화재 제OOO호로 지정되어 있어 총 51기의 분묘가 소재하고 있는바, OOO는 문화재로 지정된 면적을 제외한 부분을 OOO, OOO로 분할하여 수용하였다. 즉 분할 후 OOO은 청구법인의 선산으로 공부상·사실상 임야이고, 조상 대대로 분할 전 OOO 하나의 필지로 존재해 오다가 OOO에게 수용되면서 분할된 것이다. (5) 처분청은 쟁점토지의 항공사진 상 전, 과수원, 비닐하우스 등이 혼재되어 있다는 의견이나, 청구법인은 전술한 바와 같이 각 필지별로 공부상·사실상 임야와 임야가 아닌 곳을 분리하여 처분청에 쟁점토지2를 다시 제출하였고, 공부상·사실상 임야에 해당되는 쟁점토지2 면적만을 청구법인의 각 사업연도 소득금액에서 제외·환급하여 줄 것을 요청·협의한 바 있다.

(6) 또한 처분청은 AAA 등의 분묘와 사당이 있는 분할 후 OOO만이 청구법인이 직접 관리하는 토지로 보인다는 의견이나, 분할 전 OOO 중 AAA 등의 분묘가 소재한 면적은 OOO 문화재로 등재되어 수용·양도가 불가능하여 이를 제외한 면적을 OOO, OOO로 분할하여 수용·양도하였는바, 분할 후 OOO, OOO 및 OOO은 모두 하나의 필지였고, 분할 이후에도 이들 필지들은 서로 연접하여 있어 이를 분리하여 청구법인이 분할 후 OOO만을 고유목적사업에 사용하였다는 처분청의 주장은 전혀 사실에 부합하지 아니하며, 더욱이 수용·양도된 OOO 및 OOO에도 총 44기의 분묘가 존재하므로 처분청의 의견은 전혀 사실에 근거하지 아니한 주장에 불과하다.

(7) 이와 같이 쟁점토지2는 당초 청구법인이 경정청구 시 주장한 쟁점토지1과는 다르고, 임야가 아닌 면적을 제외한 공부상·사실상 임야에 해당하는 면적이며, 쟁점토지2에는 전, 과수원, 비닐하우스 등이 혼재되어 있지 아니하다. 청구법인이 제출한 결산서 등을 살펴보면, 청구법인은 쟁점토지에 대하여 청구법인의 종중원인 BBB를 통하여 매년 벌초, 시제·시향준비 및 선산관리 등의 업무를 지속적으로 해온 사실이 확인되고, 아울러 매년 분할 후 OOO에 위치한 사당에서 시제·시향을 지내왔음은 처분청도 인정하고 있는 사실이다. 또한 청구법인은 처분청에 쟁점토지의 묘지대장과 청구법인의 족보를 제시하였고, OOO가개인정보보호법을 이유로 종중원 묘지의 직계후손에게 지급한 이장보상금 지급내역(이장보상금은 잦은 분쟁 때문에 종중이 아닌 묘지의 직계후손에게 직접 지급하는 것을 원칙으로 하고 있음)을 청구법인·처분청 모두에게 제공하지 아니하고 있는데, 청구법인은 일부 종중원으로부터 묘지보상비 수령내역을 수취하여 처분청에 제출한 바 있다. 따라서 쟁점토지2는 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 고정자산으로서 청구법인의 각 사업연도 소득금액에서 제외되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 경정청구는 세액의 경정을 주장하는 납세자가 객관적으로 입증하여야 하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결 참조)하는 것인바, 쟁점토지에 분묘가 존재한다는 이유만으로 청구법인이 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵다. (가) 쟁점토지의 현황을 살펴보면, 쟁점토지에 47기의 분묘가 존재하는데, 이중 청구법인의 종중원으로 추정되는 분묘는 19기, 무연고 분묘는 21기, 김씨 등 제3자 소유의 분묘는 7기로 확인되고, 쟁점토지에는 청구법인이 관리하는 집단 선조묘, 석물, 제실 등이 확인되지 아니한다. (나) 쟁점토지의 항공사진 상 전, 과수원, 비닐하우스 등이 혼재되어 있어 선산으로 관리되었다고 보기 어렵고(이러한 처분청의 의견에 따라 청구법인은 쟁점토지2로 청구주장을 변경), 분묘의 이장보상금을 청구법인이 아닌 해당 분묘의 직계후손들이 수령한 점에 비추어 청구법인이 직접 해당 분묘를 관리하였다고 보기도 어렵다. 실제 청구법인이 매년 시제를 지내며 관리하고 있는 AAA 등의 분묘와 사당이 분할 후 OOO의 독립된 필지(양도되지 아니한 필지)에 별도로 존재하는바, 청구법인이 직접 관리하는 토지는 분할 후 OOO인 것으로 보인다. (다) 또한 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 OOO지방국세청에 과세사실판단 자문신청을 한 결과(사실판단-OOO), 청구법인이 쟁점토지1을 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 의결되었다.

(2) 청구법인은 쟁점토지에서 직접 선조의 분묘를 수호·관리하고, 시제를 지내면서 선산의 기능을 유지하여야 하나, OOO가 확인한 분묘 중 종중원의 분묘는 일부일 뿐, 나머지는 무연고 및 제3자의 분묘인 점, 종중원 분묘의 이장보상금이 청구법인이 아닌 해당 분묘의 직계후손 또는 제3자 명의로 지급되었고, 무연고 묘의 이장보상금도 종중에 지급되지 아니한 점, 청구법인이 매년 시제를 지내며 관리하고 있는 AAA 등의 분묘와 사당이 분할 후 OOO의 독립된 필지에 큰 면적으로 존재하고 있는 점 등에 비추어 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 인정하기 어렵다. 이와 같이 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었다는 것에 대한 입증이 부족하므로 처분청의 경정청구 거부처분은 정 당하고, 쟁점토지2에 대한 청구주장도 같은 사유로 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지2가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 토지인지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제13조[법인으로 보는 단체 등] ① 법인(법인세법제2조 제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

(2) 법인세법 제4조[과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. (3) 법인세법 시행령 제3조[수익사업의 범위] ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. <후단 생략>

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지2 중 분묘가 있는 토지는 OOO, OOO인바, 아래 OOO의 쟁점토지2 위치도에 의하면, 분묘가 없는 토지 중 OOO(OOO에서 분할)는 OOO과 연접해 있고, OOO은 OOO과 연접해 있는 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 청구법인의 종중규약 제5조(사업의 종류) 에서 청구법인의 고유목적사업으로 ‘숭조사업과 종원 간 친목을 위하는 사업’ 등을 규정하고 있는 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 2020.1.1. 작성한 묘지대장에 의하면, 분할 전 OOO에 32기, OOO에 각 1기 및 기타 필지에 17기 등 합계 53기의 선조 분묘가 등재되어 있는 것으로 나타난다. 한편 OOO가 작성한 ‘OOO 일반산업단지 조성사업지구 내 분묘현황’ 자료에 의하면, 분할 전 OOO에 44기, OOO에 각 1기씩 합계 47기의 분묘가 소재하고 있는 것으로 기재되어 있고, 이 중 소유자가 OOO씨인 분묘는 19기, 소유자란이 공란인 무연고 분묘는 21기, 소유자가 김00 등 유(류)씨가 아닌 제3자 소유의 분묘는 7기인 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 2017∼2019사업연도 결산서에 의하면, 일반회계 지출내역으로 재산세 이외에 제초제 구입비, 금초작업인부 인건비(OOO원 상당), 조경인부 인건비(OOO원 상당) 등이, 특별회계 현금수지현황으로 종합부동산세, 양도소득세 이외에 금초비(OOO원 상당), 시제비(OOO원 상당) 등이 계상되어 있고, 해당 결산서에는 청구법인의 감사가 작성한 감사보고서가 첨부되어 있는 것으로 나타난다. 한편 청구법인의 총무 CCC이 2021.8.31. 작성하여 처분청에 제출한 확인서에 의하면, 처분청의 “종중의 결산서 상 조경인부, 제초작업, 금초비가 있는데, 구체적인 사용내역과 조경, 제초, 금초는 누가 했는지?”에 대한 질문에 대하여 청구법인은 “현지에서 거주하고 있는 종중원 BBB가 하고 있고, 원활한 제초작업을 위하여 보조인부 3∼4명 정도를 사역하여 작업하고 있으며, 사기진작 차원에서 매년 1백만원을 BBB에게 지급하고 있다.”라고 답변한 것으로 나타난다.

(3) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) OOO지방국세청 과세사실판단자문위원회 의결결과 통보서에 의하면, 해당 위원회는 청구법인이 제기한 경정청구에 대하여 2021.11.5. 아래 OOO의 내용과 같은 사유로 ‘과세’ 의결OOO한 것으로 나타난다. (나) OOO 소재 분묘 3건에 대한 개장신고증명서, 보상금청구 및 계좌입금 의뢰서에 의하면, OOO은 해당 분묘의 (증)손자녀·자녀인 유00에게 2021.6.21. 해당 분묘에 대한 개장(매장→화장)신고증명서를 발급하였고, 유00은 2021.7.6. OOO사장에게 해당 분묘의 이장완료에 따른 보상금 OOO원을 본인의 계좌(OOO은행 OOO)로 지급하여 줄 것을 청구한 것으로 나타난다. 이에 대해 처분청은 이장보상금이 청구법인이 아닌 해당 분묘의 직계후손들 또는 제3자 명의로 지급되었으므로 이는 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였다는 반증이라는 의견이고, 청구법인은 이장보상금에 대한 잦은 분쟁(이장보상금을 지급받은 종중이 종중원에게 이장보상금을 미지급)으로 인하여 토지수용주체가 실무적으로 종중이 아닌 분묘의 직계후손에게 직접 지급하는 것이 관례라고 주장하는바, OOO 보상분양팀은 “통상적으로(약 95%) 해당 분묘의 직계존비속이 개장신고 및 이장을 하고, OOO는 신원확인을 거쳐 그 직계존비속에게 이장보상금을 지급하고 있으며, 간혹 종중이 직계존비속에게 이장에 대한 위임을 받아 진행하는 경우가 있는데, 이러한 경우에는 종중에게 이장보상금을 지급하고 있는바, 대전도시공사는 종중이 위임받을 경우 절차가 복잡하여 직계존비속 개별진행방식을 권장하고 있다.”라고 진술하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지2가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 토지로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인의 종중규약 상 고유목적사업으로 ‘숭조사업과 종원 간 친목을 위하는 사업’ 등을 규정하고 있는바, 청구법인의 고유목적사업의 범위를 분할 후 OOO(미수용 토지)에 소재한 청구법인의 선조 ‘AAA 등의 분묘’와 사당의 보존·관리에만 한정되는 것으로 보기 어려운 점, 처분청은 청구법인의 결산서 상 제초·시제비용 등 과 종중원 BBB의 종중선산 관리활동이 분할 후 OOO의 ‘AAA 등의 분묘’와 사당의 보존·관리에만 국한된 것이고, 청구법인은 쟁점토지2를 종중원에게 분묘로 사용하도록 제공한 것일 뿐이라는 의견이나, 설령 청구법인이 쟁점토지2에서 직접 제사봉행 등을 수행하지 아니하였다 하더라도 쟁점토지2를 종중원에게 분묘로 사용하도록 제공한 것만으로도 청구법인이 쟁점토지2를 고유목적사업에 직접 사용한 것이라고 봄이 타당해 보이는 점, 분할 전 OOO에는 ‘AAA 등의 분묘’와 사당 및 종중원의 분묘 16기가 소재하고 있었는바, ‘OOO 일반산업단지 조성사업’의 공익적 목적으로 분할 전 OOO로부터 분할된 토지인 OOO에 대하여도 이를 달리 볼 것은 아니고, OOO에도 중종원의 분묘가 각 1기씩 존재하고 있으며, OOO에는 종중원의 분묘가 소재하지 아니하나, 분묘가 소재하는 OOO에서 분할된 토지로서 청구법인의 고유목적사업 외 다른 목적으로 사용된바 없어 조상 분묘의 유지·보존에 공하는 종중 선산으로서의 기능을 상실하지 아니한 것으로 보이는 점, 처분청은 이장보상금이 청구법인이 아닌 해당 분묘의 직계후손 또는 제3자 명의로 지급되었는바, 이는 청구법인이 쟁점토지2를 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였다는 반증이라는 의견이나, OOO 보상분양팀의 진술에 의하면, 이는 통상적인 이장보상금 지급절차로서 쟁점토지2가 고유목적사업에 직접 사용된 것인지 여부에 대한 직접적인 증빙으로 보기 어려워 보이는 점 등에 비추어, 쟁점토지2 중 OOO 소재 합계 5필지 토지는 청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산이라 할 것이므로 처분청은 위 5필지 토지의 처분수입을 과세소득에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, OOO 소재 토지에는 분묘가 소재하고 있지 아니하고, 분묘가 소재한 토지에서 분할된 이력도 없는 독립필지인바, OOO 소재 토지가 분묘가 소재한 토지에 가깝다는 사유만으로 청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)