조특법 제68조 및 같은 법 시행령 제65조에서는 농업회사법인이 법인세를 감면받기 위해서는 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정되어 있으나 청구법인은 2017사업연도와 2018사업연도 법인세 신고시 이를 제출하지 아니하였고, 2020년 3월 17일 최초로 농업경영체등록을 한 것으로 보아 청구법인이 조특법에 따른 감면 대상에 해당하지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
조특법 제68조 및 같은 법 시행령 제65조에서는 농업회사법인이 법인세를 감면받기 위해서는 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정되어 있으나 청구법인은 2017사업연도와 2018사업연도 법인세 신고시 이를 제출하지 아니하였고, 2020년 3월 17일 최초로 농업경영체등록을 한 것으로 보아 청구법인이 조특법에 따른 감면 대상에 해당하지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 농업회사법인에 대한 법인세 감면은 농업회사법인이 감면신청서만을 제출하는 경우에도 감면 규정을 적용였으나, 2015.1.1. 이후부터 농어업경영체 등록확인서를 감면요건으로 추가하였다. 하지만 이는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에서 농어업경영체 등록을 의무로 규정하지 않았음에도 불구하고 조세특례제한법 시행령에서 농어업경영체 등록확인서를 감면요건에 추가한 것이므로 법률 위임규정에도 맞지 않는다. 그러므로 청구법인이 농어업경영체에 등록하지 아니하였다 하더라도 농업회사법인에 해당하고 실제 농업 및 축산업을 영위하고 있으므로 감면대상으로 보는 것이 타당하다.
(2) 청구법인은 조특법에 따른 법인세 감면대상에 해당한다고 보아 감면규정을 적용하였을 뿐이므로 이를 과소신고로 보아 가산세를 부과한 처분은 위법하다.
(1) 청구법인은 2020년 이후 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업경영체로 등록하였고 조특법에서는 농어업경영체 등록확인서를 농업회사법인에 대한 법인세 감면 요건으로 규정하고 있으므로 농업경영체 등록 이전 사업연도에 대한 청구법인의 법인세 감면은 타당하지 않다. 설사 농업경영체 등록확인서를 법인세 신고기한내에 제출하지 못한 경우에 차후 제출하면 법인세 감면 대상으로 볼 수 있으나, 청구법인은 2017~2018사업연도 당시 농어업체경영체로 등록되어 있지 않음이 명확하므로 감면 규정을 적용할 수 없다.
(2) 청구법인은 2017~2018사업연도 법인세 신고시 농어업경영체에 대한 법인세 감면 규정을 적용하여 법인세를 과소 신고․납부하였으므로 가산세 부과한 처분은 적법하다.
① 농어업경영체 등록여부가 확인되지 아니하였다는 이유로 청구법인에 대한 세액 감면을 적용하지 아니한 처분의 당부
② 과소신고 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 국세기본법 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액
(2) 조세특례제한법 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대해서는 2021년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.
(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제40조 에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다)
2. 어업경영체: 수산업ㆍ어촌 발전 기본법 제27조 에 따른 어선ㆍ양식시설 등 생산수단, 생산수산물, 생산방법 및 어업생산규모 등 어업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것
② 농어업경영정보의 등록 또는 변경등록의 유효기간은 등록 또는 변경한 날부터 3년으로 한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 농어업경영정보의 등록 및 변경 절차와 농어업경영정보 등록부의 작성ㆍ관리 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.