쟁점법인의 공장건설이 완료된 후 쟁점법인이 쟁점토지에 대하여 원상회복을 하지 아니하고 공장 소유권을 청구인에게 이전할 것으로 기대하기는 어려워 보이고, 덧붙여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따라 공장설립 승인이 취소되어 쟁점토지를 야적장으로 사용 내지 임대할 수 있도록 쟁점토지의 형질을 변경한 사정 등을 고려하면, 그 상당부분이 공장설립을 위하여 지출된 것으로 보여 쟁점1차개발비가 청구인에게 귀속되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청들이 쟁점1차개발비를 선수임대료로서 청구인의 사업소득에 해당한다고 보아, 종합소득세 및 부가가치세 경정청구를 거부한 이 건 처분들에는 잘못이 있다고 판단됨
1. OOO서장이 2021.7.16. 청구인에게 한 2015년∼2018년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 내용의, OOO서장이 2021.8.4. 청구인에게 한 2016년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 환급을 구하는 내용의 각 경정청구를 거부한 처분은, 주식회사 AAA이 2009년∼2011년 기간 동안 OOO 외 4필지와 관련하여 지출한 금액(합계 OOO원)을 청구인의 사업소득에서 제외하는 등을 통해 각각 그 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) [사건경위] 제조업(떡ㆍ껌ㆍ코코아 제품류)을 영위하는 쟁점법인은 본사 및 공장이 소재한 OOO로 지정되어 2009.5.11. 재정비 촉진계획이 결정ㆍ고시되자, 급히 대체부지를 찾는 과정에서 쟁점토지를 개발하게 되었고, 그 과정에서 쟁점개발비를 지출하였다. 또한 쟁점법인이 관련 법령에 따라 쟁점개발비를 지출하게 되자, 청구인은 아래 OOO과 같이 쟁점법인이 2016년∼2018년 기간 동안 전대인 BBB 주식회사로부터 수취한 쟁점토지 임대료를 별도로 지급받지 아니하고, 쟁점법인이 쟁점2차개발비의 회수금액으로 충당할 수 있도록 하였다.
(2) [쟁점①] 쟁점1차개발비는 쟁점법인이 청구인과 체결한 쟁점토지사용계약에 따라 공장이전을 위하여 지출한 비용이므로, 청구인의 사업소득(선수임대료)이 아니다. (가) 대법원이 “일반적으로 계약의 해석에 있어서는 형식적인 문구에만 얽매여서는 아니되고 쌍방 당사자의 진정한 의사가 무엇인가를 탐구하여야 한다”고 판시(대법원 1993.10.26. 선고 93다2629 판결)한 바와 같이, 쟁점1차개발비의 실질이 청구인의 선수임대료인지, 아니면 단순히 공장이전과 관련하여 지출된 개발비용인지 여부는 거래내용과 당사자들간 의사에 기초하여 판단되어야 한다. 쟁점법인은 쟁점토지사용계약에 따라 쟁점1차개발비를 지출하였는데, 쟁점토지사용계약서에 의하면, 공장 신축공사를 착공하기 전까지는 쟁점법인이 쟁점토지를 무상으로 사용하되, 추후 개발비용은 쟁점법인이 정산하거나 계약해지시 회수되는 것이었으므로, 청구인에게 귀속되는 선급임대료가 아니다. (나) 쟁점토지사용계약 체결 경위ㆍ내용 및 대금정산방법 등을 감안하면, 국세기본법상 실질과세원칙을 적용하더라도 쟁점1차개발비는 임대료에 해당하지 아니한다.
1. 대법원은 “납세의무자가 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 한다”고 판시(대법원 2015.1.29. 선고 2012두28636 판결)하였다.
2. 쟁점토지사용계약 체결경위ㆍ내용과 쟁점법인의 계약상 지위ㆍ자격(개발사업시행자) 등을 종합하여 보면, 쟁점토지사용계약은 소유자인 청구인이 최종적인 양수도계약 내지 임대차계약에 앞서, 개발사업시행자인 쟁점법인이 개발 관련 인허가를 원활하게 받을 수 있도록 일정한 사용권한을 부여한 것임을 알 수 있다.
3. 실제로 쟁점1차개발비는 쟁점법인이 공장설립을 위한 인허가를 받기 위하여 지출한 용역비ㆍ공채 매입비ㆍ대체산림자원조성비 및 공장신설승인조건에 따른 조성공사비 등으로 구성되어 있고, 이는 기존 공장 이전을 위하여 지출한 개발ㆍ투자 성격의 비용으로서 쟁점법인에게 직접 귀속되는 것인바, 쟁점토지의 가치를 증가시켰다고 볼 수 없다.
4. 특히, 공장신축공사가 지연되어 최종적으로 쟁점법인과 청구인 간 쟁점토지 임대차계약이 체결되지 못하자, 쟁점법인은 2016년 9월부터 쟁점토지를 BBB 주식회사에 전대하고 임대료를 수취하였는데, 토지가치증가분이 모두 반영된 해당 임대료는 쟁점토지사용계약서 제6조에 따라, 쟁점법인의 임대수익으로 귀속되어 개발비용 회수 충당에 이용되었다. (다) 조세심판원의 결정례(조심 2015중4672, 2016.4.28.) 등에 의하면, 임차인이 지출한 토지조성비를 임대인에게 지급한 임차료로 보기 위해서는 계약ㆍ법률상 임대인이 지출하여야 할 비용을 임차인이 대신 부담하였고, 무상 또는 저렴한 요율로 임대함으로써 경제적인 임차료 보전이 있어야 하며, 임차인이 대신 부담한 지출의 효익이 임대인의 소유권 취득 내지 기부채납ㆍ원상회복 등을 통하여 최종적으로 임대인에게 귀속되어야 한다. 나아가, 임차인이 자기부담으로 임차부동산의 가치를 증가시키는 토지조성공사를 한 경우 용역의 공급시기는 부가가치세법에 따라 공사가 완료된 때로 보아야 한다.
1. 그러나, 쟁점1차개발비는 쟁점법인이 공장이전ㆍ신축을 위하여 지출한 것에 불과하므로, 쟁점법인이 청구인에게 임대료를 보전하는 대가로 지출하였다고 보기 어렵다.
2. 설령 쟁점법인이 자기부담으로 쟁점1차개발비를 지출하여 쟁점토지의 가치를 증가시켰다고 보더라도, 해당 용역의 공급시기는 공사가 완료된 2011년이므로, 처분청이 2015년∼2018년 귀속 종합소득세 및 2016년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 거부한 것은 위법하다. (라) 설령 쟁점토지사용계약이 임대차거래에 해당한다고 보더라도, 쟁점1차개발비는 선급임대료가 아니라 임대보증금에 해당하므로, 과다납부된 부가가치세 및 종합소득세는 환급되어야 한다.
1. 조사청은 ‘임대차계약은 곧 월 임대료 지급계약’이라고 단정하나, 현실에서 임대차거래는 전세, 월세, 반전세 등 다양한 형태로 나타난다. 쟁점토지사용계약의 경우, 임대기간ㆍ임대료 등에 대한 구체적인 약정이 없어 계약당사자들의 주관적인 의사를 전혀 알 수 없으므로, 쟁점토지사용계약을 임대차거래로 본다면, 쟁점1차개발비는 그 실질이 가장 유사한 “임대보증금”으로 보아야 한다.
2. 만약 쟁점1차개발비를 임대보증금으로 본다면, 이자소득금액 초과분에 대한 종합소득세 및 간주임대료 초과분에 대한 부가가치세는 과다신고ㆍ납부된 것인바 환급대상에 해당한다.
(3) [쟁점②] 쟁점2차개발비는 쟁점법인이 관련 법령에 따라 지출한 원상회복비ㆍ형질변경비 등이므로, 청구인의 임대사업소득이 아니다. (가) 쟁점2차개발비는 공장신설 인허가가 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제13조의5 제1호 에 따라 취소되자, OOO이 관련 규정에 근거하여 청구인에게 한 쟁점토지 원상회복명령을 이행하는 과정에서 지출된 원상회복비용 및 전대를 위하여 지출된 야적장으로의 형질변경 비용이다. 따라서, 쟁점2차개발비의 지출의무자는 임대인인 청구인이 아니라, 공장설립 인허가를 획득한 쟁점법인인바, 쟁점2차개발비를 청구인에게 귀속되는 임대소득으로 보는 것은 타당하지 아니하다. (나) 특히, 쟁점법인은 쟁점토지를 BBB 주식회사에게 야적장으로 전대하여 수취한 임대료로 쟁점2차개발비 전액을 보전하였고, 그 전대수입에 대한 세금계산서 발행과 부가가치세 및 법인세 신고ㆍ납부의무를 모두 이행하였다(청구인은 쟁점2차개발비가 모두 충당된 2019년 이후에서야 쟁점토지사용계약서 제6조 제3항에 따라, 쟁점법인으로부터 전대수입 중 일부를 분배받았고, 관련 부가가치세 및 종합소득세를 모두 신고ㆍ납부하였다). 따라서, 2018년까지는 쟁점2차개발비와 관련하여 청구인이 얻은 이익 내지 소득은 전혀 없는바, 쟁점2차개발비 관련 경정청구 거부처분은 위법하다.
① 쟁점법인이 공장이전ㆍ신축공사를 위하여 지출한 쟁점1차개발비는 청구인의 사업소득이 아니라는 청구주장의 당부
② 일정기간 내 공장이전ㆍ신축공사 착공을 하지 못하여 공장설립승인이 취소되자 쟁점법인이 원상회복ㆍ형질변경비용 등으로 지출한 쟁점2차개발비는 청구인의 사업소득이 아니라는 청구주장의 당부
(1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 일부개정된 것) 제52조 [부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 일부개정된 것) 제87조 [특수관계자의 범위] ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항 의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 제88조 [부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제106조 [소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
(3) 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 일부개정된 것) 제9조 [거래시기] ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
(4) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 일부개정된 것) 제7조 [용역의 공급] ③ 사업자가 대가(對價)를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 법 제7조 제3항 단서에서 “사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역”이란 사업용 부동산의 임대용역을 말한다. (5) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 일부개정된 것) 제19조 ③ 법 제7조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자”란 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각 호에 규정된 자(이하 “특수관계에 있는 자”라 한다)를 말한다.
(6) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2017.3.21. 법률 제14669호로 일부개정된 것) 제13조 [공장설립등의 승인] ① 공장건축면적이 500제곱미터 이상인 공장의 신설ㆍ증설 또는 업종변경(이하 “공장설립등”이라 한다)을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 승인을 받아야 하며, 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 제13조의5 [공장설립등의 승인의 취소] 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제13조에 따라 공장설립등의 승인을 받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 사업시행이 곤란하다고 인정하는 경우에는 그 공장설립등의 승인의 취소 및 해당 토지의 원상회복을 명할 수 있으며, 이 경우 원상회복에 관하여는 농지법 제42조 및 산지관리법 제39조 를 준용한다. 다만, 제3호에 따른 기간을 초과하는 것이 부득이하다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 공장설립등의 승인을 받은 날부터 3년(농지전용허가 또는 신고가 의제된 경우에는 2년)이 지날 때까지 공장을 착공하지 아니하는 경우
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 아래 OOO와 같이 2015.10.21.∼2018.1.17. 및 2021.1.13.부터 현재까지 기간 동안 쟁점법인의 대표이사를 맡고 있다. (나) 처분청(OOO서장)은 청구인이 아래 OOO과 같이 한 2016년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세 기한후신고 내용을 그대로 시인하였다. (다) 처분청(OOO서장)은 2015년∼2018년 귀속 종합소득세에 대하여, 아래 OOO와 같이, 수정신고분은 그대로 시인하고, 기한후신고분에 대해서는 결정ㆍ고지를 하였다. (라) 청구인의 경정청구 관련 내역은 아래 OOO와 같다. (마) 쟁점개발비의 세부내역은 아래 OOO과 같다. (바) 청구인과 쟁점법인이 2010년 10월 체결한 쟁점토지사용계약의 주요내용은 아래 OOO과 같다. (사) 청구인은 쟁점법인과 BBB 주식회사가 2016.9.13.(쟁점법인 대표이사 청구인) 및 2018.12.19.(쟁점법인 대표이사 AAA) 쟁점토지를 BBB 주식회사의 ‘고강도 콘크리트파일 야적장’으로 임대차하는 내용으로 작성한 2개의 쟁점토지 임대차계약서를 제출하였다. 이에 의하면, 임대차기간은 2016.9.13.∼2023.12.20. 기간이고, 월 임대료는 OOO원인 것으로 나타난다. (아) 청구인은 “쟁점법인이 BBB 주식회사로부터 수취한 임대료로 쟁점2차개발비를 모두 회수하게 되자, 쟁점법인이 이후 수취하는 쟁점토지에 대한 임대료를 청구인과 분배하기 위하여 청구인과 쟁점토지 임대차계약서를 작성하였다”고 주장하면서, 청구인과 쟁점법인이 2019.7.1. 작성한 쟁점토지 임대차계약서(월 임대료 OOO원, 보증금 없음)를 제출하였다. (자) 조사청의 이 건 세무조사 당시 쟁점법인의 대표이사였던 AAA은 “쟁점토지사용계약서, 쟁점법인과 BBB 주식회사가 작성한 토지임대차계약서 및 청구인과 쟁점법인이 작성한 토지임대차계약서 이외에 별도의 계약서는 존재하지 아니한다”는 내용으로 작성한 확인서를 조사청에 제출하였다. (차) 청구인은 2009.9.7. 시행된 OOO의 공장신설승인서(제2009-26호, 착공예정일: 2009년 9월)를 제출하였다. 승인서에는 쟁점토지의 지목이 “임야ㆍ전ㆍ대지”로 기재되어 있고, 승인 조건으로는 “공장설립 승인을 얻은 날부터 3년 이내에 공장의 착공을 하여야 하고, 공장설립 완료 후에는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제15조 규정에 따라, 2월 이내에 공장설립 완료 신고를 하여야 한다”는 내용이 기재되어 있으나, 쟁점법인은 이 건 심판청구일 현재까지 공장건설 착공을 하지 못하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점법인과 형식적으로 사용계약을 체결한 후 실질적으로는 쟁점토지를 무상임차하고 법인자금을 이용하여 토지조성공사를 한 것이므로 쟁점1차개발비는 선수임대료로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점1차개발비에 토지소유자인 청구인에게 그 효익이 귀속될 토지조성공사비용도 일부 포함되어 있는 것으로 보이기는 하나, 반대로 그 중 공장이전 관련 비용이 상당부분을 차지하는 것으로 나타나고, 특히 쟁점법인이 단순히 쟁점1차개발비를 지출한 것에 그치지 않고, 개별 공사감독도 수행하였다는 청구주장에 신뢰성이 있어 보이는 반면, 현재까지 제출된 세부 지출내역만으로는 부지 조성공사 등의 비용 중 토지 평탄화 등 자본적 지출의 비중이나 최종적으로 그에 청구인에게 귀속된 효익을 명확하게 구분하기는 어려워 보이는 점, 최종적으로 쟁점법인의 공장건설이 완료된 후 쟁점법인이 쟁점토지에 대하여 원상회복을 하지 아니하고 공장 소유권을 청구인에게 이전할 것으로 기대하기는 어려워 보이고, 덧붙여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따라 공장설립 승인이 취소되어 쟁점토지를 야적장으로 사용 내지 임대할 수 있도록 쟁점토지의 형질을 변경한 사정 등을 고려하면, 그 상당부분이 공장설립을 위하여 지출된 것으로 보여 쟁점1차개발비가 청구인에게 귀속되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구인이 특수관계에 있는 쟁점법인으로 하여금 쟁점토지를 공장용지로 사용하게 하여 실질적으로 무상으로 임대한 것으로 보아 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청들이 쟁점1차개발비를 선수임대료로서 청구인의 사업소득에 해당한다고 보아, 종합소득세 및 부가가치세 경정청구를 거부한 이 건 처분들에는 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인이 관련 법률 등에 따라 불가피하게 쟁점토지의 원상회복 등을 위하여 쟁점2차개발비를 지출한 것일 뿐, 쟁점2차개발비는 청구인의 사업소득이 아니라고 주장하나, 쟁점2차개발비의 세부내역에 의하면, 쟁점2차개발비의 대부분은 쟁점토지를 야적장으로 형질변경하기 위하여 지출된 금액으로 나타나는데, 이후 쟁점법인은 BBB 주식회사와 2016년∼2023년 기간 동안 쟁점토지를 야적장으로 사용하는 내용으로 임대차계약을 체결하였고 그에 따라 임대(전대)료를 지급받았으며, 이는 이어서 청구인에게 직접 귀속되거나 쟁점토지사용계약에 따라 청구인과 쟁점법인이 정산하여야 할 쟁점토지의 개발비용으로 충당된 점 등에 비추어, 쟁점2차개발비는 그 지출에 따른 효익이 청구인에게 귀속된 것으로 보이므로 위 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 같은 이유에서 처분청들이 한 이 건 경정청구 거부처분들은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.