쟁점기부채납시설 공급이 30년간의 부지 임대료를 선납한 것이므로 대가관계에 따른 유상거래로 보아야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은지방공기업법에 따라 OOO가 100% 출자하여 2011.11.1. 설립된 비영리법인으로 OOO에서 추진하는 “OOO 특구개발사업 및 국제과학 비즈니스벨트 OOO 개발사업”의 사업시행자이다.
• 나. 청구법인은 위 개발사업의 일환으로 “OOO 사이언스콤플 렉스 조성 민자유치사업”을 실행하면서 공모를 통해 OOO 을 사업시행자로 선정한 후, 2015.1.26. “OOO 사이언스콤플렉스 조 성 민자유치사업 실시협약”(이하 “쟁점협약”이라 한다)을 체결하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점협약에 따라 사업시행자 지위를 승계받은 ㈜AAA(이하 “AAA”라 한다)로부터 2020.10.28. 공익사업시설(13,840㎡ 부지 내 시설일체로 이하 “쟁점기부채납시설”이라 한다)을 기부채납 받은 후, 동 일자에 공급받는 자를 AAA로 하여 공급가액 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발행·교부하고, AAA로부터 동일 금액의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였으며, 2021.1.22. 2020년 제2기 부가가치세 확정신고 시 부가가치세 OOO원에 대한 환급을 신청하였다(기타 매입세액 과다로 환급 발생).
• 라. 처분청은 쟁점세금계산서 수수의 적정여부를 확인하기 위하여 2020년 제2기 부가가치세 확정신고분에 대한 환급 현장확인을 실시하였는바, 그 결과 쟁점세금계산서가 쟁점기부채납시설 건설용역의 무상공급과 관련되거나 선납임대료가 아닌 기부채납시설의 기부와 관련된 것으로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단한 후, 쟁점세금계산서상 매출·매입을 모두 부인하여 2021.6.15. 청구인에게 2020년 제2기 부가가치세(가공세금계산서 발급 관련 가산세) OOO원을 경정·고지하였다(동 부과처분전인 2020.5.26. 가산세 OOO원을 제외하고 OOO원을 환급결정 하였다가 가산세 한도 적용 오류를 이유로 OOO원을 추가 경정·고지하였다).
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.7.7. 이의신청을 거쳐 2021.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점세금계산서 관련 거래는 무상의 거래가 아닌 대가관계에 따른 거래이다. 법인세법제24조에 의하면 ‘기부금’을 내국법인이 ‘사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액’이라고 규정하고 있는바, 이 건에 있어 쟁점기부채납시설의 기부채납행위가 대가적 관계에 따른 반대급부로서 이루어졌음에도 불구하고, 대가관계 없이 기부채납된 것으로 보아부가가치세법제12조 제2항의 용역의 무상공급으로 본 것은 사실관계를 오인한 것이므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하고, 또한 청구법인이 쟁점기부채납시설을 받은 날에 30년간의 부지임대료를 현물로 선급받은 것이므로 청구법인이 발급한 쟁점매출세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 가공세금계산서 발급 관련 가산세를 부과한 것은부가가치세법제17조(재화용역의 공급시기특례)에서 규정하고 있는 법리와 사실관계를 오인한 부당한 처분이므로 취소되어야 한다. (가) 쟁점기부채납시설은 청구법인이 부지임대료와 관련하여 반대급부로 받은 유상의 거래이다. 쟁점기부채납시설은 사업시행자가 청구법인 소유 부지를 30년간 사용하는 대가로 현금임대료 이외에 현물로 일시에 제공한 것이고, 이는 민자유치사업 지침서와 당사자 간에 체결한 쟁점협약서 등에 명확히 나타나는바, 사업시행자가 의무적으로 자기의 사업을 위하여 제공한 것이 명백하다. 청구법인은 처분청에서 언급한공유재산 및 물품 관리법의 적용을 받지 않는 공공기관이고, 처분청이 기부채납시설이란 용어에 의존하여 쟁점협약서만 해석한 것으로 보이나,국세기본법제14조에 의하면 계약내용에 불구하고 실질적인 거래관계를 보도록 되어 있고, 즉 AAA에서 실질적으로 대가없이 OOO원 가치의 용역을 제공한 것이냐, 아니냐가 이 건의 쟁점인데, 그 본질은 공사 부지에서 사업을 진행하는 대가이며, 만일 순수한 기부라 본다면 쟁점협약(부지 임대계약)이 아닌 별도의 증여계약서가 있어야 될 것이고, 공유재산 및 물품 관리법 시행령제5조의 내용을 보면 이행각서나 별도의 계약을 체결하도록 되어 있음을 알 수 있다. (나) 쟁점기부채납시설은 OOO가 아닌 청구법인에 대한 것이다. 쟁점기부채납시설이 설치된 OOO 일원은 청구법인 소유 부지이고, 청구법인에게 기부채납 한다는 당사자 간의 인계⸳인수서가 있으며, 쟁점기부채납시설을 청구법인이 활용하고 있으므로 청구법인의 소유이다. 기부채납시설이라는 용어는공유재산 및 물품 관리법에 따른 지방자치단체 외의 자가 재산의 소유권을 지방자치단체에 무상으로 이전할 때 사용하는 용어로 편의상 상업시설과의 구분을 위하여 사용하는 것으로 당사자 간 용어사용에 있어 혼란이 있는 부분이고, 쟁점협약서를 보면 OOO는 입회인일 뿐, 실제 계약당사자는 OOO와 청구법인임을 알 수 있다. (다) 쟁점기부채납시설은 OOO의 시민이면 누구나 무료입장 가능한 OOO에 설치되어 있어 공익시설로 볼 측면도 있으나, 청구법인은 세무상 영리법인에 해당되고, OOO에 무료입장이 가능하여 이에 따른 내방객 증대가 이어질 경우, 일정기간 행사업체 등에 대한 임대 및 광장 내부의 식⸳음료품 판매장에 대한 민간임대수입이 증가될 수 있으므로 청구법인은 과학공원을 매개로 하여 수익을 창출하기 위해 다각도로 수익사업을 추진하고 있는바, 실제로도 OOO탑 미디어파사드, 음악분수 및 OOO 등을 조성하여 많은 관람객들이 찾아오고 있고, 현재 관람객을 대상으로 과학공원 내 광장스토어에 식·음료 시설을 설치하여 운영중에 있으며, 한빛탑 라운지에 식·음료 시설 임대·유치를 위하여 감정평가를 준비중에 있다. (라) 쟁점협약서에 토지임대료에 대한 현금조항만 있고, 기부채납시설에 대한 사항은 별도 조항에 있다하여 쟁점기부채납시설이 임대료조에 해당하지 아니한다고 본 것은 사실관계를 오인한 것이다. 사업시행자인 AAA가 아무런 대가 없이 청구법인에게 쟁점기부채납시설을 이관한 것이 아니라 자기의 사업(백화점 운영)을 위하여 30년간 청구법인 부지를 사용할 목적으로 기부채납한 것인바, 처분청이 사업계획서 및 쟁점협약서에 쟁점기부채납시설이 토지사용료에 해당한다는 명시적 문구가 없다 하여 이를 인정하지 아니하는 것은 외형적 명칭에 따라 판단하는 것으로국세기본법상 실질과세 원칙에 어긋나는 것이라 할 것이고, 또한 이 건의 쟁점은 당사자 간의 쟁점기부채납시설 수수가 대가관계에 의한 것이냐, 아니면 무상 기부냐에 있는 것이지 그 대가가 토지임대료에 해당되는지 아니면 다른 명칭의 대가에 해당하는지 여부는 아무런 상관이 없다. (마) 2020.12.18.자 대한상사중재원 중재판정부의 중재판정은 당사자 간에 체결한 쟁점협약의 해석상 이견에 대한 것으로(부지임대료의 납부시기의 해석 차이), 처분청은 이를 근거로 AAA가 추가적인 토지사용료로 현물을 지불할 이유가 없다고 하나, 이를 달리 보면 AAA가 쟁점협약서 상의 문구 해석을 두고 다툰다는 것은 결국 AAA가 영리법인으로서 이 건 사업과 관련하여 쟁점협약서에 규정된 부담 이외의 어떠한 행위도 임의로 하지 않겠다는 표현이라 고 할 것이므로, 따라서 AAA가 백화점 설치 및 운영과 관계없이 청구법인에게 임의로 OOO원 상당의 기부채납시설을 인계할 이유가 없다 할 것이다. (바) 처분청은 쟁점기부채납시설의 소유권과 사용수익권이 청구법인에게 있으므로 대가관계가 없다고 하나, 이는 사용수익기부자산만이 대가관계가 있다고 판단하는 오류를 범하고 있다. (2) 처분청은 청구법인이 교부한 쟁점매출세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아부가가치세법제60조 제3항 제1호에 따른 가산세(공급가액의 3%)를 과세하였는바, 설령 이를 인정한다 하더라도 이는 청구법인이 고의로 부가가치세를 포탈할 목적으로 발행한 것이 아닌 쟁점기부채납시설을 임대료 선급분으로 판단하여 착오로 발행한 것이고, 해당 매출분에 대한 부가가치세도 납부하였으 므로, 이는 가공세금계산서발급 가산세 적용대상에 해당하지 아니한
• 다. 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 AAA로부터 쟁점기부채납시설을 무상으로 기부받은 것과 관련하여 수수된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (가) 청구법인은 OOO가 100% 지분을 가지고 있고,지방공기업법제3조(경영의 기본원칙) 제1항에 따라 기업의 경제성과 공공복리를 증대하도록 운영되고 있는 지방공기업으로,법인세법제24 및공유재산 및 물품 관리법제2조에 따라 기부채납형식으로 쟁점기부채납시설을 무상으로 취득한 후, 어떠한 대가도 지불하지 아니하였는바, OOO을 무상으로 취득하였으며 어떠한 대가를 지불하지 아니하였다. (나) 쟁점세금계산서 발행 당시(2020.10.28.) OOO 대지 563,298㎡중 264,714㎡는 OOO의 소유 지분(약47%)으로 청구법인의 소유 부지라는 청구주장은 사실과 다르고, OOO가 2020.12.24. 청구법인에 현물출자 하였으며, 2015.1.26. 작성된 쟁점협약 제42조에 의하면, ‘공익사업 기부채납 시설’을 착공한 후, 청구법인에 기부채납 하여야 한다고 되어 있고, 총사업비는 사업시행자가 사업계획서에서 제시한 OOO원으로 한다고 규정되어 있으며, 제2조 제19호에서 ‘토지사용료’는 사업시행자가 본 협약 제19조에 따라 본 사업을 위한 사업부지의 사용권을 일정기간 제공받은 대가로, 제2조 제30호에서 ‘공익사업 기부채납 시설’은 OOO의 성과 계승·기념 및 영광을 재현하기 위한 사업 등 청구법인 사장이 제시하는 시설 등으로, 제2조 제31호에서 ‘지역사회환원금액’은 OOO 사이언스 콤플렉스 조성 민자유치사업의 공공성 강화를 위해 사업시행자가 추가 사업계획서에서 제시한 금액으로 규정하고 있어 토지사용료 외에는 청구법인이 주장하는 바와 같이 쟁점기부채납시설이 일정기간 제공받은 대가라는 표현은 있지 아니하다. (다) OOO의 2015.1.26.(월) 보도자료에 의하면 쟁점협약 체결내역에 ‘OOO원 상당의 공익사업 기부채납, 지역환원금액 OOO원, 토지사용료연간 OOO원을 납부키로 했다’고 되어 있어 쟁점기부채납시설의 제공이 임대료 성격이 아님을 명확히 알 수 있고, 또한 OOO은 OOO 재창조 사업의 일환으로 AAA가 쟁점협약에 따라 리모델링 공사를 하였으며, 현재는 OOO 시민뿐만 아니라 누구든지 이용할 수 있는 공원 및 광장으로, 당연히 공익시설에 해당하고, 일반영리법인의 시설과 같이 배타적으로 사용·수익하는 시설이 아니다. (라) 2020.10.28.자 발행된 쟁점세금계산서의 품목을 보면 공익사업기부채납시설, 공익사업 기부채납시설(OOO) 등으로 표기되어 있는 반면, 2020.1.31.자 발행된 매출세금계산서의 품목란에는 사이언스콤플렉스 토지사용료(2020년도분)라고 명기되어 있어 기부채납과 토지사용료가 다름이 확인됨을 알 수 있다. (마) 청구법인이 2020.10.27. 작성한 “제86회 이사회 의결결과 알림” 자료에 의하면, 이사회 부의안 제안사유에 “사이언스콤플렉스 조성 민자유치사업”의 공공기여사업으로 추진한 공익사업 기부채납 준공시설을 관련 협약 및 공사내규에 따라 사업시행자(AAA)로부터 기부를 받아 취득하고자 한다는 내용이 명기된 사실에서, 청구법인이 쟁점기부채납시설을 AAA로부터 기부받았음이 명확히 나타남에도 유상으로 취득한 것처럼 주장을 하고 있으므로 이는 타당하지 아니하다. (바) 2020.12.18. 대한상사중재원 중재판정부 중재판정(사건번호: 중재 제20111-0017호)에 의하면, 연간 토지사용료가 OOO원이라고 명확히 규정하고 있지만 OOO원 상당의 공익사업 기부채납이 토지사용료에 해당한다는 중재내용이 존재하지 아니하고,민법제618조에서는 “임대차는 당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용·수익하게 할 것을 약정하고, 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 효력이 생긴다.”고 하고 있는데, 쟁점협약상 공익사업 기부채납시설이나 지원환원금액은 사용·수익하는 목적물이 아니므로 토지사용료와 달리 대가성이 없어 임대료가 성립할 수 없다. (사)공유재산 및 물품 관리법제2조 제3호에 의하면, 기부채납은 지방자치단체 외의 자가 제4조 제1항 각 호에 해당하는 재산의 소유권을 무상으로 지방자치단체에 이전하여 지방자치단체가 이를 취득하는 것을 의미한다고 하고 있고, 같은 법 제7조 제1항에서는 지방자치단체의 장은 제4조 제1항 각 호의 재산을 지방자치단체에 기부하려는 자가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 받을 수 있다고 하고 있으나, 2015.1.26. 작성된 쟁점협약상 기부채납이란 용어를 사용한 것은 그 실질 주체가 청구법인이 아닌 OOO로 청구법인의 100% 지분을 소유하고 있었고, OOO 일대 토지의 47%를 OOO가 소유하고 있었다. (아) 쟁점기부채납시설이 있는 OOO은 부가가치세 과세사업과 관련이 없이 AAA가 건설용역을 무상으로 공급하여 청구법인이 취득한 공원시설이고, 설령 청구법인이 무상으로 받을 것을 유상이라고 주장한다 하더라도 무상이 갑자기 대가(對價)관계에 따른 반대급부가 생기는 것은 아니며, 대가(對價)관계가 인정된다 하더라도 공원(公園)은공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률상 토지에 해당하므로 쟁점매입세금계산서는 매입세액 공제대상이 될 수도 없고, OOO은 구축물이 아닌 누구든지 이용 가능한 공원 및 광장(土地)인 공익시설로 기부에 의한 자산수증이익에 해당함에도 불구하고, 구축물, 기계장치 등으로 허위 계상하여 장기적으로 감가상각을 통하여 비용처리를 하였음은 물론 장기선수수익을 계상하여 공기업의 경영성과를 부풀린 것으로 보인다. (2) 청구법인은 쟁점매출세금계산서가 착오로 발급된 것이므로 가공세금계산서 발급 가산세 적용대상에 해당하지 않는다는 주장이나, 당초 처분청은 착오로국세기본법제49조의 규정에 따라 가산세 한도를 적용하여 OOO원을 과세예고 하였고, 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하는 경우부가가치세법제60조 제3항 제1호에 따라 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3%의 가산세를 부과하도록 되어 있어 추가로 과세예고 후 조기결정신청을 받아 OOO원을 과세하였는바, 쟁점협약 제42조에 의하면 공익사업 기부채납 시설을 착공한 후 청구법인에게 기부채납 하여야 한다고 되어 있고, OOO의 2015년도 보도자료에 따르면 쟁점협약 체결내용에 대하여 OOO원 상당의 공익사업 기부채납, 지역환원금액 OOO원, 토지사용료 연간 OOO원 납부 등을 발표하였는데, 이는 쟁점기부채납시설의 기부채납이 임대료 성격이 아님을 공표한 것이며, “제86회 이사회 의결결과 알림”에 의하면, 이사회 부의안 제안사유에 사이언스콤플렉스 조성 민자유치사업의 공공기여사업으로 추진한 공익사업 기부채납 준공시설을 관련 협약 및 공사내규에 따라 사업시행자(AAA)로부터 유상이 아닌 무상으로 기부를 받아 취득하고자한다는 내용을 명기하여 OOO을 AAA로부터 기부받았음을 명확히 한 사실이 있는바, 결국 위 이사회 의결 등에 반하여 고의적, 임의적으로 쟁점매출세금계산서를 발행한 것으로 보이므로 쟁점매출세금계산서를 착오로 발행하였다는 청구주장은 사실과 다르다.

• 가. 쟁점

① 쟁점기부채납시설 공급이 30년간의 부지 임대료를 선납한 것이므로 대가관계에 따른 유상거래로 보아야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점매출세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본다 하더라도 착오로 발급된 것이므로 이 건 부가가치세(가산세)가 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 가.민법제32조에 따라 설립된 법인 나.사립학교법이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서민법제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다) 다.국세기본법제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 제24조【기부금의 손금불산입】① 이 조에서 "기부금"이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다. (2) 부가가치세법 제12조 【용역 공급의 특례】

① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한

• 다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

③ 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표 등(이하 "세금계산서 등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 (3) 부가가치세법 시행령 제25조【용역 공급의 범위】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 법 제11조에 따른 용역의 공급으로 본다.

1. 건설업의 경우 건설사업자가 건설자재의 전부 또는 일부를 부담하는 것

2. 자기가 주요자재를 전혀 부담하지 아니하고 상대방으로부터 인도받은 재화를 단순히 가공만 해 주는 것

3. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 것 (4) 국세기본법 제49조 【가산세 한도】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가산세에 대해서는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원(중소기업기본법제2조 제1항에 따른 중소기업이 아닌 기업은 1억원)을 한도로 한다. 다만, 해당 의무를 고의적으로 위반한 경우에는 그러하지 아니하다. 3.부가가치세법제60조 제1항(같은 법 제68조 제2항에서 준용되는 경우를 포함한다), 같은 조 제2항 제1호ㆍ제3호부터 제5호까지 및 같은 조 제5항부터 제8항까지의 규정에 따른 가산세 (5) 조세범 처벌법 제3조 【조세 포탈 등】⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 6.조세특례제한법제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위 (6) 지방공기업법 제3조 【경영의 기본원칙】① 지방직영기업, 지방공사 및 지방공단(이하 "지방공기업"이라 한다)은 항상 기업의 경제성과 공공복리를 증대하도록 운영하여야 한다. (7) 공유재산 및 물품 관리법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "공유재산"이란 지방자치단체의 부담, 기부채납(寄附採納)이나 법령에 따라 지방자치단체 소유로 된 제4조 제1항 각 호의 재산을 말한다.

3. "기부채납"이란 지방자치단체 외의 자가 제4조 제1항 각 호에 해당하는 재산의 소유권을 무상으로 지방자치단체에 이전하여 지방자치단체가 이를 취득하는 것을 말한다. 제7조【기부채납】① 지방자치단체의 장은 제4조 제1항 각 호의 재산을 지방자치단체에 기부하려는 자가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 받을 수 있다. (8) 민법 제618조 【임대차의 의의】임대차는 당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 이 건 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은지방공기업법에 의하여 OOO가 100% 출자하여 2011.11.1. 설립된 비영리법인으로, 청구법인의 법인등기사항전부증명서와 정관 등에 나타난 주요 사업은 도시브랜드 및 마케팅 사업, OOO세계박람회 관리 및 운영, 과학기술 전시 홍보 및 국내외 투자유치 등의 사업 등으로 나타난다. (나) 청구법인은 OOO에서 추진하는 ‘OOO재창조 및 OOO지구 개발사업’의 사업시행자이고, 해당 사업의 일환인 ‘OOO 사이언스 콤플렉스 조성’을 위하여 민자유치사업을 추진하였으며, 민자유치사업 부지(47,448㎡)는 OOO(면적 563,298.7㎡) 내 사이언스 콤플렉스존에 소재하고, 해당 토지는 2014.4.10. 민자유치사업 공모 및 2015.10.23. OOO지구 개발사업 실시계획 승인고시 시점에는 대부분 청구법인 소유(OOO 지분 약 0.5%)로 되어 있다가 2015.12.31. OOO와 청구법인이 공동(OOO 지분 약 47%)으로 소유하게 되었으며, 2020.12.24. OOO의 현물출자로 현재는 청구법인의 소유로 되어 있음이 해당 토지의 등기사항전부증명서에 의해 확인된다. (다) 민자유치사업 부지(47,448㎡)와 쟁점기부채납시설을 포함한 OOO 재창조사업 관련 토지이용계획도에 의하면, 쟁점기부채납시설(해당 부지 면적은 13,840㎡)은 OOO기념존 내 소재하고 있는 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 OOO 사이언스 콤플렉스 민자유치사업 시행시점부터 쟁점기부채납시설 기부채납까지의 일자별 주요 사실관계 등 내용은 아래와 같다.

1. 청구법인은 2014.4.10. 민자유치사업 추진을 위한 별도의 사업시행자를 선정하기 위하여 민자유치사업 공모지침서를 작성하였는바, 여 기에는 사업시행자의 토지사용기한은 30년이고, 사업시행자는 랜드마크시설에 OOO원 이상 투자하며, 별도로 일정 금액을 공사가 제시하는 공익사업에 투자하여 공사에 기부채납 하게 할 수 있고, 평가항목 및 요소별 배점 내용에 공공기여도 점수는 200점으로 배정되어 있는 것으로 나타난다.

2. OOO은 민자유치사업 공모지침서에 따라 2014.7.2. ‘OOO 사이언스 콤플렉스 민자유치사업에 대한 보고서’를 제출하였고, 보고서상의 공공기여 투자금액은 랜드마크시설 투자비 OOO원, 공공시설 투자비 OOO원, 현금기부채납 제시금액 OOO원으로 총 OOO원에 해당하며, 2014.11.17. ‘사업계획서’를 제출하면서 지역환원금액 OOO원을 추가하여 최종 OOO원의 공공기여 투자금액을 제시하였다.

3. 청구법인은 2015.1.26. OOO과 ‘OOO 사이언스콤플렉스 조성 민자유치사업 실시협약’(쟁점협약)을 체결하 였는데, 제19조(토지사용료 등) 규정에 의하면, 청구법인 소유의 민자유치사업부지 사용기간은 30년 으로 하고, 토지사용기간 내 민자유치사업부지 상의 시설물의 소유 및 사용수익권을 사업시행자(OOO)에게 부여하고, 사업기간 만료시 청구법인에게 소유권을 무상 이전하는 내용을 포함하며, 연간 토지사용료 납부예정액은 OOO원으로 산정한 것으로 나타난다.

4. 쟁점협약서 제6장 제42조에 규정하는 공익사업 기부채납 시설에 대한 내용을 보면, 공익사업 기부채납 시설에 대한 총사업비는 사업시행자가 사업계획서에서 제시한 OOO원으로 한다고 되어 있다.

5. 청구법인은 AAA와 2017.11.3. 공익사업 기부채납 시설에 대한 ‘합의서’를 체결하였는바, 그 주요 내용을 보면, 쟁점기부채납시설의 최종사업비는 착공 전 확정된 OOO원을 유지함이 원칙이나, 설계변경 등에 의하여 최종 사업비가 OOO원 미만일 경우 청구법인은 추가 공익사업시설물 공사를 합의된 사업비 내에서 요청할 수 있으며, OOO원 초과일 경우 5%이상 초과할 수 없고, 초과금액에 대한 비용은 청구법인이 부담하는 것으로 정하고 있다. 6) 2020.10.23. 의결된 청구법인 이사회 부의안인 ‘공익사업 기부채납 시설 취득계획(안)’에 따르면, 청구법인이 쟁점기부채납시설을 쟁점협약 및 공사내규에 따라 AAA로부터 기부받아 취득하는 것을 제안하는 것을 주요 내용으로 하고 있다. 7) 청구법인과 AAA는 2020.10.28. 인계자를 AAA로, 인수자는 청구법인으로 하는 ‘공익사업 기부채납시설 인계·인수서’를 작성하였고, 같은 일자에 쟁점기부채납시설에 대하여 쟁점세금계산서를 발행 및 수취하였다.

8. 2015.1.26. OOO의 보도자료와 2020.9.25. OOO 기사에 나타난 쟁점기부채납시설의 기부채납 관련 내용을 보면, 공공성 확보를 위한 OOO원 상당의 공익사업 기부채납, 지역환원금액 OOO원, 토지사용료 연간 OOO원 납부 등의 내용이 있고, 쟁점기부채납시설이 2020.9.24. 준공된 내용이 나타난다. (마) 청구법인은 2020.10.22. 00회계법인으로부터 쟁점기부채납시설의 회계처리에 대한 자문결과를 회신받았는바, AAA가 쟁점기부채납시설을 청구법인에게 30년 임대료의 선납으로 매각하는 것이므로 매각시기에 청구법인에게 세금계산서를 발행하여야 하고, 청구법인은 30년 임대료를 선납(현물)으로 수령하였기에 이에 대한 세금계산서를 AAA에게 발행하여야 하며, 쟁점기부채납시설 취득시 5개 부분으로 구분된 감정평가액으로 구분하여 구축물 과목으로 분개하고, 이후 내용연수에 따라 감가상각하면 된다고 하였는바, 이와 관련하여 청구법인이 2020.10.28. 회계처리한 내역은 아래 OOO과 같고, 청구법인이 민자사업부지 관련 토지사용료와 쟁점기부채납시설 기부채납 및 토지사용료 수령과 관련하여 발급한 세금계산서 내역은 아래 OOO와 같

• 다. (바) 청구법인과 AAA는 연간 납부하여야 할 토지사용료 금액에 대한 다툼이 있어 대한상사중재원에 중재를 신청하였는데, 2020.12.18.자 중재판정(중재 제20111-0017호)의 판정주문에는 청구법인과 AAA 간에 2015.1.26. 체결된 쟁점협약과 관련하여 2021.1.1.부터 같은 협약에 따른 사업을 위하여 AAA가 설치한 건축물에 관하여 사용승인서 또는 사용승인전 임시사용승인서를 받을 때까지 AAA가 청구법인에게 납부하여여 할 토지사용료는 같은 협약 제19조 제3항에 따라 계산한 연간 토지사용료의 50%를 초과하여서는 존재하지 아니함을 확인한다고 하고 있고, 판단사항에 쟁점협약에 따른 민자사업부지와 관련된 토지사용료에 대한 언급만 있을 뿐, 쟁점기부채납시설의 토지사용료 성격에 대한 내용은 나타나지 아니한다.

(2) 청구법인은 쟁점기부채납시설을 30년간의 부지임대료의 반대급부로 제공하였고, 이에 따라 쟁점세금계산서를 수수하게 된 것이라고 주장하며 아래와 같이 쟁점기부채납시설의 제공 경위, 세금계산서 수수 경위 등을 제시하였다. (가) AAA(OOO)가 2014년 7월 제시한 OOO 사이언스 콤플렉스 민자유치사업 제안서의 공공기여도에 대한 투자제안에서 공공기여투자금액을 OOO원을 제안하였는데, 세부적으로는 랜드마크시설투자비 OOO원, 공공시설투자비 OOO원, 기부채납제시금액 OOO원 등이다. (나) 청구법인은 AAA가 제안한 공공기여투자금액과 그 밖의 제안내용을 종합평가하여 응모한 다른 회사를 제외하고 AAA를 민자유치사업시행자로 결정하였고, 2015년 1월 쟁점협약을 체결하였으며, 동 협약에서 공익사업기부채납시설을 청구법인이 제시하는 시설로 규정한 다음 기부채납시설에 대한 총 사업비는 OOO원으로 하였다. (다) 청구법인은 사업시행자가 기부채납할 시설을 결정하기 위하여 ㈜BBB에게 연구용역을 발주하였고, ㈜BBB가 2016년 2월 작성한 보고서상 음악분수와 디지털테마파크 조성이 적정하다는 내용(사업비 OOO원)을 반영하여 2017.11.3. 쟁점기부채납시설에 대한 합의서를 작성하였다. (라) 쟁점기부채납시설이 완공된 후, AAA는 동 시설을 청구법인에게 기부채납하였고, 2020.10.28. 청구법인과 AAA는 이와 관련하여 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서를 상호 발급하여 수수하였다. (마) AAA가 청구법인 소유 부지상에 쟁점기부채납시설을 조성하여 기부채납한 것은 아무런 대가없이 행한 행위가 아닌 청구법인 소유 부지 위에 판매시설(백화점)을 설치하여 운영하는 것을 조건으로 현금임대료 외에 30년간의 부지임대료를 대신하여 현물로서 선납하는 것으로, 이는 기부금이 아닌 30년간의 부지임대료의 반대급부로서 제공한 것이다(법제처의 2002.5.31.자 유권해석에서도 금고지정약정에 출연금이 금고의 지정에 대한 대가적 의미를 가지도록 규정되어 있는 경우, 이는 반대급부에 의한 것이어서기부금품모집규제법상 기부금품에 해당되지 아니한다고 하였다). (바) AAA는 쟁점기부채납시설을 청구법인에게 30년 임대료의 선납으로 매각하는 것이므로 매각시기에 청구법인에게 세금계산서를 발행하여야 하고, 청구법인은 30년 임대료를 선납(현물)으로 수령하였기에 이에 대한 세금계산서를 AAA에게 발행하여야 하며, 임대료 수입의 세금계산서 발행시기는 당사자간 약정된 임대료 지급시기이므로 현재 당사자간에 현금임대료를 1년 단위로 수취하고 있어 1년마다 쟁점기부채납시설가액을 30등분하여 1역년의 가액을 공급가액으로 하여 매년 세금계산서를 발행하여야 하고, 대가를 선불로 받는 경우에는 받는 시기에 세금계산서를 발행할 수 있다. 따라서, 청구법인은 30년간 분할하여 세금계산서를 발행하거나 아니면 일시에 발행할 수 있는바, 청구법인의 쟁점기부채납시설관련 부가가치세 부담 경감 및 청구법인의 사후관리(분할 발행) 부담 등의 사유로 일시에 발행한 것이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 거래가 무상의 거래가 아닌 대가관계에 따른 유상거래이므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하고, 청구법인이 쟁점기부채납시설을 받은 날에 30년간의 부지임대료를 현물로 선급받은 것이므로 처분청이 가공세금계산서 발급 관련 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 AAA(신세계 컨소시엄)와 체결한 쟁점협약서 내용을 보면, 제19조에서 토지사용료를, 제42조에서 공익사업 기부채납 시설에 대한 내용을 달리 정하고 있고, 2014년 4월 작성된 민자유치사업 공모지침서 제5.8조에 사업시행자가 민자사업부지에 민자제안시설, 공공사업시설, 랜드마크시설사업을 복합계획 및 설계하되, 이를 이유로 토지사용료를 조정할 수 없다고 하고 있어 쟁점기부채납시설의 제공을 토지(부지)임대료 성격으로 보기 어려운 점, 청구법인과 AAA 간의 연간 토지사용료 다툼에 대한 대한상사중재원의 중재판정 결정서 판단부분에 쟁점협약에 따른 민자사업부지와 관련된 토지사용료 관련 사항만 있을 뿐, 쟁점기부채납시설의 토지사용료 성격에 대한 내용이 나타나지 아니하는 점, AAA가 공급한 쟁점기부채납시설은 민자유치사업부지가 아닌 별도 부지에 위치하고 있고, 쟁점기부채납시설의 준공과 동시에 소유권과 사용 수익권이 청구법인에게 인계되므로 AAA가 사용·수익할 수 있는 시설이 아니어서 쟁점기부채납시설 이용과 관련된 추가적인 토지(부지)사용료를 지급할 필요가 없어 보이는 점 등에서 쟁점세금계산서 거래는 당사자 간에 대가관계 없는 무상거래와 관련하여 수수된 세금계산서 거래라 할 것이므로, 처분청이 쟁점세금계산서 거래를 부인하고 가공세금계산서 발급분에 대한 가산세를 부과한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서 거래를 가공거래로 보더라도 이는 조세포탈 목적이 아닌 착오에 의한 것이므로 가산세를 면제하여야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의나 과실, 무지나 착오 등은 고려되지 아니하는바, 앞에서 인정된 사실 등에 의하면, 쟁점기부채납시설의 제공이 토지사용료의 지급 등과 같은 유상거래에 해당한다고 볼 수 있는 명확한 근거가 없었고, 그 밖에 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유도 존재하지 아니하므로, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다