쟁점매입세액이 안분대상 공통매입세액이 아니라는 청구주장의 당부 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 나노기술개발촉진법제11조에 근거하여 설립된 비영리 공익법인으로, 정부출연금으로 나노장비를 취득한 후 고유목적 사업을 위해 장비를 임대하고 일정한 사용료를 받는 사업을 영위하면서 나노장비 취득 및 유지 관련 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다) 전체에 대해 매입세액을 공제하는 것으로 하여 2016년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 2020년 제2기 확정분 부가가치세 환급신고를 검토하여, 청구법인이 공통매입세액 안분계산을 실시하지 아니하여 부가가치세를 과다환급받은 혐의를 발견하였고, 이에 쟁점매입세액을 과·면세 안분대상 공통매입세액으로 보아 정부출연금을 면세공급가액에 해당하는 것으로 하여 쟁점매입세액을 안분계산한 후 2021.4.30., 2021.5.7. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2016년 제1기분∼2020년 제2기분 부가가치세 합계 OOO원을 각각 경정‧고지하였다. ＜표1＞ 이 건 경정·고지 내역 OOO
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 부가가치세 신고 내역은 아래와 같다. (가) 청구법인은 OOO의 부설기관(분원)으로서 정부의 나노산업육성을 위한 나노장비구축 및 운용사업자로 선정되어, 초기에 정부출연금으로 나노장비를 구축하여 국내 이용자에게 임대 및 사용하게 하고 일정한 이용료를 받는 사업을 목적으로 2002년 7월 설립된 비영리공익법인으로서, 설립 시부터 현재까지 장비이용수입 전체에 대하여 세금계산서를 발행하고 장비취득 및 유지관련 매입세액을 공제하는 방법으로 부가가치세 신고를 하고 있다. 청구법인은 설립 이후 사업범위를 넓혀 정부 및 민간수탁과제 수행 및 교육용역 사업도 수행하고 있고, 정부수탁과제는 비수익사업으로, 민간수탁과제 수행은 대부분 과세대상으로 하여 세금계산서를 발행하고 있으며, 교육용역 사업은 정부출연금 재원으로 수행하고 있다. (나) 청구법인은 장비이용수입 전체와 민간수탁과제 수입 중 과세수입에 해당하는 수입에 대하여 세금계산서를 발행하여 매출세액으로 하고, 장비이용수입 관련 매입세액(장비취득 및 유지관리 관련)을 공제받을 매입세액으로 하며, 민간수탁과제 및 정부수탁과제 관련 매입세액과 그 외 매입세액을 전부 공제받지 못할 매입세액으로 하여 부가가치세 신고를 하고 있다. (2) 청구법인의 쟁점매입세액은 실지귀속이 구분되는 매입세액이다. (가) 처분청이 공통매입세액이라고 하는 매입세액은 장비 취득 및 유지 관련 매입세액(쟁점매입세액)으로서 청구법인은 해당 장비를 주로 장비서비스 제공(장비이용수입)에 사용하고, 정부 및 민간수탁과제 수행 및 교육용역 사업 수행 시 일부사용하고 있다. (나) 청구법인의 장비이용료는 내부규정인 ‘보유장비운영요령’에서 정한 기준에 따라 징구하고, 그 산출내역을 보면 고정비용과 변동비용을 합한 가액에 이용자별 할인율을 적용하여 부과하고 있는바 통상적으로 중소기업 및 공공법인에게 일정율의 할인율을 적용하고 있다. 또한 내부적으로 장비를 사용하는 경우(정부 및 민간수탁과제 수행 및 교육용역 수행하는 경우)에도 정부 또는 과제별 정산을 위하여 사용시간, 사용기간별 장비사용 보수 산출기준에 따라 산정된 가액에 할인율(할인율 적용대상인 경우)을 적용하여 장비사용비용을 산출하여 정산하고 있다. (다) 청구법인은 장비이용료 산출시 해당 장비 취득 및 유지비용에 장비운영시간을 곱하여 산정하는데, 총 장비운영시간과 장비이용료 산출내역은 다음과 같다. 1년 총 장비 운영시간: 12개월 × 20일(1개월) × 8시간(1일) × 직전연도 연평균 가동율 장비이용료 산출: (장비취득 및 유지비용 ÷ 총 연간 장비운영시간) = 시간당 장비이용료 × 장비사용시간 × 이용자별 할인율 (라) 따라서 청구법인의 보유 장비가 과세사업과 면세사업(비수익사업 포함)에 공통으로 사용되는 재화이나 과세사업에 사용되는 부문과 면세사업에 사용되는 부문의 구분이 명확하다. 그 이유는 청구법인 보유 장비 이용료 산출 근거를 볼 때 외부목적 사용 또는 내부 자체사용 등 모든 장비사용에 따른 시간당 장비이용료에 할인율을 적용하여 산출되기 때문이다(내부 자체사용의 경우에도 정부 및 과제별 정산상 필요하여 모두 장비이용료로 산출하고 있음). 그러므로 청구법인의 부가가치세 과세기간별 장비이용료 가액에서 할인율을 제외하여 장비이용료를 재계산한 가액이 장비의 실제이용시간이 되는데, 청구법인의 할인율을 제거한 과세기간별 장비이용료 수입은 다음 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 과세기간별 장비이용료 수입(청구법인 산정) OOO (마) 부가가치세법제40조 및 같은 법 시행령 제81조에서는 과세, 면세사업(비수익사업을 포함하며 이하 같다)을 겸영하는 사업자가 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 실지귀속에 의하되 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분대상 공통매입세액으로 보아 총공급가액에 대한 면세 공급가액비율로 안분된 가액을 불공제하도록 규정하고 있는바, 여기서 실지귀속이 구분되는 경우는 과세사업과 면세사업에 공통사용되는 자산의 경우 과세사업에 사용·소비되느냐 면세사업에 사용·소비되느냐의 구분이 명확한 경우에 그 실지귀속에 따라 매입세액을 공제하고 공통재화의 사용구분이 불분명한 경우에만 안분계산대상이라 하겠다. 따라서 쟁점매입세액은 그 사용구분이 과세사업과 면세사업의 구분이 명확하므로 안분대상이 아닌 실지귀속(사용구분)에 따라 매입세액을 공제하면 될 것이며, 이에 따라 재계산한 쟁점매입세액의 면세사업관련 매입세액은 다음 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점매입세액 중 면세사업관련 매입세액(청구법인 산정) OOO (바) 이상의 부가가치세 관계 법령의 입법취지와 법령해석을 볼 때 처분청이 쟁점매입세액을 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보아 안분계산한 것은 부당하므로, 쟁점매입세액을 과세, 면세 사용구분이 명확한 것으로 보아 쟁점매입세액 중 면세사업 관련 매입세액으로 불공제하여야 하는 매입세액은 2016년 제1기∼2020년 제2기분 부가가치세 합계 OOO원이다. (3) 쟁점매입세액의 안분계산시 정부출연금가액은 면세공급가액에서 제외되어야 한다. (가) 부가가치세법제40조 및 같은 법 시행령 제81조에서는 과제사업과 면세사업을 겸영하는 경우 과세사업과 면세사업에 공통 사용되어 그 실질귀속을 구분할 수 없는 경우에는 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계상한다고 규정하고, 면세공급가액에는 면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금의 합계액을 포함한다고 규정하고 있다. 여기서 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 과세사업에 대한 공급가액과 면세공급가액의 합계액이고(부가가치세법 시행규칙제54조 제2항), 면세공급가액은 면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업 등과 관련하여 받은 국고보조금과 공공보조금의 합계액이다. 또한 면세사업등이란 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세법제29조 제8항, 이하 “비수익사업”이라 한다)으로 정의하고 있다. (나) 공통매입세액 안분계산식의 면세공급가액의 범위를 공급가액이 있는 면세공급가액(공급가액이 있는 비수익사업 공급가액 포함)에 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 공급가액에서 제외되는 국고보조금가액을 포함시킨 것은 사업자가 면세사업등에 사용할 목적으로 국고보조금을 받아 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업에 사용하였으나(공급가액이 없는 비수익사업), 공급가액이 없어 면세공급가액을 산정할 수 없는 경우에 투입된 가액을 공급가액으로 의제하여 면세공급가액을 산정하기 위한 의미라고 판단된다. 이는 공통매입세액의 재원으로 투입되었으나 그 공통매입세액의 산출결과가 금액으로 나타나지 아니하는 경우(자체사용 등)에 금액으로 나타나지 아니하는 산출결과가액을 투입된 가액으로 추정하여 적용한다는 의미이다. (다) 쟁점매입세액과 관련하여 수령한 국고보조금은 면세사업 등에 사용할 목적으로 수령한 것이 아니라, 청구법인의 장비서비스 사업(과세사업)의 지원금으로 수령한 것이고, 해당 장비는 원칙적으로 청구법인의 장비이용료 수입에 사용되며, 일부 불규칙적으로 청구법인이 정부과제 또는 교육용역(부정기적임)을 수행하는 과정에서 자체 보유 장비를 사용할 경우에만 활용하고 있다. 또한 이 경우에도 장비사용에 대한 공급가액을 확정하여 과제정산을 하고 있다. (라) 따라서 청구법인의 쟁점매입세액이 안분대상 공통매입세액이라 하여도 면세공급가액에서 정부출연금 가액은 면세사업등에 사용할 목적으로 수령한 것이 아니고, 또한 면세사업등(공급가액 없는 비수익사업-자체사용)에 일부 사용되었어도 공급가액을 확정하기 때문에 제외되어야 한다. (4) 이상과 같이 과세사업과 면세사업에 공통 사용되는 재화의 매입세액은 그 실지귀속에 따라 공제·불공제하는 것으로, 그 사용구분이 합리적으로 명확한 경우에는 그 사용구분에 의하고, 불분명한 경우에는 안분하되, 이 때 면세공급가액에 포함되는 정부출연금이란 당초 면세사업등에 사용할 목적으로 수령하여 면세사업등에 투입하였으나 그 산출결과물이 자체사용 등으로 공급가액이 없는 경우에만 투입가액을 산출 공급가액으로 본다는 것이 법리상 논리이므로 쟁점매입세액에는 적용대상이 아니므로 쟁점매입세액 중 면세공급가액에서 정부출연금을 제외한 가액으로 하여 총공급가액 대비 면세공급가액으로 하여 2016년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 과세기간의 불공제 대상 매입세액을 OOO원으로 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점매입세액은 안분대상 공통매입세액에 해당한다. (가) 청구법인은 쟁점매입세액이 실지귀속이 구분되는 매입세액이라고 주장하면서 관련 매입장비가 과세사업(장비서비스 제공, 민간수탁과제 수행 일부), 면세사업(민간수탁과제 수행 일부, 교육용역 사업 수행), 비수익사업(정부수탁과제 수행)에 공통으로 사용된다고 스스로 인정하고 있다. (나) 또한, 청구법인은 쟁점매입세액이 공통매입세액이라고 스스로 인정하면서 장비이용료에서 할인율을 제거한 과세기간별 장비이용료 수입을 과세수입과 면세수입으로 구분하여 쟁점매입세액을 안분계산 하여야 한다고 주장하나 이는 법적 근거가 없는 계산방법이다. 1) 쟁점매입세액의 실지귀속이 구분되려면, 과세/면세 사용분에 대한 명확한 구분이 전제되어야 한다. 청구법인은 면세(비과세)사업에 관련 매입장비를 사용하는 경우에도 사용시간, 할인율을 적용하여 장비사용료를 산정하므로, 면세(비과세)사업 장비이용료에서 할인율을 제거하면, 면세(비과세)사업에 소요된 장비사용시간을 도출할 수 있고, 과세사업과 면세(비과세)사업의 장비사용시간을 기준으로 쟁점매입세액을 안분하는 것이 실지귀속에 따른 안분이라고 주장한다. 2) 그런데 청구법인이 과세사업인 장비제공서비스에 적용하는 ‘장비이용료 기준표’는 청구법인 홈페이지에 공개되어 있는데, 과세사업에 적용되는 ‘장비이용료 기준표’가 면세(비과세)사업 수행시 장비이용료에도 동일하게 적용되는지가 확인되지 않는다. 3) 또한, 장비이용료 기준표를 보면, ‘장비이용료는 공정조건에 따라 차이가 발생할 수 있다’는 점이 명시되어 있고, 장비이용자가 직접 장비를 이용하는지 아니면 OOO(OOO) 담당자가 장비이용을 진행하는지에 따라 장비이용료가 달라지는 등 다양한 장비사용 조건, 공정조건에 따라 장비이용료가 다르게 책정되는 것으로 확인된다. 그렇다면, 청구법인 주장과 같이 과세기간별 ‘장비이용료 수입’에서 ‘할인율’을 제거하여 재계산한다고 해서 장비이용시간(장비사용량)이 도출된다고 볼 수 없다. 즉, 과세사업 장비이용료 수입에는 장비이용시간, 할인율 뿐 아니라 다양한 장비이용조건, 공정조건이 반영되기 때문에 장비이용료 수입에 할인율을 제거한다고 해서 장비이용시간, 장비이용량이 도출되지 않는다. 그리고 개별 면세(비과세)사업의 경우에도 어떠한 조건하에서 장비가 사용되는지, 해당 장비사용료는 어떻게 책정되는지가 불분명하므로, 청구법인 주장과 같이 과세사업과 면세사업의 ‘장비이용료 수입’에서 ‘할인율’을 제거한 금액을 기준으로 실지귀속을 구분할 수 있다는 청구법인 주장은 타당하지 않다 할 것이다. 4) 정리하면, 이 건 매입장비가 과세사업과 면세(비과세)사업에 모두 활용되고 있는 점, 과세사업과 면세(비과세)사업에 이 건 매입장비가 사용될 경우 장비이용료 기준이 동일하다는 점이 확인되지 아니하고, 장비이용료는 다양한 장비이용조건을 고려하여 책정되므로 청구법인 주장처럼 장비이용료에서 할인율을 제거한 금액을 과세사업분/면세(비과세)사업분 구분기준으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면 쟁점매입세액은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 봄이 타당하다. (2) 쟁점매입세액의 안분계산시 정부출연금액은 면세공급가액에 포함되어야 한다. (가) 부가가치세법제40조 및 같은 법 시행령 제81조에서는 ‘과세사업과 면세사업을 겸영하여 과세사업과 면세사업에 공통 사용되어 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우 총공급가액에 대한 면세 공급가액의 비율로 안분하여 계산하고, 면세공급가액은 면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다’고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점매입세액 관련 정부출연금이 면세사업등에 사용할 목적으로 수령한 것이 아니라 청구법인의 과세사업(장비서비스 제공)의 지원금으로 수령한 것이라고 주장하나, 정부출연금으로 취득한 관련 매입장비가 과세사업(장비서비스 제공, 민간수탁과제 수행 일부), 면세사업(민간수탁과제 수행 일부, 교육용역 사업 수행), 비수익사업(정부수탁과제 수행)에 공통으로 사용되므로 과세사업(장비서비스 제공)의 지원금으로 수령한 것이라고 볼 수 없다. 상식적으로 국가가 청구법인의 과세사업(수익사업)을 위하여 정부출연금을 지급할 이유가 없다 할 것이므로 청구법인이 받은 정부출연금은 사실상 고유목적사업인 면세·비과세사업에 대한 대가로 보아야 한다. (3) 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점매입세액은 안분대상 공통매입세액에 해당하는 점, 청구법인이 받은 정부출연금은 면세사업등과 관련하여 받았으나 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금 등에 해당하는 점, 과세 및 면세사업에서 발생하는 수입 외에 국가로부터 출연금 등을 지급받는 경우 공통매입세액을 안분계산함에 있어 이를 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하는 점 등을 고려할 때 청구법인의 쟁점매입세액은 부가가치세법제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다.

• 가. 쟁점

① 쟁점매입세액이 안분대상 공통매입세액이 아니라는 청구주장의 당부

② 쟁점매입세액이 안분대상 공통매입세액에 해당한다 하더라도 공통매입세액의 안분계산시 정부출연금을 면세공급가액에 포함하지 않아야 된다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제29조【과세표준】⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제45조 【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체(종교단체의 경우에는 그 소속단체를 포함한다)로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 제81조【공통매입세액의 안분계산】① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제54조 【공통매입세액의 안분계산】② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 특별법인 OOO법에 따라 정부가 100% 출연하여 설립한 비영리공익법인인 OOO의 분원(지점)으로서, 본원인 OOO의 주요 설립 및 운영목적은 과학기술 및 산업발전을 위한 지도적 영재육성과 중·장기 국책연구개발과 타 산업체, 타 연구기관 대학 및 전문단체와의 기술제휴, 기술용역의 수탁 및 위탁과 기타 OOO의 목적달성을 위하여 필요한 사업의 수행이며, 분원인 청구법인의 주요 사업내용은 나노관련 장비 구축 및 이용 서비스 제공이고 부대적으로 정부과제수행과 산업계 인력 교육이다. (나) 청구법인은 정부의 나노산업육성을 위한 나노관련장비 구축 및 장비서비스 제공 사업자로 선정된 OOO의 부설(분원)기관으로, 2002년 7월 설립되어 나노장비를 구축하여 국내사용자(민간 및 공공기관)에게 임대 및 이용하게 하고 일정한 장비이용료를 받고 운영하고 있다. 청구법인은 비영리공익법인으로 수익사업과 목적사업(비수익사업)으로 구분경리하여 수익사업부문에 대하여 법인세 신고를 하고, 부가가치세는 과세, 면세, 비수익으로 구분하여 과세수익 관련 매입세액을 공제하는 방식으로 부가가치세 신고를 하고 있다. (다) 청구법인은 본원인 OOO과 별도의 독립회계에 따라 모든 수입과 지출, 예산편성 등을 OOO의 승인을 받아 독자적으로 운영하고 있어, 정부출연금 지원액과 장비서비스 수입 등이 OOO의 다른 용도에 투입되지 않고 오직 청구법인의 사업목적에만 사용되고 있다. 1) 청구법인의 장비서비스 제공에 대한 장비운영수입은 ‘보유장비운영요령’에서 정한 운영단가 산출 기준에 따라 산정된 장비별 운영단가에 이용자별 구분에 따른 할인율을 적용하여 부과하고 세금계산서를 발행하고 있다. 2) ‘보유장비운영요령’에서 규정하고 있는 장비별 운영단가 산출내역을 보면, 고정단가로 해당 장비의 감가상각비(해당 장비 취득가액에 해당 장비 총 사용가능시간으로 나눈 시간당 장비감가상각비)에 변동단가요소(직접재료비, 직접투입인건비, 전기료, 경상운영비)를 더한 가액으로 산정하고 있다. 3) 나노장비의 취득 및 유지비용은 해당 장비 이용수입과 정부출연금으로 재원을 마련하여 운영하고 있고, 정부정책의 기본 방향은 청구법인이 나노장비 이용수입으로 자체적으로 조직을 운영하는 것이며, 한시적으로 재원 부족 시에 정부출연금을 지원해주고 있다. (라) 청구법인은 설립시부터 2020년도까지 장비서비스 수입에 대하여 세금계산서를 발행하고 관련 장비취득 및 장비유지보수 관련 매입세액은 공제받을 매입세액으로 하여 부가가치세 신고를 하였고, 처분청은 지금까지 청구법인의 이러한 부가가치세 신고에 대하여 아무런 문제 제기가 없다가 2020년 제2기 확정분 부가가치세 신고 시 매입세액이 매출세액보다 많아 환급으로 신고되자 이에 대한 환급조사에서 나노장비 구축 및 유지 관련 매입세액을 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령제81조 제1항에 따라 매입세액을 안분하여 이 건 과세처분을 하였다. (마) 청구법인이 제출한 청구법인 및 OOO의 사업자등록증에 따르면, 청구법인은 ‘법인사업자: 지점’으로, ‘서비스/전문과학기계장비임대, 서비스/연구용역’을 영위하는 것으로, OOO은 ‘법인사업자: 본점’으로 ‘서비스/학술연구용역, 부동산/임대’를 영위하고 있음이 나타난다. (2) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO 산하 지점법인으로 나노기술개발촉진법제11조에 근거하여 설립되었고, 정부출연금으로 나노장비를 취득한 후 고유목적사업을 위해 장비를 임대하고 일정한 사용료를 받는 사업을 영위하면서 쟁점매입세액(나노장비 취득 및 유지 관련 매입세액) 전체에 대해 매입세액을 공제하여 2016년 제1기부터 2020년 제2기 부가가치세 과세기간까지 부가가치세를 신고하였다. (나) 2021.4.2. 개최된 OOO 회의에서, 청구법인은 장비임대 용역은 실비가 아닌 적정이윤이 포함된 공급으로 면세용역이 아님을 주장하고, 정부출연금에 대한 공통매입세액 안분계산에는 동의하였는데, OOO에서는 장비임대용역 대가의 실비 여부에 대한 추가적인 근거가 필요하다는 의견을 제시하였고, 공통매입세액 안분계산은 청구법인이 동의하여 의견을 제시하지 않았다. (다) 청구법인은 2021.4.23. 처분청 해명자료 등 제출안내에 대한 ‘납세자 해명자료’를 아래 ＜표4＞와 같이 제출하였다. ＜표4＞ 납세자 해명자료 OOO (라) 처분청은 청구법인이 제출한 ‘납세자 해명자료’를 검토한 후 제출 자료를 인용하여 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 홈페이지에 공개되어 있는 청구법인이 과세사업인 장비제공서비스에 적용하는 ‘장비이용료 기준표’는 아래 ＜표5＞와 같다. ＜ 표5＞ 8인치 반도체공정 장비이용료 기준표 ＜분석/바이오/신소재 장비이용료 기준표＞ OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세액 관련 장비가 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되기는 하나, 과세기간별로 장비의 실제사용시간을 각 사업별로 산정할 수 있으므로 그 실지귀속에 따라 면세사업등에 사용된 부분만을 불공제 대상 매입세액으로 하여야 한다고 주장하나, 쟁점매입세액 관련 장비가 과세사업(장비서비스 제공, 민간수탁과제 수행 일부), 면세사업(민간수탁과제 수행 일부, 교육용역 사업 수행), 비수익사업(정부수탁과제 수행)에 공통으로 사용되고 있는 점, 장비이용료는 다양한 이용조건을 고려하여 각기 달리 책정되는 것임에도 청구법인 주장과 같이 단순히 장비이용료에서 할인율을 제거한 금액으로 각 과세기간별 장비 사용시간을 산정하여 과세사업과 면세사업등에 실제 사용된 시간을 구분할 수 있다고 단정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 쟁점매입세액은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세액과 관련하여 수령한 국고보조금은 면세사업등에 사용할 목적으로 수령한 것이 아니라, 청구법인의 장비서비스 사업(과세사업)의 지원금으로 수령한 것이고, 일부 면세사업등(공급가액 없는 비수익사업-자체사용)에 사용되었어도 공급가액을 확정하기 때문에 쟁점매입세액 안분계산시 면세공급가액에서 정부출연금은 제외하여 안분계산을 하여야 한다고 주장하나, 정부출연금으로 취득한 관련 매입장비가 과세사업, 면세사업, 비수익사업에 공통으로 사용되므로 과세사업의 지원금으로 수령한 것이라고 볼수 없는 점, 청구법인이 받은 정부출연금은 면세사업등과 관련하여 받았으나 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금 등에 해당하는 것으로 보이고, 과세사업 및 면세사업에서 발생하는 수입 외에 국가로부터 출연금 등을 지급받는 경우 공통매입세액을 안분계산함에 있어 이를 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하는 점 등에 비추어 쟁점매입세액의 안분계산시 정부출연금액을 면세공급가액에 포함하는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.