재조사 결과, 청구법인의 연구전담부서 소속이 아닌 신차개발 전담인원의 인건비에 대하여 연구개발비 세액공제를 부인한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2020.6.26., 2020.11.5. 각각 청구법인에게 한 2014∼2020사업연도 법인세 경정청구 일부 거부처분은 아래 OOO과 같이 청구법인의 품질OOO팀, OOO보증팀, OOO기술팀에 소속된 AAA 외 8명의 인건비를조세특례제한법제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 포함하여 그 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 자동차 내장부품의 제조 및 판매를 주요 목적사업으로 하여 1997년 5월에 설립된 법인으로서 현재 국내에 3개의 공장(OOO·OOO·OOO공장)을 보유하고 있고, AAA(주)와 BBB(주)에게 청구법인의 생산제품을 공급하고 있다.
• 나. 청구법인은 2014사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구 및 인력개발비(이하 “연구개발비”라 한다) 세액공제 대상에 ① 연구전담인원(기신청분)에 대한 4대보험 사용자 부담분, 신청 누락 연구전담인원의 인건비 및 연구소 소속이 아닌 품질OOO팀, OOO보증팀, OOO기술팀(이하 “쟁점부서”라 한다)에 소속된 신차개발 전담인원(AAA 외 8명이고, 이하 “신차개발 전담인원”이라 한다)의 인건비 등 총 OOO원의 인건비와 ② 외주용역비·외주해석비·외주시험비·외주제작비(설계도면 작성, 시제품 자체조립, 금형 외주제작) 등 총 OOO원의 시제품 제작원가 비용 등 합계 OOO원을 포함하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 2020년 4월에 2014사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 연구개발비에 포함하지 아니한 위 ①〜②의 비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하며 증액분 기준에 따라 직전 2개년 평균금액(OOO원)을 반영하여 산정한 공제대상 세액(OOO원)에서 기세액공제분 OOO원을 차감한 OOO원을 환급세액으로 하여 처분청에 경정청구를 제기하였다(연구개발비 세액공제 대상금액은 증가분 방식을 적용한 OOO원임).
• 라. 이에 대해 처분청은 2020.6.26. 경정청구 대상 항목인 시제품 제작 원가비용 중 쟁점부서에 소속된 신차개발 전담인원의 인건비 OOO원(이하 “쟁점인건비1”이라 한다)과 OOO보증팀에서 지출한 시제품 외주시험비 OOO원 등 합계 OOO원을 세액공제 대상 연구개발비에서 제외하고, 나머지 비용은 세액공제 대상 연구개발비로 보아 증가분 방식이 아닌 당기분 방식을 적용(연구개발비 세액공제 대상금액 OOO원)하여 2014사업연도 법인세를 경정(OOO원 환급)한 후, 청구법인에게 경정청구 처리결과를 통지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복(미환급 법인세 OOO원)하여 2020.9.2. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2020.12.22. “쟁점인건비1 OOO원과 시제품 외주시험비 OOO원 등이 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에서 규정하는 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 견본품 등의 구입비용에 해당하는지 여부 및 청구법인이 제시한 2010〜2013사업연도 연구개발비 지출 관련 증빙서류 등에 대한 재조사를 실시한 후 그 결과에 따라 증가분 방식으로 연구 및 인력개발비 세액공제액을 재계산하여 과세표준 및 세액을 경정한다.”라고 재조사 결정(조심 2020전8006, 2020.12.22.)을 하였다.
• 바. 이에 대해 OOO청장(이하 “조사청”이라 한다) 및 처분청은 재조사를 실시한 결과, 쟁점인건비1이 시제품 제작과 관련하여 직접 대응된 원가에 해당하지 아니하는 것으로 보아 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하고, 쟁점인건비1을 세액공제 대상금액에서 제외한 금액인 OOO원에 증가분 방식을 적용하여 연구개발비 세액공제액을 재계산하여 2021.6.4. 청구법인에게 법인세 OOO원(2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도 이월분 OOO원)을 환급하였다[쟁점인건비1 부인, 시제품 외주시험비 인용, 증가분 방식 적용, 이하 “1차재조사통지”라 한다].
• 사. 한편 청구법인은 2015〜2020사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시에도 조특법 제10조에 따른 연구개발비 세액공제 대상금액에 ① 연구전담인원(기신청분)에 대한 4대 보험 사용자 부담분, 신청 누락 연구전담인원의 인건비 및 신차개발 전담인원의 인건비와 ② 외주용역비·외주해석비·외주시험비·외주제작비(설계도면 작성, 시제품 자체 조립, 금형 외주제작) 등 시제품 제작원가 비용 합계 OOO원을 포함하지 아니하였고, 이후 2020.9.3. 2015〜2020사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 연구개발비에 포함하지 아니한 위 ①〜②의 비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하며 증액분 기준에 따라 직전 2개년 평균금액을 반영하여 산정한 공제대상 세액에서 기세액공제분을 차감한 OOO원을 환급세액으로 하여 처분청에 경정청구를 제기하였다.
• 아. 이에 대해 처분청은 경정청구 대상 항목인 시제품 제작 원가비용 OOO원 중 쟁점부서에 소속된 신차개발 전담인원의 인건비 OOO원(이하 “쟁점인건비2”라 하고, 쟁점인건비1과 통칭하여 “쟁점인건비”라 한다)과 OOO보증팀에서 지출한 시제품 외주시험비 OOO원 등 합계 OOO원을 세액공제 대상 연구개발비에서 제외하고, 나머지 비용 OOO원은 아래 OOO과 같이 세액공제 대상 연구개발비로 보아 증가분 방식이 아닌 당기분 방식을 적용하여 2015〜2020사업연도 법인세를 경정(OOO원 환급)한 후 2020.11.5. 청구법인에게 아래 OOO와 같이 경정청구 처리결과를 통지하였다.
• 자. 청구법인은 이에 불복(미환급 법인세 OOO원)하여 2021.1.22. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2021.4.13. 조심 2020전OOO, 2020.12.22.의 재조사 결정과 같은 취지로 재조사 결정(조심 2021전OOO, 2021.4.13.)을 하였다.
• 차. 이에 대해 조사청 및 처분청은 재조사를 실시한 결과, 쟁점인건비2가 시제품 제작과 관련하여 직접 대응된 원가에 해당하지 아니하는 것으로 보아 연구개발비 세액공제 대상 금액에 포함하지 아니하고, 시제품 외주시험비 OOO원을 연구개발비 세액공제 대상 금액에 포함하여 재계산한 연구개발비 세액공제액 OOO원과 증가분 방식을 적용하여 연구개발비 세액공제액을 재계산한 금액 중 최저한세에 미달하여 2015사업연도로 이월된 세액공제액 OOO원 합계 OOO원을 2021.6.28. 청구법인에게 환급하였다[쟁점인건비2 부인, 시제품 외주시험비 인용, 증가분 방식 적용, 이하 “2차재조사통지”라 한다].
• 카. 청 구법인은 1·2차재조사통지에 불복하여 2021.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 처분청의 재조사 통지는 신차개발 전담인원의 연구개발용 시제품 제작 관련 업무수행 여부 등의 사실관계를 재조사하라는 조세심판원의 결정취지에 반하는 것으로서 위법·부당하다. (가) 조세심판원은 전심 재조사 결정에서 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작 관련 업무를 수행하는 경우 쟁점인건비는 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용으로서 조특법 제10조에 따른 연구개발비 세액공제대상이 된다고 전제하면서 처분청이 신차개발 전담인원의 연구개발용 시제품 제작 관련 업무수행 여부를 확인하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다고 결정하였다. 즉 청구법인은 쟁점인건비와 관련하여 직무조사표, 업무분장표, 원천징수명세서 및 신차개발 전담인원이 신차개발업무를 수행하였음을 확인할 수 있는 각종 내부서류를 제출하였는바, 이와 같이 청구법인이 경정청구 및 조세심판 과정에서 제출한 연구개발비 지출 관련 증빙서류 및 진술에 어느 정도 신빙성이 인정되었기 때문에 조세심판원이 이를 분석하여 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작 관련 업무를 수행하였는지 여부 등의 사실관계를 확인하여 경정함이 타당하다고 판단한 것이다. (나) 조세심판원의 재조사 결정은 처분청에게 결정서의 주문과 이유에 명시된 재조사 기준에 따라 재조사하여 처분을 하라고 명하는 것이기 때문에 그 범위 내에서 기속력이 생기는 것이고, 따라서 처분청은 조세심판원의 재조사 결정의 기준에 따라 재조사를 해야 할 법적 의무를 부담한다. 만약 청구법인이 경정청구 및 조세심판 단계에서 제출한 자료를 통하여 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작 관련 업무를 수행하지 아니하였다는 사실이 명확히 밝혀졌다면 조세심판원은 재조사 결정을 하지 아니하고 청구법인의 심판청구를 기각하였을 것이나, 조세심판원은 청구법인이 원처분 단계에서부터 수차례에 걸쳐 제출한 모든 과세자료를 검토하여 처분청에서 신차개발 전담인원이 연구소 소속이 아니라는 이유로 쟁점인건비를 세액공제대상에서 배제하는 것은 타당하지 아니하다는 취지로 재조사 결정을 한 것이다. 그렇다면 조세심판원의 재조사 결정은 신차개발 전담인원이 연구소 소속이 아니라 하더라도 쟁점인건비는 실제 연구개발용 시제품 제작 관련 업무수행 여부에 따라 조특법 제10조에 따른 연구개발비 세액공제대상에 포함될 수 있다는 전제 하에 처분청으로 하여금 재조사를 통하여 실제 연구개발용 시제품 제작 관련 업무수행 여부를 확인하여 그 결과를 쟁점인건비에 대한 세액공제 여부의 판단에 반영하라는 취지의 결정으로 보아야 한다. 처분청은 조세심판원의 재조사 결정취지에 따라 청구법인이 제출한 자료를 통해 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작 관련 업무를 수행하였다는 사실이 확인되었을 것인바, 쟁점인건비를 세액공제대상에 포함시켰어야 함에도 이를 부인하였는데, 이는 조세심판원의 결정에 따른 재조사 절차를 충실히 거쳤다고 보기에 부족하고, 따라서 처분청의 재조사결과통지는 조세심판원의 재조사 결정의 기속력에 반하는 처분으로서 위법·부당하다 할 것이다. (다) 처분청은 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작 관련 업무를 수행하였다고 볼 수 없다는 이유로 쟁점인건비의 연구개발비 세액공제를 부인하면서도 OOO보증팀에서 지출한 외주시험비는 연구개발비 세액공제대상으로 인정하였는바, 이러한 처분은 논리적으로 일정 부분 모순된 측면이 있다. 즉 처분청에서 연구소 소속이 아닌 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작 관련 업무를 수행하였다고 볼 수 없다고 한다면 같은 맥락에서 연구소 소속이 아닌 OOO보증팀에서 지출한 외주시험비에 대하여도 마찬가지로 연구개발비 세액공제를 인정하지 아니하였어야 할 것인데, 처분청은 OOO보증팀이 지출한 시제품 외주시험비에 대하여는 연구개발비 세액공제를 인정하면서도 동일한 OOO보증팀 소속의 신차개발 전담인원에 대한 인건비에 대하여는 이를 부인하였는바, 그 자체로서 모순적인 처분일 뿐만 아니라 조세심판원의 재조사 결정취지와도 배치되는 것으로서 납득하기 어렵다.

(2) 청구법인은 처분청이 요구한 신차개발 전담인원의 업무수행 관련 자료를 모두 제출함으로써 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작 관련 업무를 수행하였다는 사실에 대하여 충분히 입증하였는바, 처분청이 아무런 합리적 반증 없이 쟁점인건비에 대한 연구개발비 세액공제를 부인한 처분은 타당하지 아니하다. (가) 청구법인은 경정청구, 조세심판 및 재조사 단계에 이르기까지 신차개발 전담인원의 연구개발용 시제품 제작 관련 업무수행 여부를 입증하기 위한 자료를 제출가능한 범위 내에서 모두 제출하였는바, 이는 처분청의 자료제출 요구에 충실히 응하여 따른 것이다. 현실적으로 특정 인력이 근무시간 동안 특정 연구개발업무를 수행하였는지 여부에 대하여 24시간, 시·분·초 단위로 100% 입증하는 것은 불가능한바, 청구법인이 처분청의 요구에 응하여 제출가능한 모든 자료를 제출함으로써 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작 관련 업무를 수행하였다는 사실이 확인되는 이상, 처분청이 이에 대하여 합리적 반증을 제시하지 못한다면 쟁점인건비의 연구개발비 세액공제를 부인하여서는 아니된다. (나) 조세심판원의 결정례(조심 2019중3785, 2021.2.1.)에서도 청구법인이 제출한 연구노트 및 개발완료보고서 등에 의할 때 해당 인력이 연구개발을 수행한 것으로 보이고, 처분청이 해당 인력의 업무가 연구개발활동과 무관하다는 반증을 제시하지 못하고 있는 점 등을 근거로 해당 인력의 인건비를 연구개발비 세액공제 대상에 포함시키는 것이 타당하다는 취지로 결정한 바 있다. 또한 국세청의 심사결정례(심사-법인-2016-12, 2016.6.10.)에서는 기술개발팀에서 수행한 품질관리업무는 일반적인 영업·생산부서 등의 지원업무가 아닌 연구개발활동의 일환으로 이루어지는 연구개발의 범주에 속하는 업무로 보인다고 판단하였는바, 이러한 결정내용에 비추어 보더라도 쟁점부서 소속의 신차개발 전담인원이 실제 시제품과 관련한 업무를 수행한 이상 해당 업무활동은 연구개발활동의 일환으로 봄이 타당하다. (다) 무엇보다도 신차개발 전담인원은 오직 시제품과 관련한 연구개발, 품질관리, 품질보증, 시제품 제작 업무만을 수행하고 있고, 시제품이 아닌 양산제품에 대한 품질관리, 품질보증, 제작업무는 쟁점부서에 각각 소속되어 있는 별도의 인력이 수행(전심 조세심판관회의 시 처분청도 인정)하고 있는바, 신차개발 전담인원이 시제품과 관련 없는 양산제품의 품질관리, 품질보증 및 제작업무 내지 일반적인 행정·지원업무 등 연구개발활동 이외의 다른 업무를 수행하였다는 사실이 입증되지 아니하는 한, 쟁점인건비를 연구개발비 세액공제대상에서 제외한 처분은 부당하다 할 것이다.

(3) 청구법인은 처분청 답변에 대하여 다음과 같이 항변한다. (가) 처분청은 쟁점부서가 연구전담부서로 등록되어 있지 아니하고, 청구법인이 쟁점인건비가 시제품 제조원가에 배부된 회계처리내역을 제출하지 아니하여 쟁점인건비를 시제품 제조원가에 직접 대응된 비용으로 볼 수 없는바, 쟁점인건비는 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 1)에 따른 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 아니한다는 의견이나,

1. 쟁점인건비는 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따른 시제품 제작 등에 소요된 비용이므로 처분청이 제시한 같은 법 시행령 별표6 제1호 가목 1)이 아닌 같은 법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따른 연구개발비 세액공제대상에 해당하는 것이다. 따라서 쟁점부서가 연구전담부서로 등록되어 있지 아니하여 같은 법 시행령 별표6 제1호 가목 1)의 요건을 충족하지 아니한다는 처분청의 의견은 타당하지 아니하다.

2. 조특법 기본통칙 10-0…1(연구·인력개발비에 대한 세액공제)에 따르면, 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액은 자산계정으로 처리한 경우와 비용계정으로 처리한 경우에 모두 적용되는 것으로 규정하고 있고, 기획재정부 유권해석(법인세과-1859, 2008.8.5.)에서는 회계 상 계정과목의 분류와는 상관없이 실질적으로 연구목적 시제품 제작에 소요된 비용인지 여부에 따라 세액공제 대상에 포함되는 것이라고 해석하고 있다. 이와 같이 계정과목의 분류가 세액공제에 영향을 미치지 아니하는바, 처분청이 요청한 쟁점인건비가 시제품별 제조원가에 배분된 회계처리내역은 불필요하다 할 것이다.

3. 또한 처분청은 기인용된 연구소 인원의 인건비, 외주용역비, 금형 외주제작비 등에 대하여는 제조원가 배부 회계처리 근거자료를 요청한 사실이 없다. 즉 처분청은 기인용된 비용들에 대하여 제조원가 배부 회계처리 근거자료 없이도 청구법인이 제공한 자료만을 근거로 해당 비용들이 실질적으로 연구목적 시제품 제작에 소요된 비용에 해당되는지 여부를 판단하여 그 결과 연구개발비 세액공제대상으로 인정한 것이다. 따라서 청구법인이 시제품 제조원가 배부 회계처리자료를 제출하지 아니하였다 하여 이를 근거로 쟁점인건비가 시제품 제작원가에 직접 대응되는 비용이 아니라는 처분청의 의견은 부당하다. (나) 처분청은 쟁점부서 중 하나인 OOO보증팀의 신차개발 업무분장에 포함되어 있지 아니한 직원(BBB)이 신차개발업무에 참여한 사실이 확인되는바, 그 업무분장의 경계가 명확하지 아니하여 신차개발 전담인원이 연구개발활동을 전담하였는지 여부를 확인할 수 없다는 의견이나,

1. OOO보증팀의 신차개발 업무분장에 포함되어 있지 아니한 직원이 속한 부서는 시제품 제작파트와 양산품 제작파트로 구분되어 있고, 해당 직원은 양쪽 파트 모두를 지원하는 보조인력으로서 신차개발 전담인원과는 달리 신차개발업무와 양산제작업무 모두를 수행할 수 있는 직원이다. 따라서 해당 직원이 신차개발업무를 수행한 사실은 신차개발 전담인원의 업무분장의 경계에 영향을 미치지 아니할 뿐만 아니라, 해당 직원에 대한 인건비는 경정청구 항목에 포함되어 있지도 아니하다. 2) 청구법인은 신차개발 전담인원이 전담한 연구개발업무와 관련하여 직무조사표, 원천징수명세서 및 신차개발 전담인원이 신차개발업무를 수행하였음을 확인할 수 있는 각종 내부서류, 업무분장표 등을 제출함으로써 쟁점인건비가 실질적인 시제품 제작비용임을 입증하였다. 처분청의 의견이 합리성을 갖추기 위해서는 “신차개발 전담인원이 업무분장과 달리 연구개발활동 이외의 업무를 수행한 사례”가 제시되어야 하는바, 시제품 제작파트와 양산품 제작파트를 모두 지원하는 부서에 소속된 직원이 신차개발업무를 담당하였다는 사례만을 근거로 신차개발 전담인원이 연구개발활동을 전담하였는지 여부를 확인 할 수 없다는 처분청의 의견은 비논리적이고, 타당하지 아니하다. 3) 또한 처분청은 신차개발 전담인원이 연구개발용 시제품 제작과 테스트 관련 업무를 수행하였다고 볼 수 없다는 사유를 들어 쟁점인건비의 연구개발비 세액공제를 부인하면서도 OOO보증팀에서 지출한 외주시험비의 연구개발비 세액공제는 인정하였는바, 이러한 처분청의 처분은 논리적으로 모순된 측면이 있다. 처분청도 확인한 바와 같이 시제품 제작 프로세스, 연구소 조직도, 신차개발 전담인원의 직무조사표 및 관련 증빙(회의록, 기술보고서 등)에 따르면, 청구법인은 자체 생산라인이 없는 시제품의 경우 외주업체에 제작을 의뢰하고, 시제품을 자체생산하는 경우에는 협력업체 및 자체인력을 투입하여 제작하고 있는바, 시제품 제작 프로세스 상 신차개발 전담인원이 시제품 제작 관련 업무를 수행하였다고 볼 수 없다면 같은 맥락에서 외주업체에게 지급한 외주시험비 역시 연구개발비 세액공제가 인정되지 아니하였어야 할 터인데, 처분청은 시제품 외주시험비의 세액공제를 인정하면서도 시제품 제작 프로세스 상 자체제작 시 소요되는 쟁점인건비에 대하여는 세액공제를 부인하는 모순적인 처분을 한 것이다.

(4) 청구법인은 조세심판관회의 시 다음과 같이 주장하였다. (가) 재조사 결정문의 요지 및 관련 유권해석 1) 조세심판원은 전심(조심 2019중OOO, 2021.2.1.) 재조사 결정을 통하여 처분청에서 쟁점부서에 소속된 신차개발 전담인원의 인건비 가 조특법 시행령 별표6 제1호 가목의 2) 시제품제작원가[가목의 1) 연구전담인건비가 아님]에 해당되는지 여부 및 시제품 제작에 직접 대응되는 원가인지 여부를 재조사하라고 결정한 바 있다. 2) 즉 내부인건비라 하여 반드시 조특법 시행령 별표6 제1호 가목의 1) 연구전담인건비를 기준으로 세액공제여부를 판단하는 것이 아니라 내부인건비가 시제품 제작에 소요되는 비용이라면 시제품제작원가로 보아 연구개발비 세액공제가 적용되어야 하는 것이다. (나) 쟁점인건비가 시제품제작원가로서 세액공제 대상인 사유 1) 쟁점부서의 시제품 제작공정 설계 및 관리, 품질검사는 시제품 제작의 필수과정으로서 해당 업무를 수행하는 신차개발 전담인원 에 대한 인건비는 시제품 제작원가에 해당한다. 가)기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 제5호는 “‘연구개발활동’이란 과학기술 분야 또는 서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시험제품의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.”라고 규정하고 있다.

• 나) 시제품을 외주제작하는 경우 시제품 제작에 소요된 설계, 제작 및 테스트에 관여된 ‘인건비’는 외주가공비 혹은 시제품구입비란 명칭으로 세액공제가 가능하다.
• 다) 과거 시제품을 자체제작하는 경우 외주제작과 달리 세액공제를 적용받지 못하는 차별이 존재하여 이를 해소하기 위하여 국세청 및 기획재정부는 유권해석(서면-2016-법령해석법인-4937, 2017.1.11. 외 다수)을 통하여 시제품 제작에 소요된 자체제작비용을 세액공제 대상으로 인정하였고, 그 범위를 세법 상 자산의 취득가액을 구성하는 요소로 명확히 하였다.
• 라) 이와 같이 시제품 자체제작 시 제조원가를 구성하는 요소는 재료비와 인건비임에도 처분청은 인건비가 시제품제작원가에 해당하지 아니한 것으로 보아 세액공제를 부인하였는데, 이는 부당한 처분이다.

2. 시제품 제작원가에 해당하는 인건비는 연구소 등록여부와 관계없이 세액공제가 가능하다.

• 가) 과거에는 ‘외부인건비’의 경우에도 연구소 등록여부에 따라 위탁·공통연구개발비로만 인정되었으나, 최근 심판례(조심 2010서3070, 2011.7.26.) 등에서는 시제품 제작과 관련된 외부인건비의 경우 연구소 등록여부와 관계없이 ‘외주가공비’란 명칭으로 세액공제를 인정하고 있다.
• 나) 처분청 역시 이러한 기준에 따라 연구소 등록여부와 관계없이 청구법인의 시제품 제작에 소요된 자체제작 인건비 및 외주가공비를 시제품제작원가로 보아 공제대상으로 인정하였음에도 쟁점인건비만은 연구소 등록인원에 한정하여야 한다고 주장하는 것은 타당하지 아니하다. (다) 타사사례 및 심판례·유권해석

1. CCC(주)(이하 “CCC”라 한다) 사례

• 가) CCC는 국세청 사전답변을 통하여 다음과 같은 유권해석을 회신받았다(법인세과-828, 2011.10.30., 같은 뜻임). <국세청 서면-2016-법령해석법인-4937, 2017.1.11.>
• 나) 청구법인이 CCC에 문의한 결과, CCC가 국세청 유권해석 이후 진행한 경정청구에서 시험가동(test, 성능시험 등)에 소요된 내부인건비를 포함한 시제품 제작과 관련된 연구소 이외의 자체인건비 전부가 인정되었고, 현재도 연구소 이외의 자체인건비 전부에 대하여 세액공제를 적용받고 있음을 확인하였다.

2. DDD 사례 DDD가 2017년에 OOO서장에게 제기한 경정청구에서 OOO서장은 연구소 외부에 설치된 품질부서의 시제품업무 전담인력의 인건비에 대하여 세액공제를 인정하였고, 이후의 세무조사에서도 이에 대한 이견은 없었으며, 현재까지 연구소 이외의 자체인건비 전부에 대하여 세액공제를 적용받고 있다.

3. 관련 심판례 및 유권해석 <조심 2010서3070, 2011.7.26.> <기획재정부 조세특례제도과-245, 2021.3.24. 외 다수> 이와 같이 연구소 등록 여부와 관계없이 시제품 제작과 관련된 비용인 경우 외부인건비를 세액공제 대상으로 인정하고 있는바, 내부인건비라 하여 반드시 연구소에 소속된 인원으로 한정할 수 없다.

• 나. 처분청 의견 (1) 연구개발비가 세액공제를 받기 위해서는 조특법 제10조, 같은 법 시행령 제9조 및 같은 법 시행규칙 제7조에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 등의 전담부서 등에 근무하면서 연구개발과제를 직접 수행하는 연구요원이거나 다른 업무를 겸하지 아니하고 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 인건비이어야 하는바, 쟁점부서는 연구전담부서로 등록되어 있지 아니하고, 따라서 신차개발 전담인원은 등록 연구전담부서 근무요건을 충족하지 아니하므로 쟁점인건비는 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 1)에 따른 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 아니한다.

(2) 또한 조세심판원은 관계 법령에서 규정한 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 연구개발비 세액공제대상이 된다고 설시하면서 쟁점인건비가 연구전담부서 등이 연구용으로 사용할 시제품의 생산 및 테스트 등 시제품의 제작과 관련하여 직접 대응된 원가인지 여부를 재조사할 것을 결정하였는데, 청구법인이 제출한 시제품 제작 프로세스, 연구소 조직도, 신차개발 전담인원의 개인별 직무조사표 및 관련 증빙(회의록, 기술보고서, 구입신청서 등)에 따르면, 자체 생산라인이 없는 시제품은 2차 외주업체에 제작의뢰하고, 자체생산하는 경우 협력업체 및 자체인력을 투입하여 제작하며, 시제품 제작과정에서 신차개발 전담인원은 시제품 품질관리, 시제품 검사, 시제품 검사계획수립·관리 및 시제품 제작지원·관리 등 제조부문의 활동보조 및 용역을 제공한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점인건비가 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따른 시제품의 제조원가로서 시제품의 취득원가는 법인세법 시행령제72조를 준용하여 산정한다고 주장하나, 직접노무비는 신차종별, 시제품별로 임률, 작업시간, 시제품 수량에 따라 계산하여 제조원가에 이미 반영되었고, 간접노무비에 해당하는 쟁점인건비가 일정한 배부기준에 따라 시제품별 제조원가에 배부된 회계처리내역을 청구법인에게 요청하였으나(법인세과-78, 2021.2.4.), 입증자료를 제출하지 아니하였는바, 쟁점인건비가 시제품 제조원가에 직접 대응된 비용이라는 회계장부 상 근거는 없다. 따라서 쟁점인건비를 연구개발비 세액공제대상에서 제외한 재조사결정통지는 정당하다. 또한 신차개발 전담인원은 시제품 품질관리, 시제품 외주가공업체 관리, 시제품 검사계획수립·관리, 시제품 제작지원·관리 등의 업무만을 수행하였고, 특히 청구법인의 예산·OOO보증팀이 작성한 시험성적서를 살펴보면, 신차개발 전담인원 중 OOO보증팀의 신차개발파트 업무분장표에 포함되어 있지 아니한 직원이 신차종(X100)에 대한 시험을 진행하고, 해당 시험성적서를 작성하였으며, 신차개발 전담인원인 CCC 과장은 검토자로서 결재를 한 것으로 나타나는데, 이와 같이 OOO보증팀의 일반직원이 신차개발업무(시험)를 담당하는 등 업무분장의 경계가 명확하지 아니하므로 신차개발 전담인원이 연구개발활동을 전담하였는지 여부를 확인할 수 없다.

(4) 이와 같이 쟁점인건비는 시제품 제조원가에 직접 대응되는 비용으로 볼 수 없고, 신차개발 전담인원이 연구개발활동에 전담하였는지 여부가 확인되지 아니하므로 쟁점인건비의 연구개발비 세액공제를 부인한 재조사 결정은 정당하다.

(5) 청구법인이 제출한 항변서에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다. (가) 쟁점인건비는 인건비로서 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 1)에 의하여 연구개발비 세액공제대상 여부를 검토하여야 하는데, 쟁점인건비는 연구전담부서에 근무하는 연구전담요원의 인건비가 아니므로 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 아니한다. (나) 조세심판원은 쟁점인건비와 관련하여 “쟁점인건비의 경우 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 시제품의 생산 및 테스트 등 시제품의 제작과 관련하여 직접 대응된 원가로 볼 수 있는지 여부를 재조사”하라고 결정하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점인건비가 시제품의 제작과 관련하여 직접 대응되는 원가인지 여부를 확인하기 위하여 청구법인에게 시제품 제조원가에 배부된 회계처리내역을 요청하였으나, 청구법인이 해당 회계처리내역을 제출하지 아니하여 결국 쟁점인건비가 시제품 제작과 관련하여 직접 대응되는 원가인지 여부를 확인할 수 없었는바, 쟁점인건비를 연구개발비 세액공제대상으로 볼 수 없다. (다) 연구전담부서 또는 기업부설연구소로 인정받기 위해서는 연구시설 및 공간요건으로 연구개발활동을 수행함에 있어 필수적인 독립된 연구공간과 연구시설을 보유하여야 하는데, 우선 공간이 다른 부서와 구분될 수 있도록 벽면을 고정된 벽체로 구분하고 별도의 출입문을 갖춘 독립적인 공간을 확보해야 하고, 면적은 객관적으로 볼 때 해당 연구소에서 연구기자재를 구비하고 연구원이 관련 분야의 연구개발을 수행하는 데 지장이 없을 정도의 적절한 공간을 확보해야 한다. 그러나 쟁점부서는 과학기술정보통신부로부터 연구전담부서 또는 기업부설연구소로 인정받은 바 없고, 제품양산업무를 담당하는 직원들과 물리적으로 혼재된 공간에서 근무함으로써 독립된 연구공간이 확보되지 아니하여 신차개발 전담부서 직원들이 연구개발활동에만 전담하였다고 보기 어렵다.

(6) 처분청은 조세심판관회의 시 다음과 같은 의견을 제시하였다. 처분청이 청구법인의 시제품 제작원가와 관련하여 시제품조립 노무비(시작실 시제품조립, 시제품 발포성형 노무비)를 연구개발비 세액공제대상으로 인정한 반면, 쟁점인건비에 대하여는 세액공제를 부인한 사유는 다음과 같다. 조세심판원은 전심에서 쟁점인건비가 연구전담부서 등이 연구용으로 사용할 시제품의 생산 및 테스트 등 시제품의 제작과 관련하여 직접 대응된 원가인지 여부를 재조사할 것을 결정한바 있다. 일반적으로 ‘제조원가’란 제품을 제조하는 과정에서 발생하는 재료비·노무비 및 경비의 합계액을 말하고, 원가발생이 제품생산과 관련하여 해당 제품에 직접 부과할 수 있는 지 여부에 따라 해당 제품에 직접 부과할 수 있는 제조원가는 제조직접비로, 두 종류 이상의 제품에 배부하여야 하는 제조원가는 제조간접비로 구분하는데, 제조직접비는 직접재료비·직접노무비 및 직접경비로 구분하고, 제조간접비는 간접재료비·간접노무비 및 간접경비로 구분한다. 직접노무비는 제조현장에서 제품을 완성하기 위하여 직접 작업에 종사하는 종업원 및 노무자가 제공하는 노동력의 대가로서 해당 제품에 직접 부과할 수 있는 인건비의 합계액이고, 간접노무비는 직접 제조작업에 종사하지는 아니하나 제조현장에서 보조작업에 종사하는 노무자·종업원·현장감독자 등이 제공하는 노동력의 대가로서의 인건비의 합계액이다. 이 사건에서 시제품조립 노무비는 직접노무비에 해당하고, 시제품 제조공정별로 투입인원, 작업시간 및 제조수량을 기준으로 시제품 제조에 소요되는 노무량을 집계한 후 노무비 단가를 곱하여 계산되었으므로 시제품 제작과 관련하여 직접 대응된 원가로 보아 연구개발비 세액공제대상으로 인정하였다. 이에 반해 신차개발 전담인원은 품질관리, 품질보증, 생산관리부문에 종사하여 직접 생산현장에 배치되어 시제품생산에 필수적인 작업(조립 등)을 수행하였다고 볼 수 없으므로 쟁점인건비는 간접노무비에 해당하고, 간접노무비는 제조간접비로서 해당 시제품에 직접 부과할 수 없고 시제품별로 배부기준에 따라 배부하여야 하는바, 처분청은 청구법인에게 간접노무비인 쟁점인건비에 대하여 시제품별 배부내역을 요청하였으나, 청구법인은 해당 내역을 제출하지 아니하였다. 이에 따라 처분청은 시제품에 배부된 내역이 확인되지 아니하는 쟁점인건비는 시제품 제작과 관련하여 직접 대응된 원가로 볼 수 없다고 판단하여 쟁점인건비의 연구개발비 세액공제를 부인한 것이다.

• 가. 쟁점 재조사 결과, 청구법인의 연구전담부서 소속이 아닌 신차개발 전담인원의 인건비에 대하여 연구개발비 세액공제를 부인한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다) 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조[연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. <단서 생략>

⑤ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액 / 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수 / 12 [별표 6](2020.2.11. 개정) 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)

• 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. <단서 생략>

2. 전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)·서체·음원·이미지의 대여·구입비 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2014.2.28. 기획재정부령 제402호로 개정된 것) 제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말한다.

1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. <각 호 생략> (4) 법인세법 시행령 제72조[자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산: 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 사건 전심 결정서(조심 2020전8006, 2020.12.22.)에 의하면 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 청구법인은 Instrument Panel Pad 등 자동차 내장 부품의 제조 및 판매를 주요 사업목적으로 하여 1997년 5월에 설립되었고, 2019.3.31. 기준 대주주는 OOO 법인(지분율: 50.9%)이며, 현재 국내에 3개의 공장(OOO·OOO·OOO공장)을 보유하고 있고, AAA㈜와 BBB㈜를 주고객으로 하여 제품을 공급하고 있으며, 주요 생산제품은 운전석 칵핏모듈(Cockpit Module)로서 칵핏모듈은 오디오, 계기판, 에어백, 공조시스템 등 작은 단위의 부품을 조립된 상태로 고객사에 공급하는 부품단위를 의미하고,기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 2000.12.21. 기업부설연구소를 최초로 인정받았으며, 2019년을 기준으로 연구소 내에는 개발1팀, 개발2팀, 선행개발팀, 설계팀이 소속되어 있다. (나) 청구법인이 생산하는 제품은 Instrument Panel Pad 등으로서 고객사가 제작하는 최종 완성품(자동차)의 일부를 구성하고 있어 실질적으로 납품이 가능한 제품의 생산이 이루어질 수 있도록 하나의 제품단위(칵핏모듈–Cockpit Module)로 개발하여 고객사에 공급하고 있고, 고객사의 완성품 개발일정에 맞추어 고객사가 제시하는 구성품들의 요구사항(외형, 성능, 법적요건 등)에 부합하는 제품을 개발하여 청구법인의 책임 하에 납품하고 있는바, 이는 단순히 고객사가 요구하는 시제품의 물리적인 제작만을 수행하는 것이 아니고, 연구소에서 과거 수년간 개발업무를 통해 축적된 기술과 경험을 바탕으로 시제품 제작을 위한 설계, 시험, 제작 등이 포함된 연구개발활동을 수행하고 있다. (다) 국세청 유권해석(법인-1117, 2009.10.12.)에서는 “기술개발활동이 거래처의 납품의뢰에 따라 납품하는 업체가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련 비용은 조특법 시행령 별표6 제1호 기술개발란 가목의 자체기술개발 비용에 해당하는 것이다.”라고 해석한 바 있고, 조세심판원(조심 2014전2261, 2014.9.30.)에서도 “자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련 비용은 연구개발비에 해당되는 것이라고 결정하였는바, 청구법인의 연구소에서 수행하는 시제품의 설계, 시험, 제작 과정이 연구개발활동의 일환임이 분명하다는 전제하에 연구개발활동과정 중 시제품 제작과정에서 필연적으로 발생하는 재료비, 노무비, 외주가공비 등의 비용은 조특법 제10조에 따른 연구개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다. (라) 청구법인의 연구개발활동의 구체적인 절차 및 내용은 아래와 같고, 최초 견적산정·제시와 대금청구업무를 제외한 모든 Process는 연구소와 각 부서의 신차개발 전담인원의 통제 하에 이루어지는데, 시제품이 설계대로 제작될 수 있도록 시제품 제작 전(全)과정을 연구소와 쟁점부서의 신차개발 전담인원들이 통제 및 관리하고, 수정·재제작·완성여부 등을 결정하고 있다. (마) 청구법인은 경정청구 시 쟁점인건비에 대하여 “신차개발 전담인원들은 신차개발기간 동안 연구소 인원들의 연구개발업무 직접지원을 전담하는 인원이므로 쟁점인건비를 연구개발비 세액공제대상에 포함하여야 한다.”라고 경정청구 사유를 밝힌 것으로 나타나고, 조사청이 2020년 5월에 작성한 경정청구 검토보고서에 의하면, 쟁점인건비는 연구소가 아닌 품질관리, 품질보증, 생산기술부서에 근무하는 직원의 인건비에 해당하므로 연구개발비 세액공제 대상에서 제외된다고 검토한 것으로 나타난다. (바) 우리 원의 결정내용은 다음과 같다. <조심 2020전OOO, 2020.12.22. 결정내용>

(2) 청구법인에 대한 조사청 및 처분청의 재조사 결과, 처분청은 연구전담부서 소속이 아닌 OOO보증팀에서 주관하는 시제품 외주시험비(외주업체 인건비) 및 시제품 자체제작인건비 에 대하여는 연구개발비 세액공제를 인정하였으나, 쟁점인건 비에 대하여는 세액공제를 부인하였는바, 조사청은 ① 시제품 제작에 소요된 ‘시제품 외주시험비’및 ‘자체제작인건비’ 에 대하여는, 직접노무비(직접경비)로서 시제품 제작과 관련하여 직접 대응된 원가에 해당하는 것으로 보아 연구개발비 세액공제대상으로 인정하였고, ② 쟁점인건비에 대하여는, 간접노무비로서 청구법인에게 쟁점인건비에 대한 시제품별 배부내역을 요청하였으나, 청구법인이 해당 내역을 제출하지 아니함에 따라 쟁점인건비가 시제품 제작과 관련하여 직접 대응된 원가임을 확인할 수 없어 연구개발비 세액공제를 부인하였다는 의견이고, 청구법인은 다음과 같은 기획재정부 유권해석을 근거로 청구법인이 쟁점인건비를 판매관리비 계정에 비용(급여)으로 계상하였다 하더라도 조특법 시행령 별표6 제1호 나목에 따른 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 주장하고 있다. <기획재정부 법인세과-1859, 2008.8.5.>

(3) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 청구법인의 시제품 제작 프로세스는 다음과 같다. (나) 신차개발 전담인원의 업무분장표에 의하면, 아래 OOO과 같이 신차개발 전담인원은 AAA 외 8명이고, 해당 인원들의 소속부서는 품질관리1·2팀, OOO보증팀, 생산기술1팀이며, 관련 업무는 신차설계 DATA 검토, 시제품 제작지원·관리, 시제품 품질관리, 시제품 검사계획수립·관리, 시제품 검사, 작업표준서 작성 및 시제품 제작 협력사 관리 등인 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 2014.2.1. 기준 조직도에 의하면, 연구소 소속으로 선행개발팀 등 3개의 개발팀과 설계1·2팀 등 2개의 설계팀이, 별도의 품질본부 소속으로 품질관리1·2팀, OOO보증팀이, 생산본부 소속 생산기술부문으로 생산기술1·2팀이 있고, 2020.4.1. 기준 조직도에는 연구소 소속으로 개발1·2팀, 선행개발팀, 설계1·2팀이, 별도의 생산·품질본부 소속 품질부문으로 품질관리1·2팀과 OOO보증팀이, 생산기술부문으로 생산기술1·2팀이 있는 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 신차개발 전담인원인 품질관리1팀 AAA차장의 개인별 직무조사표, 신차개발 전담인원의 생산문서목록, 품질관리1팀이 작성한 기술보고서, OOO기술팀의 회의록 및 OOO보증팀의 시험성적서 등을 제출하였는바, 해당 증빙에는 신차개발 전담인원이 위 OOO의 업무분장에 기재되어 있는 시제품 관련 업무를 수행한 것으로 기재되어 있다. (마) 청구법인의 연도별 시제품 검사 및 납품수량은 아래 OOO와 같고 2014년∼2020년 평균 납입차량대수는 2,540대인 것으로 나타난다. 한편 청구법인이 제출한 2014년부터 2020년까지 ‘Full Change’ 및 ‘Minor Change’ 납품수량표에 의하면, 아래 OOO와 같이 ‘Full Change’ 납품수량이 적었던 2017년(33건), 2018년(41건)에 ‘Minor Change’ 납품수량이 각각 3,306건, 3,228건으로 나타나는바, 청구법인은 ‘Full Change’ 납품수량이 적다고 하여 신차개발 전담인원의 업무량이 줄어드는 것이 아니고, 연중 시제품 관련 업무만을 전담하여 수행하고 있다고 주장하고 있다. (바) 청구법인의 양품(고객사에 납입되는 제품) 10개 생산 시 소요되는 시사출·검사·시험시간[청구법인의 주력제품인 CPM(Cokpick Module, CPM 1개에 25개의 부품 소요) 제작기준]은 아래 OOO, OOO, OOO과 같다. 한편 청구법인은 시제품에 소요되는 부품의 시험항목을 제출하였는바, 해당 시험항목에는 내열성, 내습성, 내광성, 유해중금속 등 81개의 항목이 기재되어 있다. (사) 청구법인이 제시한 CCC 사례에 대한 CCC의 질의내용 및 국세청의 회신내용은 다음과 같다. <CCC 사례의 질의 및 회신내용>

(4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사항이 확인된다. (가) 조사청이 청구법인에게 발송한 “조세심판 재조사 결정에 따른 자료제출 요청” 제하의 공문서(OOO)에 의하면, 조사청은 청구법인에게 쟁점인건비1이 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 시제품의 생산 및 테스트 등 시제품의 제작과 관련하여 직접 대응된 원가로 볼 수 있는지 여부를 확인하기 위하여 “쟁점인건비1의 회계처리 내역(노무비 계정의 제조원가 대체 등) 및 2014사업연도 시제품 취득가액 산정에 관한 서류”를 요청한 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제출한 OOO보증팀의 시험성적서 상 작성자는 “조원 BBB”이고, 검토자는 “과장 DDD”으로 기재되어 있으며, OOO보증팀의 업무분장 상 신차개발시험파트의 업무분장내역에는 DDD 과장만 기재되어 있고, BBB은 포함되어 있지 아니한바, 이에 대해 처분청은 OOO보증팀의 일반직원인 BBB이 신차개발업무(시험)를 담당하는 등 업무분장의 경계가 명확하지 아니하여 신차개발 전담인원이 연구개발활동을 전담하였는지 여부를 확인할 수 없다는 의견이다. 이에 대해 청구법인은 BBB이 시제품 제작파트와 양산품 제작파트를 모두 지원하는 보조인력으로서 BBB에 대한 인건비는 경정청구 항목에 포함되어 있지 아니하다고 주장하고 있다.

(5) 처분청은 조세심판관회의 시 “신차개발 전담인원은 양산부서와 구분되어 시제품 관련 업무만을 수행하였다는 점을 인정한다.”고 진술하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점인건비가 연구개발비 세액공제대상이 아니라는 의견이나, 이 사건 전심OOO의 재조사 결정취지는 연구전담부서 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용할 견본품 등의 구입비용에 포함되는 비용은 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에 따라 연구개발비 세액공제대상에 포함되는 것이므로 신차개발 전담인원이 청구법인의 연구개발활동과정에서 실질적으로 연구전담부서 소속의 전담요원이나 연구보조원 등의 역할을 전담하였고, 쟁점인건비가 시제품 제작에 직접 대응된 원가에 해당된다면 쟁점인건비를 연구개발비 세액공제대상에 포함하여야 한다는 취지인바, 청구법인이 제출한 시제품 제작 프로세스, 신차개발 전담인원의 업무분장표·개인별 직무조사표·생산문서목록, 품질OOO팀의 기술보고서, OOO기술팀의 회의록 및 OOO보증팀의 시험성적서 등의 증빙에 의하면, 신차개발 전담인원이 시제품의 검사·시험 등 시제품 관련 업무를 직접 수행한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제출한 연도별 시제품 검사 및 납품수량, 양품 10개 생산 시 소요되는 시사출·검사·시험시간 등의 자료에 의하면, 청구법인은 고객사에 2014년부터 2020년까지 연평균 2,540대의 CPM(Cockpit Module) 시제품 조립차량을 공급하고, 양품 10대 생산 시 소요되는 시사출·검사·시험시간이 38∼113근무일로 나타나며, 고객사의 Full Change 시제품 공급요청이 적었던 2017년과 2018년에도 Minor Change 시제품 납품수량이 각각 3,306건, 3,228건으로 나타나는바, 신차개발 전담인원이 시제품 관련 업무만을 전담하여 수행한 것으로 보이는 점, 처분청도 조세심판관회의에서 신차개발 전담인원은 양산부서와 구분되어 시제품 관련 업무만을 수행하였다고 인정한 점 등에 비추어, 신차개발 전담인원이 청구법인의 연구개발활동과정에서 실질적으로 연구전담부서 소속의 전담요원이나 연구보조원 등의 역할을 전담한 것으로 판단된다. 또한 내국법인이 연구개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 2)에서 규정한 “전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)”에는 해당 법인이 자체제작한 견본품 등을 포함하는 것이고, 이 경우 취득가액은 법인세법 시행령제72조를 준용하여 산정하는 것인바, 시제품의 사전적 정의는 “시험적으로 만든 제품”으로서 제품의 상용화단계 이전까지는 모두 시제품으로 보는 것이고, 시제품의 취득가액에는 원재료비 뿐만 아니라 노무비 등도 포함되는 것으로서 신차개발 전담인원이 수행한 시제품 검사·시험업무는 일련의 시제품 제작과정 중 일부에 해당하고, 시제품 제작에 직접 대응되는 비용인 쟁점인건비는 시제품의 취득가액에 포함되는 것으로 보이는 점, 처분청도 이 사건 전심의 재조사 결정에 따라 연구전담부서가 아닌 OOO보증팀에서 주관하는 시제품 외주시험비 및 자체제작인건비에 대하여 연구개발비 세액공제를 인정한 점, 청구법인이 제출한 청구법인과 동종 업계인 DDD 사례에 의하면, 청주세무서장은 국세청 예규(법인세과-828, 2011.10.30.)에 따라 연구전담부서가 아닌 품질부서의 시제품업무 전담인력 인건비에 대하여 세액공제를 인정한 것으로 나타나는 점, 조사청은 청구법인에게 “쟁점인건비1의 회계처리 내역(노무비 계정의 제조원가 대체 등) 및 2014사업연도 시제품 취득가액 산정에 관한 증빙”을 요청하였으나, 청구법인이 이를 제출하지 아니하여 쟁점인건비가 시제품 제조원가에 직접 대응되는 비용임을 확인할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 시제품을 자산으로 계상하지 아니하고 쟁점인건비를 포함한 시제품 제작 관련 인건비를 모두 판매관리비 계정에 비용(급여)으로 처리하고 있는데, 연구개발에 지출한 금액은 비용계정으로 처리한 경우와 자산계정으로 처리한 경우 모두 세액공제가 적용되고, 연구개발에 지출한 인건비가 연구개발비 세액공제대상인지 여부는 계정과목의 분류에 불구하고 조특법 시행령 별표6 제1호 가목의 요건에 해당하는 자체기술개발과 관련하여 발생한 비용이라면 연구개발비 공제대상에 해당하는 것인바, 청구법인의 자료가 미비하다고 하더라도 이를 근거로 쟁점인건비의 연구개발비 세액공제를 부인하기도 어려운 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 쟁점인건비가 연구개발비 세액공제대상이 아닌 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 일부 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.