청구인은 환지예정지로 지정된 쟁점농지를 양도한 것이 아니라 환지처분된 쟁점토지를 양도한 것으로 나타나는 점, 쟁점토지의 양도는 조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용 대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도가 자경농지에 대한 감면대상이 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다
청구인은 환지예정지로 지정된 쟁점농지를 양도한 것이 아니라 환지처분된 쟁점토지를 양도한 것으로 나타나는 점, 쟁점토지의 양도는 조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용 대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도가 자경농지에 대한 감면대상이 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인이 집단환지대상 지역 내의 쟁점토지를 ‘환지예정지 지정일’부터 3년 이내에 매각하지 못한 것은 쟁점도시개발사업 시행자인 OOO의 책임이므로 이를 청구인의 책임으로 보아 자경농지에 대한 감면적용을 거부하는 것은 부당하다. (가) OOO는 2014년 5월에 쟁점도시개발사업을 인가하고 개발공사(토지조성공사 등) 를 하였으나, 유적지 문화재 발굴, 초등학교 인허가 관련 행정처분, 아파트용적률 조정 등의 공적인 문제로 인해 공사가 지연되었다. 특히, OOO에서 정보공개한 문서를 보면 문화재 발굴(시굴) 조사용역이 2014.12.23.〜2016.2.29.까지로 되어 있는 등 문화재 발굴로 인해 도시개발사업이 지연되었다고 명시되어 있다. (나) 쟁점토지는 공동주택 주택건설을 위해 집단환지된 토지이므로 개별 매각이 불가능하여 환지 이후 공동주택 건설업자에게 매각할 수 밖에 없었다. (다) 청구인은 2019년 6월에 환지처분이 완료된 쟁점토지를 받아 2020년 9월에 공동주택신축사업 시행자에게 양도하였는바, 청구인의 책임으로 매각이 되지 않은 기간은 15개월에 불과하다.
(2) 청구인이 도시개발 사업시행자인 OOO로부터 받은환지청산금은 평당 OOO원인데 쟁점토지의 양도가액은 평당 OOO원인바, 토지의 매각으로 인해 환지처분이익을 실현했다고도 볼 수 없다.
(1) 조특법 시행령 제66조 제4항 제2호에서 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정 하는 경우 환지예정지 지정일부터 3년이 지나 양도하는 토지는 감면대상 자경농지에서 제외하였을 뿐 부득이한 사유로 양도가 지연되는 경우에 대해서는 별도로 규정하지 아니하였다.
(2) 따라서, 청구인이 환지예정지로 지정된 후 3년이 지나 쟁점토지를 양도한 이상 쟁점토지의 양도소득에 대해 자경농지에 대한 감면을 적용할 수 없다.
(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구인은 배우자의 사망으로 인해 1994.6.16. 협의분할에 의한 상속을 원인 으로 OOO, OOO, OOO를 취득하였는데, 해당 토지들은 “OOO”(쟁점도시개발사업)에 따라 2019.6.5. OOO로 환지되었다. (나) OOO은 ‘환지방식’으로 OOO 일대에 대한 도시개발사업을 진행하였는데, 쟁점 토지 환지처분과 관련된 주요 진행상황은 아래 <표1>과 같다. <표1> OOO 도시개발사업의 진행상황 (다) 쟁점토지와 관련하여 OOO이 작성한 환지처분조서의 기재 내용은 아래 <표2> 와 같다. <표2> 쟁점토지 관련 환지처분조서의 기재내용 (라) 청구인(“매도인”)은 2020.9.16. AAA 주식회사(“매수인”)에게 쟁점토지를 OOO원에 양도하기로 부동산 매매계약을 체결하였는데, 주요 계약내용은 다음과 같다. (마) 청구인은 당초 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였다가 “쟁점 토지의 양도소득에 대해 자경농지에 대한 양도소득세의 감면”을 적용해 달라고 주장하며 감면세액으로 ‘자경농지에 대한 양도소득세 감면의 한도금액’인 OOO원을 기재하여 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 아래와 같은 이유로 2021.4.15. 거부통지하였다.
(2) 청구인은 쟁점도시개발사업이 지연되어 불가피하게 환지예정지 지정일부터 3년이 지나 양도하였으므로 양도소득에 대해 자경농지에 대한 세액감면을 적용해야 한다며 아래와 같은 증빙을 제출하였다. (가) 청구인은 쟁점도시개발사업지구 내에 문화재 발굴 등으로 개발공사가 지연되었다고 주장하며 OOO이 통보한 정보공개결정통지서 및 관련 공문을 제시하였는데, 해당 서류상 OOO에서 수행한 문화재 발굴조사용역 기간은 2014.12.23.〜2016.2.29., OOO, OOO에서 수행한 문화재 정밀발굴조사용역 기간은 2016.1.4.〜2016.12.28.까지이다. (나) 청구인은 쟁점도시개발사업지구 내에 초등학교 설립인가 문제로 인해 개발공사가 지연되었다고 주장하며 2016.2.17.〜2016.12.13. 기간 동안 OOO과 OOO 간에 오고간 “쟁점도시개발사업 구역 내 초등학교 신축협조요청 및 신축협조요청에 따른 회신 공문”, OOO와 OOO 간에 송수신한 “주택건설사업 승인 신청OOO에 따른 의견회신 공문” 등을 제출하였다. (다) OOO이 2020.11.24. 우OO에게 통지한 정보공개결정통지서를 보면 “문화재 발굴(시굴) 및 정밀발굴조사 등으로 인한 공사지연”을 쟁점도시개발사업의 지연사유로 들고 있다. (라) 청구인이 제시한 신문기사OOO를 보면 “쟁점도시개발 사업은 2013년 전국적인 부동산 경기침체로 사업추진 중단, 2015년 교육청의 초등학생 수용불가 의견으로 인한 매각 체비지 계약해지, 2016년 사업부지 내 구석기부터 조선시대에 이르는 문화재 발굴로 공사중단 등 여러 차례 어려움을 겪었다”고 기재되어 있다.
(3) 청구인이 제출한 주민등록등본을 보면 1938년생으로 1969.1.27. OOO로 전입온 이후 계속해서 OOO에서 거주하였고, 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다는 증빙으로 제출한 농지원부, 조합원증명서 등을 보면 상속으로 취득한 쟁점농지는 1999.2.11. 농지원부상 농지로 등재하였고, 청구인이 2010.10.27. OOO에 조합원으로 가입한 사실이 나타난다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 제69조 제1항에서 농지 소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작하는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제66조 제4항 제2호에서 대통령령으로 정하는 토지란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지는 제외한다고 규정하고 있으며, 제5항에서 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 하고 다만, 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다고 규정하고 있다. 이 건의 경우, 청구인은 쟁점토지를 환지예정지 지정일부터 3년 이내에 매각하지 못한 것은 OOO의 책임이므로 자경농지에 대한 감면을 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구인은 2014.12.23. 환지예정지로 지정된 쟁점농지를 양도한 것이 아니라 2019.6.5. 환지처분된 쟁점토지를 양도한 것으로 나타나는 점, 쟁점토지의 양도는 조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용 대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도가 자경농지에 대한 감면대상이 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거 지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시 { 지방자치법 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준
(3) 도시개발법(2021.4.1. 법률 제17987호로 개정되기 전의 것) 제35조【환지 예정지의 지정】① 시행자는 도시개발사업의 시행을 위하여 필요하면 도시개발구역의 토지에 대하여 환지 예정지를 지정할 수 있다. 이 경우 종전의 토지에 대한 임차권자등이 있으면 해당 환지 예정지에 대하여 해당 권리의 목적인 토지 또는 그 부분을 아울러 지정하여야 한다.
③ 시행자가 제1항에 따라 환지 예정지를 지정하려면 관계 토지 소유자와 임차권자 등에게 환지 예정지의 위치ㆍ면적과 환지 예정지 지정의 효력발생 시기를 알려야 한다. 제40조【환지처분】④ 시행자는 지정권자에 의한 준공검사를 받은 경우(지정권자가 시행자인 경우에는 제51조에 따른 공사 완료 공고가 있는 때)에는 대통령령으로 정하는 기간에 환지처분을 하여야 한다.
⑤ 시행자는 환지처분을 하려는 경우에는 환지 계획에서 정한 사항을 토지 소유자에게 알리고 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 공고하여야 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.