청구종중이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전에 종중대표 명의로 양도소득세를 예정신고 한 것을 법인세를 신고한 것으로 보아 가산세를 면제할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. OOO종중(이하 “청구종중”이라 한다)은 2018.3.15. 주식회사 AAA에 매매대금을 OOO원으로 하여 OOO 임야 27,802㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하였고, 2018.4.24. 청구종중 대표명의 주소지 관할세무서장인 OOO서장에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였으며, 2018.12.27. 사업장 소재지 관할세무서장인 OOO서장에게 법인으로 보는 단체 승인신청을 하여 2018.12.28. 승인을 받았다.
• 나. 청구종중은 법인으로 보는 단체 승인 이후 법인세법에 따라 쟁점토지의 양도손익은 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고, 비영리내국법인인 청구종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하므로 과세대상인 각 사업연도 소득의 범위에서 제외되는바, 기 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다는 취지로 2019.4.19. OOO서장에게 경정청구를 하였고, OOO서장이 이를 거부하여 심판청구를 제기하였으며, 우리 원은 2020.6.25. 청구종중이 법인으로 보는 단체의 요건을 충족하는지 여부 및 청구종중이 쟁점토지 를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지로 재조사 결정을 하였고, OOO서장은 재조사결과 쟁점토지 양도손익을 청구종중의 각 사업연도 소득금액에 산입할 수 있는 것으로 보아 경정청구를 인용 결정하여 2020.8.24. 기 납부한 양도소득세를 환급 결정하였다.
• 다. 청구종중은 재조사 결과에 따라 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점토지 양도소득을 청구종중의 2018사업연도 각 사업연도 소득금액에 산입하여 2020.8.19. 2018사업연도 법인세 OOO원을 기한후신고ㆍ납부하였고, 처분청은 청구종중의 2018사업연도 기한후신고가 법인세법 제62조의2 의 특례규정을 적용받을 수 없다고 판단하여 2021.4.16. 청구종중에게 기한후신고 시 누락한 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구종중은 이에 불복하여 2021.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구종중 주장 청구종중은 쟁점토지를 양도하고 양도소득세를 신고할 당시에는 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전이라 종중 대표자의 명의로 양도소득세를 신고할 수밖에 없었고, 신고ㆍ납부 후 법인으로 보는 단체로 승인받았으며, 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인에 해당하기 때문에 쟁점토지의 양도소득세에 대하여 법인세법제62조의2에 따른 과세특례를 적용받을 수 있고, 비영리내국법인이 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서 양식에 의해 신고하였더라도 법인세법제62조의2의 특례규정에 따라 법인세를 예정신고한 것으로 볼 수 있으며(심사법인 2011-0067, 2012.3.2.), 비영리내국법인이 양도소득세과세표준을 예정신고한 경우에는 법인세법제60조에 의한 과세표준을 신고한 것으로 보는 것이므로 국세기본법제47조의2에 따른 무신고 가산세는 부과하지 아니하는 것(법인세과-703, 2020.7.26.)인바, 청구종중은 당초 양도소득세 신고당시 법인으로 보는 단체 승인 전이므로 소득세법에 따른 양도소득세를 신고ㆍ납부해야함이 불가피하였고, 추후 법인세 신고 시 소득구분의 오류가 있다 하더라도 청구종중은 성실한 과세표준의 신고 및 세액납부 의무이행을 하고 있으므로 가산세 부과규정의 취지와 맞지 아니하므로 이 건 가산세 부과처분은 부당하다. 또한, 법인세법제62조의2 과세특례조항의 입법취지는 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인은 영리를 추구하는 법인이 아닌 점을 고려하여 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중하여지지 않도록 하려는 것으로 납세자가 유리한 쪽으로 택일할 수 있도록 한 것(대법원 2012.1.26. 선고 2010두3763 판결)이고, 따라서 법조항에서도 양도소득세 신고를 한 경우는 법인세 신고를 한 것으로 본다는 규정을 둔 것이며, 납세자 양도소득세율과 법인세율 중 유리한 신고 방식을 택할 수 있는 것인데, 신고방식에 대한 선택권이 주어진 상황에서 신고방식을 바꾸었다고 하여 가산세를 부과하는 것은 불합리하다.
• 나. 처분청 의견 청구종중은 2018.12.28. 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전 2018.4.24. 신고한 쟁점토지의 양도소득예정신고에 대하여, 법인세 기한후신고 시 법인세법제62조의2 특례규정을 적용받아 양도소득 과세표준을 예정신고를 한 것으로 보아 이 건 가산세 부과는 부당하다고 주장하나, 이는 당초 예정신고한 양도소득세 신고에 대하여 스스로 법정신고 기한 내 신고를 하지 않았음을 인정하였다고 볼 수 있다. 국세기본법제45조의3에 의하면 기한후신고란 ‘법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을(이법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다.) 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다’라고 명시되어있다. 기한후신고임을 인정하여 이를 신고하였다면 그에 대한 과세표준의 가산세 또한 인정하여 자진신고하였어야 할 것으로 판단된다. 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이 하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재라는 점에서 보면 처분청에서국세기본법제47조의2에 따른 가산세를 부과하여 고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구종중이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전에 종중대표 명의로 양도소득세를 예정신고한 것을 법인세를 신고한 것으로 보아 가산세를 면제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

③ 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다.

④ 내국법인이 합병 또는 분할로 해산하는 경우에 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 합병등기일 또는 분할등기일 현재의 피합병법인·분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 재무상태표와 합병법인등이 그 합병 또는 분할에 따라 승계한 자산 및 부채의 명세서

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

⑤ 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니하는 경우 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다. 다만, 제4조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. 제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례) ① 비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 소득세법제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 소득세법제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 소득세법제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의3을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제97조(과세표준의 신고) ① 법 제60조 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에는 법 제112조에 따른 기장과 법 제14조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 및 그 밖에 필요한 사항을 적어야 한다. 이 경우 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제4조 에 따른 외부감사 대상 법인이 국세기본법 제2조 제19호 에 따른 전자신고를 통하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하는 때에는 그 신고서에 대표자가 서명날인하여 서면으로 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.

③ 기업회계기준에 따라 원화 외의 통화를 기능통화로 채택한 경우 법 제60조 제2항 제1호의 재무상태표, 포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) 및 제5항 제1호에 따른 현금흐름표(이하 이 조에서 "재무제표"라 한다)는 기업회계기준을 준용하여 작성한 기능통화로 표시된 재무제표(이하 이 조에서 "기능통화재무제표"라 한다)를 말한다. 제99조의2(비영리내국법인의 자산양도소득 신고 특례) ② 법 제62조의2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제99조의2(서식)

① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 56의2. 영 제99조의2 제6항의 규정에 의한 별지 제57호의2서식의 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서

(4) 국세기본법 제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구종중과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 국세청 전산자료에 의하면, 청구종중은 2018.12.27. OOO서장으로부터 고유번호(OOO)를 부여 받고 법인으로 보는 단체로 승인(비영리일반법인)받은 것으로 나타나고, 2019.3.31.까지 2018사업연도 법인세 과세표준신고를 하지 아니한 것으로 확인된다. <표1> 법인으로 보는 단체 승인 내역 OOO (나) 국세청 전산자료에 의하면, 청구종중의 전 대표자인 AAA(OOO)은 2018.4.30. OOO에 쟁점토지에 대하여 양도가액 OOO원(양도일자 2018.2.28.) 취득가액 OOO원(취득일자 1985.1.1.)으로 하여 양도소득금액 OOO원, 과세표준 OOO원으로 하여 본인의 주민등록번호로 2018년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 것으로 확인된다. (다) 청구종중이 2019.8.16. 제기한 심판청구에 대하여 우리원은 청구종중이 국세기본법 제13조 제2항 에서 규정하는 법인으로 보는 단체의 요건을 충족하는지 여부 및 OOO 임야 27,802㎡를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지로 결정(조심 OOO, 2020.6.25.)한 것으로 나타난다. (라) OOO서장이 작성한 조세심판원 재조사 결정에 따른 경정청구 검토서의 검토의견에 의하면 OOO서장은 쟁점토지의 양도소득이 청구종중에 귀속된 것으로 보아 법인세법을 적용할 수 있으나, 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였음을 인정하기는 어렵다고 판단하여 종중대표의 신고 및 납부세액에 대해 과세제외(환급)처리하고 기납부세액을 환급결정하는 한편, 청구종중 관할 세무서장인 처분청에 과세자료를 파생한 것으로 나타난다. (마) 청구종중은 2020.8.19. 아래 <표2>와 같이 2018사업연도(사업연도 2018.3.15.〜2018.12.31.로 기재)에 대한 법인세 기한후신고서를 제출하였으나, 기한후신고ㆍ납부에 대한 가산세를 가산하지 아니하였다. <표2> 청구종중의 2018사업연도 법인세 기한후신고 내역 (단위: 천원) OOO

1. 전액이 쟁점토지 양도에 따라 발생한 금액임

2. 법인세 일반세율 적용

(2) 사업소득이 없는 비영리내국법인은 부동산을 양도한 경우 자산 양도소득에 대하여 법인세법제60조 제1항에 따라 각 사업연도소득에 대한 법인세로 신고납부하거나, 같은 법 제62조의2에 따라 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고특례를 적용하여 “소득세법의 규정을 준용해 계산한 양도소득세 상당액을 법인세”로 납부할 수 있는데, 비영리내국법인의 자산양도소득세 대한 신고특례를 적용하는 경우 소득세법상 서식이 아닌 법인세법 시행규칙서식에 의하여 법인세를 신고하여야 한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구종중은 법인세법제62조의2에 따라 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용받는 비영리법인이 납부해야 할 자산양도차익에 대한 법인세 예정신고와 소득세법상 관련 규정에 의한 양도소득세 예정신고가 동일하다는 이유로 가산세 부과처분이 부당하다고 주장하나, 청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인을 받기 전 대표자의 명의로 소득세법령에 따른 양도소득세과세표준 예정신고를 하고 그에 따라 양도소득세 예정신고세액을 납부한 점, 소득세법에 따른 양도소득세와 법인세법에 따른 법인세는 각각 별개의 세목이므로 종중이 이 건 양도소득세를 신고·납부하였다 하더라도 법인세를 신고·납부한 것으로 보기 어려운 점, 산출세액이 동일하다는 이유만으로 ‘비영리법인이 양도소득세를 신고한 것’을 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세를 신고한 것으로 보기는 어려운 것인 점(조심 2019중1833, 2020.1.29. 등 같은 뜻임), OOO서장은 청구종중이 당 초 납부한 양도소득세액 전부를 환급하여 준 점, 청구종중은 2018.12.27. 법인으로 보는 단체로 승인되어 쟁점토지의 양도손익을 2018사업연도(2018.3.15.〜2018.12.31.) 의 손익에 포함하여 법인세법상 신고기한인 2019.3.31. 이내에 법인세를 신고할 수 있었음에도 이를 이행하지 않은 것은 단순한 법령의 부지 또는 오인 등에 해당한다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.