3. 심리 및 판단
① (주위적 청구) 쟁점공사의 공급시기는 부가가치세법 시행령제29조 제2항 제1호 규정에 따라 공급가액이 확정되는 때로 보아야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 부가가치세법 시행령 제75조 제3호 는 세금계산서가 지연발급되어도 동일 과세기간 내에 발행된 경우 매입세액 공제는 가능하다고 규정하고 있으므로 매입세액 전액을 불공제할 것이 아니라 지연수취에 따른 가산세만 부과해야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령: <별지> 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인의 공사대금 지급내역 및 쟁점세금계산서 발급내역 등을 정리하면 아래 OOO과 같다. 청구법인은 쟁점공사의 대금을 모두 OOO은행 계좌(OOO)로 지급하였고, 해당 계좌의 예금주는 2015.8.13.〜2016.9.27.까지는 AAA, 이후 2016.12.21. 지급시 예금주는 BBB으로 기재되어 있다. 2015.8.13.〜2016.12.21. 기간 동안 총 11회에 걸쳐 공급가액 OOO원을 지급하였다.
(2) 이 건의 구체적인 사실관계를 시간 순으로 정리하면 다음과 같다. (가) 청구법인 주장에 따르면, 청구법인은 2015.5.6. 주식회사 DDD으로부터 OOO소재 공장용지를 취득하였고, 2015.7.24. EEE 주식회사와 공장신축 계약을 체결하고 공장이 준공되면 임차해서 사용하고 있던 OOO에 소재한 공장을 이전할 계획으로 공장 신축공사를 진행하면서 준공과 동시에 공장 이전을 위해 2015.8.13. AAA(사업자등록번호: 1-38-5**) AAA와 검수조건부 쟁점공사 계약을 다음과 같은 내용으로 체결하였다. <2015.8.13.자 공사도급계약서의 내용 중 일부발췌 및 정리> 청구법인은 쟁점공사는 2016년 1월부터 시작하였지만 본격적인 공사는 공장건물 준공일(2016.3.4.) 직전인 2016년 3월부터 시작하였다고 주장하였다. (나) 청구법인 주장에 따르면, 2016년 8월말에 CCC(사업자번호: OOO)에게 AAA이 진행한 쟁점공사가 계약한 내용대로 진행되고 있는지와 공사단가 등이 적정한지에 대한 검수용역을 의뢰하여 2016년 9월말 경에 CCC으로부터 당초계약한 내용대로 진행되고 있다는 내용과 검수확인을 구두로 통지받았고 같은 해 10월초부터 11월초까지 마감공사를 마친 뒤 청구법인 담당자가 마감공사한 내용을 휴대폰으로 매일 사진으로 찍었으나 휴대폰을 변경하면서 당시 촬영한 사진을 확인할 수 없는 상태라고 한다. 청구법인측은 CCC의 검수확인과 관련된 서류는 없다고 하였다. 준공검사 의뢰 관련하여 2016.10.10. CCC은 인테리어 견적을 품목으로 하여 공급가액 OOO원의 전자세금계산서를 청구법인에 발급하였다. (다) 청구법인이 제출한 사업자등록증에 따르면, AAA는 2008.7.1. AAA을 개업하였고, AAA의 업태는 건설업 등이며 종목은 인테리어 등으로 기재되어 있다. 이후 2016.11.4. AAA을 폐업하고, 같은 날 BBB(사업자등록번호: OOO)을 개업하였고, 업태는 건설업, 종목은 인테리어, 일반건축공사이다. AAA와 BBB 간의 2016.11.4.자 포괄적 사업양수도 계약서에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. <2016.11.4.자 포괄적 사업양수도 계약서 일부 발췌> (라) 청구법인이 제출한 청구법인과 BBB 간의 2016.11.5.자 도급계약서에 따르면, 다음과 같은 사항이 확인된다. <2016.11.5.자 공사도급계약서의 내용 중 일부발췌 및 정리> 앞서 2015.8.13.자 공사도급계약서와 비교시, 공사기간은 ‘준공 후 〜 2016.3.11.’에서 ‘2016년 설계도면 협의 후 〜 2016년 11월 공사완료 후’ 시점으로 변경되었고, 공사대금(부가가치세 포함)은 OOO원에서 OOO원으로 증액되었으며, 공사대금지급일과 관련하여 계약금은 별도의 내용이 없고, 중도금은 기성별지급, 잔금은 공사완료 후 1개월 이내로 각각 기재되어 있다. 또한 BBB이 AAA을 양수하여 모든 공사의 책임을 진다는 특약사항이 기재되어 있다. (마) 쟁점세금계산서의 내역은 아래 OOO와 같다. (바) 처분청은 2021.3.26. 청구법인 사무실을 방문하여 경영지원팀 BBB 부장과 문답한 내용을 제시하였다. 해당 문답서의 주요내용은 다음과 같다. <2021.3.26.자 청구법인 BBB 부장의 문답서 일부 발췌> (사) 처분청의 조사종결보고서 등에 따르면, 처분청은 “BBB이 종합소득세 부담을 줄일 목적으로 세금계산서 발행을 미루다 2016.11.4. 개인사업자 AAA을 폐업하고 BBB을 신설하여 포괄양도한 것”으로 보았으며, “쟁점공사의 경우 공사 기간이 6개월 이상으로 대금은 총 11차례에 나누어 수령하였으며, 2차례의 기성청구가 있는 점을 볼 때 중간지급조건에 따라 청구시점을 공급시기로 보아야 하나, 쟁점세금계산서는 공사완료일(2016.9.27.) 이후 발행(2016년 11월)한바, BBB에서 발행한 세금계산서 모두를 부인한다”는 내용이 확인된다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공사의 공급시기는 부가가치세법 시행령제29조 제2항 제1호 규정에 따라 공급가액이 확정되는 때로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인과 AAA이 체결한 2015.8.13.자 공사도급계약서에서, 수급인이 기성부분에 대한 검사를 요청할 경우 도급인은 지체 없이 검사를 하여야 하고, 수급인은 검사결과와 공사단가에 의하여 산출한 기성금액을 도급인에게 청구할 수 있으며, 이 때 도급인은 계약서에 명시한 바에 따라 공사대금을 지급하여야 한다는 약정사항이 확인되는 점, 청구법인 BBB 부장의 2021.3.26.자 문답서에 따르면, AAA이 청구법인에 기성부분에 대한 검사를 요청하였고, 이에 청구법인은 공사진척도를 확인하고 완성도에 따라 공사대금을 11회에 걸쳐 지급한 것으로 확인되는 점, 실제로 청구법인은 2015.8.13.〜2016.12.21. 기간 동안 총 11회에 걸쳐 공사대금을 지급한 것으로 확인되는 점, 2016.9.27. 이후에도 하자보수 또는 마무리 공사 형식으로 공사가 일부 진행되었고 이에 따라 2016.12.21. 대금이 지급되었을 가능성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점공사는 완성도기준지급조건부 용역 공급이며, 쟁점공사의 공급시기는 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 보이므로, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점공사가 완료된 시점을 2016.9.27.로 보고, 공사종료일 이후 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 용역공급자인 AAA이 아닌 BBB이 발급한 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 관련 매입세액 전액을 불공제하였으나, AAA와 BBB 간의 2016.11.4.자 포괄적 사업양수도 계약서에 따르면 개인사업자 AAA의 사업부분 일체(쟁점공사 포함)는 BBB에 포괄적으로 양도된바, 이는 개인인 사업자가 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 법인에게 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 경우로 포괄적인 사업의 양도에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인과 BBB 간의 2016.11.5.자 공사도급계약서에 따르면, 당초 계약한 AAA을 BBB이 양수함에 따라 모든 공사의 책임(하자담보 포함) 및 잔금정산을 BBB에게 양도한 것이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점세금계산서를 AAA(AAA)가 아닌 BBB이 발급하였다고 하여 이를 사실과 다른 세금계산서라고 보는 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 따라서 쟁점공사는 완성도기준지급조건부 용역으로 그 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때이며, 이 건의 경우 2015.8.13.〜2016.12.21. 기간 동안 총 11회에 걸쳐 공사대금이 지급되었으므로 각 지급시점을 공급시기로 보는 것이 타당한바, 쟁점세금계산서 발급시기인 2016년 제2기와 같은 과세기간에 지급된 2016.7.11.〜2016.12.21. 기간 동안의 공사대금 OOO원(공급대가) 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.