1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
4. 제56조 및 조세특례제한법제100조의32 제2항에 따른 미환류소득
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】① 비 영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리 내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한 다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.
1. 소득세법제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3. 소득세법제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.
⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.
⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법제112조를 준용한다.
⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. 제110조【비영리법인의 수익사업 개시신고】비영리내국법인과 비영리외국법인(국내사업장을 가지고 있는 외국법인만 해당한다)이 새로 수익사업(제3조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업만 해당한다)을 시작한 경우에는 그 개시일부터 2개월 이내에 다음 각 호의 사항을 적은 신고서에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업과 관련된 재무상태표와 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (2) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 일부개정된 것) 제2조【수익사업의 범위】①법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.
7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 부가가치세법제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일(국가균형발전 특별법제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】② 법 제62조의2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.
⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.
⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다.
(3) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 일부개정된 것) 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (4) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27838호로 일부개정된 것) 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
3. 문화재보호법에 따른 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재는 제외한다)를 소유하거나 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체로 한정한다)의 경내지(境內地) 및 경내지 안의 건물과 공작물의 임대용역 (5) 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “전통사찰”이란 불교 신앙의 대상으로서의 형상(形象)을 봉안(奉安)하고 승려가 수행(修行)하며 신도를 교화하기 위한 시설 및 공간으로서 제4조에 따라 등록된 것을 말한다.
3. “전통사찰보존지”란 불교의 의식(儀式), 승려의 수행 및 생활과 신도의 교화를 위하여 사찰에 속하는 토지로서 다음 각 목의 토지를 말한다.
- 가. 사찰 소유의 건조물[건물, 입목(立木), 죽(竹), 그 밖의 지상물(地上物)을 포함한다. 이하 같다]이 정착되어 있는 토지 및 이와 연결된 그 부속 토지
- 나. 참배로(參拜路)로 사용되는 토지
- 다. 불교의식 행사를 위하여 사용되는 토지[불공용(佛供用)ㆍ수도용(修道用) 토지를 포함한다]
- 라. 사찰 소유의 정원·산림·경작지 및 초지
- 마. 사찰의 존엄 또는 풍치(風致)의 보존을 위하여 사용되는 사찰 소유의 토지
- 바. 역사나 기록 등에 의하여 해당 사찰과 밀접한 연고가 있다고 인정되는 토지로서 그 사찰의 관리에 속하는 토지
- 사. 사찰 소유의 건조물과 가목부터 바목까지의 규정에 따른 토지의 재해방지를 위하여 사용되는 토지
(6) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것) 제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
- 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
- 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4【납부불성실·환급불성실가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
- 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
- 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
- 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 처분청이 제출한 ‘법인설립신고 및 사업자등록신청서’ 및 법인세 결의서 등에 따르면, 청구법인은 2015.1.6. 법인세법제110조에 따라 수익사업(2015.1.9. 취득한 OOO소재 상가건물 104호, 105호에 대한 임대업) 개시 신고를 하였고, 2015～2020사업연도 동안 위 임대 소득에 대한 법인세를 신고하여 왔으나, 쟁점토지의 양도소득을 2017사업연도 법인세 신고에 포함하지 아니하였으며, 이에 처분청은 과소신고로 보아 2021.3.15. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 법인세를 과세하였다. ＜표1＞ 청구법인 법인세 신고 및 처분청 경정 내역 OOO (나) 청구법인(대표자 AAA)은 2017.12.12. 아래 ＜표2＞와 같이 대표자 AAA의 주소지 관할인 OOO서장에게 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2020.6.9. “청구법인은 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당 하는 비영리법인으로, 쟁점토지를 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(서원부지)에 직접 사용하였으므로 양도소득세는 물론 법인세 납세의무도 없다”는 취지로 기 신고·납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, OOO서장은 청구법인(대표자 AAA)이 양도소득세 신고가 아닌 법인세 신고를 하여야 하는 것으로 보아 기 신고·납부한 양도소득세를 전액 환급한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 청구법인 양도소득세 신고내용 OOO (다) 처분청이 제출한 이의신청 결정서에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다. 1) 청구법인의 창건 이후 연혁 및 운영 현황은 다음과 같다. 가) 청구법인은 OOO이라는 이름으로 창건되어, OOO이라는 사액을 받으면서 OOO으로 불리게 되었고, 1977.12.7. OOO 지방문화재로, 2013.11.8. 청구법인 내의 묘정비가 OOO 유형문화재 OOO로, 1984.12.31. OOO 기념물 OOO로 지정되었다. 나) 매년 3월과 9월에 제사를 지내고, 해당 경비는 OOO 상가건물의 임대료, 청구법인 소유 농지의 도조비, OOO시청으로부터 받은 지원금, 청구법인의 회원으로부터 받는 찬조비 등을 통해 충당하고 있다. 2) 청구법인이 2017.11.3. 양도한 쟁점토지의 상세내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점토지 상세내역 OOO 3) 청구법인 사당·비각 등의 소재지 및 청구법인 소유토지, 쟁점토지는 상호 인접해 있음이 아래 ＜그림1＞의 내용으로 확인된다. ＜그림1＞ 청구법인 소유지와 쟁점토지 지적도 OOO 4) 청구법인은 쟁점토지 전부를 임대하고 도조비를 받아 고유목적 사업(제사 등)에 전액 사용한다고 주장하며 다음의 증빙을 제출하였다. 가) ‘청구법인 규약’ 제3조에서는 “청구법인은 OOO을 배향한 서원으로 OOO를 봉행하고 OOO의 수급 서열로 정격된 위상으로 발전하여 유도진흥과 문화향상에 공헌하며 재산유지관리함을 목적으로 한다”고 정하고 있다. 나) 쟁점토지와 관련한 임대차계약서(위 ＜표3＞의 ③∼⑨번 토지) 및 도조명부(위 ＜표3＞의 ⑩번 토지) 등을 제출하였다. 다) 청구법인 명의 은행계좌에 나타나는 쟁점토지 임대 관련 수입 및 지출 내역을 제출하였다(아래 ＜표4＞ 참조). ＜표4＞ 통장 내역 요약 OOO 라) 재단법인 OOO이 2016.5.27.부터 2016.8.4.까지 청구법인 소재 및 그 경내지로 조사(발굴조사 180㎡, 시굴조사 5,000㎡)한 이력은 아래 ＜그림2＞와 같다. ＜그림2＞ 2016년 문화재 발굴 및 시굴 조사 현황도 OOO 위 조사결과 확장조사가 필요하다는 결론에 따라 OOO은 2017.5.10.부터 2017.8.22.까지 아래 ＜그림3＞ ‘2017년 문화재 발굴 및 시굴 조사 현황도’에 해당하는 부분인 OOO 구역을 재조사하였고, 그 결과 막새, 평기와, 백자, 전이 출토되었는데, 위 ＜그림2＞ 및 ＜그림3＞과 ＜그림1＞을 비교해 보면, 문화재 발굴 조사 지역이 쟁점토지에 해당하는 지역이 아님이 확인된다. ＜그림3＞ 2017년 문화재 발굴 및 시굴 조사 현황도 OOO (라) 처분청 담당자는 청구법인이 주무관청에 종교단체로 등록(OOO 등과 같은 법인만 등록)된 사실이 없음을 확인하였고, 쟁점토지 위성사진 등을 제출하였다. (2) 법인세법제3조 제3항 제5호는 비영리내국법인의 과세대상이 되는 수익사업 중 하나로 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 원칙적으로 과세대상으로 정하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 예외적으로 제외하고 있고, 법인세법 시행령제2조 제2항은 법인세 과세대상에서 제외되는 고유목적 사업에 직접 사용하는 고정자산을 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 말하는 것으로 규정하고 있으며, 법인세법제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 제7호, 부가가치세법제26조 제1항 제18호 및 같은 법 시행령 제45조 제3호에서는 “문화재보호법의 규정에 의한 지정문화재를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체로 한정한다)의 경내지 및 경내지의 건물과 공작물의 임대용역은 수익사업에서 제외”하는 것으로 규정하고 있다. 또한 법인세법제62조의2 제1항에서는 ‘법 제3조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용대상에서 제외’하는 것으로 규정하였고, 제2항에서는 ‘제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부’하는 것으로 규정하였으며, 제6항에서는 ‘제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고는 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고’하는 것으로 규정하였고, 제7항에서는 ‘제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법제105조부터 제107조를 준용하여 양도소득과세표준 예정신고·납부를 하여야 하는 것으로 규정하였으며, 제8항에서는 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다고 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO가 청구법인을 지방문화재로 지정하고 청구법인이 소유한 토지 전부가 OOO 문화재 보호 조례 시행규칙에 따라 문화재보호구역으로 지정되었던바 청구법인 보유토지 전체가 문화재보호구역이자 경내지에 해당하고, 쟁점토지는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용되었다고 주장하나, 비영리내국법인의 과세대상이 되는 수익사업 중 하나로 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 원칙적으로 과세대상으로 정하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 예외적으로 제외하고 있는데, 이는 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 것이 관계 법령의 취지인바, 이와 같은 예외적인 감면규정은 엄격하게 해석하여야 하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점, 청구법인이 쟁점토지를 임대한 것은 법인세법제3조 및 같은 법 시행령 제2조에 따라 수익사업에 해당하고, 수익사업에 사용된 고정자산은 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보지 아니하는 점, 법인세법제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 제7호, 부가가치세법제26조 제1항 제18호 및 같은 법 시행령 제45조 제3호에서는 주무관청에 등록된 종교단체의 경내지 및 경내지의 건물과 공작물의 임대용역을 수익사업에서 제외하고 있으나 청구법인이 종교단체로 주무관청에 등록된 사실이 확인되지 않는 점, 쟁점토지가 제3자에게 임대되어 청구법인의 고유목적사업과는 무관하게 사용되었다면 비록 쟁점토지의 임료 등이 청구법인의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 경비에 사용되었다고 하더라도, 이는 청구법인의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과한 것인 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 자산에 해당하지 아니한다고 보아 그 처분이익을 과세소득으로 하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 2015.1.6. 수익사업개시신고를 한 청구법인은 법인세법제62조의2 제1항에 따라 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용대상에서 제외되는바 법인세법제62조의2 제7항 및 제8항이 아닌 제60조에 따라 법인세 신고를 하였어야 하는데, 청구법인의 판단착오로 양도소득세 예정신고를 한 것이므로 이를 법인세 신고로 보아 관련 가산세를 감면하기는 어렵다는 의견이나, 수익사업을 영위하는 청구법인이 관련 조문을 오인하여 법인세법제60조가 아닌 제62조의2에 따른 신고·납부를 하였으나, 청구법인이 쟁점토지 양도차익에 대한 납세의무를 성실하게 이행하기 위하여 법인세법규정에 따른 양도소득과세표준 예정신고의 방법을 선택하여 신고한 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점토지 양도차익에 대하여 법인세가 아닌 양도소득세 신고를 함으로써 법인세 신고를 하였을 경우보다 더 많은 세액을 신고·납부한 것으로 나타나는 점, 위와 같은 청구법인의 사정을 고려할 때 양도소득세 신고서를 제출받은 OOO서에서 잘못 신고·납부된 양도소득세를 환급하기 보다는 처분청의 이 건 과세처분 과정에서 기납부세액으로 처리하도록 하는 것이 타당해 보이는 점 등을 종합할 때 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 판단된다.