[요지] 쟁점건물 준공 당시에는 기부채납자가 쟁점협약의 무효를 주장하며 기부채납자 명의로 소유권보전등기를 하는 등 기부채납에 대한 협의 또는 절차가 진행되지 아니하였고, 이후 쟁점협약의 효력에 대해 계속 다투어 오다가 2020.6.4. 대법원 판결을 받은 이후에서야 쟁점기부건물의 기부채납이 확정된 점 등에 비추어 이 건 재화의 공급시기는 법원 판결 확정일로 판단됨
[요지] 쟁점건물 준공 당시에는 기부채납자가 쟁점협약의 무효를 주장하며 기부채납자 명의로 소유권보전등기를 하는 등 기부채납에 대한 협의 또는 절차가 진행되지 아니하였고, 이후 쟁점협약의 효력에 대해 계속 다투어 오다가 2020.6.4. 대법원 판결을 받은 이후에서야 쟁점기부건물의 기부채납이 확정된 점 등에 비추어 이 건 재화의 공급시기는 법원 판결 확정일로 판단됨
[참조결정] 조심2020중1144
[주 문] OOO장이 2021.1.27. 청구법인에게 한 거래사실 확인불가 통지처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 대법원 판결에 의해 기부채납에 대한 소유권이전과 공급가액이 확정되었으므로 쟁점기부건물의 공급시기는 대법원 판결일로 보아야 한다. (가) 사업자가 신축한 건물을 준공검사한 후 그 소유권을 국가 등에 귀속시키고, 사용수익권을 얻는 경우 당해 거래는 부가가치세법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급에 해당하며, 그 공급시기는 기부채납 절차가 완료된 때이다(재소비 46015-209, 2002.8.8., 서삼 46015-11354, 2002.8.16.). AAA-주는 청구법인의 세금계산서 재발급 요청공문에 대해 “재화가 인도되는 때에 당해 공급가액이 확정되지 아니한 경우에는 잠정가액으로 세금계산서를 교부한 후 공급가액이 확정되는 때 차액에 대하여 수정세금계산서를 교부해야 한다”고 주장하며 일부 금액에 대해 세금계산서를 발급하였으나, 청구법인은 쟁점기부건물의 소유권을 이전받지 못하여서 소송을 제기하였으므로 사실관계가 일치하지 않는다. 또한 재화가 인도되는 때에 당해 공급가액이 확정되지 아니한 경우에는 잠정가액으로 세금계산서를 교부하는 것은 일반적인 상거래의 경우에는 가능하나, 이 건과 같은 기부채납의 경우에는 기부채납 절차가 완료된 때가 재화의 공급시기에 해당한다. (나) 기부채납 목적물에 대한 소유권을 이전받지 못한 경우에는 법원의 판결에 의하여 해당 대가가 확정되는 때가 공급시기이다(사전-2017-법령해석부가-389, 2017.6.29. 등). 이 건의 경우 기부채납 대상물에 대한 소유권이전청구의 소를 제기하여 법원에서 소유권이전 및 공급가액이 확정되었으므로 그 확정된 날을 공급시기로 보아야 한다. (다) 앞서 언급한 바와 같이 AAA-주가 청구법인에 쟁점기부건물을 공급하는 것은 쟁점협약에 의한 기부채납으로서 그 공급시기는 기부채납절차가 완료되거나 부가가치세법 제11조 제1항에 따라 역무의 제공이 완료되어야 할 것(서울행정법원 2018.6.29. 선고 2016구합81352 판결, 참조)인바, 쟁점건물의 준공만으로 역무의 제공이 완료된 것으로 볼 수 없고, 대법원 판결에 의해 소유권의 이전과 그 공급가액이 확정된 날을 기부채납의 공급시기로 보아야 할 것이다.
(2) 처분청의 답변은 아래와 같이 사실과 다르다. (가) 처분청은 청구법인과 OOO와의 소송이 소유권에 대한 다툼이 아닌 면적에 대한 다툼이라고 주장하나, 청구법인이 AAA-주에 소송을 제기하게 된 원인은 AAA-주에서 기부채납의 원인이 되는 협약서의 내용이 무효임을 주장하며 소유권이전을 거부하였기 때문이다. (나) 처분청은 청구법인이 기 수령한 임대료 명목의 금원이 판결상 부당이득 또는 손해배상이라 하더라도 당사자 간 다툼의 여지가 없는 호텔 면적 10%에 대해서는 임대료 상당의 사용수익이 발생한 것으로 보아야 한다는 의견이나, 고등법원 판결문(OOO)에서 해당 금원은 청구법인과 AAA-주 사이에 묵시적으로 임대차계약이 체결되어 그 임대료 명목으로 지급되었다고 보기 어렵다고 명시하였고, 소유권을 이전해야 하는 부분을 사용수익함에 따른 임대료 상당의 부당이익 반환이라고 판결하였다. 그에 따라 부가가치세법 제11조에 정한 계약상 또는 법률상의 원인에 의한 용역(부동산 임대)의 공급이 아니라고 판시하였다.
(1) 청구법인과 AAA-주 간 소송의 대상은 쟁점건물의 소유권이전 자체가 아닌 소유권이전 면적에 대한 이견이 발생함에 따른 것으로 AAA-주가 청구법인에게 해당 사업 전체 건축연면적의 10%를 이전하여야 하는지, 청구법인 소유 부지 위에 지어진 쟁점건물 연면적의 10%를 이전하여야 하는지를 다툰 것이었다. 따라서 청구법인에게 이전될 최소한의 면적인 쟁점건물 연면적의 10%에 대하여는 쟁점협약(준공과 동시에 청구법인에게 소유권 이전)에 따라 준공시점에 공급가액이 확정된 것으로 보아야 한다.
(2) 또한 앞서 언급한 바와 같이 준공시점 이후 청구법인은 쟁점기부건물 지분을 이전받지 아니한 채, AAA-주에게 임대료 납부고지를 하고 그 중 일부를 수령하고 있었다. 비록 관련 법원의 판결에서는 AAA-주가 기 지급한 임대료 명목의 금원에 대하여 부동산 임대용역 대가가 아닌 손해배상금 또는 부당이득금에 해당한다고 판시하고 있으나, 청구법인의 쟁점기부건물 지분 취득이 AAA-주로부터 임대수익을 얻기 위한 목적인 이상, 기 수령한 임대료 명목의 금원이 손해배상금 또는 부당이득금의 성격이라 하더라도 당사자 간 다툼의 여지가 없는 쟁점건물 연면적의 10% 지분에 상당하는 부분은 임대료 상당의 사용수익이 발생한 것으로 보아야 한다.
(3) 2016년 7월 AAA-주에 대한 세무조사 결과를 보면, 쟁점협약에서 준공과 동시에 청구법인에게 소유권 이전하기로 정하고 있는 점, 양 당사자 간 소유권이전 면적에 대한 다툼이 있었으나 준공시점에 청구법인에게 귀속될 최소한의 면적이 확정되어 있던 점, 양자 간의 다툼으로 소유권이전은 이루어지지 않았으나 청구법인이 AAA-주로부터 임대료 명목으로 일정 부분을 수령하고 있던 점 등에 비추어 보면 쟁점건물 연면적의 10% 지분에 상당하는 공급가액에 대하여는 이미 준공시점에 공급가액이 확정되어 공급시기가 도래한 것으로 본 것으로 나타난다. 따라서 대법원 판결로 증가된 소유권이전 지분과 관련된 공급가액에 대해서는 공급가액 변동을 사유로 증가되는 부분에 대하여만 수정세금계산서를 발행하면 된다.
(4) 한편 청구법인은 양 당사자 간 다툼으로 인하여 준공시점에 AAA-주가 쟁점세금계산서를 발행하지 않음에 따라 매입세액공제를 받지 못한 점이 있으나, 쟁점건물 연면적의 10%에 대하여는 준공시점에 이미 공급시기가 도래한 것으로 보아야 하는 이상 해당 부분에 대하여는 2014년 제2기 과세기간 종료일로부터 3개월 이내 매입자발행 세금계산서를 신청하였어야 할 사항이다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조(세금계산서) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제34조(세금계산서 발급시기) ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 제34조의2(매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례) ① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 항에서 “사업자”라 한다)가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도ㆍ폐업 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.
② 제1항에 따른 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.
③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(2016.12.20., 본조신설)
(2) 부가가치세법 시행령 제18조(재화 공급의 범위) ① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.
3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 제28조(구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기) ① 법 제15조 제1항 후단에 따른 구체적인 거래 형태별 재화의 공급시기는 다음 표에 따른다.
② 반환조건부 판매, 동의조건부 판매, 그 밖의 조건부 판매 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 때를 공급시기로 본다. 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.
1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우
2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우
3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우
4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우
② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급 제71조(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등) ① 법 제34조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업자”란 법 제32조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(법 제61조 제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.
② 법 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 6개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.
③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.
⑥ 신청인 관할 세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제4항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.
⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.
⑧ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.
1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지
2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지
⑨ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.
⑩ 제9항에 따라 신청인 관할 세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다.
⑪ 제10항에도 불구하고 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 때에는 신청인이 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 본다.
⑫ 제10항 또는 제11항에 따라 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부하였거나 교부한 것으로 보는 경우 신청인은 법 제48조에 따른 예정신고, 법 제49조에 따른 확정신고 또는 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 할 때 기획재정부령으로 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우에는 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 법 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.
(1) OOO의 증축사업 경과 내용은 다음과 같다. (가) 2009.2.11. 청구법인과 AAA-주는 아래 ＜표3＞과 같은 내용의 “OOO 유휴부지 개발 및 OOO 증축사업에 대한 사업추진협약”을 체결하고 2011.12.2. 위 협약의 내용을 일부 변경하는 추가 협약을 체결하였다. ＜표3＞ 쟁점협약 세부내역 OOO (나) AAA-주는 2014.11.26. 위 ＜표2＞와 같이 건물을 준공하였고, 해당 일자로부터 호텔의 사용승인을 받아 운영 중에 있다. (다) AAA-주는 사업 전체(백화점 및 호텔) 건축 연면적 65,506㎡의 10%인 6,551㎡를 호텔(객실 54실)로 청구법인에 이전하기로 협약을 체결하였으나, 협약 자체가 불공정계약(공사비의 5%에 해당하는 금액 OOO원을 이미 OOO기여금으로 OOO에 납부하였으므로 청구법인에게 귀속되는 호텔 지분의 축소 또는 사용기간 연장을 요구)이었음을 주장하며, 소유권이전등기를 미이행하고 증축된 건물을 전부 자신의 명의로 소유권보존등기를 하였다. (라) 이에 청구법인은 2015.6.19. 소유권이전과 계약불이행에 따른 손해배상 및 부당이득반환청구의 소를 제기하였고, 2020.6.4. 대법원 최종 판결에 의해 청구법인이 승소하였다(2017.5.26. 1심 청구법인 승소, 2018.6.22. 2심 청구법인 승소). (마) 쟁점건물 등기사항전부증명서에 따르면 2015.2.9. AAA-주가 소유권보전등기를 하였다가, 2009.2.11. 협약을 등기원인으로 하여 2021.3.4. 35,085.19분의 6,550.6 지분을 청구법인에게 이전한 것으로 나타난다.
(2) 청구법인이 제기한 소송의 세부 내역은 다음과 같다. (가) 고등법원 판결문상 기재되어 있는 AAA-주의 주장 및 법원의 판단은 ＜표4＞ 및 ＜표5＞의 내용과 같다. ＜표4＞ AAA-주의 주장 및 법원의 판단 OOO ＜표5＞ 고등법원 판결문 일부 발췌 OOO (나) 대법원(OOO)은 ① 소유권이전에 대한 AAA-주의 주장을 모두 배척하고, ② 청구법인이 이전받아야 할 지분에 관한 임대료 상당의 금원을 손해배상하거나 부당이득으로 반환할 의무가 있다고 전제한 다음, ②-1) 임대료 상당의 금원에 대한 청구법인의 부가가치세 청구부분은 배척하고, ②-2) 임대료 상당의 금원은 토지 부분의 임대료를 제외하고 건물만의 사용을 전제로 산정하여야 한다는 AAA-주의 주장이 옳다고 판결하였다.
(3) AAA-주는 청구법인에게 임대료 명목으로 2015.6.12. OOO원, 2016.5.31. OOO원을 지급하였는데, 처분청이 제출한 자료에 따르면 AAA-주가 임대차계약의 체결을 거절하고 임대료를 지급하지 아니하자, 청구법인이 협약에 따라 사업 전체 건축 연면적의 10% 지분에 상당하는 2014∼2016년분 임대료를 산정하여 호텔임대료 납부를 고지하였고, AAA-주는 최소한의 청구법인 지분에 해당하는 쟁점건물 연면적의 10% 지분에 상당하는 임대료만을 지급하고 이에 대해 세금계산서를 수수한 것으로 기재되어 있다.
(4) 한편 AAA-주의 관할 세무서장은 2016년 7월 AAA-주에 대한 세무조사 결과, 쟁점기부건물의 공급시기를 쟁점건물 준공일로 보아 공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 발급하지 아니하였다며 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 부과하였다.
(5) 청구법인의 매입자세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인 신청 및 그 결과는 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점기부건물의 공급시기를 대법원 판결일(2020.6.4.)로 보아 2020.7.1. AAA-주에게 공급가액 OOO원으로 하는 세금계산서를 발행해줄 것을 요청하였으나, AAA-주는 세무조사로 추징된 공급가액을 제외한 공급가액 OOO원에 대하여 세금계산서를 발급하였다. ＜청구법인의 세금계산서 재발행 요청, 2020.7.22.＞ OOO ＜AAA-주의 세금계산서 재발행 요청 관련 회신의 건, 2020.8.20.＞ OOO (나) 청구법인은 2020.11.9. 처분청에 AAA-주로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하지 못하였다는 사유로 부가가치세법 제34조의2에 따른 매입자발행세금계산서의 발행을 위한 거래사실 확인을 신청하였으나, 처분청은 AAA-주가 기 발행한 세금계산서가 적정한 것으로 보아 2021.1.27. 거래사실 확인불가 통지를 하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 통상적으로 사업자가 건물을 신축하여 기부채납한 후 그 대가로 일정기간 동 건물에 대한 사용수익권을 얻는 경우 부가가치세법 제9조 제1항 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 제3호의 재화와 용역의 교환거래로 볼 수 있고, 이 경우 재화의 공급시기는 부가가치세법 제15조 제1항 제2호에 따라 재화가 이용가능하게 되는 때, 다만 이를 적용할 수 없는 경우 재화의 공급이 확정되는 때를 기준으로 공급시기를 판단해야 하며, 재화가 이용가능하게 되는 때를 정함에 있어서는 서로 대가관계에 있는 기부채납과 무상사용권 등에 관한 구체적 사정을 종합적으로 살펴야 한다(조심 2020중1144, 2021.1.5., 대법원 1996.5.31. 선고 95누4254 판결, 같은 뜻임). (나) 처분청은 쟁점건물 연면적의 10% 지분에 상당하는 부분은 쟁점건물의 준공시점에 공급시기가 도래하였고, 대법원 판결로 증가된 소유권이전 지분과 관련된 공급가액에 대해서는 증가되는 부분에 대하여만 수정세금계산서를 발행하면 된다는 의견이나, 이 건은 쟁점협약상 사업 전체 건축 연면적의 10% 이상을 준공과 동시에 청구법인의 소유로 무상귀속키기로 약정하였으나, AAA-주가 쟁점기부건물을 신축하여 소유권을 원시취득한 후 법원의 판결에 의해 청구법인에게 소유권을 이전하게 되었는바, 쟁점기부건물의 공급은 재화의 공급으로 보이는 점, 쟁점건물 준공 당시에는 AAA-주가 쟁점협약의 무효를 주장하며 AAA-주 명의로 소유권보전등기를 하는 등 기부채납에 대한 협의 또는 절차가 진행되지 아니하였고, 이후 쟁점협약의 효력에 대해 계속 다투어 오다가 2020.6.4. 대법원 판결을 받은 이후에서야 쟁점기부건물의 기부채납이 확정된 점, 고등법원 판결문에 기재되어 있는 바와 같이 AAA-주가 청구법인에게 지급한 임대료 상당의 금원은 AAA-주가 청구법인에게 쟁점협약 제5조의 수정을 요구하면서 소송결과에 따라 정산할 것을 유보하고 납부한 것으로 해당 금원은 AAA-주와 청구법인 사이에 묵시적인 임대차계약이 체결되어 그 임대료 명목으로 지급되었다고 보기 어려운 바, 이를 두고 AAA-주에 기부채납으로 인한 사용수익권이 부여된 것으로 보기는 어렵고, 청구법인 또한 쟁점기부건물에 대한 권리를 행사하였던 사실도 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점기부건물 공급시기는 대법원 판결일 이후로 봄이 타당해 보이므로 처분청이 쟁점건물의 준공일에 OOO원 상당의 건물가액의 공급시기가 도래하였음을 전제로 한 이 건 거래사실 확인불가 통지처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.