청구법인은 처분청의 경정청구 거부처분 이후에 청구법인의 주주총회를 대신하는 이사회의 결의 없이 신고조정만으로 고유목적사업준비금을 추가로 적립하였는바, 청구법인의 경우는 특례규정의 입법취지에 부합하지 아니하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점정부보조금을 의료발전회계로 구분경리하지 아니하고 영업외 수익으로 계상·지출하여 이미 손금으로 계상한 이상 이를 경정청구를 통하여 법인세 과세대상에서 제외할 수 없는 것으로 보이는 점에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(4) 쟁점정부보조금은 비수익사업에 해당하여법인세법상 과세대상 소득이 아니다. (가) 청구법인은 국가로부터 대가관계 없이 쟁점정부보조금을 수령하였고, 이를 영업외 수익으로 계상하여 법인세를 신고·납부하였으며, 경정청구를 통하여 쟁점정부보조금은 비수익사업에 해당하므로 법인세 과세대상이 아니라 주장하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점정부보조금을 의료발전회계로 구분경리하지 아니하였다는 사유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (나) 우선 쟁점정부보조금이 과세대상인 수익사업에 해당하는지에 대하여 살펴보면, 법인세법제3조 제1항은 “법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.”라고 규정하면서 제1호에서 각 사업연도의 소득을, 제3호에서 토지 등 양도소득을 각각 규정하고 있다. 또한 같은 조 제3항은 “비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 수익사업에서 생기는 소득으로 한다.”라고 규정하면서 제1호에서 “제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것”을, 제2호부터 제7호까지에서 “이자, 배당 등”을 각각 열거하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제1항은 “대통령령으로 정하는 것이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있는바, 청구법인은 한국표준산업분류 상 보건업에 해당하는 의료사업을 영위하고 있다. (다) 법령을 종합하면,법인세법은 비영리내국법인의 과세소득으로 법 제3조 제3항 제1호에서 경상적으로 발생하는 사업에서 발생하는 소득을 과세대상으로 하고 있고, 비경상적이고 우연적인 소득이라도 제2호부터 제7호까지에 열거된 수입에서 발생하는 소득을 과세대상으로 하고 있다. 즉 경상적으로 발생하는 사업에서 발생하는 소득을 원칙적인 과세대상으로 하고, 비경상적인 소득은 과세대상에 해당하지 아니하나 비경상적 소득이라도 제2호부터 제7호까지 열거한 수입에서 발생하는 소득에 대하여는 별도로 과세대상으로 삼고 있는 것이다. (라) 쟁점정부보조금의 경우로 돌아와 살펴보면, 쟁점정부보조금이 과세대상에 해당하려면법인세법제3조 제3항 제1호의 사업에서 발생하는 소득에 해당하거나, 제2호부터 제7호에서 열거하고 있는 수입에서 발생하는 소득에 해당하여야 한다. 쟁점정부보조금은 이자·배당소득 등 제2호부터 제7호에서 열거하고 있는 수입에서 발생하는 소득에 해당하지 아니하는바, 쟁점정부보조금이 제1호에 따른 사업에서 발생하는 소득에 해당하지 아니한다면 법인세 과세대상이 될 수 없는 것이다. 청구법인이 영위하는 의료사업은 한국표준산업분류 상 보건업에 해당하고, 보건업이란 “인간의 건강유지를 위한 각종 질환의 예방과 치료를 위한 보건서비스를 제공하는 병원, 의원 및 기타 의료기관과 의료관련 서비스를 제공하는 기관을 포함하는 것”으로 정의되고 있다. 즉 보건업이란 의료서비스가 필요한 환자를 상대로 의료용역을 제공하고 용역을 제공받은 환자로부터 그 대가를 수취하는 사업인바, 청구법인이 환자들에게 의료용역을 제공하고 그 대가로 수취한 것은 경상적인 사업으로서법인세법상 수익사업에 해당한다. 그러나 청구법인은 국가에 의료용역을 제공하고 쟁점정부보조금을 수취한 것이 아니고, 국가에 의료용역을 제공할 수도 없는바, 쟁점정부보조금은 국가가 의료용역의 제공 등의 대가관계 없이 비경상적이고 우연히 일부 의료기관에 무상지급한 것인데, 이것을 ‘경상적인 사업’에서 발생한 소득이라 할 수 없다. 즉 쟁점정부보조금의 성격은법인세법제3조 제3항 제2호부터 제7호까지에서 규정하고 있는 수입에서 발생한 소득과 비경상적이라는 동일성은 있으나, 제2호부터 제7호까지에서 열거되지 아니한 소득이므로 법인세 과세대상에 해당하지 아니한다. (마)법인세법기본통칙 제4-3···3은 “비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다.”라고 규정하면서 제2호 아목에서 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액을 비수익사업으로 예시하고 있다. 또한 예규를 통해서도 “의료법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 병원건물 또는 의료기기 등을 취득할 목적으로 수령한 국고보조금은법인세법제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업에서 발생하는 소득에 해당하지 아니한다(서면-2018-법인-1781, 2018.9.13., 서면-2016-법령해석법인-6066, 2017.10.19., 사전-2014-법령해석법인-21703, 2015.2.27.).”라고 일관되게 해석하여 의료법인이 정부로부터 대가관계 없이 무상으로 지급받은 보조금을 비수익사업으로 보고 있는바, 쟁점정부보조금은 비수익사업에서 발생하는 소득으로서 법인세 과세대상이 아니다. (바) 한편 처분청은 청구법인이법인세법제113조 및 같은 법 시행규칙 제76조에 따라 청구법인이 수익사업과 비수익사업을 구분기장하지 아니하였다는 사유로 청구법인의 경정청구를 거부하였는데, 법인세법제113조 제1항은 “비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제156조 제1항은 “법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제76조는 구분경리하는 방법에 관하여 규정하고 있는바, 처분청이 경정청구 거부처분의 근거로 제시한법인세법제113조는 “구분하여 기록하여야 한다.”라고만 규정하고 있을 뿐이고, 경정청구를 규정하고 있는국세기본법등 관련 법률 어디에도 “구분기장하지 아니한 경우에 경정청구를 제한한다.”라는 내용을 별도로 규정하고 있지 아니하다. 예를 들면,법인세법에서 구분기장하지 아니한 경우 비수익사업에 속하는 것을 수익사업에 속하는 것으로 본다거나, 비영리법인을 비영리법인으로 보지 아니한다거나, 가산세를 부과한다는 등 아무런 불이익한 제한규정을 두고 있지 아니하고, 특히 경정청구를 규정하고 있는국세기본법에서 구분기장 여부에 따라 경정청구를 제한한다는 규정을 두고 있지 아니함에도 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. 앞서 살펴본 바와 같이 경정청구제도는 과세관청의 경정권한에 대응하여 납세의무자가 스스로 자신이 한 신고행위의 잘못을 수정할 수 있는 사전권리구제방법 중 하나이고, 납세의무자의 권리로서 청구법인은 당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하여국세기본법에 따라 경정청구를 하였으나, 처분청은 달리 경정청구를 제한하는 규정이 없음에도 이를 거부하였다. 법인세법제113조가 비영리법인의 구분기장의무를 규정한 이유는 납세자 스스로 과세대상인 수익사업과 그 외 사업을 구분·관리함으로써 법인세 신고와 추후 과세관청이 경정 등을 하는 경우 과세대상의 구분을 용이하게 하기 위한 편의상의 목적일 뿐인데, 이를 근거로 경정청구를 거부하는 것은 처분청의 자의적 처분으로서 위법·부당하다.
(3) 쟁점정부보조금을 수익사업과 비수익사업으로 구분경리하지 아니한 경우 법인세 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, (가) 청구법인은 쟁점정부보조금이 과세대상 수익사업소득에 해당하지 아니므로 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하고 있다. 청구법인은주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사인에게 회계감사를 받는 법인으로서 2014∼2018사업연도에 감사인의 회계감사를 받았고, 해당 감사보고서 상 쟁점정부보조금에 대하여 청구법인의 건물신축과 의료기기 등 구입에 해당하는 금액은 기타자본금으로, 운영비 목적으로 사용된 금액은 의료 외 수익으로 처리하였으며, 쟁점정부보조금 수익을 지출하여 이미 손금으로 계상하였고, 의료기기 등을 취득하기 위하여 지출한 금액에 고유목적사업준비금을 사용하였는바, 의료발전준비금의 적립을 통하여 의료발전회계로 구분경리하고 있고, 의료기기 등의 감가상각비 상당액을 의료발전준비금으로 환입처리하여 이익잉여금에 계상하였다고 주장하나, 청구법인은 위 금액을 제외한 쟁점정부보조금을 일반운영비로 모두 지출하고 손금으로 계상하였으며, 이를 별도로 구분경리하지 아니하여 해당 고유목적사업준비금 지출내역을 확인할 수 없다. 청구법인은법인세법제113조 제1항, 같은 법 시행령 제156조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제76조에 따라 수익사업과 수익사업이 아닌 기타사업의 손익을 구분경리하여야 함에도 쟁점정부보조금을 의료발전회계에 따라 구분경리하지 아니하고, 영업외 수익으로 계상·지출하여 이미 손금으로 계상하였는바, 쟁점정부보조금 수익만을 법인세 과세대상에서 제외하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (나)법인세법제113조가 “구분기장하지 아니한 경우 경정청구를 제한한다.”라고 규정하고 있지 아니하다는 청구주장에 대하여 살펴보면, 법인세법제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 강제규정으로 명시하고 있고, 같은 법 시행령 제56조 제10항은 의료법인은 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있는 만큼 구분경리는 법적 의무사항이고, 대법원도 구분경리하지 아니하였다면 경정청구 대상이 아니라고 판시(대법원 2018.11.8. 선고 2018두51409 판결)한바 있다. 따라서 청구법인이 쟁점정부보조금을 법인세법령에 따라 구분경리하지 아니하였으므로 쟁점정부보조금을 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.
(4) 이와 같이 ①주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 따라 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하지 아니하였거나 이익처분에 의한 준비금을 적립하지 아니하고, 단순히 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 과소계상한 경우에는 경정청구 등에 의하여 손금산입할 수 없는 것이고, ② 특례대상지역에 소재한 쟁점지점병원의 수익사업소득에 한하여 고유목적사업준비금 100% 설정이 적용되는 것이며, ③ 청구법인은 쟁점정부보조금을법인세법113조에 따라 비수익사업회계와 구분경리해야 함에도 의료발전회계로 구분경리하지 아니하고 수익사업의 영업외 수익으로 계상한 후 일반비용으로 지출하였는바, 쟁점정부보조금만 과세제외하여 경정할 수 없는 것이다.
① 비영리내국법인인 청구법인의 고유목적사업준비금 과소계상액에 대한 경정청구(손금산입) 가능 여부
② 경정청구가 가능하다면 특례지역 이외 지역에 소재한 본점과 특례지역 내에 소재한 지점의 수익사업소득 합계액에 대하여 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는지 여부
③ 수익사업과 비수익사업으로 구분경리하지 아니한 쟁점정부보조금이 과세대상 소득이 아니라는 청구주장의 당부
(4) 법인세법령에 따른 준비금의 손금산입방법은 아래 <표5>와 같다. <표5> 법인세법령 상 준비금의 손금산입방법 OOO 이와 관련한 법인세법 집행기준 61-98-2는 다음과 같다. OOO
(5) 청구법인은 이 건 심판청구이유서에서 “고유목적사업준비금 상당액의 적립에 관한 실질은 적립금 상당액이 사외유출되지 않고, 계속 사내유보되어 있었으며, 주주총회를 거쳐 별도 적립요건을 충족하여 형식적 요건까지 완료하였다.”라고 기재하였으나, 우리 원의 조사과정에서 “청구법인은 비영리내국법인으로서 주주총회 또는 사원총회가 없고, 이사회 결의를 통하여 주요 의사결정을 하고 있는바, ‘이익잉여금처분 수정결의’는 이사회 결의 대상도 아니어서 신고조정만으로 고유목적사업준비금을 추가적립하였다.”라고 진술하였다. 한편 청구법인이 고유목적사업준비금 상당액을 사외유출하지 아니하고 미처분이익잉여금으로 사내유보하고 있었던 점에 대하여 청구법인과 처분청 간 이견은 없다.
(6) 국세청의 2011년 개정세법해설에 따른조세특례제한법제74조 제4항 및 같은 법 시행령 제70조 제5항의 개정취지 및 개정내용은 다음과 같다. OOO
(7) 청구법인이 쟁점정부보조금을 의료법인회계로 구분경리하지 아니하고, 수익사업의 영업외 수익으로 계상한 후 일반비용으로 지출하여 손금으로 계상한 점에 대하여 청구법인과 처분청 간 이견은 없다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 과소설정한 고유목적사업준비금을 신고조정의 방법으로 경정청구를 통하여 손금산입할 수 있다고 주장하나, 법인세법제29조 제1항은 “비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.”라고 규정하고 있으며, 특례규정은 “내국법인이조세특례제한법에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있는바,주식회사의 외부감사에 관한 법률에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 특례규정에 따라법인세법제29조의 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 의해 고유목적사업준비금으로 적립되어 있는 경우에는 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 보는 것이나, 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소계상한 경우에는 그 이후 경정 등의 청구에 의하여 손금에 산입할 수 없는 것으로 보이는 점, 청구법인은 2014∼2018사업연도 법인세 신고 시 고유목적사업준비금 명세서(갑)에 고유목적사업준비금을 과소계상하여 처분청에 신고한 것으로 나타나는 점, 특례규정의 취지는 법인의 소득을 사외유출시키지 아니하고 고유목적사업에 사용하도록 하기 위한 것임을 고려할 때 준비금 상당액을 차후 사외유출하지 아니하고 이익잉여금으로 사내유보하고 있고, 주주총회에서 이익잉여금처분을 수정결의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 적립금을 추가 계상하였다면 고유목적사업준비금 을 적립한 것으로 보아 손금산입하는 것이 입법취지에 부합하는 것이나, 청구법인은 처분청의 경정청구 거부처분 이후에 청구법인의 주주총회를 대신하는 이사회의 결의 없이 신고조정만으로 고유목적사업준비금을 추가로 적립하였는바, 청구법인의 경우는 특례규정의 입법취지에 부합하지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 쟁점①에서 청구주장을 받아들일 수 없는 이상 쟁점② 역시 마찬가지로 청구주장을 받아들일 수 없다. 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점정부보조금이 비수익사업에 해당하여법인세법상 과세대상 소득이 아니라고 주장하나, 법인세법제113조 제1항은 “ 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제156조 제1항은 “법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제76조는 그 구분경리하는 방법에 대하여 규정하고 있다. 또한법인세법 시행령제56조 제6항은 “법 제29조 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.”라고 규정하면서 제3호 가목에서 “의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액”을 규정하고 있고, 같은 조 제10항은 “제6항 제3호를 적용받으려는 의료법인은 손비로 계상한 고유목적사업준비금 상당액을 기획재정부령으로 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제29조의2 제4항은 “영 제56조 제10항에서 기획재정부령으로 정하는 의료발전회계란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.”라고 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점정부보조금을 의료발전회계로 구분경리하지 아니하고 영업외 수익으로 계상·지출하여 이미 손금으로 계상한 이상 이를 경정청구를 통하여 법인세 과세대상에서 제외할 수 없는 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점정부보조금을 법인세 과세대상수익에서 제외할 수 없는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 법인세법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “내국법인”이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말한다.
2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 가.민법제32조에 따라 설립된 법인 제4조[과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등통계법제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 제29조[비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입] ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.
가.소득세법제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 나.소득세법제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.
2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 제1항을 적용할 때주식회사 등의 외부감사에 관한 법률제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다. 제60조[과세표준 등의 신고] ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) 제61조[준비금의 손금산입 특례] ① 내국법인이조세특례제한법에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.
② 제1항에 따른 준비금의 손금산입 및 그 금액의 처리에 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다. 제113조[구분경리] ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제56조[고유목적사업준비금의 손금산입] ⑥ 법 제29조 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.
3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액
⑩ 제6항 제3호를 적용받으려는 의료법인은 손비로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령으로 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. 제156조[구분경리] ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제29조의2[의료기기 등의 범위] ④ 영 제56조 제10항에서 “기획재정부령으로 정하는 의료발전회계”란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다. 제76조[비영리법인의 구분경리] ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
(4) 조세특례제한법 제74조[고유목적사업준비금의 손금산입특례] ④ 수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에의료법제3조 제2항 제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인(제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제외한다)에 대하여는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지법인세법제29조를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (5) 조세특례제한법 시행령 제70조[고유목적사업준비금의 손금산입] ⑤ 법 제74조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.
1. 인구수가 30만명 이하인 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제10조 제2항에 따라 제주특별자치도에 두는 행정시를 포함한다)·군 지역 2.국립대학병원 설치법에 따른 국립대학병원 또는사립학교법에 따른 사립학교가 운영하는 병원이 소재하고 있지 아니한 지역 (6) 조세특례제한법 시행규칙 제29조의3[고유목적사업준비금의 손금산입 특례를 적용받는 비영리의료법인의 소재 지역의 범위] 영 제70조 제5항 각 호 외의 부분에서 “기획재정부령으로 정하는 지역”이란 별표 8의6에 따른 지역을 말한다. ※ 조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의6] 고유목적사업준비금 손금산입 특례를 적용받는 비영리의료법인 소재 지역의 범위(제29조의3 관련) 경기도 동두천시, 오산시, 이천시, 안성시, 김포시, 광주시, 양주시, 포천시, 여주군, 연천군, 가평군, 양평군 강원도 강릉시, 동해시, 태백시, 속초시, 삼척시, 홍천군, 횡성군, 영월군, 평창군, 정선군, 철원군, 화천군, 양구군, 인제군, 고성군, 양양군 충청 북도 제천시, 청원군, 보은군, 옥천군, 영동군, 증평군, 진천군, 괴산군, 음성군, 단양군 충청 남도 공주시, 보령시, 아산시, 서산시, 논산시, 계룡시, 금산군, 연기군, 부여군, 서천군, 청양군, 홍성군, 예산군, 태안군, 당진군 전라 북도 군산시, 정읍시, 남원시, 김제시, 완주군, 진안군, 무주군, 장수군, 임실군, 순창군, 고창군, 부안군 전라 남도 목포시, 여수시, 순천시, 나주시, 광양시, 담양군, 곡성군, 구례군, 고흥군, 보성군, 장흥군, 강진군, 해남군, 영암군, 무안군, 함평군, 영광군, 장성군, 완도군, 진도군, 신안군 경상 북도 김천시, 안동시, 영주시, 상주시, 문경시, 경산시, 군위군, 의성군, 청송군, 영양군, 영덕군, 청도군, 고령군, 성주군, 칠곡군, 예천군, 봉화군, 울진군, 울릉군 경상 남도 진해시, 통영시, 사천시, 밀양시, 거제시, 의령군, 함안군, 창녕군, 고성군, 남해군, 하동군, 산청군, 함양군, 거창군, 합천군 제주도 서귀포시
(7) 민법 제32조[비영리법인의 설립과 허가] 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.
(8) 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
7. “감사인”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 가.공인회계사법제23조에 따른 회계법인(이하 “회계법인”이라 한다) 나.공인회계사법제41조에 따라 설립된 한국공인회계사회(이하 “한국공인회계사회”라 한다)에 총리령으로 정하는 바에 따라 등록을 한 감사반(이하 “감사반”이라 한다) 제4조[외부감사의 대상] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사는 재무제표를 작성하여 회사로부터 독립된 외부의 감사인(재무제표 및 연결재무제표의 감사인은 동일하여야 한다. 이하 같다)에 의한 회계감사를 받아야 한다.
2. 해당 사업연도 또는 다음 사업연도 중에 주권상장법인이 되려는 회사
3. 그 밖에 직전 사업연도 말의 자산, 부채, 종업원수 또는 매출액 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 회사. 다만, 해당 회사가 유한회사인 경우에는 본문의 요건 외에 사원 수, 유한회사로 조직변경 후 기간 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 유한회사에 한정한다. (9) 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 시행령 제5조[외부감사의 대상] ① 법 제4조 제1항 제3호 본문에서 “직전 사업연도 말의 자산, 부채, 종업원 수 또는 매출액 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 회사”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.
1. 직전 사업연도 말의 자산총액이 500억원 이상인 회사
2. 직전 사업연도의 매출액(직전 사업연도가 12개월 미만인 경우에는 12개월로 환산하며, 1개월 미만은 1개월로 본다. 이하 같다)이 500억원 이상인 회사
3. 다음 각 목의 사항 중 2개 이상에 해당하는 회사
결정 내용은 붙임과 같습니다.