소득세법 제95조 제2항의 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간은 같은 조 제4항 규정에 의하여 당해 자산의 취득일부터 양도일까지이고, 상속으로 취득한 자산의 취득시기는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호에 의하여 상속개시일이 되는 것인바 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
소득세법 제95조 제2항의 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간은 같은 조 제4항 규정에 의하여 당해 자산의 취득일부터 양도일까지이고, 상속으로 취득한 자산의 취득시기는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호에 의하여 상속개시일이 되는 것인바 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인의 주장근거인 소득세법 제97조의2 제1항 은 취득원인이 증여인 경우로 청구인은 쟁점토지를 상속을 원인으로 취득하였으므로 이에 해당하지 않는다. (2) 소득세법 제95조 제2항 “장기보유특별공제”를 적용함에 있어 보유기간의 계산은 같은 조 제4항 규정에 의하여 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 하는 것이고, 상속받은 자산의 장기보유특별공제액을 계산함에 있어서 보유기간은 상속개시일부터 양도일까지로 하는 것이므로 청구인이 당초 신고했듯이 상속개시일인 2010.11.11.을 취득시기로 하여 2020.6.5.까지 보유기간을 9년 이상 10년 미만으로 보아 장기보유특별공제율 18%를 적용한 것은 타당하다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략) 표1. OOO
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제97조의2(양도소득의 필요경비 계산 특례) ① 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따르되, 취득가액은 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제97조 제1항 제1호에 따른 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제97조 제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다. 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날
(3) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. OOO
⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면 피상속인은 쟁점토지를 2002.12.7. 증여에 의하여 취득하였고, 청구인은 2011.2.7. 쟁점토지를 상속에 의해 소유권이전등기 받은 것으로 나타나며, 청구인이 쟁점토지를 상속받은 후 1년 이상 직접 경작한 사실에 대해서는 청구인과 처분청간 다툼이 없다. (나) 청구인의 쟁점토지에 대한 수정신고 및 처분청의 경정결정 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점토지에 대한 수정신고 및 경정 내역 OOO (다) 쟁점토지는 2015.10.26. OOO시장으로부터 OOO 도시계획 결정으로 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제29조, 제30조, 같은 법 시행령 제25조에 따라 OOO도시관리계획(재정비) 결정(변경)고시로 주거지역으로 편입된 것으로 나타난다. (라) 자경농지 확인서(작성자: BBB, 작성일: 2020.6.5., 자경기간: 2010.11.11.∼2020.6.5.)와 OOO조합장의 조합원증명서(2020.6.5.), 쌀직불 보조금 지급 관리대장 등에 의하면 피상속인 및 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제를 적용함에 있어 피상속인이 쟁점토지를 증여받은 2002.12.13.부터 기산하여야 한다고 주장하나, 소득세법제95조 제2항의 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간은 같은 조 제4항 규정에 의하여 당해 자산의 취득일부터 양도일까지이고, 상속으로 취득한 자산의 취득시기는 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호에 의하여 상속개시일이 되는 것인바, 청구인이 상속받은 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용함에 있어 보유기간은 그 취득일인 상속개시일(2010.11.11.)부터 기산되는 점OOO, 청구인은 같은 법 제95조 제4항 단서 및 제97조의2 제1항을 근거로 쟁점토지의 보유기간을 피상속인이 쟁점토지를 증여받은 날로부터 기산하여야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점토지를 양도일(2020.6.5.)로부터 “5년 이내”에 “증여”받은 것이 아니라 2010.11.11. 상속받았으므로 해당 규정의 적용대상이 아닌 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.