쟁점판결에 따라 쟁점세금계산서가 효력이 없는 것으로 확정되어 후발적 경정청구 사유에 해당하므로 처분청의 경정청구 거부처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO서장이 2020.7.27. 청구인에게 한 2014년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2014년 귀속 종합소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구인이 2014.5.16. aaa에게 토석 공급과 관련하여 발급한 공급가액 OOO원의 세금계산서가 정당한지 여부를 상대방 aaa에 대한 추가 확인(세금계산서 폐기의 합의 여부) 등을 통하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정 한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO에서 건설기계 도급 및 대여업을 주업으로 하는 ‘OOO’를 2011.7.20. 개업하여 운영하는 개인사업자로, 2014년 제1기 부가가치세 과세기간 중 aaa(OOO)에게 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서 수기분 1매(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발행하였으나 해당 과세기간의 부가가치세 신고시 쟁점매출세금계산서의 공급가액을 과세표준에서 제외하였고, 거래처 aaa는 2017.10.24. 2014년 제1기 부가가치세 수정신고를 하면서 쟁점매출세금계산서 OOO원을 제출하여 매입세액공제를 받았다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점매출세금계산서의 공급가액에 대해 부가가치세를 신고누락하였다고 보아 2019.7.1. 청구인에게 2014년 제1기 부가가치세 OOO원을, 2019.9.3.에 2014년 귀속 종합소득세 OOO원을 각각 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 쟁점매출세금계산서 발행금액과 관련하여 aaa를 상대로 청구이의의 소를 제기하였으나, OOO 판결(이하 “쟁점판결”이라 하다)에서 청구인이 쟁점매출세금계산서 OOO원의 공급자가 아닌 것으로 결정되고 해당 판결이 2020.2.28. 확정되었으므로 쟁점매출세금계산서의 매출금액을 취소하여야 한다는 취지로 2020.5.26. 2014년 제1기 부가가치세 및 2014년 귀속 종합소득세 경정청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 청구인이 aaa에게 발행한 세금계산서 금액과 대금수수내역을 확인한 결과 쟁점매출세금계산서를 정상적인 매출금액으로 판단하여 2020.7.27. 경정청구거부통지를 하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2020.10.13. 이의신청을 거쳐 2021.1.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 이 건의 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인은 OOO라는 상호로 건설기계 도급 및 대여업을 영위하는 사업자로, OOO 소재 OOO 복원사업에 토석을 납품하기 위하여 OOO로부터 토석채취허가를 취득한 aaa(건설업체인 OOO 대표)와 토석채취사업을 동업하기로 하고 2013.9.2. 동업계약서를 작성하였다. (나) 청구인은 2013.9.7. aaa와 동업하던 토석채취장 흙을 aaa로부터 OOO원OOO에 인수하기로 계약하여 토석에 관한 권리를 청구인이 가지게 되었으며, 토석을 납품하여 얻은 수익금을 모두 청구인이 갖되 만약 손실이 발생할 경우 손실도 청구인에게 귀속되는 것으로 합의하였다. (다) 청구인은 흙 인수 계약 이후 2013.12.23. ㈜AAA(이하 “AAA”이라 한다)에게 토석을 공급하였으나 aaa가 토석채취 허가 명의자였으므로 세금계산서, 거래대금 입금 등을 모두 aaa 명의로 할 수 밖에 없어 2014.3.31. 공급가액 OOO원의 세금계산서를 토석채취 허가권자인 aaa 명의로 발행하여 교부하였고, 2014.5.14. 대가를 세금계산서 발행자인 aaa가 수령하였다(현장소장이 OOO원 수령, 잔액 OOO원을 aaa 계좌로 AAA에서 입금). (라) 청구인은 흙 인수 계약을 통해 토석에 대한 권리가 청구인에게 있고 실제로도 토석을 채취하여 AAA에게 공급하는 과정에서 포크레인 임대비용, 토석운반비 등을 청구인이 지출하였으므로 aaa가 청구인 대신 세금계산서를 발행하였더라도 aaa는 AAA으로부터 토석대금을 지급받을 권리가 없어 AAA이 aaa에게 지급한 토석대금이 청구인에게 귀속되어야 한다고 보았고, 이에 따라 청구인은 aaa가 AAA에 교부한 금액과 동일한 금액인 OOO원을 공급가액으로 하여 쟁점매출세금계산서를 2014.5.16. aaa에게 수기로 발행하였으나, aaa는 AAA으로부터 수령한 대금을 2014년 제1기 부가가치세 신고기한인 2014.7.25.까지 청구인에게 지급하지 아니하였으며, 청구인과 aaa는 쟁점매출세금계산서를 상호 폐기하기로 합의한 후 부가가치세를 신고하지 아니하였다. (마) 그러나, aaa는 이로부터 3년이 지난 2017.10.24. 2014년 제1기 부가가치세 수정신고를 하면서 당초 폐기하기로 하였던 쟁점매출세금계산서 OOO원을 제출하여 매입세액 공제를 받았다. (바) 처분청은 aaa가 수정신고시 제출한 쟁점매출세금계산서를 청구인의 매출누락으로 보아 2019년 7월 부가가치세, 2019년 9월 종합소득세를 청구인에게 경정‧고지하였다. (사) 청구인은 AAA이 aaa에게 2014.5.14. 토석 대금으로 지급한 OOO원에 대하여 청구인에게 토석에 대한 권리가 있고 실제로도 토석을 채취하여 AAA에게 공급하였으므로 위 토석대금 OOO원은 청구인에게 귀속되어야 한다는 뜻으로 2019.9.10. aaa를 상대로 OOO에 청구이의의 소를 제기하였으나, OOO은 2013.9.7. 청구인의 흙 인수계약은 토석채취허가를 받은 토석(허가부분 OOO)에 관한 것인 반면 AAA에 공급된 토석은 허가받은 물량을 초과하여 채취된 것이므로 AAA에 공급된 토석에 대한 권리가 청구인에게 없다고 하면서 청구인의 aaa에 대한 OOO원의 부당이득반환청구는 이유없다고 보아 2020.1.9. 청구인 패소로 판결을 선고하였다. (아) 청구인은 OOO 상급심 소송 진행 중 변호사 선임료 등 소송비용 부담과 2심에서 승소하더라도 aaa 명의로 소유 부동산이 없어 OOO원을 지급 받을 수 없는 상태라 판단하여 당초 청구인이 aaa에게 수기로 발행하여 주었던 쟁점매출세금계산서로 aaa가 2017.10.23. 2014년 1기 부가가치세 수정신고시 매입세액 공제받은 것을 취소하기로 2020.2.26. aaa와 합의서를 작성한 후 2020.2.28. 항소 취하서를 접수하였고, 이에 따라 청구인이 공급자가 아닌 것으로 최종 판결이 확정되었다. (자) 청구인은 ‘AAA에 공급된 토석에 대한 권리가 청구인에게 있는 것으로 볼 수 없다’는 쟁점판결에 따라 처분청이 청구인을 공급자로 보고 2019년 7월 고지한 부가가치세 OOO원과 2019년 9월 고지한 종합소득세 OOO원을 취소하여야 한다는 취지로 국세기본법 제45조 의 2 제2항 제1호에 따라 소송에 대한 판결이 확정된 날로부터 3개월 이내인 2020.5.26. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2014.5.16. aaa가 청구인 계좌로 OOO원이 입금한 것을 쟁점매출세금계산서에 대한 대금지급으로 판단하고 2020.7.24. 경정청구를 거부하였다. (2) 국세기본법 제45조의2 제2항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”라고 규정하면서, 제1호에서 “최초의 신고‧결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”를 규정하고 있다. 이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리 구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구 사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 “거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”는 최초의 신고‧결정 또는 경정 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 말한다(OOO 판결 등 다수). (3) 청구인은 aaa를 상대로 OOO원을 회수하고자 2019.9.10. OOO에 소송을 제기하였으나 법원은 “2013.9.7. 작성 흙 인수계약은 토석채취허가를 받은 토석에 관한 것인 반면 AAA에 공급된 토석은 허가받은 물량(OOO)을 초과하여 채취된 것이므로 AAA에 공급된 토석에 대한 권리가 청구인에게 없다”라고 판결하였다. 청구인이 패소한 이 사건은 청구인이 aaa에게 발행한 수기 쟁점매출세금계산서의 매출 신고누락분에 대하여 2019년 7월 과세가 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁인 소송 판결에 의하여 그 거래행위 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초의 세금계산서는 정당하게 유지될 수 없어 처분청의 과세처분(2019년 7월 경정한 부가가치세 및 2019년 9월 종합소득세)도 정당하게 유지될 수 없게 되었으므로 당연히 취소되어야 한다. 그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점판결에 청구인이 토석에 대한 권리가 없을 뿐 공급하였던 사실을 부인하는 내용이 아니라는 점을 들어 쟁점매출세금계산서가 정상적인 매출에 따른 발행으로 인정된다고 하였으나, 쟁점판결은 AAA에 공급된 토석에 대한 권리가 청구인이 아닌 aaa에게 있다고 판결하였으며, 따라서 토석에 대한 공급자도 청구인이 아니라 aaa이므로 청구인이 aaa에게 부당이득반환청구를 한 것은 이유없다고 판결하여 토석 공급자 및 토석대금의 사실상 귀속자가 청구인이 아닌 aaa라고 명확히 판결하였는바, 권리가 없을 뿐 공급하였던 사실은 맞다는 처분청의 주장은 쟁점판결의 문언을 잘못 이해한 것이고 실질과세원칙에도 반하는 것이다. (4) 부가가치세법 통칙 3-0-2와 같이 과세대상이 되는 거래의 귀속자가 사실상 따로 있는 경우 사실상 귀속되는 자에 대하여 부가가치세법을 적용하여야 하는바, 사실상 귀속자가 아닌 청구인이 aaa를 상대로 세금계산서를 발급한 것은 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것에 대하여 잘못 교부한 무효인 세금계산서이므로 그 세금계산서를 근거로 청구인에게 과세한 처분은 취소되어야 한다. (5) 처분청은 aaa가 청구인 계좌로 2014.5.16. OOO원이 입금한 것을 쟁점매출세금계산서에 의한 대금지급으로 보아 청구인이 공급한 것이 정당하다며 경정청구를 거부한 당초 처분은 잘못이 없다고 하나, 쟁점판결과 쟁점판결 전 청구인과 aaa 간의 채권·채무소송인 OOO 판결, OOO 판결(심리불속행)에서도 “위 OOO원은 쟁점매출세금계산서와는 아무런 관련이 없는 2013.9.7. 흙 인수계약에 따라 청구인이 aaa로부터 받을 대금 OOO원 중 OOO원을 받아 아직 원금이 OOO원 남아있다”라고 명확히 판결하고 있는바, 처분청이 위 OOO원을 쟁점매출세금계산서 대금으로 주장하는 것은 위 판결들을 인정하지 않겠다는 것으로 부당하다. 흙 인수계약서(2013.9.7.)를 보면 OOO원은 토사석을 채취하고 원상복구공사 준공이 완료되면 변제하기로 한 2013.9.7.자 인수계약에 따른 지급금 OOO원[청구인이 흙을 aaa로부터 OOO원에 인수함에 따라 aaa가 토사석 채취허가 등과 관련하여 청구인을 포함하여 4개 회사에서 OOO원을 받은 대금에서 인허가비 OOO원과 흙대금 OOO원을 공제한 나머지 잔액 OOO원(OOO)] 중 OOO원을 2014.5.16. aaa가 송금해 준 금액으로, 쟁점판결은 2013.9.7 흙 인수계약서상 채권 원금 OOO원(채권잔액 OOO원에서 수령금액 OOO원을 차감)이 아직 남아 있다고 판결하였다. 만일 처분청의 주장대로 2014.5.16. aaa가 청구인 계좌로 입금한 OOO원이 쟁점매출세금계산서에 의한 입금 대금이라면 청구인이 aaa를 상대로 소송을 할 이유도 없고, aaa도 소송 답변서에서 AAA에 공급하고 대금을 수령한 것은 2013.9.7. 인수계약 물량을 초과한 토석으로서 이는 청구인의 것이 아니라 aaa 자신이 공급한 것이라고 주장한 것을 보더라도 위 대금은 쟁점매출세금계산서 공급가액 OOO원에 대한 것이 아니라 2013.9.7. 흙 인수계약과 관련하여 aaa로부터 청구인이 받을 채권을 회수한 것이 명백히 입증되는바, 청구인이 토석대금을 수령하고 쟁점매출세금계산서를 발행하였다는 처분청 주장은 잘못된 것이다. (6) 처분청은 쟁점판결 후 상급심 소송중 aaa가 쟁점세금계산서를 수정신고하여 당초 매입세액공제를 받은 것을 취소하겠다는 합의서(2020.2.26.)를 작성하고도 현재까지 수정신고서를 제출하지 아니한 점을 들어 경정청구를 거부한 당초 처분은 잘못이 없다고 하나, aaa가 수정신고를 하지 않았으면 무효인 세금계산서에 의거 공제받은 매입세액을 aaa에게 경정‧결정하면 되는 것이지 aaa가 수정신고를 하지 않았다 하여 청구인의 매출누락으로 보아 경정청구를 거부통지한 것은 잘못이다. (7) 따라서 처분청이 청구인을 토석에 대한 공급자로 보아 쟁점매출세금계산서에 대하여 매출신고를 누락하였다 하여 부가가치세 및 종합소득세를 고지한 당초 처분은 취소되어야 하는바, 국세기본법 제45조의2 제2항 에 따라 판결이 확정된 날로부터 3개월 이내에 경정청구를 한 것은 후발적 경정청구 사유에 해당하므로 거부처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 자신이 AAA에 토석을 공급할 권리가 없는 자로 판결이 확정되어 쟁점매출세금계산서의 공급자가 청구인이 아니므로 2014년 제1기 부가가치세 매출세액 감액 취지의 경정청구를 거부한 처분이 부당하다고 주장하나, 부가가치세법 제29조 제1항 은 재화 또는 용역의 공급에 대한 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제32조 제1항은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다고 규정하고 있는바, 쟁점판결에는 청구인에게 토석의 공급에 대한 권리가 없을 뿐 청구인이 토석을 공급하였던 사실을 부인하는 내용은 아닌 것으로 확인된다. (2) 청구인은 aaa가 2014.5.16. 청구인에게 지급한 OOO원이 흙 인수계약서상 채권을 지급받은 것일 뿐 쟁점매출세금계산서와는 아무런 관련이 없음이 쟁점판결에 의해 확인된다고 주장하나, 쟁점판결 내용을 보면 청구인은 자신이 먼저 aaa에게 토석채취 부대비용으로 선지급했던 OOO원(측량설계비 OOO원, 복구예치금 OOO원)을 포함하여 aaa로부터 2013.11.1.부터 2014. 4.1.까지 OOO원 과 2014.5.16. OOO원의 대금을 받았음이 확인되고, 청구인이 2013년 제2기〜2014년 제1기 과세기간 중 aaa와 관련하여 발행한 매출세금계산서(쟁점매출세금계산서 포함) 합계는 OOO원(공급가액 OOO원, 세액 OOO원)이며 위 기간의 토석판매에 따른 대금 수령액은 OOO원(총 수령액 OOO원 + OOO원 + 차입금 OOO원 - 토석채취 부대비용 OOO원)으로 쟁점매출세금계산서를 포함한 총 세금계산서 공급대가와 대금수령액의 차이금액은 OOO원으로 크지 아니하다.

(3) 이의신청에 대한 심리 당시 aaa는 2014.3.31. AAA에 발행한 세금계산서의 OOO원[추가공급토석 OOO× 단가 OOO원]을 수령하기 위해 소송을 제기하였고 2014.5.14. 대금수령 후 2015.

5.

16. 소송비용을 제외하고 OOO원을 청구인에게 입금하였다고 주장하였는바, 청구인이 수령한 OOO원은 aaa가 쟁점매출세금계산서와 관련한 토석대금 등을 2014.5.14. AAA으로부터 수령하여 2일 뒤 2014.

5.

16. 청구인에게 지급하면서 동일자에 발행된 쟁점매출세금계산서로 정상 매출에 따른 세금계산서 발행으로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점매출 세금계산서를 청구인의 정상적인 매출금액으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점판결에 따라 쟁점세금계산서가 효력이 없는 것으로 확정되어 후발적 경정청구 사유에 해당하므로 처분청의 경정청구 거부처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지>
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 후발적 경정청구 사유로 주장하는 쟁점판결의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점판결이 확정한 기초사실은 다음과 같다.

1. 원고인 청구인은 ‘OOO’ 및 ‘OOO’라는 상호의 건설기계 도급, 대여업을 주로 하는 각 개인업체를 운영하는 사람이고, 피고인 aaa는 OOO였던 사람으로, ‘OOO’라는 상호의 개인건설업체를 운영하는 사람이다.

2. OOO은 석면으로 오염된 광산 하류 농경지의 광해 복원을 사업목적으로 하여 ‘OOO’을 발주하였다.

3. aaa는 bbb, ccc의 공유 토지인 OOO 각 토지[이하 다. (1)에서 “이 사건 각 토지”라고 한다]에 관하여 위 복원사업을 위한 토석채취허가를 받기로 하고, 청구인은 aaa가 허가받은 현장에서 인부에게 작업지시를 하거나 장비를 사용하는 방법으로 토석을 채취한 뒤 토석을 공급받을 납품처에 토석을 운반하는 데 대한 작업을 하기로 하며, 서로 동업하기로 협의하였다.

4. 청구인은 aaa에게 2013.1.25. OOO원, 2013.6.26. OOO원 합계 OOO원을 토석채취허가를 위한 측량설계비 명목으로 각 지급하였다.

5. aaa에 대하여 2013.9.경 이 사건 각 토지에서 토석 OOO를 채취하는 데 관한 토석채취허가가 났다.

6. 청구인은 2013.9.2. aaa와 사이에, 이 사건 각 토지에서 aaa 명의로 토석채취허가를 받은 토석 물량 OOO를 채취하는 것과 관련하여 다음과 같은 내용의 “토석 채취장 동업계약”[이하 다. (1)에서 “2013.9.2.자 동업계약”이라고 한다]을 체결하였다. <2013.9.2.자 동업계약>

7. aaa는 2013.9.6. 청구인에게 “토석채취허가를 받기 위한 복구예치금(토석 채취가 끝난 토지를 채취 이전의 상태로 복구하는 것과 관련한 예치금을 말한다)이 필요하다”는 취지로 말하여 청구인으로부터 OOO원을 지급받았고, 같은 경위로 같은 날인 2013.9.6. 이 사건 각 토지에서 채취된 토석을 공급받기로 한 주식회사 BBB으로부터 OOO원을, CCC 주식회사로부터 OOO원을, 2013.9.6. 및 2013.9.9. 주식회사 AAA으로부터 합계 OOO원을 각 지급받았다.

8. aaa는 2013.9.7. 청구인과 사이에, 2013.9.2.자 동업계약과 관련하여 다음과 같은 내용의 “토석채취장 흙 인수계약”[이하 다. (1)에서 “2013.9.7.자 인수계약”이라고 한다]을 체결하면서, 청구인으로부터 “청구인이 aaa에게 지급한 복구예치금 OOO원을 어떻게 할 것이냐”는 말을 듣고, 2013.9.2.자 동업계약의 계약서 하단 말미에 “단 청구인이 투자한 금 선공제하기로 한다”는 조항을 자필로 써서 추가해주었다. <2013.9.7.자 인수계약>

9. aaa는 2013.9.26.경부터 2014.2.22.경까지 사이에 이 사건 각 토지에서 채취하는 토석의 납품처 선정 업무 등을 담당하고, 청구인은 위 토지의 현장에서 토석 채취 작업을 하면서 함께 협의하여 이 사건 각 토지의 토석 바닥을 설계보다 깊이 파내는 방법으로 허가받은 토석 채취량을 초과한 토석을 채취하여 판매하였다.

10. 한편, 청구인은 2013.11.1.부터 2014.4.1.까지 이 사건 각 토지의 토석 채취와 관련하여 자신이 지급한 바 있는 앞서 본 OOO원(= 측량설계비 OOO원 + 복구예치금 OOO원)을 포함하여 합계 OOO원을 지급받았다.

11. aaa는 2014.4.21. 청구인과 사이에, 2013.9.2.자 동업계약 및 2013.9.7.자 인수계약과 관련하여 다음과 같은 내용의 “토석 채취장 정산완료 합의 계약”[이하 다. (1)에서 “2014.4.21.자 정산계약”이라고 한다]을 체결하고, 같은 날인 2014.4.21. 청구인에게 2014.4.21.자 정산계약상 공사복구비 대여금 명목의 OOO원을 지급하였다. <2014.4.21.자 정산계약>

12. 청구인은 위 OOO원을 재원으로 하여 토석 채취가 종료한 이 사건 각 토지를 원상대로 되돌리는 복구공사를 하였다. OOO은 2015.6.15. aaa의 이 사건 각 토지에 관한 OOO 성토용 토석채취허가지 복구준공검사 신청에 대하여 이 사건 각 토지가 산림으로 복구되었다는 이유로 산지관리법에 따라 준공 처리한다는 처분을 하였다.

13. aaa는 청구인을 상대로 OOO로 2014.4.21.자 정산계약에 따른 대여금 OOO원의 반환을 구하는 소를 제기하였고, 이에 청구인은 aaa를 상대로 같은 법원 OOO로 2013.9.2.자 동업계약에 따른 수익금 OOO원의 지급을 구하는 반소를 제기하였는데, 위 법원은 2017.9.21. 본소를 인용하고 반소를 기각하면서 “청구인은 aaa에게 OOO원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하라”는 판결을 선고하였다.

14. 위 판결에 대하여 청구인이 OOO, OOO로 항소하였는데, 위 법원은 2018.11.8. “청구인은 특별한 사정이 없는 한 aaa에게 2014.4.21.자 정산계약에 따른 대여금 OOO원을 지급할 의무가 있다”라고 판단하면서, 2013.9.2.자 동업계약에 따른 수익금 OOO원의 채권으로 위 대여금 채권과 상계한다는 청구인의 주장에 관하여는 “2013.9.2.자 동업계약은 2013.9.7.자 인수계약과 2014.4.21.자 정산계약으로 대체되면서 그 효력을 상실하였다”라고 판단하여 이를 배척하였고, 2013.9.7.자 인수계약에 따른 지급금 OOO원의 채권으로 위 대여금 채권과 상계한다는 청구인의 주장에 관하여는 “2013.9.7.자 인수계약은 이 사건 각 토지에서 채취되는 토석의 물량이 합법적인 OOO임을 전제로 한 것이고, 2014.4.21.자 정산계약은 허가받지 않은 토석의 채취에 대한 것이므로, 2013.9.7.자 인수계약은 2014.4.21.자 정산계약과 그 대상을 달리하는 것이어서 여전히 유효하다”라는 이유로 “aaa는 청구인에게 2013.9.7.자 인수계약에 따른 지급금 OOO원에서 2014.5.16. 지급한 OOO원을 공제한 OOO원(OOO)을 지급할 의무가 있으므로, aaa의 위 OOO원의 대여금 채권은 상계적상일인 2015.6.15.에 소급하여 청구인의 위 채권 원금 OOO원과 대등액의 범위에서 소멸하여 그 대여금 채권 액수가 OOO원(OOO)이 남게 된다”라고 판단하여 “청구인은 aaa에게 OOO원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하라”라는 판결을 선고하였다. 이에 대한 청구인의 상고가 기각되어 위 판결이 그대로 확정되었다. (나) 쟁점판결은 판결이유에서 “AAA이 aaa에게 지급한 토석대금 OOO원에 관한 청구인의 부당이득반환청구의 경우, 청구인의 이 부분 청구는 2013.9.7.자 인수계약에 의하여 AAA에 공급된 토석에 대한 권리가 원고(청구인)에게 있음을 전제로 하는데, 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 2013.9.7.자 인수계약은 토석채취허가를 받은 토석에 관한 것인 반면, AAA에 공급된 토석은 허가받은 물량을 초과하여 채취된 것이므로, AAA에 공급된 토석에 대한 권리가 원고(청구인)에게 있다고 볼 수 없고, 따라서 청구인의 이 부분 청구는 이유없다”라고 판단하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 국세기본법 제45조의2 제2항 은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하면서, 그 제1호에서 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”를 규정하고 있는바, 이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있고, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 “거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때”는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(OOO 판결 등). (나) 이 건의 경우 비록 쟁점판결에서 청구인은 패소하였으나, 그 판결 이유에 의하면 AAA에게 공급된 토석은 허가받은 물량을 초과하는 부분으로서 청구인에게 그에 대한 권리가 없다고 보고 쟁점매출세금계산서 공급가액 상당액의 부당이득반환을 인정하지 아니하였는바, 이는 일응 쟁점판결의 이유에 의하여 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 경우로 볼 수 있다. (다) 다만, 쟁점판결에 의하더라도 aaa는 청구인과 쟁점세금계산서를 수정신고하여 당초 매입세액공제를 받은 것을 취소하겠다는 합의서(2020.2.26.)를 작성하고도 현재까지 수정신고서를 제출하지 아니하고 있고, 처분청은 이의신청에 대한 심리 당시 aaa가 자신이 AAA에 발행한 세금계산서상의 금액인 OOO원을 수령하기 위해 소송을 제기하였고, 2014.5.14. 대금을 수령하여 2015.5.16. 소송비용을 제외하고 OOO원을 청구인에게 입금하였다고 주장하였다는 의견인바, 청구인은 2021.11.25. 조세심판관회의에서 aaa가 이와 같은 주장을 한 것은 맞다는 취지로 답변하면서 aaa는 청구인이 본 건 심판청구에서 인용 결정을 받아 자신에게 추징이 되면 그때 관련 세금을 납부하겠다는 입장이라고 진술한 점 등에 비추어 볼 때 aaa가 쟁점매출세금계산서를 실제 공급 없이 발급된 것으로 보아 이를 상호 폐기하는 것으로 인정하는지 여부가 불명확한 상황으로 보이고, 이와 관련하여 청구인은 aaa가 쟁점매입세금계산서를 파기하는 것을 인정하는 내용의 녹취가 있으나 미처 제출하지 못하였다는 입장이므로, 쟁점매출세금계사서가 정당한 세금계산서인지 여부에 대하여 거래상대방인 aaa에 대한 조사 등을 통하여 관련 자료를 추가조사하여 그 결과에 따라 청구인의 2014년 제1기 부가가치세 및 2014년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. <개정 2020.6.9>

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제45조의2【경정 등의 청구】 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. <개정 2015.12.15>

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 (2) 국세기본법 시행령 제25조의2【후발적 사유】 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2017.2.7, 2019.2.12>

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

(3) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제32조【세금계산서 등】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

② ～ ⑥ (생략)

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.