쟁점주식의 양도시기는 소득세법제98조에 따라 잔금지급일로 보아야 하고, 쟁점법인으로 양도된 토지의 양도시기는 청구주장의 취지를 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기가 이루어졌다는 것으로 보더라도 소득세법 시행령제162조 제1항 제2호에 따라 등기부에 기재된 등기접수일이 그 양도시기가 되므로 주흥노 등의 토지는 쟁점주식 양도 전에 이미 쟁점법인에게 양도된바, 쟁점주식 양도시 쟁점법인의 부동산 가액에서 해당 토지를 제외할 이유는 없는 것으로 판단된다.
심판청구를 기각한다.
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점법인의 대표이사 DDD는 2016.5.27. 본인 소유의 토지 및 쟁점법인의 주식 등의 자산을 매매가액 OOO원에 BBB에 매도하는 계약을 체결하고, 같은 날에 계약금 OOO원을 수령하고 쟁점법인의 경영권을 이전하였는바, 쟁점주식의 양도시점은 2016.5.27.이다. (가) 경영권이 이전되었다는 증거는 ① 청구인들의 급여가 경영권이 넘어간 2016년 5월까지만 지급되었고 그 이후에는 지급되지 않았으며, ② 경영권 이전으로 세무대리인이 2015년 CCC에서 2016년 DDD으로 변경되었고, ③ 쟁점법인을 인수할 당시 EEE측에서 쟁점법인 관리의 목적으로 또 다른 법인인 농업회사법인 주식회사 FFF을 2016년 7월에 설립하였고, ④ DDD, CCC, BBB가 소유한 토지는 2016년도 중에 쟁점법인 및 농업회사법인 주식회사 FFF에 소유권이 이전되었다. (나) 청구인들은 사무실 이전 등으로 농장매매계약서를 분실하였다가 최근에 실제계약서를 수령한바, 계약서 내용에 따르면 다음과 같은 사항이 확인된다.
1. 이 계약서 제1조 매매목적물은 아래 OOO과 같다. 이는 매매의 실제성격이 OOO의 1〜7번까지의 거래대상들을 일괄적으로 한 번에 거래된 일괄계약임을 보여준다. DDD, CCC, BBB는 본인들이 소유하고 있는 토지 및 건물을 쟁점법인 및 농업회사법인 주식회사 FFF 등에 매도하였다.
2. 또한 이 계약서를 보면 계약금을 수령함과 동시에 EEE측에서 경영에 참가한다(제4조)고 되어 있으며, 계약일 이후에 모든 경영 책임과 수익과 비용의 귀속도 매수인측으로 한 것(제5조)으로 보아 실질적 경영권인수일은 2016.5.27.이다. 즉 사실상 경영권은 계약과 함께 EEE측으로 넘어갔고, 매도자인 DDD는 계약금 수령후 양돈과 관련된 일체의 의사결정에 참여한 바가 없다.
(2) 쟁점법인의 2015년도 결산서에 의하면 총자산은 OOO원이고 건물의 장부가액은 OOO원이다. 총자산대비 토지, 건물의 장부가액은 36.9%이다. 따라서 특정주식에 해당되지 않는다. 또한 2016년 결산서도 쟁점법인의 총자산은 OOO원이고 토지장부가액은 OOO원, 건물의 장부가액은 OOO원으로 총자산대비 토지, 건물 장부가액은 47.6%이다.
(3) 쟁점법인 대표이사 DDD가 체결한 위 매매계약은 쟁점주식 및 농지 등을 포함하여 목적물 전체를 한 번에 매도하는 1건의 계약으로 보아야 한다. 이렇게 1건의 계약으로 보는 경우, DDD, CCC, BBB가 부동산을 쟁점법인에 매각한 것으로 인하여 증가된 토지 등의 가액은 특정주식 판단시 부동산 가액에서 제외되어야 하고, 그렇다면 쟁점법인의 총자산 중 부동산의 비중은 50%에 미달한다.
(4) 처분청은 자산총액 중 부동산 비율이 50%를 초과한다고 판단하고 있으나, 다음과 같은 이유로 처분청 의견은 부당하다. (가) 처분청은 부동산의 취득가액에서 감액처리되는 국고보조금의 감액처리를 부인하고 있으나 이는 기업회계기준에 의하여 계산되는 장부가액을 오인하고 있기 때문이며, 자산총액과 자산가액은 양도일 현재를 기준으로 판단하되, 위 자산총액과 자산가액은 해당 법인의 장부가액으로 함을 원칙으로 하여야 하는바, 여기서 장부가액은 기업회계기준에 의한 장부가액을 의미한다. (나) 처분청은 “법인이 반환의무 없이 수령한 국고보조금이 있는 경우에는 당해 국고보조금은 자산가액에서 차감하지 아니하는 것”이라는 질의회신(서면-2019-자본거래-4039, 2019.12.19.)을 인용하여 국고보조금을 자산가액에서 차감하지 아니하였으나, 해당 국고보조금은 반환의무가 존재하고, 아직도 반환의무기간이 경과되지 아니하였으므로 자산가액에서 차감하여야 하며, 이는 기업회계기준과도 일치한다. (다) 또한 처분청은 “법인이 일정사유 발생시 회수하는 조건으로 수령한 정부출연금이 있는 경우로서 그 회수사유가 발생하지 아니한 때에는 당해 정부출연금상당액은 자산가액에서 차감하지 아니하는 것”이라는 질의회신(서면인터넷방문상담4팀-3315, 2007.11.16.)을 원용하고 있으나, 이 질의회신의 경우 정부출연금을 받고 정부출연금을 회수하지 아니하는 사유가 발생하지 아니하였다는 것은 정부출연금의 회수사유에 해당하는 조건기간이 종료하고, 또한 이 기간 중 회수사유가 발생하지 않은 것을 의미하는 것이며, 이는 기업회계기준과도 일치한다. (라) 처분청은 2016년말 자산총액을 계산하면서 단기차입금증가액 OOO원을 조달내역만으로 예금 등을 증가시킨 것으로 추정하여 이를 자산가액에서 차감하였으나, 소득세법 시행령 제158조 제3항 제2호 는 양도일로부터 소급하여 1년이 되는 날로부터 양도일까지의 기간 중의 차입금 또는 증자에 의하여 증가된 현금·금융재산 및 대여금의 합계액은 자산가액에서 제외하도록 하고 있는바, 처분청은 단지 단기차입금의 증가액이 현금·금융재산 및 대여금의 합계액이 증가된 것으로 단정하고 있으나, 해당연도에 쟁점법인은 토지등 고정자산이 대량으로 증가하였고 단기차입금의 증가는 유형고정자산에 투입되었다고 보는 것이 더욱더 객관적이다. 또한 해당연도에는 장기차입금도 대량증가하였다. 따라서 단기차입금의 증가액을 자산가액에서 차감할 수는 없다. (마) 처분청은 2017년 1월부터 2017년 5월까지 사용승인된 신축건물의 기준시가합계액인 OOO원을 2016년 부동산가액에 포함하여 계산하여야 한다고 주장하나, 이는 명백한 임의과세에 해당하며, 이를 포함할시 2017년 1월부터 5월까지의 총자산증가액도 같이 고려되어야 할 것이다.
(1) 청구인들은 쟁점주식의 양도시기를 쟁점법인의 경영권을 이전한 시기인 2016.5.27.로 보아야 한다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 청구주장은 받아들이기 어렵다. (가) 소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기)는 “자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 자산의 대금을 청산한 날로 한다.”고 규정하고 있는바, 쟁점주식의 양도일은 양도대금의 청산일인 2017.6.5.로 보아야 한다.
1. 청구인들은 쟁점주식 관련 양도소득세 신고시 제출한 주식양도계약서에서 2017.6.26.을 양도일자로 하여 1주당 OOO원으로 양도하기로 계약한 내용이 확인되며, 매수인인 BBB으로부터 제출받은 금융거래내역에 의하면 DDD의 계좌로 쟁점주식의 양도대금이 2016.5.27.에 OOO원, 2017.6.5.에 OOO원이 송금된 내역이 확인되었다.
2. 쟁점주식 중 OOO주를 매수한 BBB과 OOO주를 매수한 GGG은 EEE의 계열사로서, 쟁점주식 양도 당시 BBB의 업무담당자이며 현재 쟁점법인의 대표자인 FFF는 양도소득세 조사당시 OOO세무서에 출석하여 진술한 문답에서 쟁점주식 양도대금 OOO원에 대하여 계약금 OOO원은 2016.5.27. 지급하였고, 잔금 OOO원은 2017.6.5. 지급하였다고 진술하였다.
3. 쟁점주식 중 OOO주 매수자인 BBB이 제출한 선급금 계정 원장에는 2016.5.27. OOO원 쟁점법인 출자금 지급, 2017.6.5. OOO원 쟁점법인 인수잔금 지급으로 기재되어 있으며, 2017.6.26. OOO원 쟁점법인 출자금 대체로 기재되어 있다. 또한 출자금 계정 원장에는 2017.6.26. ‘OOO원 쟁점법인 출자금 OOO주(DDD)’로 작성되어 있다.
4. 쟁점주식 OOO주의 매수자인 GGG의 출자금 계정 원장에는 2017.6.26. ‘OOO원 쟁점법인 출자지분 OOO주(DDD)’로 기재되어 있어 매수법인의 장부에서도 주식양도대금의 지급일자를 2017.6.26.로 작성된 것이 확인되었다.
5. 쟁점법인의 법인등기부등본상에도 대표이사 DDD, 감사 AAA, 이사 BBB, 이사 CCC, 이사 GGG, 이사 EEE이 2017.9.26.자로 퇴임으로 주주변경 등기되어 있다.
6. 2016사업연도 법인세 신고시 제출한 주식변동상황명세서 및 주식·출자지분 양도명세서상에도 청구인들의 주식 양도일자는 2017.6.26.로 신고되어 있다.
7. 결국 청구인들은 쟁점주식의 양도대금으로 계약금 OOO원은 2016.5.27., 잔금 OOO원은 2017.6.5.에 각 수취한바, 청구인들은 쟁점주식을 2017.6.5.에 양도한 것으로 스스로 인식하고 이를 근거로 쟁점법인의 법인등기부등본 변경 및 관련 법인세와 양도소득세 신고하였다. 따라서 처분청이 금융거래내역에서 확인되는 대금 청산일(2017.6.5.), 매수인의 장부상 거래기록일(2017.6.26.), 법인등기부등본 변경 접수일(2017.9.26.) 등을 모두 확인한 후에 쟁점주식의 잔금지급일인 2017.6.5.을 양도시점으로 판단한 것은 타당하다. (나) 청구인들은 쟁점주식의 양도시기를 쟁점법인의 경영권을 이전한 시기인 2016.5.27.로 보아야 한다고 주장하면서 4가지의 근거를 제시하였으나, 제시된 근거는 아래와 같은 이유로 근거없는 주장에 해당한다.
1. 청구인들은 급여가 2016년 5월까지만 지급되었고 그 이후에는 지급되지 않았다고 주장하나, 쟁점법인의 경영권 양도는 주식의 명의개서가 되어야 완료된 것으로 볼 수 있으며 청구인이 제시한 농장매매계약서 제4조(경영참가)에는 농업회사법인 BBB은 제3조의 계약금을 지급함과 동시에 직원 약간명을 파견하여 경영에 참가한다, 제6조(폐수처리장 인허가 협조)는 DDD는 기존의 자원공동화시설 준공외에 150MT/일 규모의 폐수방류 인허가를 득하는데 적극적으로 협조하여야 한다, 제7조(DDD의 협조의무) 제2호는 DDD의 OOO 일대 소재의(2농장) 약 5,000여평 규모의 돈사 증축 인허가 업무에 적극 협조하여야 한다고 각 규정하고 있는바, 계약일인 2016.5.27. 각종 인허가 사항, 건물신축 등의 의무사항이 이행된 것이 아니므로 기존주주의 급여지급의 중단사실만으로 양도시점을 계약일자로 소급하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없다.
2. 상기계약서상의 조건들은 매매계약이행을 위한 조건들로 소득세법령상 양도시기와 관련이 없는 것처럼, 세무대리인이 2015년도에는 CCC에서 2016년도에는 DDD으로 변경된 것 또한 양도시기와 관련 없는 주장이다.
3. 쟁점법인을 인수할 당시 EEE측에서 쟁점법인 관리의 목적으로 또 다른 법인인 농업회사법인 주식회사 HHH을 2016년 7월에 설립하였다고 주장하나, 이는 거래상대방인 EEE이 자회사를 설립하여 이 자회사를 통하여 쟁점법인의 자산을 인수하려고 하는 과정에서 나타난 일로서 이것도 주식양도시기와는 무관한 내용이다.
4. 청구인들은 DDD 등이 소유한 토지가 매수자측 요구로 2016년도 중에 양 법인에 소유권이 이전된 것이 경영권 양도의 증거라고 주장하나, 청구인들 중 일부(DDD, CCC, BBB)가 쟁점법인과 농업회사법인 주식회사 HHH에 개인소유의 부동산을 양도한 것은 이 건 쟁점주식 양도와 별개의 거래로 쟁점주식의 양도시기를 결정하는 것과 무관하며, 경영권의 양도와 주식매매의 양도시기는 구별되어야 한다. (다) 청구인들이 쟁점주식의 양도일을 경영권 양도일이라 주장하는 근거를 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기)의 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우로서 장기할부조건에 해당되어 소유권이전등기 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 양도시기가 된다는 것으로 볼 수 있다. 그러나 이렇게 청구주장을 이해한다고 하더라도 청구주장은 타당한 주장이 아니다.
(2) 청구인들은 2015년도 결산서에 의하면 총자산대비 토지, 건물의 장부가액은 36.9%이라고 주장하나, 다음과 같은 이유로 청구주장을 받아들이기 어렵다. (가) 2015년말 부동산 등의 가액 2015년말 기준 법인세신고서의 대차대조표상 건물 장부가액은 건물가액 순액 OOO원(차감전 장부가액 OOO원에서 감가상각비누계액 OOO원, 국고보조금 2015년 반환액 OOO원을 차감한 금액)이다. (나) 2015년말 자산총액에 대한 검토 2015년말 기준으로 쟁점법인의 대차대조표상 자산총액은 OOO원이며, 소득세법 시행령 제158조 제3항 제2호 에 따라 대차대조표에 계상된 주주·임원·직원 단기차입금 OOO원 중 납세자가 제출한 현금출납장 및 분개장에서 2015.12.31. OOO원의 대표자의 일시 가수금이 현금입금된 것이 확인되어, 이 가수금을 차감한 자산총액은 OOO원이다. (다) 따라서 2015년말 기준으로 검토하더라도 자산총액(OOO원) 대비 부동산의 가액(OOO원)의 비율은 67.0%이므로 해당양도 주식은 특정주식에 해당한다.
(3) 청구인들은 쟁점법인의 2016년 결산서상 총자산대비 토지, 건물 장부가액의 비율은 47.6%라고 주장하나, 주식양도시기(2017.6.5.)의 가결산 자료를 제출하지 않아, 직전연도인 2016.12.31. 기준으로 쟁점법인의 자산총액 중 부동산 등의 가액비율을 검토한바, 다음과 같은 이유로 청구주장을 받아들이기 어렵다. (가) 2016년말 부동산 등의 장부가액 2016년말 기준 쟁점법인의 법인세신고서의 대차대조표상 부동산 등의 장부가액은 토지가액 OOO원, 건물가액 순액 OOO원(차감전 장부가액 OOO원에서 감가상각비누계액 OOO원, 국고보조금 2015년 반환액 OOO원 차감한 금액), 구축물가액 순액 OOO원(차감전 장부가액 OOO원에서 감가상각비 누계액 OOO원을 차감한 금액)으로 합계 OOO원(=OOO원+OOO원+OOO원)이다. (나) 2016년말 자산총액에 대한 검토 2016년말 기준으로 법인세신고서의 대차대조표상 자산총액은 OOO원으로 소득세법 시행령 제158조 제3항 제2호 에 따라 양도일로부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금 등은 자산총액에 포함하지 아니하므로 대차대조표상 단기차입금 OOO원을 차감한 자산총액은 OOO원(=OOO원-OOO원)이다. 단기차입금은 III으로부터 2016.10.14. OOO원, 2016.11.18. OOO원을 차입하였으며 청구인이 작성한 금전소비대차계약서 및 쟁점법인이 제출한 금융거래내역을 통하여 확인하였다. (다) 따라서 2016년말 기준으로 자산총액(OOO원) 대비 부동산의 가액(OOO원)의 비율은 60.6%로 해당 양도 주식은 특정주식에 해당한다. (라) 청구인은 부동산 비율 계산시 2015년〜2016년 기간 동안 건물을 신축하면서 OOO로부터 모돈번식전문농장 및 가축분뇨 공동자원화사업으로 무상 보조 받은 OOO원의 국고보조금을 장부가액에서 차감하여 계산하였으나, 법인의 부동산비율 계산시 법인이 반환하지 않은 국고보조금이 있는 경우에는 당해 국고보조금은 자산가액에서 차감하지 않고 계산하여야 한다(국세청 질의회신 서면-2019-자본거래-4039, 2019.12.19., 서면인터넷방문상담4팀-3315, 2007.11.16.).
1. 청구인은 쟁점법인의 부동산의 장부가액 계산시 기업회계기준에 따라 부동산의 취득가액에서 국고보조금을 차감하여야 한다고 주장하나, 국세청은 “부동산 과다보유법인 주식 등 여부 판정시 부동산 보유비율 판단기준이 되는 장부가액의 의미”에 대하여 “누진세율(6%∼38%) 또는 중과세율(60%)이 적용되는 기타자산(특정주식 또는 부동산과다보유법인의 주식)의 양도인지 여부를 판단할 때 부동산 보유비율의 판단기준이 되는 장부가액은 세무계산상 장부가액”으로 답변하였다(과세자문 법규과-574, 2013.5.21.). 따라서 기업회계기준으로 부동산의 장부가액을 판단해야 한다는 주장은 옳지 않다.
2. 또한 부동산의 장부가액을 평가시 국고보조금의 차감여부는 국고보조금의 반환의무 종결시에 평가하는 것이 아니며, 부동산의 평가일을 기준으로 국고보조금의 회수 사유 발생여부에 따라 국고보조금을 차감하여야 한다. 국세청은 국고보조금의 평가방법에 대하여 “ ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제54조 제2항 의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 ｢상속세 및 증여세법｣ 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하는 것으로, 법인이 일정사유 발생시 회수하는 조건으로 수령한 정부출연금이 있는 경우로서 그 회수사유가 발생하지 아니한 때에는 당해 정부출연금상당액은 자산가액에서 차감하지 아니하는 것”이라고 회신한바 있다(서면인터넷방문상담4팀-3315, 2007.11.16.). 따라서 부동산과다보유법인 주식의 평가와 관련하여 세법에서 규정한 방법으로 평가하는 것이 타당하므로 기업회계기준을 근거로 주장하는 것은 받아들여질 수 없다. (마) 청구인들은 단기차입금증가액 OOO원을 자산가액에서 차감하여서는 안 된다고 주장하나, 처분청이 단기차입금 OOO원을 자산총액에서 차감하여야 할 현금·금융재산으로 본 것은 추정에 의한 것이 아니며, 2016년말 쟁점법인의 대차대조표에 단기차입금 OOO원이 계상되어 있고, 조사당시 쟁점법인에서 제출받은 금전소비대차계약서 및 입금된 금융자료를 통해 확인한 것이므로 해당 단기차입금 OOO원은 쟁점법인이 고정자산 및 유형자산의 취득과 관계없이 소득세법 시행령 제158조 제3항 제2호 에 규정한 바와 같이 자산총액에서 차감되어야 한다. 즉 청구인들의 주장은 법규정을 잘못 해석한 것이다. (바) 결국 건물가액 계산시 2015년과 2016년에 무상 지원받은 국고보조금 총금액 OOO원(2015.12.31. OOO원, 2016.12.31. OOO원) 중 2015년 반환액 OOO원만 건물 가액에서 차감하여 부동산의 가액을 계산하여야 한다.
(4) 쟁점주식의 양도일(2017.6.5.) 이전인 2017년 1월부터 5월까지 사용 승인된 신축건물의 기준시가의 합계액 OOO원을 추가 반영시 부동산보유비율이 더 상승할 것으로 판단된다. 청구인은 OOO원을 2016년 부동산가액에 포함하여 계산한 것은 명백한 임의과세에 해당하며, 이를 포함하여 계산할시 총자산증가액도 같이 고려되어야 한다고 주장하나, 이는 다음과 같은 이유로 잘못된 주장이다.
1. 건물의 완공 전에는 건설중인 자산 계정(건설가계정)으로 자산에 계상되어 있다가, 사용승인후 같은 자산계정인 건물 등으로 대체되는 것으로 자산의 변동은 없다.
2. 실제로 2016년말 쟁점법인의 대차대조표상 건설중인 자산 계정의 장부가액은 OOO원이며, 2017.6.30. 대차대조표상 건설 중인 자산 계정의 장부가액은 OOO원으로 확인된다. 즉 2017.1.1.부터 2017.6.30.일까지 건설 중인 자산에서 감소된 장부가액은 OOO원이며 이 장부가액이 사용승인일 이후에는 건물 등의 장부의 차변에 계상되므로 쟁점주식의 양도시점인 2017.6.5.까지 자산계정의 재분류에 불과한 것으로 자산총액의 증감에 영향이 없다.
(5) 결국 쟁점법인의 자산총액 대비 부동산 비율은 2015년말 현재 67.0%, 2016년말 현재 60.6%이며, 2017.6.30. 기준으로 신고한 법인세 중간예납신고서상의 부동산 비율도 77.3%이므로, 쟁점주식은 특정주식에 해당하고, 쟁점주식의 양도에 대하여 일반세율인 40%를 적용한 당초 처분은 적법하다.
(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구인들의 양도소득세 신고내역은 아래 OOO와 같다.
1. 청구인들 및 청구외 GGG(DDD의 동생)는 2017.6.26. 쟁점주식을 매수자 농업회사법인 BBB에 OOO주, GGG에 138주, 농업회사법인FFF에 1주, HHH 외 3명에게 OOO주, 합계 OOO주를 각 양도하였으며, 양도가액은 OOO원이라는 내용으로 양도소득세를 2017.8.31. 신고하였다.
2. 양도소득세 신고서에 첨부되어 있는 2017.6.26.자 출자지분 매매계약서에 따르면, 쟁점주식은 1주당 OOO원이고, 매도한 주식 수는 청구인 DDD OOO주, AAA OOO주, BBB OOO주, CCC OOO주, EEE OOO주, 청구외 GGG OOO주, 합계 OOO주이다. (나) OOO세무서는 쟁점법인의 부동산 보유비율이 50%이상에 해당하여 쟁점주식의 양도는 특정주식의 양도에 해당함에도 청구인들은 중소기업 대주주세율인 20%세율을 적용하여 과소신소하였다며, 추징세액으로 DDD OOO원, AAA OOO원, BBB 및 CCC 각 OOO원을 산정하고, 청구인 EEE 및 청구외 GGG의 관할세무서인 OOO세무서와 OOO세무서로 관련 자료를 통보하였다. (다) 쟁점주식을 포함한 농장의 매매대금과 관련한 금융거래내역은 아래 OOO과 같다. 처분청은 쟁점주식에 대한 양도대금은 OOO원으로, 2016.5.27. 계약금 OOO원, 2017.6.5. 잔금 OOO원을 DDD가 수취하였다는 의견이다. (라) 쟁점주식 양도 당시 BBB의 업무담당자이며 현재 쟁점법인의 대표이사인 FFF의 2020.8.18.자 문답서에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. 처분청은 위 문답서 중 FFF가 2016.5.27.자 OOO원이 계약금이며, 2017.6.5.자 OOO원이 잔금이라고 진술한 부분을 통해 쟁점주식 양도시기가 2017.6.5.임을 확인할 수 있다는 의견이다. (마) BBB의 선급금 계정내역을 보면, 2016.5.27. “OOO 출자금 지급”이라는 내역으로 OOO원이 지급되었고, 2017.6.5. “OOO 인수잔금 지급”이라는 내역으로 OOO원이 지급된 것으로 확인된다. (바) 처분청이 제시한 등기사항전부증명서에 따르면, DDD가 OOO 토지(청구인이 제시한 부동산매매계약서상의 목적물 토지와 같음) 등을 2016.9.2.자 매매를 원인으로 2016.9.5. 쟁점법인에게 매도하였고, OOO 토지는 2016.9.2.자 매매를 원인으로 2016.9.5. 농업회사법인 주식회사 FFF에게 소유권이전등기한 점, CCC는 OOO외 2필지 OOO 등을 2016.9.2.자 매매를 원인으로 2016.9.5. 쟁점법인에게 매도한 점, BBB는 OOO을 2016.9.30.자 매매를 원인으로 2016.11.18. 농업회사법인 주식회사 FFF에게 매도한 점 등이 확인된다. (사) 쟁점법인의 법인등기부등본에 따르면, 대표이사 DDD, 이사 BBB, 이사 CCC, 이사 EEE, 감사 AAA의 퇴임 등기일은 2017.9.26.로 기재되어 있다. (아) 2016사업연도 법인세 신고시 제출한 주식·출자지분 양도명세서상에는 쟁점주식 양도일자가 2017.6.26.로 기재되어 있다 (자) 쟁점주식 매수자인 GGG의 출자금 계정 원장에는 2017.6.26. ‘쟁점법인 출자지분 OOO주(DDD)’ OOO원으로 기재되어 있어 (차) OOO시농업기술센터는 2020.8.18. OOO세무서에 “DDD 및 쟁점법인의 국고보조금 지급 및 반환내역 요청 확인” 공문을 보냈고, 이 공문에 따르면, 보조지원 내역은 보조 OOO원, 융자 OOO원, 자담 OOO원, 합계 OOO원이 확인되면, 보조 OOO원 중 실적은 OOO원으로 확인된다. 처분청은 보조 OOO원은 원칙적으로 반환의무가 없으며, 보조 OOO원 중 일부 기준이 미충족되어 OOO원이 OOO에 반환되었다는 의견이다. (카) 청구인 III의 2020.8.20.자 문답서에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (타) 처분청은 2017.6.5. 이전 쟁점법인의 건물 사용승인 내역을 아래 OOO와 같이 제시하였다.
(2) 청구인들이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 쟁점법인의 대표이사 DDD는 2016.5.27. BBB과 농장매매계약을 체결하였다. 이 농장매매계약서 제1조(양수도 목적물)에서 위 OOO의 내용이 확인되며, 이 외의 주요내용은 아래와 같다. 위 계약서 제3조는 계약금의 지급주체를 갑(DDD)으로 기재하였으나, 오기로 보이며 을(BBB)이 대금 지급주체로 보인다. (나) 소득자별근로소득원천징수부에 따르면, AAA 2016년 1월까지, BBB는 2016년 5월까지, CCC는 2016년 4월까지 급여를 지급받은 것으로 확인된다. 나머지 청구인들에 대한 소득자별근로소득원천징수부는 확인되지 아니한다. (다) 경영권이전으로 세무대리인이 2015년 CCC에서 2016년 DDD으로 변경되었음을 입증하는 취지로, DDD이 작성한 쟁점법인의 2016사업연도 세무조정계산서를 제출하였다. (라) 쟁점법인을 인수할 당시 EEE측에서 쟁점법인을 관리할 목적으로 농업회사법인 주식회사 FFF을 2016.7.5.에 설립하였음을 입증하는 취지로, 농업회사법인 주식회사 FFF의 등기사항전부증명서를 제출하였다. (마) DDD, CCC, BBB가 쟁점법인 및 농업회사법인 주식회사 FFF에 OOO(농지매매계약서 양수도 목적물 중 하나), OOO 등에 소재한 토지 등을 양도한 2016.9.2.자 부동산매매계약서를 제출하였다. 이들 계약서상 부동산의 인도일은 2016.9.1.이며, 매매대금은 DDD는 OOO원(=쟁점법인 OOO원+FFF OOO원), CCC는 OOO원(전액 쟁점법인), BBB는 OOO원(=OOO원+OOO원), 합계 OOO원이다. (바) OOO 소재한 건물 등기사항 전부증명서에 따르면, “해당 부동산에 보조금이 지원되어 있으며, 2031.12.31.까지는 보조금을 지원한 OOO의 승인없이 보조금의 교부목적에 위배되는 용도에 사용, 양도, 교환, 대여 및 담보의 제공을 할 수 없다”는 내용이 2017.2.9. 부기되어 있다.
(3) 쟁점법인의 부동산 보유비율과 관련하여 처분청은 아래 OOO와 같이 판단하였다. (가) 2015.12.31.자 재무상태표의 경우, 부동산의 합계액과 관련하여 처분청은 부동산의 가액을 건물의 장부가액(OOO원)에서 감가상각누계액(OOO원)과 2015년 반환된 국고보조금(OOO원)을 차감한 OOO원으로 계산한 반면, 청구인들은 부동산의 가액을 건물의 장부가액(OOO원)에서 감가상각누계액(OOO원)과 국고보조금(OOO원)을 차감한 OOO원으로 계산하고, 2015년말 대차대조표상 쟁점법인의 자산총액(OOO원, 단기차입금을 차감하지 아니함) 중 부동산의 가액(OOO원)의 비율이 36.9%라고 주장하였다. (나) 2016.12.31.자 재무상태표의 경우, 부동산의 합계액과 관련하여 처분청은 부동산의 가액을 OOO원으로 계산하였고, 계산식은 다음과 같다. 반면, 청구인들은 부동산의 가액을 OOO원으로 계산하였고, 계산식은 다음과 같다. 청구인들은 위와 같이 계산하여 2016년말 대차대조표상 자산총액(OOO원, 단기차입금을 차감하지 아니함) 중 부동산의 가액(OOO원) 비율이 47.6%로 주장하였다. 또한 청구인들은 쟁점주식과 농지 등의 매매는 1건의 계약으로 보아야 하므로, DDD, CCC, BBB가 부동산을 쟁점법인에 매각한 것으로 인하여 증가된 토지 등의 가액은 특정주식 판단시 부동산 가액에서 제외되어야 한다고 주장하면서, DDD 등으로부터 취득한 토지는 부동산가액에서 제외되어야 한다며, 2016.12.31.자 재무상태표상 토지가액 OOO원을 제외하면 부동산가액은 OOO원(= 토지OOO원+건물OOO원-감가상각비누계액OOO원-국고보조금OOO원-토지OOO원)으로 자산총액 대비 부동산의 비중은 50%미만이라고 주장한다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 DDD 등이 소유한 토지와 쟁점주식이 일괄로 매각되었으므로 쟁점주식의 양도시점은 매도계약일인 2016.5.27.이라고 주장하면서, 쟁점법인의 부동산 가액에서 쟁점법인에 양도된 토지는 제외되어야 한다는 취지의 주장을 하는 것으로 보인다. 그러나 처분청이 제시한 등기사항전부증명서에 따르면, DDD 등이 소유한 토지는 2016.9.5.경에 쟁점법인으로 소유권이전등기가 된 것으로 확인되며, 2016년 9월경 토지가 이전되었다는 점에 대해서는 청구인들과 처분청 간에 이견이 없는 점, 반면 쟁점주식의 잔금은 2017.6.5. 지급되었고 이에 대해서 청구인들과 처분청 간에 이견이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점주식의 양도시기는 소득세법 제98조 에 따라 잔금지급일인 2017.6.5.로 보아야 하고, 쟁점법인으로 양도된 토지의 양도시기는 청구주장의 취지를 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기가 이루어졌다는 것으로 보더라도 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 에 따라 등기부에 기재된 등기접수일이 그 양도시기가 되므로 DDD 등의 토지는 쟁점주식 양도 전에 이미 쟁점법인에게 양도된바, 쟁점주식 양도시 쟁점법인의 부동산 가액에서 해당 토지를 제외할 이유는 없는 것으로 판단된다. 국고보조금의 경우, 그 회수사유가 발생하지 아니한 때에는 당해 국고보조금은 자산가액에서 차감하지 아니하는 것이 타당하다고 보이므로 회수사유 발생으로 쟁점법인이 OOO에 반납한 OOO원을 부동산가액에서 제외한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 또한 단기차입금의 경우, 소득세법 시행령 제158조 제3항 제2호 는 양도일로부터 소급하여 1년이 되는 날로부터 양도일까지의 기간 중의 차입금 또는 증자에 의하여 증가된 현금·금융재산 및 대여금의 합계액은 자산총액에서 제외하도록 하고 있는바, 처분청이 해당 차입금 등을 자산총액에서 제외한 당초 처분은 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점주식을 소득세법제94조 제1항 제4호 다목의 특정주식에 해당하는 것으로 보아 일반세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. OOO <별지2> 관련 법령
(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
1. 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)의 가액
2. 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
② 법 제94조 제1항 제4호 다목을 적용할 때 과점주주가 주식등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 3년 내에 과점주주가 양도한 주식등을 합산한다. 이 경우 법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는지는 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간 중 최초로 양도하는 날 현재의 해당 법인의 주식등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.
③ 법 제94조 제1항 제4호 다목 및 라목과 제1항 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액(소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.
1. 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목부터 사목까지의 규정에 따른 무형고정자산의 금액
2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금·금융재산(상속세 및 증여세법 제22조 의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액
④ 제3항 각 호 외의 부분 전단에도 불구하고 자산총액을 계산할 때 동일인에 대한 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액을 자산총액으로 한다. 다만, 동일인에 대한 가지급금 등과 가수금의 발생시에 각각 상환기간 및 이자율 등에 관한 약정이 있는 경우에는 상계하지 아니한다.
⑤ 법 제94조 제1항 제4호 다목 2) 전단에 따른 다른 법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로 한다.
1. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다) 보유비율이 100분의 50 이상인 법인
2. 제7항에 따른 사업을 하는 법인으로서 제6항에 따라 계산한 부동산등 보유비율이 100분의 80 이상인 법인
⑥ 법 제94조 제1항 제4호 다목 2) 전단에 따른 다른 법인의 부동산등 보유비율은 다음 계산식에 따라 계산한 부동산등 보유비율로 한다.
⑦ 법 제94조 제1항 제4호 라목에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률에 따른 골프장업ㆍ스키장업 등 체육시설업, 관광진흥법에 따른 관광사업 중 휴양시설관련업 및 부동산업ㆍ부동산개발업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 말한다. 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날
8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.
10. 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타주주가 주식등을 양도함으로써 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.