청구법인이 무상으로 취득한 쟁점원재료비가 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 공제대상에 해당하는지 여부

[주 문] OOO서장이 2020.9.29. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인이 OOO 등의 국외특수관계자로부터 무상으로 취득한 원재료비 OOO원에 대하여 조세특례제한법제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제를 적용하여 그 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO소재를 본점으로 하여 2003년 1월에 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 제품의 제조 및 판매를 목적으로 OOO이 OOO% 출자하여 설립된 법인으로 청구법인은 FPD용 재료 등의 원재료․중간체를 OOO 등으로부터 수입하여 완성품을 제조하여 OOO 등에 판매하고 있다.
• 나. 청구법인은 2014.4.1.～2015.3.31.사업연도(이하 “2014사업연도”라 한다)에 대한 법인세 신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제(이하 “R&D세액공제”라 한다)를 적용함에 있어 연구전담인원의 인건비만을 고려하여 세액공제를 신청하고, 연구소의 연구개발 과정에서 조특법 시행령 〔별표6〕에 규정된 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비에 해당하는 재료비에 대하여는 이를 R&D세액공제 대상으로 신고하지 않은 후, 2020.6.30. 처분청에 OOO원에 대하여 R&D세액공제의 적용을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 R&D세액공제 대상으로 신고하지 않은 OOO원 중 OOO원은 인용하였으나, OOO 등의 국외특수관계자로부터 무상으로 취득한 원재료에 상당하는 OOO원(이하 “쟁점원재료 또는 쟁점원재료비”라 한다)을 포함한 OOO원은 R&D세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아, 2020.9.29. 청구법인에게 경정청구 일부 거부통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 쟁점원재료비에 대해 불복하여 2020.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 쟁점원재료가 연구용으로 사용되었다는 사실은 인정하면서도 청구법인이 무상으로 취득하였기 때문에 직접 지출 비용에는 해당하지 않으므로 연구․인력개발비 공제대상에 해당되지 않는다는 의견이나, 쟁점원재료는 조특법 제10조 제1항에서 규정하고 있는 세액공제 대상에 해당한다.

(1) 조특법 제10조 제1항에서 언급하는 ‘지출’의 의미가 회사의 직접적인 현금 유출이 수반되어야 함을 의미하는 것은 아니고, 또한 ‘지출’의 의미가 반드시 회사가 관련 비용의 부담주체가 되어야 함을 의미하는 것도 아니다. 회사가 연구용으로 사용하였고, 기업회계기준상 발생주의에 근거하여 비용으로 계상한 쟁점원재료는 연구·인력개발비 세액공제대상에 해당한다.

(2) 민간으로부터 지원받은 연구개발비에 대해서는 연구·인력개발비 세액공제를 적용하는 것이 법률의 해석상 타당하다. 연구개발활동을 장려하고자 하는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 규정의 취지로 보더라도 무상으로 취득한 원재료비를 유상으로 취득한 원재료비와 달리 취급할 이유가 없다. 청구법인의 쟁점원재료에 대한 회계처리를 유상취득과 비교해보면 아래와 같은바, 원재료 취득시점에서 유상취득과 회계처리상 차이가 발생하나, 자산수증익을 계상하고 법인세를 납부했다는 점에서 유상취득과 다르게 취급할 이유가 없고 또한, 원재료의 사용시점에서는 유상취득과 완전히 동일하다. OOO

(3) 연구개발비 금액을 계상함에 있어서 관련 유권해석에서도 무상으로 취득한 원재료는 시가로 계상하도록 되어 있고, 청구법인은 쟁점원재료 수취시 익금으로 계상하고 이에 대한 법인세를 부담하였다는 점에서 쟁점원재료비도 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당한다.

(4) 경정청구 대상사업연도에는 ‘지출한 연구·인력개발비’란 규정이 없었으므로 지급의무가 있는지 여부가 이 건 경정청구에서는 세액공제 판단기준이 되어서는 안된다.

(5) 설령 연구·인력개발비 세액공제 대상을 ‘지급의무가 발생한 비용’에 한정하여 해석하더라도 청구법인의 무상취득 원재료는 실질상 ‘지급의무가 발생한 비용에 해당’한다. 설령 세액공제 대상 비용이 지급의무가 발생한 비용이어야 한다고 하더라도, 무상취득 원재료의 실질이 ‘유상취득 후 채무를 면제’하거나 ‘현금 증여 후 유상취득’하는 경우와 동일하므로, 지급의무가 발생한 비용으로 보아야 한다. OOO

(6) 민간으로부터 지원 받은 연구개발비에 대해서는 세액공제 배제하는 규정이 없다. 현행 조특법은 국고보조금 지원액에 대해 세액공제 적용이 불가함을 규정하고 있을 뿐, 민간으로부터의 지원금은 국고보조금과 같은 배제 규정이 없다. 이는 원칙적으로 외부로부터 지원받은 지원금이라 하더라도 세액공제 대상에 해당하는 것이지만, 예외적으로 조특법에서 규정한 국고보조금 지원액에 한해 세액공제를 배제하고 있는 것인바, 별도의 배제규정이 없는 민간으로부터의 지원금은 세액공제 대상에 해당하는 것이다.

• 나. 처분청 의견 연구․인력개발비는 연구개발활동 및 인련의 개발활동을 위한 비용으로 조특법 시행령 [별표6]의 비용을 말하고, 반드시 지급의무가 발생한 비용에 한정하여 연구․인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것이다.

(1) 청구법인은 “연구․인력개발비 세액공제 제도는 2000년도까지는 실제 지출한 비용에 대해 세액공제를 적용하는 현금주의 제도였으나, 2000.12.29. 조특법 개정시 발생주의로 전환하여 기업회계와 일치하도록 개정되었다”고 주장하나, 이는 종전에는 연구․인력개발비는 당해 사업연도 중 실제로 지출된 현금지급분(선급금을 제외한다) 만을 말하였으나, 2000.12.29. 개정시 지출기준을 발생기준으로 전환한 것으로 동 개정 이후에는 당해 연도에 지급의무가 발생한 비용에 대하여는 현금지출전이라도 연구․인력개발비에 해당하게 되는 것으로, 청구법인이 “지출의 의미를 회사의 직접적인 현금 유출이 수반되어야 함을 의미하는 것은 아니다”라고 주장하는 것은 오해가 있다.

(2) 쟁점원재료는 청구법인이 OOO 등 국외특수관계법인으로부터 무상으로 취득한 것으로 경정청구 대상기간에 지급의무가 발생하지 않은 것이므로 현금 지출 여부를 불문하고 연구․인력개발비에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁점 청구법인이 무상으로 취득한 쟁점원재료비가 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 공제대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제9조【연구․인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구․인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구・인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구・인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구・인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구․인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 제10조(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)【연구․인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구․인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구․인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구・인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구․인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다) 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 제10조(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것)【연구․인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 [별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용

• 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등 2) 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

3. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제22조 제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

• 나. 위탁 및 공동연구개발

1. 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

• 가) 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학
• 나) 국공립연구기관
• 다) 정부출연연구기관
• 라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
• 마) 산업기술혁신 촉진법제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관
• 바) 전담부서등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관
• 사) 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업
• 아) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단
• 자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업
• 차) 산업디자인진흥법제4조 제2항 각 호에 해당하는 기관
• 카) 산업기술연구조합 육성법에 따른 산업기술연구조합

2. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

• 다. 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액
• 라. 기술정보비(기술자문비를 포함한다) 또는 도입기술의 소화개량비로서 기획재정부령으로 정하는 것
• 마. 중소기업이 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률에 따라 설립된 한국생산기술연구원과 산업기술혁신 촉진법에 따라 설립된 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 중소기업진흥에 관한 법률에 따른 기술지도를 받고 지출한 비용
• 바. 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발지도를 위하여 지출한 비용
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 경정청구 대상기간에 R&D세액공제 대상으로 신고하지 않은 금액에 대하여 R&D세액공제의 적용을 구하는 경정청구한 내용은 아래와 같다. <경상연구개발비 중 소모품비> OOO <경상연구개발비 중 지급수수료> OOO <상기 R&D세액공제 대상금액으로 인하 경정청구 금액> OOO (나) 청구법인의 경정청구에 대하여 일부 거부 처분한 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 경정청구 거부내역 OOO

(2) 과도한 조세지원을 축소하기 위하여 정부로부터 지급받은 출연금에 대한 R&D세액공제를 배제하도록 조특법 시행령 제9조 제1항이 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 신설되어, 2013.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하도록 개정되었다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점원재료를 무상으로 취득하였으므로 R&D세액공제 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 2014사업연도 당시 조특법 제10조 제1항에서 “내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제”하도록 규정하고 있다가, 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 조특법 제10조 제1항에서는 “내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용이 있는 경우에는”으로 개정되었는데, 유상 및 무상의 취득은 취득시점에서의 취득자금의 원천에 해당하는 문제이고, 이를 사용 및 지출하는 시점에는 유․무상 취득에 관계없이 모두가 사용 및 지출에 해당하는 것인 점, 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 조특법 시행령 제9조 제1항을 개정하여 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 것에 대하여는 R&D세액공제 대상에서 제외하도록 하였는데, 민간으로부터의 무상취득의 경우에는 법령에서 R&D세액공제 대상에서 배제하도록 규정하고 있지 아니한 점, 청구법인이 쟁점원재료를 특수관계자로부터 무상으로 취득하여 취득하는 시점에서 이를 자산수증이익으로 익금에 산입하였고, R&D세액공제 대상으로 사용 및 지출하는 시점에서는 이를 손금으로 산입하였는데, 연구 및 인력개발을 지원하기 위한 측면에서 유상 취득분과 무상 취득분이 사용 및 지출시점에서는 동일한 효과가 발생하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점원재료비에 대하여 R&D세액공제를 배제한 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.