조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 대표자로부터 쟁점특허를 취득한 거래를 부당행위계산 부인하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-전-1088 선고일 2021.09.16

청구법인이 제출한 자료의 내용만으로 대표자가 쟁점특허와 관련하여 구체적으로 어떤 연구개발 활동을 수행하였는지가 확인되지 아니하고, 쟁점특허의 실현가능성·효율성 등을 검증하기 위하여 시제품을 제작하고 실험하는 과정에서 상당한 설비, 비용, 인원이 소요될 것으로 보이나 이를 대표자가 청구법인과 별개로 개인적으로 진행하였다고는 보기 어려운 점 청구법인은 기업부설연구소를 두고 2015~2018사업연도까지 총 1,538백만원의 경상연구개발비를 지출하며 연구개발을 하여 온 점 등에 비추어 쟁점특허의 발명자를 대표자 개인이 아닌 청구법인으로 보아 처분한 이 건 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1999.3.4. 설립되어 토목설계․감리․계측․토질조사업 등을 영위하는 법인이고, 청구법인의 대표이사 AAA(이하 “대표자”라 한다)은 2017.3.24. 본인 명의로 특허 등록한 “콘크리트 구조물 의 균열 진행 감지장치” 특허권(이하 “쟁점특허”라 한다)을 2017.10.20. 특허법인 OOO로부터 권리성 평가[등급(9점)]를, 2017.10.25. OOO 감정평가법인(이하 “감정평가법인”이라 한다)으로부터 가치 평가(평가금액 OOO원)를 각각 받았으며, 2017.11.1. 청구법인은 대표자로부터 쟁점특허(감정평가액 OOO 원 중 OOO원은 청구법인 귀속분으로 제외)를 OOO원에 매입하여 무형자산으로 계상하고 2017∼2019사업연도에 무형자산상각비를 반영하여 법인세를 신고하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점특허의 실질적 소유권이 청구법인에게 있으므로 청구법인이 대표자로부터 쟁점특허권을 취득하고 대가를 지급한 것은 법인자금을 부당하게 유출한 것이라고 보아 특허권 매입금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하고 2020.10.21. 청구법인에게 2017년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 쟁점특허를 개발한 대표자는 관련 분야에 대한 전문지식과 풍부한 사업경험이 있는 점, 쟁점특허는 대표자의 아이디어와 변리사의 도움으로 특허를 개발하고 등록한 것으로 청구법인의 비용과 노력이 별도로 필요하지 아니하였던 점, 쟁점특허를 개발하고 등록하는 과정이 변리사의 진술로 입증되는 점, 쟁점특허의 개발 및 등록비용을 대표자가 부담한 점, 청구법인의 기업부설연구소는 특허를 개발하는 행위를 하지 않고 사업에 필요한 특허를 개발자로부터 직접 취득하여 사용한 점, 특허를 창출하는 행위를 대표자의 직무 범위로 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점특허는 청구법인의 대표자가 개발한 것이 입증되므로, 이를 청구법인의 특허권으로 보아 한 이 건 처분은 부당하다.

(1) 쟁점특허는 대표자가 직접 개발하여 출원ㆍ등록하였다. (가) 대표자는 쟁점특허를 발명할 수 있는 전문지식을 갖추고 있다.

1. 대표자는 1984∼1995년 (주)AAA 회사에서 현장소장을, 1996∼1999년 (주)BBB에서 현장책임 감리(감독)를 역임하면서 건설현장의 문제점과 개선 아이디어 등에 대한 다양한 경험과 노하우 등 기술력을 축적하였는데 이를 정리한 3권의 노트가 있고, 1999.3.4. 청구법인을 설립하여 현재까지 대표이사로 활동하면서 법인의 경영 전반을 창의적이고 혁신적으로 운영해 중부권 최고의 감리 및 안전진단 기업으로 성장시켜왔다.

2. 대표자는 토목 관련 분야에 35년간 종사하면서 박사학위를 취득하고 각종 교육과정을 수료하였으며 대학에서는 겸임교수로 지방자치단체에서는 각종 심의위원으로 활동하는 등 쟁점특허와 밀접한 관계가 있는 활동을 활발하게 하고 있다. (나) 쟁점특허의 개발은 시제품 제작을 위한 특별한 설비나 다양한 실험이 필요하지 않고 발상의 전환에 의해 기존 공정을 개선한 것으로 고액의 연구개발비가 소요되지 아니한다.

1. 특허법제42조(특허출원)에 따르면 발명을 특허등록 받기 위해서는 해당 기술이 개발과정을 거쳐 구체적으로 실현되거나 발명품이 상용화되는 것은 특허요건이 아니고, 특허 심사과정은 출원인이 제출한 서류만으로 심사한다.

2. 대표자가 쟁점특허를 개발하고 등록하는데 도움을 준 BBB 변리사는 쟁점특허의 개발ㆍ등록과정을 구체적으로 진술하였다.

3. 이처럼, 쟁점특허는 대표자의 아이디어 제공, 변리사와의 개선작업, 선행 특허에 대한 조사, 변리사의 CAD 도면작업, 변리사의 특허출원 및 등록 대행과정을 통해 특허등록된 것이기 때문에 시제품 제작을 위한 특별한 설비나 다양한 실험이 필요하지 아니하여 고액의 비용이 소요되지 않았으므로, 실험기구 사용이나 실험 비용 여부로 쟁점특허의 발명자를 판단하여서는 안된다. (다) 쟁점특허의 출원 및 등록 관련 비용을 대표자가 부담하였음이 증빙서류에 의하여 명백히 확인된다.

(2) 쟁점특허 개발은 대표이사의 직무범위에 속하지 아니한다. (가) 대표자가 2015∼2018년의 기간 동안 청구법인에서 수령한 급여는 합계 OOO원으로 연 평균 OOO원 정도이나, 청구법인의 대표이사로서 청구법인의 경영을 총괄하여 왔고, 1999년 3월에 청구법인을 설립한 이래로 청구법인의 경영에만 전념하여 왔던 대표자에게 연평균 OOO원 급여는 결코 고액의 급여라고 볼 수 없다. (나) 청구법인의 기업부설연구소는 특허를 개발하는 연구활동을 수행하지 아니하였고, 쟁점특허 외에도 사업에 필요한 2개의 특허권을 청구법인의 기업부설연구소에서 개발하지 않고 매입하여 현장에서 사용하고 있다. (다) 조세심판원도 “쟁점이 된 특허가 법인의 업무에 속한다고 하더라도 특허의 발명을 하게 된 행위가 대표이사의 직무에 속한다고 보기 어렵다.”고 결정(조심 2019중2524, 2020.9.25.)한바, 특허권의 개발을 대표이사의 직무로 보지 않고 있다.

  • 나. 처분청 의견 청구법인을 사실상 지배하고 있는 대표자로부터 특허권을 취득한 거래는 청구법인의 연구개발 성과인 쟁점특허를 대표자 개인 명의로 출원한 후 청구법인이 다시 취득하는 방법으로 법인 자금을 부당하게 유출한 것으로 부당행위계산 부인 대상에 해당하므로 이 건 처분은 정당하다.

(1) 쟁점특허는 콘크리트구조물의 균열진행 감지장치 기술에 관한 것으로 콘크리트 구조물 표면에 미세한 균열이 있을 경우 가이드부가 균열의 진행방향으로 슬라이딩 이동하도록 설치함과 아울러 센서가 이러한 가이드부의 움직임을 감지하여 제어부에 신호를 보내게 되면 관리자가 즉시 확인할 수 있도록 구성함으로써 설치 및 조작이 용이하고 적은 개수의 부품만으로도 균열의 진행 상황을 쉽게 파악할 수 있어 작업을 효율적으로 하는 감지장치의 개발이다.

(2) 이러한 감지장치를 개발하기 위해서는 관련 기술의 실현가능성, 효율성 등의 검증 및 시제품(측정기 등) 제작 등 다양한 실험이 필요하나, 대표자는 쟁점특허 개발에 비용 등이 소요됨에도 단순히 연구노트와 감지장치 설치 관련 사진만을 제시하는 등 단독발명에 대한 객관적인 입증 및 비용지출 자료를 제시하지 못하였다.

(3) 청구법인은 법인 내 기업부설연구소를 2003.2.21.에 설립하고 운영하면서 2015∼2018사업연도중 총 OOO원의 경상연구개발비를 지출하여 왔음이 확인된다.

(4) 쟁점특허는 콘크리트구조물의 균열진행 감지장치 개발에 관한 것으로 법인의 업무와 관련성이 있는 점, 대표자 본인은 청구법인을 사실상 지배하고 있는 대표자로서 2015∼2018년의 기간 동안 OOO원의 고액의 급여를 수령한 점 등을 종합적으로 검토해 볼 때, 법인의 업무 영역에 속하는 기술적 노하우 등의 아이디어 제공은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 대표자 명의로 등록된 쟁점특허의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 청구법인이 대표자로 부터 쟁점특허를 취득한 거래를 부당행위계산 부인하여 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액이 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이 이조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산:원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과다 상각한 경우 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. (3) 특허법 제42조(특허출원) ① 특허를 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 특허출원서를 특허청장에게 제출하여야 한다.

1. 특허출원인의 성명 및 주소(법인인 경우에는 그 명칭 및 영업소의 소재지)

2. 특허출원인의 대리인이 있는 경우에는 그 대리인의 성명 및 주소나 영업소의 소재지[대리인이 특허법인ㆍ특허법인(유한)인 경우에는 그 명칭, 사무소의 소재지 및 지정된 변리사의 성명]

4. 발명자의 성명 및 주소

② 제1항에 따른 특허출원서에는 발명의 설명ㆍ청구범위를 적은 명세서와 필요한 도면 및 요약서를 첨부하여야 한다.

③ 제2항에 따른 발명의 설명은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다.

1. 그 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 사람이 그 발명을 쉽게 실시할 수 있도록 명확하고 상세하게 적을 것

2. 그 발명의 배경이 되는 기술을 적을 것

④ 제2항에 따른 청구범위에는 보호받으려는 사항을 적은 항(이하 "청구항"이라 한다)이 하나 이상 있어야 하며, 그 청구항은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다.

1. 발명의 설명에 의하여 뒷받침될 것

2. 발명이 명확하고 간결하게 적혀 있을 것

⑥ 제2항에 따른 청구범위에는 보호받으려는 사항을 명확히 할 수 있도록 발명을 특정하는 데 필요하다고 인정되는 구조ㆍ방법ㆍ기능ㆍ물질 또는 이들의 결합관계 등을 적어야 한다.

⑧ 제2항에 따른 청구범위의 기재방법에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑨ 제2항에 따른 발명의 설명, 도면 및 요약서의 기재방법 등에 관하여 필요한 사항은 산업통상자원부령으로 정한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 과세근거 및 주요 처분청 의견은 아래와 같다. (가) 처분청은 쟁점특허와 같은 감지장치를 개발하기 위해서는 관련 기술의 실현가능성, 효율성 등의 검증 및 시제품(측정기 등) 제작 등 다양한 실험이 필요하나 대표자는 쟁점특허 개발에 비용 등이 소요됨에도 단순히 연구노트와 감지장치 설치관련 사진만을 제시하는 등 단독발명에 대한 객관적인 입증 및 비용지출 자료를 제시하지 못하였다는 의견이다. (나) 청구법인은 법인 내 기업부설연구소를 2003.2.21.에 설립하고 운영하면서 아래 <표1>과 같이 2015사업연도부터 2018사업연도까지 총 OOO원의 경상연구개발비를 지출하여 온 것으로 확인된다는 의견이고, 구체적인 지출내역 및 쟁점특허와 경상개발비 지출액 간의 관련성 등에 대한 조사내용은 제시되지 아니하였다. <표1> 청구법인의 기업부설연구소 지출내역 OOO (다) 대표자는 청구법인의 대표이사로서 2015∼2018년의 기간 동안 OOO원의 급여를 수령한 것으로 확인되고, 처분청은 쟁점특허는 콘크리트구조물의 균열진행 감지장치 개발에 관한 것으로 법인의 업무와 관련성이 있는 점, 대표자 본인은 자문대상법인을 사실상 지배하고 있는 대표자로서 법인에 고용되어 고액의 급여를 수령한 점 등에 비추어 법인의 업무 영역에 속하는 기술적 노하우 등의 아이디어 제공은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있다는 의견이다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙서류와 관련 청구주장의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점특허에 대한 대표자의 출원ㆍ등록과 청구법인의 취득과정과 관련하여 청구인이 제출한 증빙서류와 관련 청구주장은 아래와 같다.

1. 특허증 및 특허등록원부에 의하면 쟁점특허(특허등록 제10-1721821호)는 대표자 명의로 2017.2.3. 출원되어 2017.3.24. 특허 등록되었고, 2017.11.7. 청구법인 명의로 권리이전된 것으로 나타나며, 청구법인은 쟁점특허를 출원하고 등록하는데 소요되는 비용은 대표자가 직접 부담하였다고 주장하면서 OOO의 입금확인서를 제출한바, 입금확인서에 의하면 아래 <표2>와 같이 2017.1.23. OOO원의 출원관련 비용과, 2017.3.24. OOO원의 등록관련 비용의 입금자가 대표자로 되어 있다. <표2> 입금확인서 OOO

2. 이사회 회의록(2017.10.17.자), 임시주주총회 의사록(2017.11.1.자)에 의하면 청구법인은 쟁점특허를 취득하기 위하여 2017.10.17. 이사회를 개최하고 2017.11.1. 임시 주주총회를 개최하여 자기거래(특허권양수도 계약)를 승인한 것으로 나타난다. 3) 콘크리트 구조물의 균열 진행 감지장치에 대한 권리성 평가 보고서에 의하면 대표자는 특허법인 OOO에 쟁점특허의 권리성 평가를 의뢰하여 2017.10.20. 최상 등급인 등급(9점)을 받은 것으로 나타나고, 특허권 가치산정보고서에 의하면 감정평가법인은 2017.10.25. 기준시점으로 쟁점특허의 가치를 감정평가한 결과 특허권의 가치를 OOO원으로 평가하는 한편, 쟁점특허의 경우 직무발명이 아닌 대표자의 발명으로서 청구법인의 회사규모, 대표자의 발명내용에 대한 충분한 지식 유무 및 이해 여부, 대표자의 관련 업무 경력 등을 바탕으로 쟁점특허에 대한 대표자의 기여분을 80%로, 청구법인의 기여분을 20%로 각각 평가하여, 특허권의 가치의 80%인 OOO원을 쟁점특허의 매각가치로 결정한 것으로 확인되고, 감정평가법인이 쟁점특허를 대표자의 발명으로 판단한 사유는 아래와 같다. <대표자의 발명으로 판단한 사유> OOO 4) 특허권 양도 계약서, 재무상태표, 회계전표, 입출금거래내역에 의하면 대표자와 청구법인은 감정평가법인의 매각가치에 따라 2017.11.1. 쟁점특허를 OOO원에 양도하는 계약서를 작성하고, 대금 OOO원 중 원천징수분 기타소득세를 제외한 OOO원을 2017.12.29. OOO원, 2018.2.2. OOO원을 대표자의 OOO계좌로 입금한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 대표자가 1984년부터 청구법인 설립시(1999년 2월)까지 (주)AAA 및 (주)BBB 등에서 현장감독을 역임하면서 건설현장의 문제점과 개선 아이디어 등에 대한 다양한 경험과 노하우 등 기술력을 축적하였다고 주장하면서 대표자가 작성한 연구노트 3권의 발췌본을 제출하였고, 대표자는 토목 관련 분야에 35년간 종사하면서 박사학위를 취득하고 각종 교육과정을 수료하였으며 대학에서는 겸임교수로 지방자치단체에서는 각종 심의위원으로 활동하는 등 쟁점특허와 밀접한 관계가 있는 활동을 활발하게 하고 있다고 주장하면서 이력서 및 이력 증빙 등을 제출하였다. (다) 청구법인이 제출한 OOO BBB 변리사의 쟁점특허 출원 및 등록과정 문건에는 대표자의 의뢰로 3차에 거친 개선과정을 거쳐 특허를 출원․등록하게 된 경위가 설명되어 있다. (라) 청구법인은 2015년∼2018년 경상연구개발비 계정별 원장을 제출한바, 유형별 지출내역은 위 <표1>과 같고, 계정별원장상 지출내역과 쟁점특허 개발과의 직접적인 연관성을 파악하기 어렵다. (마) 청구법인은 쟁점특허 이외에도 사업에 필요한 특허권을 청구법인의 기업부설연구소에서 개발하지 아니하고 특허권을 매입하여 현장에서 사용하고 있다면서 청구법인이 매입한 2건의 특허권의 특허등록원부를 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 청구법인이 대표자로 부터 쟁점특허를 취득한 거래를 부당행위계산 부인하여 대표자상여로 소득처분한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인이 제출한 자료의 내용만으로 대표자가 쟁점특허와 관련하여 구체적으로 어떤 연구개발 활동을 수행하였는지가 확인되지 아니하고, 쟁점특허의 실현가능성ㆍ효율성 등을 검증하기 위하여 시제품을 제작하고 실험하는 과정에서 상당한 설비, 비용, 인원이 소요될 것으로 보이나 이를 대표자가 청구법인과 별개로 개인적으로 진행하였다고는 보기 어려운 점, 청구법인은 기업부설연구소를 두고 2015∼2018사업연도까지 총 OOO원의 경상연구개발비를 지출하며 연구개발을 하여 온 점 등에 비추어 쟁점특허의 발명자를 대표자 개인이 아닌 청구법인으로 봄이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)