쟁점건물에 대한 CGMP(우수화장품 제조 및 품질관리기준) 공사비용 및 보증서 발급비 등을 자본적지출로 보아 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2017.2.8. OOO소재의 OOO센터 701호(토지 3,306분의 438.7247㎡, 건물 1,442.28㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 취득(신축)한 후 2017.11.13. 주식회사 AAA에게 OOO원 에 양도하고 양도소득세 신고시 취득가액을 OOO원 으로 하여 양도소득세 OOO원 을 신고·납부하였다.
• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.10.19.부터 2020.11.3.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구인이 신고한 취·등록세 과세표준 등에 의하여 쟁점건물에 대한 실지취득가액을 OOO원으로 확인한 후 처분청에 청구인이 신고한 취득가액을 부인하여 양도소득세를 과세하라는 내용의 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 2021.4.13. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.6.4. 이의신청을 거쳐 2021.11.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점건물을 양도한 후 양도소득세 신고를 하였으나, 당초 자본적 지출에 해당함에도 필요경비에 반영하지 못한 비용이 있으므로 이를 추가적으로 필요경비에 산입하여야 한다. (1) 주식회사 BBB(이하 “주-BBB”이라 한다)에게 의뢰하여 CGMP(Cosmetics Good Manufacturing Practices, 우수화장품 제조 및 품질관리기준) 관련 공사를 하고 공사비용으로 OOO원(공급가액)이 발생한 사실이 있다. OOO센터 건설공사 계약시에는 OOO센터의 공동건축주 전원에게 CGMP 공사비가 산정되어 있으나, 건물 완공시에는 OOO(701호), OOO(401호, 602호), OOO(301호) 회사에만 CGMP 공사비가 포함되어 있고, 나머지 회사인 OOO, OOO, OOO에는 CGMP 공사비가 포함되어 있지 아니하였다. 따라서 청구인(OOO)의 ‘원가계산서(정산내역서)’ 및 ‘내역서(총괄집계표)’상 CGMP 공사비는 701호의 자본적 지출에 해당하므로, 건물(6개호) 취득가액인 OOO원에서 701호의 자본적 지출인 CGMP 공사비용 OOO원을 뺀 나머지 OOO원을 면적 비율로 하여 6개호의 취득가액으로 안분하여야 한다. (2) OOO센터 시공 전에 근저당권 설정의 목적으로 2015.10.7. 및 2016.10.7. 기술보증기금에 총 OOO원을 지급하였는데 이는 건물 건축만을 위한 비용이므로 자본적 지출로 산입하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 주-BBB에 의뢰하여 CGMP 공사를 하고 자본적 지출로 OOO원이 발생되었던바 이를 필요경비에 산입하여야 한다고 주장하나, 당초 주-BBB과의 도급계약서상 공사금액인 OOO원에 청구인이 주장하는 CGMP 공사가 이미 포함되어 있는 것으로 확인되고 당초 계약시 쟁점건물의 도급 금액을 구분하지 않은 것으로 확인된다. 청구인이 제기한 이의신청의 처분청 심리담당자가 주-BBB의 대표자인 AAA에게 청구인과 있었던 CGMP 공사에 대해 문의한바, “OOO센터 건물을 시공하면서 CGMP 공사도 병행하였고, CGMP 공사란 화장품 제조와 관련된 것으로 우리가 수행한 것은 칸막이 공사분야이고, 공사에 따른 세금계산서는 건물 신축분 세금계산서 발행 시 전부 포함하여 처리하였다”라고 진술하였다. (2) 청구인은 기술보증기금에서 보증서를 발급 받는 과정에서 발생된 비용으로 OOO원이 있음을 밝히고 있으나, 이는 ‘기업이 보유하고 있는 무형의 기술을 심사하여 기술보증기금이 기술보증서를 발급하여 줌으로써 금융기관 등으로부터 자금을 지원’받는 것에 대한 것으로 쟁점건물에 대한 필요경비와는 관련 없는 것이다.

쟁점건물에 대한 CGMP(우수화장품 제조 및 품질관리기준) 공사비용 및 보증서 발급비 등을 자본적지출로 보아 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

(1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획 재정부령이 정하는 것 (3) 소득세법 시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산등】① 영 제163조 제3항 제4호에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 하천법·댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구인은 2017.11.13. 쟁점건물을 양도한 후 양도소득세 예정신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원, 납부세액 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다. (나) 청구인이 주장하는 쟁점건물의 취득가액은 다음 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 청구인 주장 쟁점건물 취득가액 OOO (다) 청구인은 OOO센터 건립과 관련하여 공동 건축주들의 취득등기 원가명세를 다음 ＜표2＞와 같이 제출하였다. ＜표2＞ OOO 센터 건축주들의 건물 취득원가 배분 내역서 OOO (라) 청구인이 제출한 CGMP 공사비 분석 내역 및 OOO센터 각 층별·호별 면적 분류표, 원가계산서(정산내역서), 내역서(총괄집계표) 등은 아래 ＜표3＞∼＜표6＞과 같다. ＜표3＞ CGMP 공사비 분석 내역 OOO ＜표4＞ OOO센터 각 층별·호별 면적 분류표 OOO ＜표5＞ 원가계산서(정산내역서) OOO ＜표6＞ 내역서(총괄집계표) OOO (마) 청구인은 2017.10.24. 주식회사 AAA에 쟁점건물을 OOO원에 양도하기로 하는 부동산매매계약을 체결하였고, 특약사항에는 ‘본 계약은 OOO 지분 12.5%를 포함한다’는 내용이 기재되어 있다. (바) 청구인은 OOO센터 시공과 관련하여 은행 대출을 받기 위하여 2015.10.7. 및 2016.10.7. 기술보증기금에 총 OOO원을 지급하고 전자신용보증서를 발급받았다. ＜기술보증기금 대출보증 관련 수수료 지급 내역＞ OOO (사) 청구인은 OOO센터 공사비용을 충당하기 위하여 기술보증기금으로부터 발급받은 보증서를 담보로 아래 ＜표7＞과 같이 OOO으로부터 대출을 받아 이에 따른 이자비용을 납부한 것으로 나타난다. ＜표7＞ 신한은행 대출 내역 OOO (2) 처분청이 제출한 자료 및 이의신청 결정서에 나타나는 내용은 다음과 같다. (가) 청구인을 비롯한 총 6개 사업자가 공동 건축주로 참여한 OOO센터의 시공은 주-BBB(대표자: AAA)이 하였음이 협약서 등에 의해 확인된다. ＜협약서(일부 발췌)＞ OOO (나) 청구인은 2017년 OOO센터 내에 쟁점건물을 포함한 6개호를 매입하였는데 이에 대한 건축비와 관련하여 주-BBB과 체결한 공사도급계약서(총 공사금액: OOO원/공급가액)는 다음과 같다. ＜도급공사(변경)계약서＞ OOO (다) 주-BBB은 2015.10.20.부터 2017.1.19.까지 총 15차례에 걸쳐 OOO원(공급가액)의 세금계산서를 청구인에게 발행하였고, 이에 대해 청구인도 부가가치세 신고시 해당 과세기간의 매입세액으로 공제를 받은 사실이 국세통합전산망에 나타난다. (라) 주-BBB의 대표자 AAA은 “OOO센터 건물을 시공하면서 CGMP 공사도 병행하였고, CGMP 공사란 화장품 제조와 관련된 것으로 우리가 수행한 것은 칸막이 공사분야이고, 공사에 따른 세금계산서는 건물신축분 세금계산서 발행시 전부 포함하여 처리하였다”고 진술하였음이 이의신청 결정서에 나타난다. (마) 청구인은 주식회사 AAA에게 의뢰하여 OOO센터 601호 및 701호에 CGMP 공사(공급가액 OOO원)를 하였고, 이와 관련된 입증자료로 해당 견적서·공사원가계산서·매입세금계산서 등을 제시하였음이 이의신청 결정서에 나타난다. (바) 조사청은 아래 ＜표8＞과 같이 청구인이 신고한 취·등록세 과세표준상 토지 취득가액 OOO원 및 건물 취득가액 OOO원, 취·등록세 OOO원 합계 OOO원을 쟁점건물의 실지취득가액으로 산정하여 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다. ＜표8＞ 처분청 취득가액 산정 내역 OOO (사) 인터넷포탈사이트(OOO 등) 등에서 확인되는 CGMP에 대한 설명은 아래와 같다. ＜CGMP 관련 내용＞ OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 OOO센터 내 청구인이 소유한 6개 호 중 CGMP와 관련된 호는 쟁점건물(701호) 하나인바 청구인이 주-BBB에게 지급한 CGMP 공사비용은 쟁점건물만의 자본적 지출로 보아야 하고, OOO센터 건축을 위하여 기술보증기금으로부터 발급받은 보증서와 관련된 비용 역시 건물 건축만을 위한 비용이므로 자본적 지출로 인정하여야 한다고 주장하나, 주-BBB과 체결한 OOO센터 건립공사 도급공사계약서상 공사금액에 CGMP 공사비가 포함되어 있어 당초 계약시 CGMP 공사비를 쟁점건물만의 공사금액으로 구분하지 아니한 점, CGMP(우수화장품 제조 및 품질관리기준)란 일정한 기준에 준하는 생산설비를 구축하고 이를 운영하는 적절한 프로그램을 동시에 갖추어야만 인증을 받을 수 있는 것이어서 CGMP 관련 공사비용이 쟁점건물에만 전속된 비용에 해당한다고 단정하기 어려워 보이는 점, OOO센터 건립을 위한 은행 대출을 위하여 기술보증기금으로부터 발급받은 신용보증서와 관련된 수수료는 소득세법상 양도가액에서 공제할 필요경비(자본적 지출액)로 규정되어 있지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. OOO

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.