쟁점종합소득세가산세 중 2017.12.20. 이전 공급한 쟁점오피스텔에 관한 세금계산서미발급가산세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부 등

[주 문] OOO서장이 2021.8.13. 청구인에게 한 2017년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구인이 신축ㆍ공급한 OOO 대 1,254.6㎡ 소재 104개호 오피스텔 중 2017.12.20. 전에 공급이 이루어진 오피스텔에 관한 세금계산서미발급가산세를 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 AAA 등과 함께 2016.3.1. OOO 대 1,254.6㎡(이하 “이 사건 대지”라 한다)에 부동산업(상가, 오피스텔)으로 사업자등록(375-10-*)을 하고, 2017.9.29. 이 사건 대지에 지하4층ㆍ지상14층의 건물(공동주택 26세대, 오피스텔 104호, 상가 5호로 구성된 집합건물로서, 이하 “이 사건 건물”이라 한다)을 신축(사용승인)한 후 2017년 10월부터 2018년 7월까지 이 사건 건물 중 오피스텔 104호(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)를 분양(공급)하였으나, 쟁점오피스텔이 국민주택 규모의 주거용 건물에 해당한다고 보아 이에 대한 토지등 매매차익예정신고를 하지 않았고, 부가가치세 신고시 분양수입금액을 과세표준에 가산하지 아니하였다.
• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.5.6.부터 2021.6.18.까지 청구인에 대한 개인통합조사(이하 “이 사건 조사”라 한다)를 실시한 결과, 쟁점오피스텔이 공부상 업무시설로 주거용 건물에 해당하지 않음에도 불구하고 청구인이 이에 대한 부가가치세 신고 및 토지등 매매차익예정신고를 하지 않았다고 보아 관련 조사결과를 통보하였고, 처분청들은 이에 따라 2021.8.5.부터 2021.8.13. 사이에 아래 <표1>과 같이 2017년 제2기부터 2018년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원(이하 “이 사건 부가가치세”라 한다)과 2017년 및 2018년 귀속 종합소득세(소득세법제69조 제1항의 토지등 매매차익예정신고의무 불이행에 따른 가산세) 합계 OOO원(이하 “이 사건 종합소득세”라 한다) 등을 경정ㆍ고지하였다. <표1> 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 내역 OOO
• 다. 청구인은 이 사건 부가가치세 중 세금계산서미발급가산세 및 과소신고가산세 합계 OOO원(이하 “쟁점부가가치세가산세”라 한다)과 이 사건 종합소득세 중 무신고ㆍ과소신고가산세 합계 OOO원(이하 “쟁점종합소득세가산세”라 한다)에 불복하여 2021.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청들 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점오피스텔을 부가가치세 과세대상으로 보고 신고하였다가 관할세무서 담당자의 요청에 따라 가산세를 납부하면서까지 면세대상으로 하여 수정신고하였고, 이 사건 건물을 신축할 당시 주거용 오피스텔의 공급이 부가가치세 과세대상인지 여부에 대한 세법해석상 대립이 있었으므로 쟁점오피스텔에 관한 부가가치세 및 종합소득세 신고의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 있는바, 쟁점부가가치세가산세 및 쟁점종합소득세가산세는 취소되어야 한다. (가) 청구인은 당초 쟁점오피스텔의 공급이 부가가치세 과세대상이라고 판단하고 이 사건 건물 관련 매입세액을 공제하는 것으로 하여 2016년 제1ㆍ2기 부가가치세를 신고하였다가, 관할세무서 담당자로부터 쟁점오피스텔의 공급이 면세에 해당한다는 답변을 받고 2017.7.27. 면세분에 대한 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 수정신고하고 OOO원의 가산세까지 부담하였으며 이후부터 계속하여 쟁점오피스텔의 공급을 부가가치세 면제대상으로 보아 부가가치세 및 종합소득세를 신고하였는데, 조사청은 그로부터 5년이 지나 갑작스럽게 이 사건 조사를 실시하여 쟁점오피스텔의 공급이 부가가치세 과세대상이라고 하면서 쟁점부가가치세가산세 및 쟁점종합소득세가산세를 추징하였는바, 이는 신의성실원칙에 위배되며 납세자의 법적안정성 및 예측가능성을 침해하는 위법한 처분이다. (나) 물론 공무원의 신고안내행위 그 자체는 행정청의 공적인 견해표명이라 보기 어렵다고 할 수 있으나, 공무원의 적극적인 세무지도에 따라 신고서를 다시 제출하였다면 신고불성실가산세를 부과할 수 없고(심사양도2006-89, 2006.5.29.), 더구나 청구인의 2016년 제1ㆍ2기 부가가치세에 대한 수정신고에 대하여 처분청 담당자의 검토 및 관리자 결재를 거쳐 2017년 11월 납기로 추가납부세액을 고지받았으므로 처분청들이 쟁점오피스텔의 공급이 과세대상이라는 견해표명을 한 것으로 볼 수도 있으며, 청구인이 위와 같은 처분청들의 공적 견해표명에 따라 고액의 가산세를 부담하면서까지 수정신고를 한 후 일관되게 수정신고 방법대로 부가가치세 및 종합소득세를 신고ㆍ납부해온 사실을 감안하면 청구인에게 의무해태를 탓하기 어렵다(조심 2014서937, 2014.5.19. 같은 뜻임). (다) 더욱이 주거용 오피스텔의 공급이 부가가치세 면제대상인지 여부에 대하여 과세관청과 조세심판원이 의견을 서로 달리하다가(법원조차도 1심 및 2심이 각 판단을 달리하다가 2021.1.28.에서야 대법원이 최종적인 판단을 하였음), 조세심판원이 2017.12.20.자 조세심판관 합동회의로 주거용 오피스텔의 공급을 부가가치세 과세대상이라고 결정(이하 “이 사건 합동회의결정”이라 한다)하였는데, 청구인은 이 사건 합동회의결정 전에 이 사건 건물을 신축하여 쟁점오피스텔을 분양(공급)하기 시작하였는바, 청구인으로 하여금 쟁점오피스텔의 공급에 관하여 세금계산서를 발급하고 토지등 매매차익예정신고의무를 다하도록 기대한다는 것은 사실상 무리가 있다. (라) 2017년 제2기 부가가치세 확정신고기한(2018.1.25.)이 이 사건 합동회의결정 후라고 하더라도 청구인이 위 결정을 바로 인지하여 세금계산서발급 및 토지등 매매차익예정신고 의무 등을 정상적으로 이행한다는 것은 사실상 기대하기 어렵다.

(2) 쟁점부가가치세가산세 및 쟁점종합소득세가산세 전부를 취소할 수 없다면, 기존 선결정례에 따라 쟁점오피스텔 중 이 사건 합동회의결정 전에 공급이 이루어진 오피스텔에 대한 세금계산서미발급가산세 OOO원만이라도 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조세심판원의 결정이 일관되지 않았다는 사정만으로 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 청구인은 이 사건 합동회의결정에 따라 쟁점오피스텔이 세법상 비주거용 건물에 해당한다는 사실을 알 수 있었을 것임에도 쟁점오피스텔의 공급에 관하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하거나 토지등 매매차익예정신고를 하지 않았으므로 청구인에게 책임이 없다고 할 수 없다. (가) 최근 대법원은 주거용 오피스텔의 공급과 관련하여 가산세 감면 여부가 문제된 사건에서 조세심판원의 결정이 일관되지 않았다는 사정만으로 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있었다고 인정할 수 있는 정도에 이르렀다고 보기 어렵다(대법원 2021.1.28. 선고 2020두44725 판결)고 보아 납세자가 주거용 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세를 신고하지 아니한 데에 있어서 가산세 감면의 정당한 사유가 없다고 판단하였다. (나) 청구인은 2016년 제1ㆍ2기에 쟁점오피스텔의 공급을 부가가치세 과세대상으로 보고 신고하였다가 과세관청의 요청으로 면세로 수정신고하였다고 주장하나, 실제로 과세관청의 요청이 있었는지 여부에 대한 구체적 증빙을 제시하지 못하고 있고, 설령 과세관청의 신고안내행위가 있었다고 하더라도 이를 처분청의 공적견해표명이라 보기는 어려운바, 쟁점부가가치세가산세 및 쟁점종합소득세가산세가 신의성실원칙에 반한다는 청구주장은 타당하지 않다. (다) 청구인은 이 사건 합동회의결정 이후 확정신고기한이 도래한 2017년 제2기 부가가치세의 경우에도 쟁점오피스텔의 공급에 관한 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 않았고, 쟁점오피스텔에 관한 토지등 매매차익예정신고도 하지 않았으므로 청구인의 무지ㆍ착오만을 이유로 쟁점부가가치세가산세 및 쟁점종합소득세가산세를 감면할 수는 없다.

(2) 청구인은 쟁점오피스텔 중 이 사건 합동회의결정 전 공급이 이루어진 오피스텔에 대해서는 세금계산서미발급가산세를 감면해야 한다고 주장하나, 청구인과 동일한 상황에서 세금계산서를 발급하고 관련 부가가치세를 성실하게 신고ㆍ납부한 다수의 납세자들과의 형평을 고려할 때 감면에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

• 가. 쟁점

① (주위적) 쟁점부가가치세가산세 및 쟁점종합소득세가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

② (예비적) 쟁점종합소득세가산세 중 2017.12.20. 이전 공급한 쟁점오피스텔에 관한 세금계산서미발급가산세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제69조(부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부) ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 “토지등 매매차익예정신고”라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조 제1항 제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

⑤ 토지등의 매매차익에 대한 산출세액의 계산, 결정ㆍ경정 및 환산가액 적용에 따른 가산세에 관하여는 제107조 제2항, 제114조 및 제114조의2를 준용한다.

⑥ 토지등의 매매차익과 그 세액의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례) ① 법 제64조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 부동산매매업”이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 “주거용 건물 개발 및 공급업”이라 한다)은 제외한다.

(3) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

• 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
• 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(4) 조세특례제한법(2018.12.31. 법률 제16172호로 개정되기 전의 것) 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (5) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제51조의2(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례) ③ 법 제55조의2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 규모”란 주택법에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다. 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 사건 건물의 집합건축물대장, 쟁점오피스텔의 분양시기 및 매매가액 관련 자료, 이 사건 처분의 결의서 및 국세청통합전산망(NTIS) 상 청구인의 사업자등록 내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 AAA 및 BBB(주)와 함께 2016.3.1. 청구인을 대표공동사업자[청구인의 분배비율 40%, AAA 10%, BBB(주) 50%]로 하여 이 사건 대지 상에 부동산업(상가, 오피스텔)의 사업자등록(375-10-*)을 한 후 2017.9.29. 이 사건 건물을 신축하였는데, 그 상세내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 이 사건 건물의 상세내역 OOO (나) 청구인은 2017년 10월 경부터 2018년 7월 경까지 쟁점오피스텔을 합계 OOO원에 분양하였는데, 그 구체적인 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점오피스텔의 분양시기 및 매매가액 OOO (다) 청구인은 쟁점오피스텔의 공급이 조세특례제한법제106조 제1항 제4호의 부가가치세 면제대상인 국민주택의 공급에 해당한다고 보아 쟁점오피스텔의 건물분 공급가액OOO에 대한 세금계산서를 미발급하였고, 이 사건 부가가치세 신고시 과세표준에 산입하지 아니하였는데, 처분청(OOO서장)은 쟁점오피스텔의 공급이 부가가치세 과세대상이라고 보아 2021.8.13. 아래 <표4>와 같이 쟁점부가가치세가산세를 포함한 이 사건 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다. <표4> 이 사건 부가가치세 경정내역 OOO (라) 또한 청구인은 쟁점오피스텔의 분양에 대하여 소득세법제69조 제1항의 토지등 매매차익예정신고를 하지 않았는데, 처분청 2021.8.5. 및 2021.8.9. 아래 <표5>와 같이 쟁점종합소득세가산세를 포함한 이 사건 종합소득세를 경정ㆍ고지하였다. <표5> 쟁점종합소득세가산세 내역 OOO (마) 한편, 청구인은 2016년 제1ㆍ2기 부가가치세와 관련하여 이 사건 건물에 관한 매입세액을 전액 과세분으로 하여 신고한 후 OOO원을 환급받았다가, 2017년 7월경 쟁점오피스텔에 관한 매입세액분을 면세로 보아 수정신고하였고, 2017년 11월경 동고양세무서장의 납부고지에 따라 합계 OOO원을 납부한 것(아래 <표6> 참조)으로 나타난다. <표6> 청구인의 2016년 제1ㆍ2기 부가가치세 신고 및 수정신고내역 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 처분청이 쟁점오피스텔의 공급이 부가가치세 면세대상이라는 내용의 공적 견해표명을 하였고 쟁점오피스텔의 공급 당시 주거용 오피스텔의 공급이 부가가치세 과세대상인지 여부에 대하여 일관된 견해가 확립되지 않은 상황이었으므로 이를 과세대상으로 보아 부가가치세 및 종합소득세를 신고한다는 것은 사실상 기대하기 어렵다는 이유로 쟁점부가가치세가산세 및 쟁점종합소득세가산세를 취소하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 이를 과할 수 없다고 할 것인바(대법원 2012.4.12. 선고 2011두31673 판결 등, 참조), 공부상 용도가 업무시설로 되어 있는 오피스텔의 공급이 부가기치세 과세대상인지 여부 등에 대하여 견해의 대립으로 이에 대한 해석이 엇갈리기는 하였으나 2017.12.20.자 이 사건 합동회의 결정에 이르러 부가가치세 면제대상에 해당하지 아니하는 것으로 결정되었으므로 신고기한이 그 이후에 도래하는 2017년 제2기 부가가치세 및 쟁점오피스텔의 최초공급분(2017년 10월)에 관한 토지등 매매차익예정신고의 경우에는 청구인이 정상적으로 신고ㆍ납부의무를 이행할 것을 기대하기 무리라고 보기 어렵고, 따라서 쟁점부가가치세가산세 및 쟁점종합소득세가산세 전부를 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 다만, 쟁점오피스텔 중 2017.12.20. 이전에 공급이 이루어진 오피스텔 28호에 대해서는 청구인이 이를 과세대상으로 보아 세금계산서를 발급할 것을 기대하기가 무리라고 보이므로 쟁점오피스텔 중 위 28호의 오피스텔 공급에 관한 세금계산서미발급가산세는 부과하지 않는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.