[요지] 쟁점주택을 조정대상지역 내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것이고 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는 것으로 판단되므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 쟁점주택을 조정대상지역 내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것이고 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는 것으로 판단되므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[참조결정] 조심2021서5613
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점주택을 소득세법상 일시적 2주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하면서도 양도가액 중 9억원 초과분에 대해서는 이와 별개로 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하는 것은 1세대 1주택 비과세 및 다주택자에 대한 중과세율 규정의 입법취지와 목적에 부합하지 않는다.
(2) 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(대체주택)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없는 것이고(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결), 당해 주택이 고가주택에 해당한다 하더라도 이를 달리 볼 것은 아니다.
(3) 1세대 1주택의 비과세 요건을 갖춘 주택의 양도가액이 9억원을 초과하는 경우에는 고가주택에 해당되어 그 초과분에 대하여 양도소득세 비과세를 배제하는 것은 1세대 1주택에 대한 비과세 규정의 입법목적과는 달리 과도한 세제혜택을 방지하고 조세 응능부담의 차원에서 담세력을 부여한 것인바, 고가주택이라고 하더라도 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 주택이라면 9억원을 초과하는 부분에 대하여 일반세율을 적용하는 것이 합리적이다.
(4) 정부도 이러한 불합리한 점을 알고, 2021.2.17. 소득세법 시행령제164조의4 제3항 제7호를 개정하여 2021.2.17. 이후 양도분부터는 쟁점주택과 같은 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하지 않도록 하였다.
(1) 소득세법제104조 제7항 제3호에 따라 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 고가주택의 양도가액 9억원 초과분에 대해서는 같은 법 제155조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하고, 같은 법 시행령 제167조의3에 따라 장기임대주택은 중과세율 적용시 주택 수 계산에서 제외되지 않으며, 양도당시 조정대상지역에 보유하고 있는 주택이 3주택 이상자인 경우 양도하는 주택이 소득세법 시행령제167조의3 제1항 각 호에서 규정하는 주택에 해당하지 않는 한 중과세율 적용 및 장기보유특별공제가 배제된다.
(2) 소득세법 시행령제167조의3에서 조정대상지역 3주택자 중과세율 적용 제외 주택을 규정하고 있는바, 등록임대사업자의 거주주택 등 1세대 1주택 비과세 특례대상 주택이 일시적 2주택에 해당하는 경우 해당 주택을 중과세율 적용대상에서 제외하도록 개정된 규정은 2021.2.17.이후 양도분부터 적용하는 것으로서, 2020.10.15. 양도된 쟁점주택에 대하여는 적용되지 않는다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
(2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.
1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × 양도가액 - 9억원 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 민간임대주택에 관한 특별법제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)
(3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
13. 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택 ※ 부칙 ＜대통령령 제31442호, 2021.2.17.＞ 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
(1) 청구인은 쟁점주택의 양도 당시 쟁점주택 외에 다음의 대체주택과 장기임대주택(5채)을 보유하고 있었고, 장기임대주택은 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호 각 목에 따른 요건을 충족하였다. ＜표＞ 쟁점주택 양도 당시 주택 보유현황 OOO
(2) 처분청은 2021.10.6. 청구인의 경정청구를 거부하였는바, 거부통지 사유는 다음과 같다. OOO
(3) 기획재정부에서 발간한 ‘2020 간추린 개정세법’에 따르면, 2021.2.17. 일부개정된 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제13호의 개정이유는 양도소득세 중과세율이 적용되는 주택의 범위를 합리화하기 위한 것이고, 2021.2.17. 이후 양도하는 분부터 적용되도록 되어 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택이 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되는 일시적 2주택(1세대 1주택)에 해당한다고 주장하나, 청구인은 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택 이외에 장기임대주택 및 대체주택을 소유하고 있었던 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하는 점, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없고, 해당 조문상 대체주택 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없으므로 같은 항 제10호를 적용하기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점주택을 조정대상지역 내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것이다. 또한 청구인은 쟁점주택이 일시적 2주택에 해당하여 9억원 이하분에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용하고 있는바, 9억원 초과분에 대해서도 장기보유특별공제와 일반세율을 적용해야 한다는 취지로 주장하나, 비과세를 정하고 있는 규정(소득세법제89조 및 같은 법 시행령 제155조)과 조정대상지역 다주택자에 대한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 정하고 있는 규정(소득세법제95조, 제104조 및 같은 법 시행령 제167조의3)이 동일하지 아니하고, 쟁점주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우, 조정대상지역 이외에 다주택과 세효과가 동일한바, 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는 것으로 판단된다(조심 2021서5613, 2021.11.10., 같은 뜻임). 따라서 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.