쟁점명세서(주식등변동상황명세서) 제출불성실 가산세를 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2011.4.1.지방공기업법및OOO 설립 및 운영조례에 따라 설립되었고, OOO가 지분 100%를 보유하고 있으며, 2021.3.23. 2020사업연도 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서(이하 “쟁점명세서”라 한다)상 기초 자본금을 OOO원(OOO주 × 5,000원)으로 작성․제출하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 2020사업연도 법인세 신고내용을 검토한 결과, 청구법인이 2020사업연도 이전에 최종제출한 2014사업연도 쟁점명세서상 기말 자본금 OOO원(OOO주 × 5,000원)과 2020사업연도 쟁점명세서상 기초자본금(OOO원)의 금액 차이 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 2017사업연도에 추가출자한 쟁점금액을 쟁점명세서상에 누락한 것으로 보아, 쟁점명세서 제출불성실 가산세를 적용하여 2021.7.7. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 100% 출자자이자 지방자치단체인 OOO는 쟁점명세서의 활용에 따른 과세의 실익이 발생하지 않고, 쟁점명세서상 쟁점금액의 누락제출은 보정요구로 수정이 충분히 가능하며,국세기본법제18조의 세법을 해석․적용함에 있어 쟁점명세서(쟁점금액) 제출에 따른 협력의무 위반의 정도 등을 감안할 때, 이 건 부과처분은 보호되는 공익보다 침해되는 재산권의 사익이 훨씬 크다 할 것이므로 취소되어야 한다.

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재이다.

(2) 쟁점명세서 제출여부와 관련하여, 이 건에 앞서 처분청의 과세예고통지서상 가산세 구분에 쟁점명세서 미제출이라고 적시하면서 출자가액 증가액인 쟁점금액을 결정(경정)대상금액으로 기재하고 있는 점, 처분청의 과세전적부심사결정서상 4페이지의 3. 통지관서의견 중 다. 및 라.에 전자신고 시 쟁점명세서를 첨부(‘주식변동’란에 ‘부’로 체크)하지 않았으나, 이를 서면으로 추가제출하였다고 처분청이 인정하고 있는 점, 청구법인이 2017사업연도 법인세 신고 시 쟁점명세서가 포함된 세무조정계산서를 처분청에 서면제출하였다는 취지로 작성한 사실확인서(aaa)를 제출한 점 등을 감안할 때, 이 건은법인세법제76조 제6항 제1호(쟁점명세서 미제출)가 아니라, 같은 항 제2호(주식등의 변동사항을 누락하여 제출)의 적용대상에 해당한다.

(3) 청구법인의 100% 출자자이자 지방자치단체인 OOO는 법인세법제3조 제2항,증권거래세법제6조 제1호,상속세 및 증여세법제12조 제1호 및 제46조 제7호 등에 따라 법인세, 증권거래세, 상속세 및 증여세에 대한 납세의무가 없고 비과세대상이므로 쟁점명세서는 과세자료로서의 활용가치가 크지 않을 뿐더러, 조세의 탈루가능성 및 과세관청의 과세권 행사에도 아무런 영향을 미치지 않는다(국심 2004서780, 2005.5.13., 대법원 2007.9.20. 선고 2006두1203 판결 등 참조).

(4) 청구법인이 2017사업연도 법인세 신고 시 첨부한 자본금과 적립금조정명세서(갑), 재무상태표, 현금흐름표 및 자본변동표 등에는 쟁점금액에 대한 증가내역이 나타나고, 쟁점명세서(쟁점금액)의 누락제출은 단순 착오 등에 의한 것으로법인세법제60조 제6항에 따라 보정이 충분히 가능하다(대법원 2007.1.11. 선고 2006두16588 판결 등 참조)

• 나. 처분청 의견 청구법인은 2017사업연도경 쟁점금액이 추가출자되었음에도 당해 사업연도 법인세 신고 시 쟁점명세서를 누락제출하였는바, 법인세(가산세)를 부과한 이 건 처분은 정당하다. (1)법인세법제76조 제6항은 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있을 때 제119조에 따라 쟁점명세서를 제출하여야 하는 내국법인이 명세서를 제출하지 않거나 주식등의 변동사항을 누락하여 제출하거나 제출한 명세서가 불분명한 경우에 해당하는 경우 미제출, 누락제출 및 불분명하게 제출한 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다고 규정하고 있다. 법원은 “쟁점명세서의 제출을 의무화한 취지가 주식 등의 변동에 따른 법인의 실태 변화를 파악하고자 하는 데 있고, 위와 같은 목적을 실현하기 위해서는 쟁점명세서의 기재 자체에 의하여 주식 등의 변동상황을 한눈에 파악할 수 있어야 한다”고 판시(대법원 2007.9. 20. 선고 2006두1203 판결 참조)하고 있다.

(2) 청구법인은 2018.3.31. 이전에 서면으로 세무조정계산서(쟁점명세서 포함)를 제출하였다고 하나, 쟁점명세서상에 쟁점금액에 대한 변동내역이 기재되어 있지 않다.

(3) 청구법인은 처분청이 서면제출한 쟁점명세서상 누락내용이 미비함에도법인세법제60조 제6항의 보정 요구 등도 없이 이 건 부과처분을 하였다고 하나, 동 규정은 과세관청이 보정을 요구할 수 있다는 규정일 뿐 처분청이 보정요구한 후 납세의무자가 이에 응하지 아니한 경우에 한해 가산세를 부과할 수 있다고 해석할 여지는 없다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 참조).

(4) 자본금과 적립금조정명세서(갑), 재무상태표 등에서 출자금의 증가내역이 확인된다 하더라도 쟁점명세서를 제출하여야 하는 세법상 협력의무를 대신할 수는 없다.

• 가. 쟁점 쟁점명세서(주식등변동상황명세서) 제출불성실 가산세를 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료 등에 의하면, 청구법인이 전자제출한 2017사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서상 ‘주식변동’란에 ‘부’로 체크되어 있고, 전자신고 시 첨부되지 아니하여 서면으로 추가제출한 쟁점명세서상에 쟁점금액에 대한 변동내역이 기재되어 있지 아니한 것으로 확인된다. 다만 자본금과 적립금 조정명세서(갑), 자본변동표, 현금흐름표, 2018. 1.24.자 발급받은 법인등기사항전부증명서상에는 쟁점금액의 변동내역이 반영되어 있는 것으로 확인된다.

(2) 청구법인은 회계담당자 aaa이 2021.10.25.자 작성한 사실확인서를 제시하였는바, 주요내용은 다음과 같다. OOO

(3) 법인세 사무처리규정(2016.12.27. 국세청 훈령 제2173호) 제78조 (쟁점명세서의 수집 및 보완) 제1항은 “법인납세과장은 사업연도 중에 주식변동이 있는 법인에게 법인세 과세표준 신고기한 까지 쟁점명세서를 제출하도록 안내하여야 한다”고, 제3항은 “법인납세과장은 쟁점명세서를 제출하여야 할 법인이 법인세 과세표준 신고기한까지 제출하지 아니하였거나, 제출대상인 주주의 주식 등 변동상황을 누락한 경우에는 즉시 쟁점명세서를 추가로 수집하고,법인세법제76조 제6항에 따른 가산세를 법인세로 징수하여야 한다”고 각각 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점명세서(쟁점금액)의 누락제출은 단순 착오 등에 의한 것으로법인세법제60조 제6항에 따라 보정이 충분히 가능하고, 조세의 탈루가능성 및 과세관청의 과세권 행사에도 아무런 영향을 미치지 않는다면서 이 건 처분이 부당하다고 주장하나,법인세법제119조는 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인은 쟁점명세서를 제출하여야 한다고 규정하면서 같은 법 시행령 제161조 및 같은 법 시행규칙 제79조의3에 제출의무를 면제하는 조합법인 등을 명시하고 있으나, 청구법인은 그 대상에 포함되어 있지 아니한 점, 법원은 쟁점명세서 제출을 의무화한 취지가 주식변동에 따른 법인의 실태 변화를 파악하고자 하는데 있기 때문에 명세서의 기재 자체에 의하여 주식등의 변동상황을 한눈에 파악할 수 있어야 한다고 판시(대법원 2007.9.20. 선고 2006두1203 판결, 같은 뜻임)하고 있는 점, 청구법인의 2017사업연도 법인세 신고서상 ‘주식변동’란에 ‘부’로 체크되어 있고, 서면으로 추가제출한 쟁점명세서상에도 쟁점금액에 대한 변동내역이 누락되어 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세 기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제2조(납세의무) ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

③ 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)

⑥ 납세지 관할 세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다. 제76조(가산세) ⑥ 납세지 관할 세무서장은 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있을 때 제119조에 따라 주식등변동상황명세서(이하 이 항에서 "명세서"라 한다)를 제출하여야 하는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나의 경우에 해당하면 미제출, 누락제출 및 불분명하게 제출한 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세 액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

1. 명세서를 제출하지 아니한 경우

2. 명세서에 주식등의 변동사항을 누락하여 제출한 경우

3. 제출한 명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우 제119조(주식등변동상황명세서의 제출) ① 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등은 제외한다) 은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식 등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등에 대하여는 제1항을 적 용하지 아니한다.

1. 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 법인: 지배주주(그 특 수관계인을 포함한다) 외의 주주등이 소유하는 주식등

2. 제1호 외의 법인: 해당 법인의 소액주주가 소유하는 주식등

③ 제2항에 따른 지배주주 및 소액주주의 범위, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 증권거래세법 제6조(비과세양도) 당음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니한다.

1. 국가나 지방자치단체가 주권등을 양도하는 경우.

(3) 상속세 및 증여세법 제12조(비과세되는 상속재산) 당음 각 호에 규정된 재산에 대해서는 상속세를 부과하지 아니한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 대통령령으로 정하는 공공단체(이하 "공공단체"라 한다)에 유증(사망으로 인하여 효력이 발생하는 증여를 포함하며, 이하 "유증등"이라 한다)한 재산 제46조(비과세되는 증여재산) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액에 대해서는 증여세를 부과하지 아니한다.

1. 국가나 지방자치단체로부터 증여받은 재산의 가액

7. 국가, 지방자치단체 또는 공공단체가 증여받은 재산의 가액 (4) 법인세법 시행령(2015.10.23. 대통령령 제26600호로 개정된 것) 제97조(과세표준의 신고) ① 법 제60조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.

④ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. 제161조(주식등변동상황명세서의 제출) ① 법 제119조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 조합법인 등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 제1조 제1호부터 제11호까지의 법인(그 중앙회 및 연합회는 제외한다) 2.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사, 투자유 한회사, 투자합자회사 및 투자전문회사(같은 법 제9조 제19항 제1호에 따른 경영참여형 사모집합투자기구는 제외한다)

자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제6조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우의 법인

4. 해당 법인의 주주등이 기획재정부령으로 정하는 공공기관 또는 기관투자자와 주권상장법인의 소액주주로 구성된 법인

⑥ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 기획재정부령으로 정하며, 동 명세서에는 주식등의 실제 소유자를 기준으로 다음 각 호의 내용을 적어야 한다.

1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호

3. 사업연도 중의 주식등의 변동사항

⑦ 제6항 제3호에서 주식등의 변동은 매매ㆍ증자ㆍ감자ㆍ상속ㆍ증여 및 출자 등에 의하여 주주등ㆍ지분비율ㆍ보유주식 액면총액 및 보유 출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다. (3) 법인세법 시행규칙 제56조의2(기금운용법인 등) ① 영 제111조 제2항 제5호 각 목 외의 부분에서 "기금을 관리ㆍ운용하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 법인을 말한다. 1.공무원연금법에 따른 공무원연금관리공단 2.사립학교교직원 연금법에 따른 사립학교교직원연금관리공단 3.국민체육진흥법에 따른 서울올림픽기념국민체육진흥공단 4.신용보증기금법에 따른 신용보증기금 5.기술신용보증기금법에 따른 기술신용보증기금 6.수출보험법에 따른 한국수출보험공사 7.중소기업협동조합법에 따른 중소기업중앙회 8.농림수산업자신용보증법에 따른 농림수산업자신용보증기금을 관리ㆍ운용하는 농업협동조합중앙회 9.한국주택금융공사법에 따른 한국주택금융공사 10.문화예술진흥법에 따른 한국문화예술위원회

② 영 제111조 제2항 제5호 각 목 외의 부분에서 "공제사업을 영위하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 1.한국교직원공제회법에 따른 한국교직원공제회 2.군인공제회법에 따른 군인공제회 3.신용협동조합법에 따른 신용협동조합중앙회(공제사업에 한정 한다) 4.건설산업기본법에 따라 설립된 건설공제조합 및 전문건설공 제조합 5.전기공사공제조합법에 따른 전기공사공제조합 6.정보통신공사업법에 따른 정보통신공제조합 7.대한지방행정공제회법에 따른 대한지방행정공제회 8.새마을금고법에 따른 새마을금고연합회(공제사업에 한정한다) 9.과학기술인공제회법에 따른 과학기술인공제회 10.소방산업의 진흥에 관한 법률제23조 제1항에 따른 소방산업 공제조합 11.건축사법제38조의3 제1항에 따른 건축사공제조합 제79조의3(주식등변동상황명세서의 제출) ① 영 제161조 제1항 제4호에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관 또는 기관투자자"란 다음 각 호의 공공기관 등을 말한다. 1.공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관으로서 별표 11의 공공기관

2. 영 제61조 제2항 제1호부터 제11호까지, 제21호 및 제28호의 금융기관 3.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자업자 또 는 증권금융회사

4. 제56조의2 제1항 각 호의 법인

5. 제56조의2 제2항 각 호의 법인

(3) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정된 것) 제49조(가산세 한도) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가산세 에 대해서는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원 을 한도로 한다. 다만, 해당 의무를 고의적으로 위반한 경우에는 그러하지 아니하다. 2.법인세법제76조 제3항, 제5항부터 제7항까지, 제9항(제4호는 제외한다), 제10항 및 제13항에 따른 가산세