조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지가 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호의 ‘주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지’에 해당한다고 보아 조특법 제69조의 8년 자경농지 감면 적용을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-인-4820 선고일 2022.11.08

이 건의 경우 쟁점도시개발사업으로 쟁점토지가 주거지역에 편입된 날은 인천광역시장이도시개발법에 따라 도시개발사업의 실시계획을 인가 ․ 고시(쟁점실시계획고시)하고 지형도면을 고시한 날인 14.7.7.로 보아야 하고, 청구인은 그로부터 17.5.16.쟁점토지를 양도하였으므로 처분청이 쟁점토지를 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지라고 보아 8년 자경농지감면을 부인하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

[주 문] OOO서장이 2021.1.7. 청구인 AAA에게, 2021.1.8. 청구인 BBB에게 한 2017년 귀속 양도소득세 각 OOO원 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인 AAA 및 BBB(AAA와 합하여 이하 “청구인들”이라 한다)은 1994.8.18. 및 2002.2.16. OOO 토지 209.33㎡ 외 19필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 상속을 원인으로 취득하였다가 2017.5.16. 주식회사 CCC 외 1인에게 OOO원에 양도하고, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 양도소득세 감면을 적용, 감면세액 OOO원을 산출세액에서 차감하여 2017.7.28. 처분청에 2017년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(청구인별 각 OOO원)을 신고․납부하였다.
  • 나. OOO청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점토지가 주거지역으로 편입된 날은 OOO 고시 제2010-111호(2010.4.19.), “OOO도시관리계획(OOO 도시개발구역지정 및 개발계획 수립) 결정(변경) 및 지형도면 고시”(이하 도시개발사업을 “쟁점 도시개발사업”, 고시를 “쟁점개발구역지정등고시”라 한다)일인 2010.4.19. 이므로 쟁점토지가 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 2017.5.16. 양도된 것으로 보아 청구인들이 당초 신고한 감면세액 OOO원을 부인하여 양도소득세를 재계산하도록 통지하였고, 이에 따라 처분청은 2021.1.7., 2021.1.8. 청구인들에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.2.1. 이의신청을 거쳐 2021.7.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장 쟁점토지가 주거지역 등에 편입된 날은 쟁점도시개발사업 실시계획(이하 “쟁점실시계획”라 한다)인가일인 2014.7.7.로 보아야 하고, 쟁점토지는 양도일 현재(2017.5.16.) 주거지역 등 편입일로부터 3년이 지나지 아니한 농지로서 8년 자경농지감면 적용 대상에 해당한다.

(1) 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 다른 법령과의 관계 등을 고려하여 타당한 해석이 되도록 하여야 하는바, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 “국토계획법”이라 한다) 과 도시개발법은 개별 법률로서 각각의 의미와 계획수립절차를 가지는 것으로서 국토계획법에서 도시·군관리계획 결정은 제32조에 따라 지형도면을 고시한 날부터 발생하고, 도시개발법에서의 도시·군관리계획 결정은 제18조에 따라 실시계획인가일을 말한다. 따라서 쟁점토지에 대하여 2010.4.19. OOO시보에 고시한 것은 도시개발법에 따른 도시개발구역지정 및 개발계획을 수립한 것이고, 도시개발법 제9조 제4항 에 따라 국토계획법 및 토지이용규제기본법에 따른 지형도면을 고시한 것일 뿐 도시·군관리계획이 결정되는 일련의 과정이 관련 법령의 논리적이고 순차적인 과정임에도 불구하고 국토계획법 등에 따라 지형도면을 고시하였다고 하여 주거지역 편입일을 적용함에 있어 국토계획법을 적용한 것은 법해석의 착오와 오류라고 하겠다.

(2) 처분청은 용도지역 결정(변경)조서에 자연녹지지역이 주거지역과 상업지역으로 결정(변경)되었음을 고시하면서 결정(변경)사유에 도시개발사업에 따른 용도지역 변경이라 고시하고 그러한 도시계획결정의 효력은 도시계획결정고시로 인하여 생기는 것이라는 의견이나, OOO 고시 제2010-111호(2010.4.19.)는 OOO도시관리계획에 대한 결정이 아니라 도시개발법에 따른 OOO 도시개발구역지정 및 개발계획 수립에 관한 것이므로 2010.4.19.을 주거지역 편입일로 볼 수 없고, 도시개발법 제9조 에 따라 도시개발구역이 지정·고시된 경우 해당 도시개발구역은 국토계획법에 따른 도시지역과 대통령령으로 정하는 지구단위계획구역으로 결정되어 고시된 것으로, 이는 국토계획법 제49조 제1호 에 따른 지구단위계획구역으로 보는 것이며, 지구단위계획구역 및 지구단위계획은 도시·군관리계획으로 결정하는 것이므로 “도시개발구역으로 지정되면 도시관리계획으로 결정되는 것”이라는 처분청 의견은 법률상 근거를 찾을 수 없는 것으로서 위법․부당하다.

(3) 국세청 질의회신 서면인터넷방문상담5팀-2959에서 “자경농지 감면 규정 적용시 도시개발법에 따른 주거지역 편입일은 “조세특례제한법제69조 규정을 적용함에 있어 도시개발법에 따른 도시개발사업이 시행되는 경우에는 도시개발법제18조에서 규정하는 실시계획인가 고시일에 국토계획법에 따른 용도지역이 변경된 것으로 보는 것”이라고 하였고, 질의회신 부동산거래관리과-731에서 “택지개발사업지구에 대한 도시지역 편입 기준일은 도시관리계획의 결정내용을 고시한 날이고, 택지개발사업실시계획을 고시한 때에는 도시관리계획의 결정내용을 고시한 것으로 본다.”라고 하였으므로 쟁점토지에 대한 주거지역 편입일 또한 OOO고시 제2014-147호OOO 도시개발사업 실시계획인가 및 지형도면 고시의 고시일인 2014.7.7.로 보아야 한다.

(4) OOO 토지소유자들이 OOO구청장에게 질의하여 회신 받은 내용을 보더라도 OOO의 용도지역 편입일은 실시계획인가 고시 시점[OOO고시 제2014-147호(2014.7.7.)]으로 판단하여야 한다고 기재되어 있고, 국토교통부 질의회신 사례집(도시경제과-1598 2017.7.11.)에도 용도지역 결정의 효력은 실시 계획인가시에 발생한다고 밝히고 있다. 처분청은 주거지역 등에 편입됨에 따라 발생하는 다양한 효과들을 무시한 채 단순히 양도소득세 감면 배제에 중점을 두어 OOO를 통해서 확인하여야 할 사항을 처분청 임의로 판단하여 과세한 이 건 양도소득세 부과처분은 법적 안정성과 예측가능성을 훼손시키는 것으로서 위법․부당하다.

  • 나. 처분청 의견 쟁점토지가 주거지역 등에 편입된 날은 쟁점개발구역지정 등 고시일인 2010.4.19.로 보아야 하고 쟁점토지는 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지로서 조특법상 8년 자경농지감면 적용 대상에 해당하지 아니한다.

(1) OOO시장은 도시개발법 제9조 제1항 에 따라 2010.4.19. 쟁점개발구역지정 등 고시(OOO 고시 제2010-111호)를 통해 쟁점토지 등 일대를 도시개발구역으로 지정하면서 대상토지의 용도지역을 주거지역 등의 도시지역으로 변경하고 그 지형도면을 함께 고시하였고, OOO 도시개발사업은도시개발법규정에 의한 환지방식으로 진행되어 제17조 내지 제19조 규정에 의거 2014.7.7. 실시계획인가 고시(OOO 고시 제2014-147호)되고, 2017.3.10. 환지계획인가(OOO 도시개발과-3766호)된 후 2017.4.12. 환지예정지 지정 공고(OOO 도시개발사업조합 공고 제2017-4호)되었다. 도시개발법 제9조 제2항 은 같은 조 제1항에 따라 도시개발구역이 지정ㆍ고시된 경우 국토계획법에 따른 도시지역 및 지구단위계획구역이 결정ㆍ고시된 것으로 보도록 정하고 있고, 이처럼 결정된 지구단위계획구역은 국토계획법 제49조 제1호 에 따른 지구단위계획으로 보는 것이고, 지구단위계획구역 및 지구단위계획은 도시관리계획으로 결정되는 것으로 보아야 하며, 2009.12.29. 법률 제9861호로 일부개정된 도시개발법 제31조 에 의하면 도시지역 등의 용도지역을 지정하는 도시관리계획의 결정은 지정권자의 도시관리계획 고시 후 5일 후에 효력이 발생하는 점 등을 종합하여 고려하면, 도시지역은 도시개발법 제9조 제1항 에 따라 개발계획 및 개발구역지정이 고시되면 주거지역 등 용도지역이 결정되는 것으로 보아야 한다. 또한 쟁점개발구역지정등고시의 내용에는 도시개발법 제9조 에 따른 도시개발구역 지정 및 개발계획이라고 명시되어 있고, 해당 고시 중 ‘용도지역 결정(변경) 조서’ 부분에 자연녹지였던 대상토지를 주거지역 등의 용도지역(도시지역)으로 변경하는 결정을 하는 것으로 기재되어 있으며, 개발구역지정등고시의 ‘용도지역 결정(변경) 사유서’ 상 용도지역 결정(변경) 면적(합계 524,004㎡)이 실시계획고시의 해당 사유서에서 변경(합계 524,562㎡)되었음에도 불구하고 용도지역의 구분은 변경되지 않았고, 청구인들이 쟁점토지의 양도계약을 체결한 당시의 기준시가가 단기간에 급등한 사정 등을 종합하여 고려하면 쟁점토지는 경제적 가치 측면에서 ‘도시지역 내의 대지’로 보는 것이 타당하다 하겠다.

(2) 조특법 집행기준(69-66-22)에 따르면, 8년 이상 자경한 농지를 주거지역 등에 편입된 날부터 3년을 경과하여 양도하는 경우 세액감면을 배제하는 취지는 대도시 근교 주거지역의 대지 위에서 채소 등을 경작하는 경우에도 이를 농지로 취급하게 되는 불합리한 점을 개선하고, 대지와 경제적 가치에서 큰 차이가 없는 도시지역 내의 농지를 감면배제하여 농지에 대한 투기수요를 억제할 수 있도록 하기 위한 것이고, 조특법 집행기준(69-66-25)에서 주거지역에 편입된 날은 국토계획법에 따라 도시관리계획의 결정내용을 국토해양부장관이 관보에 고시한 날(시․도지사가 하는 경우에는 해당 시․도의 공보에 고시한 날)을 말한다고 규정하고 있다. 위와 같은 양도소득세 감면의 입법취지를 고려하면 OOO도시개발구역의 경우 청구인들은 2008년 ㈜CCC 외 1인과 매매계약을 체결하고 매매원인을 신탁예약으로, 수탁자를 ㈜DDD으로 하여 소유권이전청구권 가등기를 하였고, 매매계약서상 매매대금 지불방법에 2차 중도금은 도시개발사업 사업시행자 지정 후 14일 이내, 잔금은 환지계획인가 및 환지예정지 지정 후 14일 이내로 기재되어 있는 사실로 보아 OOO도시개발구역은 2008년부터 대지와 경제적 가치에서 큰 차이가 없는 도시지역 내의 농지로 보는 것이 타당하다. 또한 국세청 해석(법규과-3800, 2006.9.13.)에서 도시개발법에 의한 사업지구의 경우 주거지역 등 편입시기는 구 도시개발법(2002.12.30. 법률 제6841호로 개정되기 전) 제18조의 실시계획 인가․고시일이 아닌 제9조의 규정에 의한 도시개발구역지정의 고시일을 국토계획법에 의한 주거지역 등으로 편입된 날로 보는 것이라 하였다. 따라서 주거지역에 편입된 날은 도시계획결정을 고시한 날을 의미하는 것이지 그 고시의 효력이 발생한 때를 의미하는 것은 아니며, 도시개발법제9조에 따라 도시개발구역이 지정․고시된 경우 해당 도시개발구역은 국토계획법에 따른 도시지역과 대통령령으로 정하는 지구단위계획구역으로 결정되어 고시된 것으로 보는 것이고, 이는 국토계획법 제49조 제1호 에 따른 지구단위계획구역에 해당하고, 지구단위계획구역 및 지구단위계획은 도시․군관리계획으로 결정하는 것이므로 결국 “도시개발구역”으로 지정되면 도시관리계획으로 결정되는 것이라 하겠다.

(3) 청구인들은 국토교통부에서 발행한 “2018 도시개발법령 관련 주요 질의․회신 사례집” 중 도시군관리계획 결정 및 효력 발생 시점에 대한 질의회신(도시경제과-1598, 2017.7.11.)에서 “구역 지정시에는 도시지역 및 지구단위계획구역 결정 효력만 인정되며, 용도지역 결정(종 세분화), 도시․군계획시설 등의 변경, 신설, 폐지 등에 관한 구체적인 사항은 지구단위계획과 함께 실시계획에 포함하여야 하고, 실시계획 인가시에 결정 효력이 발생함”이라고 하였으므로 국토계획법 제31조 제1항 에 따라 도시관리계획결정의 효력은 같은 법 제32조 제4항에 의거 지형도면을 고시한 날부터 발생한다고 주장하나, 이는 구 국토계획법(2013.7.16. 법률 제11922호로 개정되기 전) 제31조에서 “도시관리계획 결정은 제30조 제6항에 따른 고시가 된 날로부터 5일 후에 그 효력이 발생한다.”라고 규정하였다가, 개정 이후 같은 법 제31조에서 “도시관리계획결정의 효력은 국토계획법 제32조 제4항 에 따라 지형도면을 고시한 날로부터 발생한다.”라고 개정된 법률을 오인 해석한 것에 불과한 것이다. 또한 청구인들은 토지이용계획 확인서에 “지구단위계획구역(2014. 7.7.)”으로 주거지역으로 변경된 날짜가 명시되어 있으므로 해당 날짜에 쟁점토지는 자연녹지지역에서 주거지역으로 변경된 것이라고 주장하나, 국토계획법(2013.7.16. 법률11922호로 개정되어 2014.1.17. 시행된 것) 제32조 제5항에서 ”제1항 및 제3항에 따른 지형도면의 작성기준 및 방법과 제4항에 따른 지형도면의 고시방법 및 절차 등에 관하여는 토지이용규제 기본법 제8조 제2항 및 제6항부터 제9항까지의 규정에 따른다.”라는 규정이 신설되어 이후 OOO 고시 제2014-147호(2014.7.7.) “OOO 도시개발사업 실시계획인가 및 지형도면 고시”에서 토지이용계획확인서에 “지구단위계획구역(2014.7.7.)(OOO도시개발)”로 표시한 것으로 보이고, 쟁점토지 인근 OOO 일원에 대하여 도시개발법제3조 및 제4조에 따라 도시개발구역 지정, 개발계획 수립 시 OOO 고시 제2015-10호 토지이용계획확인원에 “지구단위계획구역(2015.1.26.)(OOO)’ 로 표기된 사실이 이를 뒷받침한다.

(4) 한편 실시계획인가란 사업시행자의 사업시행 기간 및 시행방법을 인가하는 것이고도시개발법제18조 제2항에서 “제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우 그 고시된 내용 중 국토계획법에 따라 도시관리계획(지구단위계획 포함)으로 결정하여야 하는 사항은 같은 법에 따른 도시관리계획이 결정되어 고시된 것으로 본다. 이 경우 종전에 도시관리계획으로 결정된 사항 중 고시 내용에 저촉되는 사항은 고시된 내용으로 변경된 것으로 본다.”라고 규정한 것을 보면, OOO 고시 제2010-111호는 도시관리계획으로 결정된 사항이고, OOO 고시 제2014-108호에서는 도시개발사업의 시행기간 및 시행방법을 인가한 것으로 보아야 하며, 2010.4.19. 녹지지역에서 주거지역 및 상업지역으로 변경된 대분류 자체가 이후 변경된 것이 아니어서 도시개발법제18조 제2항 단서조항의 종전 결정사항과 저촉되는 새로운 고시 내용으로 변경된 것이 아니므로 이 건의 경우 2010.4.19.을 도시관리계획 결정일이자 주거지역 편입일에 해당한다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점토지의 주거지역 편입일을 언제로 볼 것인지 여부
  • 나. 관련 법령 등: < 별지 > 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) OOO시장은 2010.4.19. ‘OOO도시관리계획(OOO구역 도시개발구역지정 및 개발계획 수립) 결정(변경) 및 지형도면 고시(쟁점개발구역지정등고시)’를 통하여 도시개발법 제3조 및 제9조에 따른 도시개발구역의 지정과 개발계획의 수립 및 국토계획법 제32조, 같은 법 시행령 제27조 및 토지이용규제 기본법 제8조 제2항 에 따른 지형도면을 각각 고시하였고 그 주요 내용은 다음과 같다.

① 도시개발구역의 명칭은 OOO도시개발구역이고, 도시개발구역의 위치와 면적은 OOO 일원 524,004㎡이다.

② ‘도시관리계획의 수립 또는 변경에 관한 사항’ 중 ‘도시개발구역지정(제1종 지구단위계획구역 결정) 조서’에서 OOO일원 524,004㎡이 ‘OOO 도시개발구역’으로 신규 지정하였다.

③ ‘도시관리계획의 수립 또는 변경에 관한 사항’ 중 ‘용도지역 결정(변경) 조서’ 및 그 사유서에서 아래와 같이 대상토지의 용도지역을 녹지지역에서 주거지역과 상업지역으로 변경하였다. OOO

④ 관계 도서로 ‘도시개발구역(제1종지구단위계획구역)지정 지형도면’, ‘개발계획평면도(토이이용계획도)’, ‘도시관리계획결정도 (용도지역)’, ‘개발계획서’를 OOO 소관 부서에 비치하고 14일간 일반인 및 이해관계인에게 열람하게 하였다. (나) OOO시장은 2014.7.7. ‘OOO 도시개발사업 실시계획인가 및 지형도면 고시(쟁점실시계획고시)’를 통하여 도시개발법 제17조 부터 제19조까지의 규정에 따른 실시계획을 인가ㆍ고시하고, 국토계획법 제32조, 같은 법 시행령 제27조 및 토지이용규제기본법 제8조 제2항 에 따른 지형도면을 고시하였으며 그 주요 내용은 다음과 같다.

① 쟁점도시개발사업의 도시개발구역 면적을 524,562㎡로 확대하였다.

② 도시관리계획 결정 중 ‘용도지역 결정조서’ 및 그 사유서에서 아래와 같이 대상토지의 용도지역을 녹지지역에서 주거지역과 상업지역으로 변경하였다. OOO

공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제2조 제5호의 규정에 의한 토지 등의 세목과 그 소유자 및 관계인의 성명·주소를 기재한 토지조서를 첨부하였다.

④ 관계도서로 ‘지구단위계획 결정 및 지형도면 고시도(용도지역 결정도)’ 등을 첨부하였다. (다) 위 고시에 첨부된 도시관리계획결정 지형도면에는 개발구역 대상 토지의 위치와 그 용도지역의 상세구분이 표시되어 있는데, 쟁점개발구역지정등고시의 지형도면에는 개발구역과 그 용도지역 경계만 표시되어 있을 뿐 해당 토지의 상세 지적이 표시되지 아니하였으나, 쟁점실시계획고시의 지형도면에는 개발구역과 그 용도지역 경계 뿐 아니라 해당 토지의 상세 지적이 표시되어 있다. (라) 쟁점토지에 대한 토지이용계획확인서에는 해당 토지가 2014.7.7. 국토계획법 상 지구단위계획구역으로 지정된 것으로 기재되어 있다. (마) 쟁점도시개발사업 대상 토지 소유자가 그 토지의 용도지역 편입일에 대하여 한 질의에 OOO구청장은 “도시개발법제18조 제2항에 따라 도시개발사업의 실시계획을 고시한 경우 그 고시된 내용 중 국토계획법에 따른 도시·군관리계획이 결정되어 고시된 것으로 보고 있으므로, OOO구역의 용도지역 편입일은 실시계획인가 고시 시점[OOO 고시 제2014-147호(2014.7.7.)]으로 판단하여야한다.”고 회신하였다(OOO 도시개발과-2020.7.23.).

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO시장이 쟁점토지 일대에 대해 도시개발법에 따라 도시개발구역지정 및 개발계획 고시를 한 날에 쟁점토지가 주거지역으로 편입되었다는 이유로 그로부터 3년이 지나 양도된 쟁점토지는 8년 자경농지 감면대상이 아니라고 보아 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 도시개발법에 따라 도시개발사업이 시행되는 경우 그 사업부지가 주거지역으로 편입되는 날이 언제인지에 대하여 본다. 지정권자가 도시개발법에 따라 도시개발구역을 지정하려면 해당 구역에 대한 도시개발사업의 계획을 수립하여야 하고(제3조, 제4조), 그 개발계획에는 도시관리계획의 수립 또는 변경에 관한 사항을 포함하여야 하며(제5조, 같은 법 시행령 제8조 제1항 제13호), 도시개발구역이 지정·고시된 경우 해당 도시개발구역은 국토계획법에 따른 도시지역과 지구단위계획구역으로 결정되어 고시된 것으로 보고(제9조 제2항), 사업시행자가 도시개발사업에 관하여 작성한 실시계획을 지정권자가 인가하여 고시한 경우에는 그 고시내용 중 국토계획법에 따라 도시관리계획(지구단위계획포함)으로 결정되어야 하는 사항은 같은 법에 따른 도시관리계획이 결정되어 고시된 것으로 보는 것이며(제18조 제2항), 주거지역·상업지역·공업지역 등 도시지역의 용도지역 지정·변경은 도시관리계획으로 결정하며, 도시관리계획 결정은 그 고시가 된 날부터 5일 후에 그 효력이 발생한다(국토계획법 제31조, 제36조). 위 법령의 내용을 종합하면 시·도지사 등이 도시개발법에 따른 도시개발구역 및 개발계획을 지정·고시(쟁점개발구역지정등고시)한 단계에서는 그 도시개발구역이 국토계획법에 따른 도시지역과 지구단위계획구역으로 결정되는 것뿐이고, 시·도지사 등이 도시개발사업의 실시계획을 인가하고 고시하여야 용도지역 결정에 관한 도시관리계획 결정의 효력이 인정되는 것이므로, 도시개발법에 따른 도시개발사업으로 그 구역 내 토지가 주거지역 등에 편입되는 날은 시ㆍ도지사 등이 도시개발법에 따라 도시개발사업 실시계획을 인가하고 고시함으로써 국토계획법에 따른 도시관리계획의 효력이 발생한 날이라고 보아야 할 것이다(국심 2007서2801, 2007.11.7., 국토교통부 도시경제과-1598, 2017.7.11., 조세특례제한법 집행기준 69-66-25 등 참조). 그렇다면 이 건의 경우 쟁점도시개발사업으로 쟁점토지가 주거지역에 편입된 날은 OOO시장이 도시개발법에 따라 도시개발사업의 실시계획을 인가하고 고시(쟁점실시계획고시)한 날인 2014.7.7.로부터 5일 후로 보아야 하고, 청구인들은 쟁점토지가 주거지역 등에 편입된 날인 2014.7.12.부터 3년이 지나기 전인 2017.5.16. 쟁점토지를 양도하였으므로 처분청이 쟁점토지를 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지라고 보아 8년 자경농지감면을 부인하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다[조심 2021인2272․2274․2021중2273(병합) 2022.8.16. 같은 뜻임].

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한

  • 다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 일부개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부 개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. (단서 및 각목 생략)

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2009.12.29. 법률 제9861호로 일부개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "광역도시계획"이란 제10조에 따라 지정된 광역계획권의 장기발전방향을 제시하는 계획을 말한다.

2. "도시계획"이란 특별시·광역시·시 또는 군(광역시의 관할 구역에 있는 군은 제외한다. 이하 같다)의 관할 구역에 대하여 수립하는 공간구조와 발전방향에 대한 계획으로서 도시기본계획과 도시관리계획으로 구분한다.

4. "도시관리계획"이란 특별시·광역시·시 또는 군의 개발·정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지 이용, 교통, 환경, 경관, 안전, 산업, 정보통신, 보건, 후생, 안보, 문화 등에 관한 다음 각 목의 계획을 말한다.

  • 가. 용도지역·용도지구의 지정 또는 변경에 관한 계획
  • 나. 개발제한구역, 도시자연공원구역, 시가화조정구역, 수산자원보호구역의 지정 또는 변경에 관한 계획
  • 다. 기반시설의 설치·정비 또는 개량에 관한 계획
  • 라. 도시개발사업이나 정비사업에 관한 계획
  • 마. 지구단위계획구역의 지정 또는 변경에 관한 계획과 지구단위계획

5. "지구단위계획"이란 도시계획 수립 대상지역의 일부에 대하여 토지 이용을 합리화하고 그 기능을 증진시키며 미관을 개선하고 양호한 환경을 확보하며, 그 지역을 체계적·계획적으로 관리하기 위하여 수립하는 도시관리계획을 말한다. 제30조(도시관리계획의 결정) ① 시·도지사는 도시관리계획을 결정하려면 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하며, 국토해양부장관(제40조에 따른 수산자원보호구역의 경우 농림수산 식품부장관을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 도시관리계획을 결정하려면 관계 중앙행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다. 이 경우 협의 요청을 받은 기관의 장은 특별한 사유가 없으면 그 요청을 받은 날부터 30일 이내에 의견을 제시하여야 한다.

⑥ 국토해양부장관이나 시ㆍ도지사는 도시관리계획을 결정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 결정을 고시하고, 국토해양부 장관이나 도지사는 관계 서류를 관계 특별시장ㆍ광역시장ㆍ시장 또는 군수에게 송부하여 일반이 열람할 수 있도록 하여야 하며, 특별시장ㆍ광역시장은 관계 서류를 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 제31조(도시관리계획 결정의 효력) ① 도시관리계획 결정은 제30조 제6항에 따른 고시가 된 날부터 5일 후에 그 효력이 발생한다. 제31조(도시ㆍ군관리계획의 결정의 효력)(2013.7.16. 법률 제11922호로 개정되어 2014.1.17. 시행된 것) ① 도시・군관리계획 결정의 효력은 제32조 제4항에 따라 지형도면을 고시한 날부터 발생한다. 제32조(도시·군관리계획에 관한 지형 도면의 고시 등) ① 특별시장·광역시장·시장 또는 군수는 제30조에 따른 도시관리계획 결정이 고시되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지적(地籍)이 표시된 지형도에 도시관리 계획사항을 자세히 밝힌 도면을 작성하여야 한다. (단서 생략)

④ 국토해양부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 직접 지형도면을 작성하거나 지형도면을 승인한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사실을 고시하고, 국토해양부장관이나 도지사는 관계 서류를 관계 특별시장·광역시장·시장 또는 군수에게 송부하여 일반이 열람할 수 있도록 하여야 하며, 특별시장·광역시장 또는 대도시 시장은 관계 서류를 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 제36조(용도지역의 지정) ① 국토해양부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도지역의 지정 또는 변경을 도시관리계획으로 결정한다.

1. 도시지역: 다음 각 목의 어느 하나로 구분하여 지정한다.

  • 가. 주거지역: 거주의 안녕과 건전한 생활환경의 보호를 위하여 필요한 지역
  • 나. 상업지역: 상업이나 그 밖의 업무의 편익을 증진하기 위하여 필요한 지역
  • 다. 공업지역: 공업의 편익을 증진하기 위하여 필요한 지역
  • 라. 녹지지역: 자연환경·농지 및 산림의 보호, 보건위생, 보안과 도시의 무질서한 확산을 방지하기 위하여 녹지의 보전이 필요한 지역 제49조(지구단위계획의 구분) 지구단위계획은 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 제1종 지구단위계획: 토지 이용을 합리화·구체화하고, 도시 또는 농·산·어촌의 기능을 증진하며, 미관을 개선하고 양호한 환경을 확보하기 위하여 수립하는 계획

2. 제2종 지구단위계획: 계획관리지역이나 개발진흥지구를 체계적·계획적으로 개발하거나 관리하기 위하여 용도지역의 건축물, 그 밖의 시설의 용도·종류 및 규모 등에 대한 제한을 완화하거나 건폐율 또는 용적률을 완화하여 수립하는 계획 제51조(지구단위계획구역의 지정 등) ① 국토해양부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역의 전부 또는 일부에 대하여 제1종 지구단위계획구역을 지정할 수 있다.

1. 제37조에 따라 지정된 용도지구

2. 도시개발법 제3조 에 따라 지정된 도시개발구역

3. 도시 및 주거환경정비법 제4조 에 따라 지정된 정비구역

4. 택지개발촉진법 제3조 에 따라 지정된 택지개발예정지구

5. 주택법 제16조 에 따른 대지조성 사업지구

6. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 제5호 에 따른 산업단지(같은 법 제2조 제6호 가목에 해당하는 시설용지는 제외한다)

7. 관광진흥법 제70조 에 따라 지정된 관광특구

8. 개발제한구역·도시자연공원구역·시가 화조정구역 또는 공원에서 해제되는 구역, 녹지지역에서 주거·상업·공업지역으로 변경되는 구역과 새로 도시지역으로 편입되는 구역 중 계획적인 개발 또는 관리가 필요한 지역

9. 도시지역의 체계적·계획적인 관리 또는 개발이 필요한 지역

10. 그 밖에 양호한 환경의 확보나 기능 및 미관의 증진 등을 위하여 필요한 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역

③ 국토해양부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역에 대하여 제2종 지구단위계획구역을 지정할 수 있다.

1. 제36조에 따라 지정된 계획관리 지역으로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 지역

2. 제37조에 따라 지정된 개발진흥지구로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 지역 제52조(지구단위계획의 내용) ① 지구단위계획구역의 지정목적을 이루기 위하여 제1종 지구단위계획과 제2종 지구단위계획에는 다음 각 호의 사항 중 제2호부터 제4호까지 및 제7호의 사항을 포함한 넷 이상의 사항이 포함되어야 한다. 다만, 산업 및 유통개발 진흥 등 대통령령으로 정하는 목적으로 수립하는 제2종 지구단위계획에는 제2호와 제4호의 사항을 포함한 둘 이상의 사항이 포함되어야 한다.

1. 용도지역이나 용도지구를 대통령령으로 정하는 범위에서 세분하거나 변경하는 사항

2. 대통령령으로 정하는 기반시설의 배치와 규모

3. 도로로 둘러싸인 일단의 지역 또는 계획적인 개발·정비를 위하여 구획된 일단의 토지의 규모와 조성계획

4. 건축물의 용도제한, 건축물의 건폐율 또는 용적률, 건축물 높이의 최고한도 또는 최저한도

5. 건축물의 배치·형태·색채 또는 건축선에 관한 계획

7. 교통처리계획

8. 그 밖에 토지 이용의 합리화, 도시나 농·산·어촌의 기능 증진 등에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항 제53조(지구단위계획구역의 지정에 관한 도시관리계획 결정의 실효 등) ① 지구단위계획구역의 지정에 관한 도시관리계획 결정의 고시일부터 3년 이내에 그 지구단위계획구역에 관한 지구단위계획이 결정·고시되지 아니하면 그 3년이 되는 날의 다음날에 그 지구단위계획구역의 지정에 관한 도시관리계획 결정은 효력을 잃는다. 다만, 다른 법률에서 지구단위계획의 결정(결정된 것으로 보는 경우를 포함한다)에 관하여 따로 정한 경우에는 그 법률에 따라 지구단위계획을 결정할 때까지 지구단위계획구역의 지정은 그 효력을 유지한다.

② 국토해양부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 제1항에 따라 지구단위계획구역 지정이 효력을 잃으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 그 사실을 고시하여야 한다.

(4) 도시개발법(2011.4.14. 법률 제10599호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(도시개발구역의 지정 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 계획적인 도시개발이 필요하다고 인정되는 때에는 도시개발구역을 지정할 수 있다.

1. 특별시장·광역시장·도지사·특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)

2. 지방자치법 제175조 에 따른 서울특별시와 광역시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시의 시장(이하 "대도시 시장"이라 한다) 제4조(개발계획의 수립 및 변경) ① 제3조에 따라 도시개발구역을 지정하는 자(이하 "지정권자"라 한다)는 도시개발구역을 지정하려면 해당 도시개발구역에 대한 도시개발사업의 계획(이하 "개발계획"이라 한다)을 수립하여야 한다. (단서 생략) 제5조(개발계획의 내용) ① 개발계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 다만, 제13호와 제14호에 해당하는 사항은 도시개발구역을 지정한 후에 개발계획에 포함시킬 수 있다.

1. 도시개발구역의 명칭·위치 및 면적

2. 도시개발구역의 지정 목적과 도시개발사업의 시행기간

3. 도시개발구역을 둘 이상의 사업시행지구로 분할하여 도시개발사업을 시행하는 경우에는 그 지구 분할에 관한 사항

4. 도시개발사업의 시행자에 관한 사항

9. 환경보전계획

10. 보건의료시설 및 복지시설의 설치계획

11. 도로, 상하수도 등 주요 기반시설의 설치계획

12. 재원조달계획

13. 도시개발구역 밖의 지역에 기반시설을 설치하여야 하는 경우에는 그 시설의 설치에 필요한 비용의 부담 계획

14. 수용(收用) 또는 사용의 대상이 되는 토지·건축물 또는 토지에 정착한 물건과 이에 관한 소유권 외의 권리, 광업권, 어업권, 물의 사용에 관한 권리(이하 "토지등"이라 한다)가 있는 경우에는 그 세부목록

15. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제9조(도시개발구역지정의 고시 등) ① 지정권자는 도시개발구역을 지정하거나 제4조 제1항 단서에 따라 개발계획을 수립한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 관보나 공보에 고시하고, 대도시 시장인 지정권자는 관계 서류를 일반에게 공람시켜야 하며, 대도시 시장이 아닌 지정권자는 해당 도시개발구역을 관할하는 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장에게 관계 서류의 사본을 보내야 하며, 지정권자인 특별자치도지사와 관계 서류를 송부받은 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장은 해당 관계 서류를 일반인에게 공람시켜야 한다. 변경하는 경우에도 또한 같다.

② 도시개발구역이 지정·고시된 경우 해당 도시개발구역은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역과 대통령령으로 정하는 지구단위계획구역으로 결정되어 고시된 것으로 본다. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제49조 제2호 에 따른 제2종 지구단위 계획구역 및 같은 법 제37조 제1항 제8호에 따른 취락지구로 지정된 지역인 경우에는 그러하지 아니하다. 제10조(도시개발구역 지정의 해제) ① 도시개발구역의 지정은 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 날의 다음 날에 해제된 것으로 본다.

1. 도시개발구역이 지정·고시된 날부터 3년이 되는 날까지 제17조에 따른 실시계획의 인가를 신청하지 아니하는 경우에는 그 3년이 되는 날

2. 도시개발사업의 공사 완료(환지 방식에 따른 사업인 경우에는 그 환지처분)의 공고일

③ 제1항이나 제2항에 따라 도시개발구역의 지정이 해제의제 (解除擬制)된 경우에는 그 도시개발구역에 대한 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 용도지역 및 지구단위계획구역은 해당 도시개발구역 지정 전의 용도지역 및 지구단위계획구역으로 각각 환원되거나 폐지된 것으로 본다. (단서 생략) 제17조(실시계획의 작성 및 인가 등) ① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 도시개발사업에 관한 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여야 한다. 이 경우 실시계획에는 지구단위계획이 포함되어야 한다.

② 시행자(지정권자가 시행자인 경우는 제외한다)는 제1항에 따라 작성된 실시계획에 관하여 지정권자의 인가를 받아야 한다.

⑤ 실시계획에는 사업 시행에 필요한 설계 도서, 자금 계획, 시행 기간, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항과 서류를 명시하거나 첨부하여야 한다. 제18조(실시계획의 고시) ① 지정권자가 실시계획을 작성하거나 인가한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 관보나 공보에 고시하고 시행자에게 관계 서류의 사본을 송부하며, 대도시 시장인 지정권자는 일반에게 관계 서류를 공람시켜야 하고, 대도시 시장이 아닌 지정권자는 해당 도시개발구역을 관할하는 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장에게 관계 서류의 사본을 보내야 한다. 이 경우 지정권자인 특별자치도지사와 본문에 따라 관계 서류를 받은 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장은 이를 일반인에게 공람시켜야 한다.

② 제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우 그 고시된 내용 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 도시관리계획 (지구단위계획을 포함한다. 이하 같다)으로 결정하여야 하는 사항은 같은 법에 따른 도시관리계획이 결정되어 고시된 것으로 본다. 이 경우 종전에 도시관리계획으로 결정된 사항 중 고시 내용에 저촉되는 사항은 고시된 내용으로 변경된 것으로 본다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)