쟁점부동산의 양도시기는 수용개시일인 2020.7.2.이 아닌 손실보상금의 공탁일인 2020.6.26.로 보아소득세법 시행령제167조의10 제1항 제12호에 따라 쟁점부동산을 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택의 범위에서 제외하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
쟁점부동산의 양도시기는 수용개시일인 2020.7.2.이 아닌 손실보상금의 공탁일인 2020.6.26.로 보아소득세법 시행령제167조의10 제1항 제12호에 따라 쟁점부동산을 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택의 범위에서 제외하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.1.21. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분 은 소득세법제104조 제7항에 따른 중과세율 적용을 배제 하고 장기보유특별공제를 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정한
(1) 소득세법 시행령 제167조의10 은 조정대상지역의 공고가 있기 전 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 확인되는 경우 양도소득세 중과를 배제하고 있는데, 이는 조정지역으로 지정되기 전에 계약을 체결한 납세자가 불이익을 받는 것을 방지하기 위한 조항으로서, 이 건의 경우 수용을 원인으로 양도되어 계약서 및 계약금액이 별도로 존재하지 않음에도 해당 조항을 근거로 하여 양도소득세를 중과하는 것은 부당하다. (2) 쟁점부동산은 재개발사업인가(2019.5.7.) 이후 수용위원회 재결(2020.5.8.), 조정대상지역 지정(2020.6.19.), 수용개시(2020.7.2.), 보상금수령(2020.7.7.)이 이루어졌고, 쟁점부동산의 수용의 경우에는 수용위원회의 재결일(2020.5.8.)에 매매계약을 체결한 것으로 볼 수 있으며, 재개발사업은 허위거래가 있을 수 없어 계약금을 수령하지 않고 2020.7.7. 보상금 전액을 법에 따라 수령한 것으로서, 보상금이 다른 조정대상지역 공고일보다 며칠 늦게 지급되어 양도소득세를 중과하여 과세하는 것은 형평의 원칙에 어긋난다고 할 것이다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제104조(양도소득세의 세율) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항[제3호(같은 호 단서에 해당하는 경우를 포함한다)의 경우에는 제1항 제8호]에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항[제3호(같은 호 단서에 해당하는 경우를 포함한다)의 경우에는 제1항 제8호]에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지. 다만, 지정지역의 공고가 있은 날 이전에 토지를 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다.
4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다. 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택
12. 법 제95조 제4항에 따른 보유기간이 10년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점부동산이 수용된 OOO구역주택재개발사업의 진행경과는 아래 <표1>과 같다. <표1> OOO구역주택재개발사업의 진행경과 OOO (나) 청구인이 쟁점부동산을 양도(수용)한 당시 청구인 세대의 부동산 소유내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인 세대의 양도일 당시 부동산 소유내역 OOO (다) 청구인에 대한 쟁점부동산의 양도소득세 경정 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점부동산의 양도소득세 경정 내역 OOO (라) OOO구역주택재개발정비사업의 재결서(2020.5.8.)를 살펴보면, 정비사업 지정고시OOO후, 위 사업에 편입되는 토지의 취득 및 물건의 이전을 위하여 소유자 등과 협의하였으나, 보상금액 등의 협의가 성립되지 아니하여 수용재결을 신청하였고, 수용의 개시일은 2020.7.2.로 기재되어 있으며, 등기사항전부증명서에는 소유권이전등기 접수일이 2020.7.28.로 나타난다. (마) 청구인이 추가로 제출한 사실증명서에 따르면, 쟁점 조합은 피공탁자를 청구인으로 하여 2020.6.26. OOO법원에 OOO원을 공탁(공탁번호: 2020년 금 제7053호)한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피본다. (가)소득세법제104조 제7항 제1호 및 같은 법 시행령 제167조의10 제1항 제12호는 법 제95조 제4항에 따른 보유기간이 10년 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택에 대해서는 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택의 범위에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. (나) 처분청은 쟁점부동산의 양도시기가 수용개시일인 2020.7.2.이고 쟁점부동산의 양도가 조정대상지역에서의 1세대 2주택의 양도에 해당한다는 의견이나, 청구인은 쟁점부동산을 1979.2.1. 취득하여 그 보유기간이 10년 이상으로 나타나는 점, 토지의 수용에 따른 손실보상금의 합의가 이루어지지 않아 손실보상금을 공탁한 경우의 양도시기는 손실보상금의 공탁일로 보는 것인바(대법원 2005.5.13. 선고 2004두6914 판결 참조), 소송이 제기되거나 추가 보상금이 지급되지는 아니하였으므로 쟁점부동산의 양도시기는 수용개시일인 2020.7.2.이 아닌 손실보상금의 공탁일인 2020.6.26.로 보아 소득세법 시행령제167조의10 제1항 제12호에 따라 쟁점부동산을 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택의 범위에서 제외하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용 하고 장기보유특별공제 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.