청구인은 쟁점건물의 건축과 관련한 쟁점매입세액을 부가가치세 면세사업과 관련한 것으로 보아 불공제한 것은 위법･부당하다고 주장하나, 청구인이 기존에 운영하던 유치원의 사업자등록을 쟁점건물 소재지로 이전한 점, 쟁점건물에 대한 건축허가서상 쟁점건물의 용도가 교육연구시설(유치원)로 나타나는 점 등을 종합할 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
청구인은 쟁점건물의 건축과 관련한 쟁점매입세액을 부가가치세 면세사업과 관련한 것으로 보아 불공제한 것은 위법･부당하다고 주장하나, 청구인이 기존에 운영하던 유치원의 사업자등록을 쟁점건물 소재지로 이전한 점, 쟁점건물에 대한 건축허가서상 쟁점건물의 용도가 교육연구시설(유치원)로 나타나는 점 등을 종합할 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
(1) 처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세 면세사업과 관련한 것으로 보아 불공제한 것은 위법·부당하다. (가) 부가가치세법제26조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제36조 제1항 등에 따르면 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 학교(유치원 포함), 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체의 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 교육용역을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있고, OOO는 주무관청에 등록 또는 신고하지 아니한 학원, 강습소 등에서 지식, 기술 등을 가르치고 받는 대가는 부가가치세가 면제되는 교육용역에 해당되지 아니한다고 해석하고 있다. (나) OOO 등을 보면, 사업자가 부동산임대업 등 과세사업을 영위하기 위하여 근린생활시설 및 오피스텔을 신축하며 관련 매입세액을 전액 공제받은 후 오피스텔 중 일부를 주거용으로 임대하는 경우부가가치세법제10조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 과세된다고 결정한 것으로 나타나는바, 부가가치세 매입세액을 공제받은 후에 면세로 전용하면 그 때에 부가가치세가 과세됨을 알 수 있다. 따라서 최종적으로 사용시점을 기준으로 이와 관련한 판단을 하여야 한다. (다) 청구인이 쟁점건물을 건축할 당시 유치원 사업에 대한 인허가 여부가 불확실하였으므로 OOO이라는 상호로 비거용 건물 임대업, 부동산 개발 및 공급업을 영위업종으로 하는 과세사업을 계획하고 사업자등록을 하였고, 유치원에 대한 인허가증이 없어 쟁점건물을 사업장소재지로 하여 부가가치세 면세 사업자등록은 할 수 없었으며, 쟁점건물은 건축 도중에 국가에 수용(부가가치세 과세대상에서 제외)되었고, 쟁점건물에 대하여 OOO시청은 재산세 부과시 유치원에 대한 감면을 적용하지 아니하였으며, 유치원에 대한 전기료 감면도 받지 못하였다. (라) 청구인이 쟁점건물에서 유치원 등 부가가치세 면제대상인 사업에 대하여 인허가를 받아서 운영한다면 면세전용에 해당하므로 그 동안 환급받은 부가가치세 매입세액을 납부할 예정이었으나, 그 전에 쟁점건물이 국가에 수용되었고, 유치원 및 노유자 시설인 건물은 건축이 완공된 후에 관계기관에 인허가를 받아야 관련 용역에 대하여 부가가치세가 면제되므로 그 전에는 부가가치세 면제대상 여부가 확정된 것이 아니다. 따라서 유치원과 노유자 시설로 인허가를 받지 못한 쟁점건물의 건축과 관련한 쟁점매입세액을 부가가치세 면제대상 사업과 관련한 것으로 보아 불공제하는 것은 부당하다.
(2) 처분청이 위법한 중복조사를 하여 이 건 부가가치세를 부과하였으므로 이는 취소되어야 한다. (가) 처분청은 청구인이 2018년 제1기 부가가치세 환급신고를 하자 2018.8.23.부터 1주일간 쟁점건물에 대한 현장확인 조사를 실시한 결과, 미래에 유치원에 대한 인허가 여부가 불확실하므로 쟁점건물이 부가가치세 과세대상 사업과 관련한 것으로 보아 그 건축과 관련한 매입세액을 환급하면서 쟁점건물이 준공된 이후에 유치원 시설로 인허가를 받아 면세전용할 가능성을 염두에 두고 이를 사후관리하는 것으로 하여 조사종결을 하였고, 청구인은 처분청이 위 매입세액을 환급하자 이를 신뢰하여 이후에도 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하였다. (나) 그런데, 처분청은 사후관리할 변동사항이 없는 쟁점건물을 면세사업(유치원 등)과 관련한 것으로 보아 2020년에 재조사를 실시하여 2017년 제2기부터 2020년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안의 쟁점건물의 건축과 관련한 쟁점매입세액 전부를 불공제하여 이 건 부가가치세 부과처분을 하였다. (다) 처분청은 이 건의 경우 부가가치세 면세사업과 관련한 명백한 자료가 있으므로 재조사가 가능한 경우라는 의견이나, 해당 자료는 OOO이 청구인이 운영하던 OOO에 대하여 2016년 4월에 위치변경계획을 승인한 것인데, 이는 처분청이 2018.8.23.부터 1주일간 쟁점건물에 대한 현장확인 조사를 실시한 당시 조사공무원이 이미 확인하였던 자료이고, 위 승인은 기존건물 및 토지를 담보로 하는 부채를 모두 상환하기로 하는 조건부 승인이었으나, 청구인이 이를 변제할 능력이 없으므로 2020년에 쟁점건물이 수용될 당시까지도 조건부 승인의 요건을 갖추지 못하여 결국 유치원에 대한 인허가를 받지 못하였다. (라) 대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결에 의하면, 현장확인 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 세무조사로 보아야 한다 고 판시한 바 있다. (마) 처분청은 청구인의 조세탈루혐의에 관한 명백한 추가 자료 없이 동일 세목, 동일 과세기간에 대하여 동일한 자료에 기하여 세무공무원이 개인적인 판단을 하여 위법한 중복조사를 하였으므로 이 건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.
(1) 쟁점건물을 건축할 당시 관련 매입세액이 공제대상에 해당하는지 여부는 그 매입 당시의 목적과 경위 등을 종합적으로 살펴서 판단하여야 한다. (가) 어떠한 매입이 부가가치세 과세사업과 관련한 것으로서 매입세액 공제대상에 해당하는지 여부는 해당 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 종합적으로 고려하여 개별적으로 판단하여야 하는 것이고(대법원 2013.5.9. 선고 2010두15902 판결 등 참조), 납세자가 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 경우라면 국세기본법제14조에 따라 실질에 따라 과세하여야 하는 것인바, 청구인이 운영할 유치원 건물을 건축하면서 사업자등록을 부가가치세 과세사업을 영위하는 것으로 하였다 하여 이를 그대로 인정할 수는 없는 것이다. (나) 부가가치세 납세의무는 과세기간이 종료한 때에 성립하고, 과세대상인 매출세액과 공제대상인 매입세액의 범위는 과세기간이 종료한 때를 기준으로 특정되는 것이므로 면세사업에 관련된 매입세액의 범위 역시 과세기간이 종료한 때를 기준으로 그 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 고려하여 판단하여야 하는 것이고, 통상적으로 매입은 매출에 앞서 발생하는 거래라는 점에서도 어떠한 매입이 부가가치세 과세대상 사업과 관련한 것인지 여부는 매입당시의 목적에 따라 판단하여야 하는 것이지 청구주장과 같이 추후 유치원에 대한 인허가를 득하지 못하면 면세사업을 영위하지 못할 가능성이 있다는 사유만으로 관련 매입세액을 부가가치세 과세사업과 관련한 것으로 보아 공제할 수는 없는 것이다. (다) 청구인의 경우 기존에 운영하던 OOO의 사업자등록을 쟁점건물 소재지로 이전하였고, 쟁점건물에 대한 건축허가서상 쟁점건물의 용도는 모두 교육연구시설(유치원)로 나타나며, 청구인이 OOO에 쟁점건물로 OOO 위치변경계획승인을 신청하여 이에 대한 승인이 이루어진 사실이 있고, 청구인이 처분청에 제출한 소명서 및 쟁점건물의 수용과 관련하여 감정평가사에게 제출한 탄원서에도 쟁점건물의 건축이 OOO의 이전 및 유치원 운영을 위한 것인 사실이 나타나므로 쟁점건물은 유치원 시설로 건축된 것임이 명백하다 할 것이다. (라) 그리고, 유아교육법제8조 및 고등학교 이하 각급 학교 설립ㆍ운영 규정 제7조에 따라 교사 및 교지는 해당 학교를 설립ㆍ경영하는 자의 소유가 되어야 하여 유치원 건물 및 부수토지를 임차하여 유치원을 운영하는 것은 금지되고, 요양원도 일부 예외적인 경우를 제외하고는 마찬가지인바, 청구인이 쟁점건물을 임대사업에 공할 목적으로 건축하였다고 볼 수도 없다. (마) 이 건과 유사한 법원의 판례를 보면, 납세자가 지하 2층, 지상 1층은 영유아보육시설로, 지상 2층부터 4층까지는 종교시설로 건축허가를 받고, 부동산임대업으로 사업자등록을 한 후, 건물의 신축과 관련한 매입세액을 공제받은 사건에 대하여 해당 건물은 면세사업 대상인 종교사업에 제공된 건물이기 때문에 납세자가 건물을 취득하였을 때부터 건물 취득가액에 대한 부가가치세를 환급받을 수 없고, 추후 임대업 사업자등록을 폐업하고 환급받은 부가가치세를 납부하였다고 하더라도 환급을 받은 것 자체가 처음부터 잘못된 것이라고 판시되어 있다(OOO법원 2017.9.19. 선고 2017구합228 판결, OOO법원 2018.2.14. 선고 2017누11506 판결 등 참조). (바) 또한, 쟁점건물이 소재한 지역이 OOO A노선 민간투자사업의 사업시행지역에 포함되어 2018.12.31. OOO고시 제2018-932호에 의해 수용대상으로 고시되었는바, 그 이후에 발생한 매입은 부가가치세 과세사업과 관련된 것으로 인정하기 더욱 어렵다.
(2) 처분청의 이 건 현장확인은 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그친 사안으로 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 않으며, 신의성실의 원칙에 위반되지도 않는다. (가) 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 세무조사로 보아야 할 것이지만(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결 등 참조), 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부에 대한 단순한 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 않는다. (나) 이 건의 경우 처분청은 단순히 사실관계를 확인한 것 외에 상당한 시일에 걸쳐 청구인 등을 접촉하여 질문하거나 일정한 기간 동안에 장부·서류·물건 등을 검사·조사한 사실이 없으므로 재조사가 금지되는 세무조사를 한 것으로 볼 수 없다. (다) 또한, 처분청이 당초 부가가치세를 환급한 것은 관련 매입세액 공제와 관련한 공적인 견해표명에 해당하지 않고, 쟁점매입세액을 공제받은 것에 대하여 청구인에게 귀책이 없다고 볼 수도 없으므로 처분청이 신의성실의 원칙을 위배한 것으로 볼 수도 없다.
① 쟁점건물의 신축과 관련한 부가가치세 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
② 처분청이 위법한 중복조사를 하였는지 여부
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.
4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것
③ 제1항 제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
3. 도시 및 주거환경정비법,공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우 제36조【면세하는 교육 용역의 범위】① 법 제26조 제1항 제6호에 따른 교육 용역은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 학교, 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체 (3) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의14 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 국세기본법 시행령 제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우
3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우 (5) 유아교육법 제8조【유치원의 설립 등】① 유치원을 설립하려는 자는 시설·설비 등 대통령령으로 정하는 설립기준을 갖추어야 한다.
② 사립유치원을 설립하려는 자는 교육감의 인가를 받아야 한다.
(6) 고등학교 이하 각급 학교 설립·운영 규정 제7조【사립학교 교사 및 교지의 소유주체 등】① 사립인 각급학교의 교사 및 교지는 해당 학교를 설립ㆍ경영하는 자(이하 "설립주체"라 한다)의 소유이어야 한다. 다만, 사립인 유치원의 설립주체가 협동조합 기본법 제2조 제3호 에 따른 사회적협동조합인 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 소유하는 시설ㆍ건축물 또는 토지를 그 유치원의 교사 또는 교지로 사용할 수 있다.
3. 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조 부터 제6조까지의 규정에 따라 지정ㆍ고시된 공공기관
4. 지방자치단체 출자ㆍ출연 기관의 운영에 관한 법률 제5조 에 따라 지정ㆍ고시된 출자ㆍ출연 기관
(1) OOO 전산자료에 의하면, 청구인은 2002.4.17. OOO에서 OOO(부가가치세 면세사업자)을 개원하였고, 위 유치원 부지 및 건물은 2013년 6월에 수용된 이후인 2015.7.31. 그 사업장소재지를 OOO로 변경하는 사업자등록정정신고를 한 것으로 나타난다.
(2) 쟁점건물①은 연면적 OOO이고, 2015.11.10. 교육연구시설(유치원)로 건축허가가 이루어졌으며, 건축물대장상 교육연구시설(유치원)로 등재되어 있고, 사용승인일자는 2019.9.11.이다.
(3) 쟁점건물②는 1∼4동 합계 연면적이 OOO이고, 2015.1.13. 교육연구시설(유치원)로 건축허가가 이루어졌으며, 2018.11.1. OOO에 노유자시설(요양원)로 용도변경 신고를 하여 건축물대장상 노유자시설(요양원)로 등재되어 있고, 사용승인일자는 2019.4.5.이다.
(4) OOO의 공문OOO을 보면, 청구인이 2016년 4월에 기존의 OOO 위치 변경계획승인을 신청하여 같은 달 승인을 받은 것으로 나타나고, 변경 전의 위치는 OOO이었으며, 변경 후의 위치는 같은 시 OOO인 것으로 나타난다.
(5) 청구인이 2020.11.19. 처분청에 제출한 소명서를 보면, “OOO은 쟁점건물을 신축하여 주무관청에 허가 또는 인가를 받아서 유치원 건물로 사용하려고 하였으나 준공 전에 국가에 수용되었음”이라고 기재되어 있다.
(6) 청구인은 쟁점건물의 수용과 관련하여 2020년 11월에 감정평가사에게 제출한 탄원서를 보면, 쟁점건물의 건축이 OOO의 이전 및 운영을 위한 것이라는 사실이 나타난다.
(7) 처분청은 2018.8.23.부터 2018.8.29.까지의 기간 동안 청구인의 2018년 제1기 부가가치세 환급신고와 관련하여 현장확인을 실시한 후, 유치원 사업 등 면세전용 혐의에 대한 사후관리를 위해 과세자료를 생성한 후, 청구인이 환급신고한 부가가치세액을 환급한 바 있다.
(8) 처분청은 위 과세자료 처리를 위하여 2020.11.5.부터 2020.11.13.까지의 기간 동안 쟁점건물에 대한 현장확인을 실시한 후, 쟁점건물의 건축과 관련한 쟁점매입세액을 부가가치세 면세사업과 관련한 것으로 보아 불공제하여 이 건 부가가치세 부과처분을 하였다.
(9) 처분청이 2020.11.5.부터 2020.11.13.까지 쟁점건물에 대한 현장확인 당시 청구인의 사무실·사업장·주소지 등에서 청구인을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사한 사실이 나타나는 증거자료가 우리 원에 제출된 바 없다.
(10) 청구인이 제출한 항변서상 추가된 주요 주장내용을 보면, 처분청이 제시한 판례는 이 건과 쟁점이 다르거나 건물을 건축할 당시 부가가치세 면세사업자로 사업자등록이 가능함에도 과세사업을 하는 것으로 하여 이를 위한 건물의 신축과 관련한 매입세액으로 하여 공제받은 사안 등에 대한 것이어서 사실관계가 다르고, 청구인은 쟁점건물의 수용을 거부하는 탄원서를 관련 기관에 제출하였으며, 최종적으로 수용에 따른 보상금을 수령할 때까지 미래에 어찌될지 알 수 없으므로 쟁점건물의 건축을 중단하지 않고 계속한 것이라는 등의 내용이 기재되어 있다.
(11) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 건축과 관련한 쟁점매입세액을 부가가치세 면세사업과 관련한 것으로 보아 불공제한 것은 위법·부당하다고 주장하나, 청구인이 기존에 운영하던 OOO의 사업자등록을 쟁점건물 소재지로 이전한 점, 쟁점건물에 대한 건축허가서상 쟁점건물의 용도가 교육연구시설(유치원)로 나타나는 점, 청구인이 OOO에 쟁점건물로 OOO 위치변경계획승인을 신청하여 이에 대한 승인이 이루어진 사실이 있는 점, 청구인이 쟁점건물의 수용과 관련하여 감정평가사에게 제출한 탄원서상에도 쟁점건물을 OOO의 이전 및 유치원 운영을 목적으로 건축한 사실이 나타나는 점, 쟁점건물②는 2018.11.1. OOO에 노유자시설(요양원)로 용도변경 신고가 되어 건축물대장상 노유자시설(요양원)로 등재되어 있으나, 이를 운영하는 사업도 부가가치세 면세사업에 해당하는 점 등을 종합할 때, 쟁점①과 관련한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 위법한 중복조사를 하고 신의성실의 원칙을 위배하여 이 건 부가가치세를 부과하였으므로 취소되어야 한다고 주장하나, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부에 대한 단순한 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 않는다 할 것인바, 처분청은 쟁점건물과 관련한 단순한 사실관계를 확인한 것 외에 상당한 시일에 걸쳐 청구인 등을 직접 접촉하여 질문하거나 일정한 기간 동안에 청구인의 장부 등을 검사·조사한 사실이 없으므로 처분청이 금지되는 재조사를 한 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 당초 부가가치세를 환급하였던 것을 관련 매입세액 공제와 관련한 공적인 견해표명으로 보기 어려우므로 이 건 부가가치세 부과처분이 신의성실의 원칙을 위배한 것으로 보기도 어려운 점 등을 종합할 때, 쟁점②와 관련한 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다
결정 내용은 붙임과 같습니다.