조합원입주권에 대한 양도소득을 계산함에 있어서 장기보유특별공제액에 관리처분계획 인가 후의 양도차익 상당액도 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1987.3.3. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중, 2015.1.27. 종전주택이 재건축정비사업 관리처분계획 인가로 재건축아파트를 취득할 수 있는 권리(이하 “쟁점조합원입주권”이라 한다)로 변경되었고, 2018.3.12. 쟁점조합원입주권을 OOO원에 양도한 후, 2018.5.23. 양도가액 9억원 초과분의 양도차익 (OOO원)에 대하여 전체 보유기간 양도차익의 80% 상당인 OOO원을 장기보유특별공제로 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 이후 2020.9.7. 청구인은 OOO청장의 처분청에 대한 감사와 관련한 해명안내에 따라 위 양도차익에 대하여 관리처분계획 인가 전 양도차익의 80% 상당인 OOO원만을 장기보유특별 공제로 적용하여 양도소득세 OOO원을 수정신고 ㆍ납부하였다.
• 다. 이후 2020.11.20. 청구인은 쟁점조합원입주권이 주택으로 의제된다는 이유로 당초 신고한 대로 전체 보유기간의 양도차익으로 산출된 장기보유특별공제를 적용하여 수정신고ㆍ납부한 세액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.1.18. 재건축정비사업의 장기보유특별공제의 적용시 관리처분계획 인가 후의 양도차익이 제외된다는 이유로 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.4.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 장기보유특별공제의 적용시 관리처분계획 인가 후의 양도차익 상당액도 포함하여야 한다. 조합원입주권 양도와 관련하여 장기보유특별공제의 적용시 ‘관리처분 계획 인가 전의 양도차익’으로 한정되는 것은 소득세법 시행령 제155조 제17항 의 요건을 충족하지 못하여 같은 법 제94조 제1항 제2호의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하는 경우로 보아야 하고, 같은 법 시행령 제155조 제17항의 요건을 충족하는 경우에는 같은 법 제94조 제1항에 따른 자산인 주택으로 의제되어 같은 법 시행령 제154조 제1항의 1세대 1주택이 적용되어서 같은 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제의 적용시 조합원입주권에 대한 제한이 적용되는 것으로 볼 수 없는데도, 처분청이 쟁점조합원입주권의 양도에 대하여 장기보유특별공제의 적용시 관리처분계획 인가 전의 양도차익 상당액만으로 한정된다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법ㆍ부당하다. (2) 설령 쟁점조합원입주권에 대하여 소득세법 제95조 제2항 에 따라 장기보유특별공제의 적용시 관리처분계획인가 전의 양도차익으로 한정하여야 한다 하더라도, 처분청은 청구인의 당초 신고를 정당한 것으로 보았다가 감사 지적을 받은 후에야 청구인으로 하여금 수정신고를 하도록 납세안내를 하였고, 그렇다면 청구인이 당초 신고시 위 조항을 적용하지 못한 것을 청구인의 귀책으로만 볼 수 없으므로 청구인에게 수정신고 당시 적용된 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 장기보유특별공제의 적용시 관리처분계획 인가 후의 양도차익 상당액을 제외하여야 한다. 소득세법 제95조 제2항 에서 조합원입주권의 장기보유특별 공제의 대상을 ‘관리처분계획 인가 전 양도차익’으로 한정하도록 명확히 규정하고 있고, 같은 법 제100조 및 같은 법 시행령 제166조에서 조합원입주권에 대한 양도차익을 계산할 때 관리처분계획 인가 전ㆍ후의 양도차익으로 구분하도록 규정하고 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점조합원입주권의 양도소득을 계산함에 있어서 장기보유특별공제의 적용시 관리처분계획 인가 전의 양도차익으로만 그 대상금액을 산정하여야 하므로 처분청에서 해당 장기보유특별 공제의 적용대상에 관리처분계획 인가 후의 양도차익 상당액을 포함한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법ㆍ정당하다. (2) 청구인이 당초 신고시 소득세법 제95조 제2항 을 잘못 해석ㆍ적용하여 관리처분계획 인가 후의 양도차익을 포함하여 장기보유특별공제를 계산한 것은 이 건 과세처분에 명백한 하자가 있지 않은 이상 청구인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 경우로 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 조합원입주권에 대한 양도소득을 계산함에 있어서 장기보유특별공제액에 관리처분계획 인가 후의 양도차익 상당액도 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. (단서 생략) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도 자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표 2 제100조(양도차익의 산정) ④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 일부개정 되기 전의 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우"란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도 차익”이라 한다) + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 – 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전의양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)] × [(기존건물과 그 부수토지 의 평가액 - 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ]

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획등인가전양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구인은 1987.3.3. 종전주택을 취득하여 보유하던 중, 2015.1.27. 종전주택이 재건축정비사업 관리처분계획 인가로 쟁점조합원입주권으로 변경되었고, 2018.3.12. 쟁점조합원입주권을 OOO원에 양도한 후, 2018.5.23. 양도가액 9억원 초과분의 양도차익(OOO원)에 대하여 전체 보유기간 양도차익의 80% 상당인 OOO원을 장기보유특별공제로 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다가, 2020.9.7. OOO청장의 처분청에 대한 감사와 관련한 해명안내에 따라 위 양도차익에 대하여 관리처분계획 인가 전 양도차익의 80% 상당인 OOO원만을 장기보유특별 공제로 적용하여 양도소득세 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였다. (나) 청구인은 2020.11.20. 쟁점조합원입주권이 주택으로 의제된다는 이유로 당초 신고한 대로 전체 보유기간의 양도차익으로 산출된 장기보유특별공제을 적용하여 수정신고ㆍ납부한 세액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.1.18. 재건축정비사업의 장기보유특별공제의 적용시 관리처분 계획 인가 후의 양도차익이 제외된다는 이유로 이를 거부하였다. (2) 2013.1.1. 법률 제11611호로 일부개정된 소득세법 제95조 제2항 에 대한 ‘2012년 간추린 개정세법’에 의하면, 종전에는 장기보유특별공제가 토지ㆍ건물에만 적용되고 부동산을 취득할 수 있는 권리에 대해서는 적용되지 아니하였으나, 위 개정시 ‘재개발ㆍ재건축 관리처분계획 인가 시점에서 주택을 보유한 자가 추후 조합원입주권 양도시 멸실 전 주택분 양도차익에 대해서는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것이므로 조합원입주권의 관리처분 계획 인가 전의 양도차익 부분에 대하여 장기보유특별공제를 적용하기로 한 것’으로 나타난다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 관리처분계획인가 전․후의 쟁점조합원입주권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 법문대로 해석하여야 하고 감면요건에 관한 규정 중 특혜라고 볼 수 있는 부분의 해석은 엄격하게 하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점(대법원 2017.5.31. 선고 2017두36311 판결 참조), 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정ㆍ시행된 소득세법 제95조 제2항 에 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 적용은 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다고 명시되어 있는 점(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 가산세는 적정한 과세를 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액 납부의 의무를 부과하고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상 제재로, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 이를 부과할 수 없는 점(대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330 판결 등 참조), 소득세법 제95조 제2항 이 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정ㆍ시행되고 있고, 쟁점조합원입주권의 양도(2015.1.27.) 이전에 법원도 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용한다는 취지로 판시(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결)한 점 등에 비추어 볼 때, 해당 청구인의 주장도 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.