쟁점오피스텔의 도급공사금액 및 분양가액에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 100/110을 부가가치세 과세표준으로 하여야 하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 종합건설업을 영위하는 법인사업자로, 공부상 업무시설로 건축허가 및 사용승인 받은 오피스텔의 공사매출(59호) 및 분양매출(66호)(공사매출 및 분양매출분 오피스텔을 합하여 이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)에 대해 조세특례제한법 (이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제4호 소정의 부가가치세 면제되는 국민주택 및 그 건설용역의 공 급으로 보아 부가가치세 신고를 하지 아니하고 면세매출로 신고하였다.
• 나. OOO국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.8.26.부터 2020.11.3.까지 청구법인의 2015〜2019사업연도를 대상으로 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점오피스텔의 시공․분양공급을 부가가치세 과세대상으로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였고 처분청은 이에 따라 2021.1.12. 청구법인에게 <표1>과 같이 2016년 제1기〜2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2015〜2019사업연도 법인세 합계 0 OOO원을 각각 경정․고지하였다. <표1> 부가가치세 및 법인세 경정․고지내역 OOO
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점오피스텔은 사실상 주거용으로 사용하기 위해 건축되었고 전용면적 85㎡ 미만으로서 국민주택규모 이하인 주택에 해당하므로 조특법 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 재화 및 용역 공급에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(2) 부가가치세법 제29조의 입법취지 및 간접세(부가가치세) 제도의 기본원리에 의하면 이 건 처분은 부당하다. 부가가치세법 제29조 제3항 에 따르면 부가가치세는 과세표준에 포함하지 않는 것이며 여기서 부가가치세는 당해 거래와 관련하여 납세자가 부담하는 부가가치세를 모두 지칭하는 것으로서 ① 공급자가 거래 징수한 부가가치세 또는 ② 과세관청에서 사후에 부과한 부가가치세가 모두 해당되는 포괄적 의미로 보아야 하므로 청구법인의 부가가치세 과세표준 산정 시 사후에 과세관청에서 부과할 부가가치세도 과세표준에서 제외하여야 한다. (가) 처분청은 법원OOO의 ‘재화를 공급하고 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않다면 그 대가가 공급가액으로서 과세표준에 해당한다’는 취지의 판결을 토대로 이 건 부가가치세 처분이 정당하다는 의견이나, 부가가치세는 간접세로서 조세의 부담을 최종 소비자에게 부담시키는 조세인바, 위 판례는 부가가치세를 최종 소비자가 아닌 공급자에게 부담시킨 결과로서 경제적 실질이 부가가치세의 입법취지에 위배되는 판결이고 공급자가 실수로 또는 의도적으로 부가가치세 과세대상 재화의 거래 시에 부가가치세 명목의 대가를 받지 않았을 경우에는 부가가치세에 해당되는 금액만큼 할인하여 거래하였다고 보는 것이 실질과세원칙에 비추어 타당하다. 공급자가 면세 재화로 보아 부가가치세를 받지 아니한 것과 통상가격에서 110분의 100을 할인하여 공급한 것은 거래의 실질이 동일한 것으로 보아야 하고, 거래금액의 결정은 당사자 간에 자유로이 결정할 수 있는 것이 헌법에서 보장하는 권리이며 공급자(납세의무자)가 공급 시 부가가치세를 받았는지 여부를 확인하여 과세행정을 집행해야 하는 제도라면 이는 국민의 경제활동에 국가가 지나치게 간섭하는 것으로 기본권 침해에 해당될 뿐만 아니라 간접세 제도의 기본 원리에도 맞지 않으므로 거래조건에 관계없이 최종소비자가격에 부가가치세가 포함된 것으로 보아야 한다. (나) 처분청은 부가가치세 집행기준 29-0-4 제3항을 근거로 이 건 과세가 타당하다는 의견이나, 본 규정은 2018.8.22. 개정시 신설 추가된 규정이므로 그 이전의 거래에 대하여 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배되고 부가가치세법 기본통칙 29-61-1에서 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우 거래금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있으므로 과세재화를 면세재화로 오인으로 인하여 공급가액과 세액을 별도로 표시하지 않았다면 거래금액의 110분의 100을 공급가액으로 결정하여야 하고 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우란 별도 표시라는 객관적인 기준에 의하여도 판단하기 어려운 경우에 대비하여 규정한 것이므로 거래증빙서류나 당사자 간의 계약에서 공급가액과 세액을 별도로 표시하지 않았다면 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우로 보아 거래금액의 110분의 100을 공급가액으로 결정하여야 한다. (다) 이 건 처분은 공급가액과 부가가치세를 모두 수취하고 의도적으로 매출을 누락한 탈세자의 과세표준은 받은 대가에서 부가가치세를 차감한 금액을 과세표준으로 하고 과세거래를 면세거래로 오인하여 거래한 사업자는 받은 대가 전액을 과세표준으로 하게 되는 결과를 초래하는바, 이는 과세의 공평을 침해하는 것일 뿐만 아니라 납세의무자의 성실납세를 저해하는 것이다. 청구법인은 쟁점오피스텔을 주거전용으로 건축한 것이고 청구법인과 매수인은 분양계약 체결 시 이를 주거용으로만 사용하기로 약정하였으며 분양계약서에도 주택으로 표시하였고, 만약에 분양 이후에 과세관청에서 이를 업무시설로 보아 부가가치세를 과세할 경우에는 분양자인 청구법인이 부담하기로 약정하였는바, 이와 같이 청구법인이 분양한 가액에는 청구법인에게 차후에 과세될지 모르는 부가가치세를 부담해야 하는 의무가 포함되어 있었으므로 분양가에 포함된 부가가치세를 차감하지 아니한 것은 부당하고 청구법인이 수주한 오피스텔 도급공사는 도급공사 계약서상 총 도급금액만 표시되어 있을 뿐 공급가액과 세액이 별도로 표시되어 있지 아니하므로 부가가치세법 기본통칙 29-61-1의 규정에 의하여 총 도급가액의 110분의 100으로 과세표준을 결정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 최근 법원OOO은 공급 당시 공부상 용도가 ‘업무시설’인 ‘오피스텔’이 그 규모가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부와 관계없이 이 사건 면세조항의 ‘국민주택’에 해당한다고 볼 수 없으며 면세조항의 적용대상이 될 수 없는 ‘오피스텔’에 해당하는지 여부는 원칙적으로 공급 당시의 공부상 용도를 기준으로 판단함이 타당하다고 판결한바, 쟁점오피스텔의 경우 공급 당시 공부상 용도가 ‘오피스텔’에 해당하여 주택법에 따른 주택에 해당하지 않으 므로 쟁점오피스텔을 부가가치세 과세대상으로 본 이 건 처분은 정당하다. (2) 부가가치세법 제29조 제3항 에 따르면 공급가액은 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되 부가가치세는 포함하지 아니한다고 규정하고 있고 부가가치세법 제29조 제7항 에 따르면 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점오피스텔 분양공급 및 공사용역 공급을 면세매출로 오인하여 도급공사 계약금액과 분양계약서상 대금총액에 대하여 계산서를 발행하고 대금을 수수하였고 이는 대금수수액에 부가가치세가 포함되어 있지 않음이 명백하여 부가가치세법 제29조 제7항 의 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에 해당하지 않고 과세관청에서 사후에 부과할 부가가치세를 미리 차감하여 공급가액을 산정하여야 한다는 청구법인 주장도 타당하지 않다. (가) 법원OOO은 납세자가 거래시 부가가치세를 납부할 의사가 없이 과세대상 물품 거래시에는 부가가치세가 제외한 금액으로 거래한 것으로 보아야 한다고 판결한바, 동 판결은 부가가치세법을 확장․유추해석한 판결이 아니다. 또한, 청구법인은 과세 재화 공급시 부가가치세를 실수 또는 고의로 수수하지 않은 경우 부가가치세만큼 할인하여 거래한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 부가가치세는 재화나 용역이 생산·제공되는 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하여 부과하는 조세로써 청구법인의 주장대로 거래 당시 부가가치세를 수수하지 않은 경우 공급자가 창출한 부가가치와 무관하게 일괄적으로 부가가치를 할인하여 과세한다면 이는 실질과세원칙에 위배되는 것이다. 쟁점오피스텔 도급자와 수분양자들은 당초 면세로 오인하여 면세 재화·용역의 공급 계약을 체결 후 청구법인으로부터 계산서를 수취하고, 청구법인에게 부가가치세가 포함되지 않은 대가를 지급한 것으로 조사청은 계약당사자 간 면세재화 거래조건을 존중하였고 부가가치세 기본통칙에 따라 부가가치세 징수여부에 관계없이 과세요건이 충족된 거래에 대하여 납세의무자에게 부가가치세를 과세하여 청구법인의 기본권을 침해한 바 없으므로 처분청의 과세는 간접세제도에 위배되지 아니한다. (나) 청구법인은 2018.8.22. 부가가치세 집행기준 개정 시 추가된 29-0-4 규정을 그 이전 거래에 적용하는 것을 소급과세금지원칙에 위배되는 것이라 주장하나, 처분청은 부가가치세법 제29조 에 따라 과세표준을 산정한 것이고 2018.8.22. 신설된 부가가치세 집행기준 29-0-4는 대법원 판례, 심판례 및 해석례 등을 반영하여 부가가치세법을 구체적으로 기술한 것이다. 이 건 처분은 신설된 집행기준을 인용한 것으로 거래대금에 부가가치세가 포함되어 있지 않은 것이 명백한 경우 부가가치세법 제29조 제7항 에 따라 공급의 대가로 받은 금액이 공급가액으로서 과세표준이 되는 것인바, 부가가치세가 포함되어 있지 않은 계산서 교부금액을 현장별 도급공사 공사면적비율 및 분양매출을 토지·건물 기준시가 비율로 안분하여 부가가치세 공급가액을 계산한 것은 정당하다. (다) 청구법인은 이 건 처분결과 의도적으로 부가가치세를 탈세하는 사업자는 받은 대가에 110분의 100을 과세표준으로 하게 되고 과세거래를 면세거래로 오인하여 거래한 사업자는 받은 대가 전액을 과세표준으로 하여 이는 형평성에 어긋난다고 주장하나, 의도적으로 부가가치세를 탈세하는 사업자에 대하여 일괄적으로 받은 대가에 110분의 100을 과세표준으로 계산하는 것이 아니라 받은 대가에 부가가치세 포함되었는지를 거래 당시 계약서 및 거래증빙 등에 따라 판단하여 과세표준을 산정하며 면세거래로 오인한 경우에는 거래 당시 부가가치세를 징수하지 않음이 명백하므로 이 건 처분은 면세로 오인하여 거래한 사업자에 대해 차별하여 과세하는 것이 아니며 형평성에 어긋나지 않는 것이다. 청구법인은 계속하여 분양계약 당시 과세관청에서 쟁점오피스텔을 업무시설로 보아 부가가치세를 과세할 경우에는 분양자인 청구법인이 부담하기로 약정하였다고 주장하나 이에 대한 관련 근거서류는 제출한 바 없고 조사청이 세무조사 당시 예치한 분양계약서와 분양계약서 전산파일에는 부동산 인도일부터 발생한 조세공과금은 수분양자에게 귀속하는 것으로 약정하였으며 부가가치세 부담 약정 유무와 별개로 청구법인이 당초 면세거래로 인식하여 수수한 분양가액과 도급공사 계약금액은 부가가치세가 포함된 금액이 아니므로 처분청에서 청구법인이 계약시 공급가액만 수수한 것으로 보고 납세의무자인 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 업무시설로 허가받은 쟁점오피스텔의 신축·분양이 조특법상 부가가치세 면제 대상에 해당하는지 여부

② 쟁점오피스텔의 도급공사금액 및 분양가액에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 100/110을 부가가치세 과세표준으로 하여야 하는지 여부

• 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가

⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (3) 조세특례제한법 시행령 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 제51조의2(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례) ③ 법 제55조의2 제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란 주택법에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

(4) 주택법 제2조(정의) 이법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다. 1의2. "준주택"이란 주택 외의 건축물과 그 부속토지로서 주거시설로 이용가능한 시설 등을 말하며, 그 범위와 종류는 대통령령으로 정한다.

2. "공동주택"이란 건축물의 벽·복도·계단이나 그 밖의 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다.

3. "국민주택"이란 주택도시기금법에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다. 이하 "국민주택규모"라 한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2002.6.3. 개업 이후 공동주택 및 오피스텔·상가 신축공사 및 분양업을 영위하고 있고 2016∼2019년 청구법인이 시공 또는 분양한 건축물 중 쟁점오피스텔이 포함된 건축물 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점오피스텔이 포함된 건축물 현황 OOO (나) 청구법인이 건설용역을 제공한 AAA의 도급자는 BBB 외 4인으로 이들은 공동사업약정서를 작성 후 청구법인과 도급계약을 체결하였는데 그 구성원은 아래 <표3>과 같고 OOO의 도급자인 ㈜CCC는 청구법인의 대표이사 및 특수관계자가 100% 지분을 보유한 법인으로 그 주주내역은 아래 <표4>와 같은바, 조사청은 청구법인의 회계․총무직원이 ㈜CCC의 분양업무를 동시에 담당하였다는 의견이다. <표3> AAA 도급자의 구성원 내역 OOO <표4> ㈜CCC 주주내역(2017년 기준) OOO (다) 청구법인이 시공 또는 분양한 건축물의 건축물대장 상 OOO 101동∼103동, OOO 101동∼104동, OOO 101동∼104동, 30차․31차의 각 1층은 계단실 또는 다세대주택, 2∼5층은 다세대주택, 6층 이상은 오피스텔로 되어 있고 각 호별 면적이 주택법상 국민주택규모 이내라는 점은 청구법인과 처분청간 다툼이 없다. (라) 처분청이 과세한 이 건 부가가치세 결의서를 살펴보면 처분청은 쟁점오피스텔 중 건설용역(공사매출 59호)은 청구법인이 발급한 계산서금액 중 쟁점오피스텔 공사면적비율(오피스텔면적/전체 공사면적)로 안분한 금액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 과세하였고 분양매출(66호)은 계산서금액을 소득세법 제99조 제1항 제1호 에 따라 토지와 건물의 기준시가 비율로 안분하여 건물분 공급가액을 산정하여 부가가치세를 과세한 것으로 확인된다.

(2) 조사과정에서 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인이 시공한 AAA, OOO와 관련하여 도급자 BBB 외 4인 및 ㈜CCC와 체결한 민간건설공사 표준도급계약서 및 계산서 발행내역은 아래와 같은바, 동 계약서에는 부가가치세를 별도로 하는지 여부에 대한 내용은 없는 것으로 나타난다. OOO < 건설용역에 대한 계산서 교부내역 > OOO (나) 분양매출(69호)과 관련하여 청구법인과 수분양자 간 체결한 분양계약서OOO 중 일부 상세내용은 아래와 같은바, 동 계약서 제4조에서 ‘조세공과금은 부동산 인도일을 기준으로 하되 그 전일까지의 것은 “청구법인”에게 그 이후의 것은 “매수인”에게 각각 귀속키로 하며 일수의 계산을 따른다’고 정하고 있고 별 도로 부가가치세에 대한 내용은 기재되어 있지 않은 것으로 확인된다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점오피스텔은 사실상 주거용으로 사용하기 위해 건축되었고 전용면적 85㎡ 미만으로서 주택법상 국민주택규모 이하인 주택에 해당하므로 조특법 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호에 따라 쟁점오피스텔 및 그 건설용역의 공급은 부가가치세가 면제되는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 조특법 제106조 제1항 제4호와 같은 법 시행령 제51조의2 제3항 및 제106조 제4항 제1호가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택에 대해서만 부가가치세 면제대상이라고 규정하고 있고 주택법제2조 제4호 및 같은 법 시행령 제4조 제4호에서 건축법 시행령에 따른 오피스텔을 준주택으로 분류하여 주택과는 별도로 규정하고 있는 점을 고려하면 특별한 사정이 없는 한 공급 당시 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔은 그 규모가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부와 관계없이 조특법 제106조 제1항 제4호의 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당한다고 볼 수 없고 이후 실제로 주거 용도로 사용되고 있더라도 이와 달리 볼 수 없다고 할 것인바OOO, 청구법인은 쟁점오피스텔을 업무용으로 분류하여 관할 지방자치단체로부터 관련 법령에 따른 건축허가 및 사용승인을 받은 사실이 나타나는 점, 실제 쟁점오피스텔을 주거용으로 사용한다 하더라도 업무시설인 오피스텔로 건축허가를 받고 사용승인을 받은 이상 언제든지 업무시설로 사용이 가능하므로 부가가치세 납세의무를 판단함에 있어 쟁점오피스텔은 주택이 아닌 업무시설로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점오피스텔 및 그 건설용역의 공급이 부가가치세가 면제되지 아니하는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다 OOO

(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점오피스텔의 공사 및 분양매출에 부가가치세가 포함된 것이므로 그 금액의 100/110을 부가가치세 과세표준으로 하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법 제29조 제7항 에서 “사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다”고 규정하고 있고 납세자가 부가가치세를 납부할 의사가 없이 과세대상 물품 거래시에는 부가가치세가 제외된 금액으로 거래한 것으로 보아야 하는바OOO, 청구법인은 쟁점오피스텔의 공사 및 분양매출에 대하여 부가가치세 면제로 인식하여 부가가치세를 제외하였으므로 공급가액과 세액이 별도 표시되지 않은 경우라고 할 수 없어 보이는 점OOO, 청구법인은 계산서를 발급하였고 이에 대하여 면세매출로 신고한 사실로 볼 때 그 거래금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않음이 명백해 보이므로 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에 해당하지 아니한 것으로 보이는 점 OOO 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.