조세심판원 심판청구 종합소득세

쟁점특허권에 대하여 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 대표이사로부터 취득한 쟁점특허권 매입거래를 부인하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-인-2555 선고일 2021.10.07

대표이사가 쟁점특허권 개발에 있어 핵심적인 역할을 담당하였는지 여부가 불분명하고, 청구법인이 제출한 개인의 연구개발 노트 및 직원 소명서 등을 근거로 대표이사 개인이 쟁점특허권을 개발한 것으로 인정하기에는 부족해 보이며, 연구개발을 위한 비용 지출내역 등 객관적인 증빙자료가 확인되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권의 소유권자를 청구법인으로 보아 쟁점금액을 대표이사에게 상여로 소득처분한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2014.12.3. 개업하여 화장품 제조․도소매업 등을 영위하는 법인으로, 2018.3.27. 대표이사 AAA(개명 전 성명은 “AAA”)로부터 그의 명의로 등록된 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO원(세부내역은 아래 <표1> 참조, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득한 후, 대표이사 AAA의 기타소득에 대한 원천세 OOO원을 징수ㆍ납부하였고 2018사업연도 법인세 신고 시 결산서 상 쟁점특허권을 무형자산으로 계상하였다.
  • 나. OOO청장은 2020.8.18.부터 2020.9.2.까지 처분청에 대한 종합업무감사를 실시하여, 쟁점특허권이 청구법인 소유임에도 청구법인이 대표이사로부터의 특허권 취득거래를 가장하여 법인자금을 부당하게 유출한 것으로 보아 쟁점금액을 대표이사 AAA의 상여로 소득처분하도록 감사결과 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2020.12.30. 청구법인에게 2018년 귀속 쟁점금액에 대하여 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.17. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구법인의 대표이사 AAA는 청구법인의 대표이사로 취임하기 전 오랜 기간 동안 쌓은 노하우를 바탕으로 개인적으로 쟁점특허권을 개발하였고, 쟁점특허권에 대한 ㈜감정평가법인 AAA의 감정평가서와 특허청 특허등록사항 등에 명백하게 발명권자가 AAA임이 명시되어 있으며, 연구개발 일련의 과정이 기록된 AAA 개인의 연구개발 노트와 이미 퇴직한 청구법인 연구원들의 소명서 내용 등을 살펴보면 쟁점특허권이 청구법인의 대표이사 AAA 개인의 소유임이 명백하다. 대법원 판례(대법원 2005.3.25. 선고 2003후373 판결)에서도 아이디어를 가지고 구체화하여 특허발명의 기술구성을 최종적으로 완성한 종업원에게 특허권의 권리가 있음을 판시한바 있고, 법인과 관계없이 임원이 독자적으로 특허권을 개발한 여러 정황에 비추어 임원 개인 소유의 특허권을 인정한 조세심판원 심판례(조심 2009중3574, 2010.4.13.)에 비추어 보더라도 쟁점특허권은 대표이사 AAA가 개발하고 소유한 특허임이 분명하다.

(2) 처분청은 청구법인에 2018년도까지 기업부설연구소가 있었다는 이유로 쟁점특허권이 대표이사가 단독으로 개발한 것이라기보다는 연구원들의 연구내용을 대표자 명의로 등록한 것이라고 주장하나, 쟁점특허권의 특허내용은 자외선 차단용 물질을 수상에서 안정화시킨 자외선 차단제로 세라마이드를 화장품 원료로 사용이 가능하게 한 기업부설연구소의 개발과는 기술적ㆍ본질적으로 전혀 다른 성격의 특허인바, 처분청이 양 특허의 전문적ㆍ기술적으로 다른 특성을 고려하지 않고 유사하다고 추정한 것은 전혀 타당하지 않다.

(3) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세관청에게 있으나 처분청은 명확한 근거 없이 청구법인 대표이사 개인 명의의 특허권을 청구법인의 소유로 보았고, 쟁점특허권에 대해 대표이사 AAA가 단순한 아이디어만 제시하고 특허를 본인 명의로 취득하였다거나, 쟁점특허권이 등록된 직후 단기간에 고액으로 양수도가 이루어져 일반적이지 않다는 등의 처분청의 주장은 근거가 없는 지극히 주관적인 주장에 불과하다.

(4) 2019.6.28. OOO세무서에서 청구법인의 쟁점특허권 취득거래와 관련하여 계약서 및 대금관련 증빙서류 등을 제출요청하였고, 이후 소명이 완료되어 종결된 사안을 2020.8.18. OOO세무서에서 다시 소명요청한 후 관련 거래를 부인하고 이 건 소득금액변동통지를 하였는바, 동일사안에 대하여 과세관청이 중복 소명요청하여 과세처분한 것은 납세자의 법적안정성과 예측가능성을 훼손시키고 재산권을 과도하게 침해한 위법ㆍ부당한 처분이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 연구전담부서를 설립하는 등 인적․물적 설비를 투여하여 연구개발활동을 영위하였고, 2018사업연도에 OOO원을 연구개발비로 지출하고 연구인력개발비 세액공제 OOO원을 신고한 것으로 나타나며, 2018사업연도 법인세 신고시 제출한 연구인력개발비 발생명세서상 쟁점특허권 내용과 유사한 “자외선 차단용 화장품 및 그 제조방법”을 연구한다고 기재하였다. 청구법인은 쟁점특허권이 대표이사 AAA 개인의 노하우 등으로 창출된 개인재산이라고 주장하나, 증빙으로 제시한 연구개발 노트 및 퇴직한 연구원들의 소명서 내용 등으로 대표이사가 쟁점특허권을 개인적으로 개발하였다고 인정하기는 어렵고, 대표이사는 법인의 근로자로 법인 연구개발에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있으며 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자인 근로자 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 함에도, 단순 아이디어 제공 등으로 개발한 쟁점특허권을 대표이사의 명의로 등록하였다가 특수관계자인 청구법인에게 OOO원이라는 고액에 양도한 것은 정상적인 상거래 관행상 인정하기 어렵다.

(2) 유ㆍ무형자산의 취득 등 통상적으로 법인이 고액의 자금을 투자하는 경우 매출영향력 파악, 기대효과, 유지여부 등을 판단하기 위해 주주ㆍ임원 총회 등을 거치면서 장기간의 의사결정과정을 거치는 것이 보통이나, 2018.1.18. 쟁점특허권이 등록된 직후인 2018.1.31. 단기간에 특허권 양수도 거래가 이루어져 이는 일반적이지 않고 대금지급이 아닌 가지급금 변제로 거래가 이루어져 이는 대표이사 개인이 법인에게 무형자산을 판매하여 소득을 득하기 위한 목적이 아닌 가지급금 변제 목적의 비정상적인 행위라 볼 수 있다.

(3) 상기와 같이 AAA는 청구법인의 대표이사이자 100% 지분을 소유한 주주로서 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있고, 청구법인은 연구개발 전담부서를 설립하고 인적ㆍ물적 설비를 투여하여 발명활동을 함으로써 쟁점특허권과 관련한 자료와 노하우를 가지고 있었던 것으로 보이며 이를 위해 고액의 연구개발비를 지출한 반면, 대표이사가 쟁점특허권 개발에 어느 정도 기여하였는지 여부 등을 확인할 만한 객관적인 증빙자료를 제출하고 있지 못하므로 경험칙에 비추어 과세요건이 추정된다 할 것이다.

(4) 청구법인은 동일사안에 대하여 중복소명요구로 납세자의 권리를 침해하였다고 주장하나, OOO세무서장의 해명요구내용은 기타소득 원천징수의 적정여부에 관한 것으로 특허권 취득의 적정여부를 판단하기 위한 처분청의 소명요구 내용과는 다르고 금천세무서장의 해명요구사항과 관련하여 청구법인에게 공적인 견해를 표명한 사실도 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 대표이사 명의로 등록된 쟁점특허권에 대하여 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 대표이사로부터 취득한 쟁점특허권 매입거래를 부인하여 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제81조의4【세무조사권 남용 금지】 ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제4항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.

(2) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조【소득 처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점특허권은 2017.10.12. 출원번호 OOO로 출원되어 2018.1.18. 특허 OOO로 등록된 것으로, 출원․등록 당시 특허권자․발명자는 BBB은, 발명의 명칭은 “자외선 차단용 화장품 및 그 제조방법”으로 나타나고, 특허정보검색서비스(www.kipris.or.kr)를 통해 확인되는 쟁점특허권에 대한 요약 내용은 다음과 같다. (요약) 본 실시예는 에칠헥실트리아존, 디에칠아미노하이드록시벤조일헥실벤조에이트 및 비스-에칠헥실옥시페놀메톡시페닐트리아진은 유기 자외선 차단제로 사용되고, 상기 티타늄디옥사이드, 실리카 및 폴리메틸실세스퀘옥산에서 선택된 어느 하나는 무기 자외선 차단제로 사용되고, 상기 에칠헥실메톡시신나메이트는 상기 유기 자외선 차단제의 용매로 사용되며, SPF(Sun protection factor) 45 내지 46이며, PFA(Protection Factor of UV-A) +++의 지수를 나타내는 것을 특징하는 하는 자외선 차단용 화장품에 관한 것이다.

(2) 청구법인과 대표이사 AAA와의 쟁점특허권 거래 관련 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점특허권 양도계약서 (나) 쟁점특허권에 대한 감정평가는 ㈜감정평가법인 AAA에서 이루어졌고, 감정평가법인이 작성한 감정평가표에 의하면 조사기간은 2018.1.22.부터 2018.1.31.까지, 작성일은 2018.1.31., 쟁점특허권의 감정평가액은 OOO원인 것으로 나타나며 감정평가표상 의뢰인 및 쟁점특허권의 소유자는 BBB으로 되어 있다. (다) 청구법인은 쟁점특허권을 대표이사 AAA로부터 취득하면서 OOO원을 미지급금으로 계상하였다가, 2018.12.31.에 기타소득세 원천징수금액 OOO원(지방세 포함)을 제외한 OOO원을 대표이사 가지급금 변제한 것으로 회계처리하였다. (라) 쟁점특허권 출원ㆍ등록시 수수료 OOO원은 2017.10.12., 2018.1.18. BBB(쟁점특허권 출원ㆍ등록 대리인)이 특허청에 납부한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점특허권이 대표이사 AAA가 오랜 기간 쌓아온 노하우를 바탕으로 개인적으로 개발하여 등록한 것이라고 주장하며 AAA가 작성하였다는 연구노트, 청구법인 연구원들의 확인서 등을 제출하였다. (가) AAA가 쟁점특허권을 연구하는 과정에서 작성하였다는 연구개발 노트 14매를 제출하였는바, 구체적 내역 샘플은 다음과 같다. (나) 청구법인은 퇴직한 연구원들(CCC, DDD, EEE)의 소명서 3부를 제출하였다(CCC 소명서 첨부).

(4) 처분청은 청구법인이 연구개발 전담부서를 설립하고 인적ㆍ물적 설비를 투여하여 연구개발 활동을 수행한 반면, 대표이사 AAA가 쟁점특허권 개발에 어느 정도 기여하였는지 여부는 확인되지 않아 쟁점특허권을 청구법인에게 고액에 양도한 거래는 인정하기 어렵다는 의견으로 아래와 같은 증빙을 제출하였다. (가) 청구법인의 연구인력개발비 발생내역 신고현황 (나) 청구법인의 연구인력개발비 세액공제내역

(5) 2019.6.28. OOO세무서에서 청구법인에게 송부한 해명자료 제출 안내문 및 2020.8.18. 처분청에서 송부한 해명자료 제출 안내문의 주요내용은 다음과 같다. (가) 2019.6.28. OOO세무서에서 송부한 해명자료 제출 안내문 상 ‘해명할 사항’은 ‘기타소득 지급명세서 관련 원천징수 적정여부 [기타소득 실질 내용, 수입 귀속시기, 필요경비 및 원천징수세율 적용 적정여부 등(지급명세서 참조)]’으로, ‘제출할 서류’는 ‘관련계약서 및 대금증빙 서류 등’으로 기재되어 있다. (나) 2020.8.18. 처분청에서 송부한 해명자료 제출 안내문 상 ‘과세자료 내용’은 ‘특허권 관련 내용(특허청 사이트), 특허권 취득가액(평가서류)의 적정 여부, 특허와 관련된 개인 연구비용 지출 내역 확인, 2018사업연도 특허권 OOO원’으로, ‘제출할 해명자료’는 ‘특허권 평가 등 관련증빙, 개인 연구비용 지출 내역 등’으로 기재되어 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권이 대표이사 개인의 아이디어와 노력으로 만들어진 개인 소유의 재산으로 청구법인은 정당한 대가를 지급하고 이를 취득한 것이고, 처분청이 동일한 사안에 대하여 중복하여 소명요구한 것은 납세자의 권리를 과도하게 침해한 것으로 위법하다고 주장하나, 쟁점특허권은 청구법인의 주된 사업과 관련된 것으로서 청구법인은 기업 내 부설연구소를 운영하며 인적․물적 설비를 투입하여 연구개발활동을 영위하였고, 관련 연구개발비에 대하여 해당 사업연도 손금처리 및 연구․인력개발비 세액공제도 받은 것으로 나타나며, 청구법인이 2017․2018사업연도 법인세 신고시 제출한 연구․인력개발비 발생명세서상 연구과제명에 쟁점특허권의 발명의 명칭과 동일한 “자외선 차단용 화장품 및 그 제조방법”으로 기재되어 있어 쟁점특허권 개발에 청구법인의 인력, 자금 및 기술력 등이 반영된 것으로 보이는 점, 쟁점특허권에 대표이사 개인의 아이디어가 반영되었을 수도 있으나 대표이사가 이를 넘어 쟁점특허권 개발에 있어 핵심적인 역할을 담당하였는지 여부가 불분명하고, 청구법인이 제출한 AAA 개인의 연구개발 노트 및 직원 소명서 등을 근거로 대표이사 개인이 쟁점특허권을 개발한 것으로 인정하기에는 부족해 보이며, 그 밖에 연구개발을 위한 비용지출내역 등 객관적인 증빙자료가 확인되지 않는 점, 또한, 2019.6.28. OOO세무서의 해명자료 제출안내는 해명할 사항이 “기타소득 지급명세서 관련 원천징수 적정여부”로 기재되어 있어 쟁점특허권 거래의 적정성을 검토하기 위한 이 건 처분청의 해명자료 제출안내와는 내용이 상이한 것으로 보이고, 금천세무서의 해명자료 제출 안내는 서면확인 형식으로 이루어져 이러한 소명요구는 청구법인이 비교적 손쉽게 응답할 수 있는 것으로서 청구법인의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 침해할 정도에 이르렀다고 보이지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권의 소유권자를 청구법인으로 보아 쟁점금액을 대표이사 AAA의 상여로 소득처분한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)