쟁점요양원에서 발생한 수익은 노인의료 복지시설 운영과 관련된 직접 공익목적사업과 관련된 수익에 해당한다고 보이는 점 등에서 쟁점요양원에서 발생한 수익을 기타수익사업에서 발생한 것으로 보기는 어려움
쟁점요양원에서 발생한 수익은 노인의료 복지시설 운영과 관련된 직접 공익목적사업과 관련된 수익에 해당한다고 보이는 점 등에서 쟁점요양원에서 발생한 수익을 기타수익사업에서 발생한 것으로 보기는 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점요양원의 수입금액은 직접 공익목적사업 수입금액이 아닌 기타사업(수익사업) 수입금액이므로 2015〜2016년 귀속 증여세(전용계좌 미신고가산세)는 취소되어야 한다. 청구법인은 2014.12.30. OOO를 본점 사업장으로 하여 설립등기 된 후, 2015.1.9. 같은 곳에 소재하는 OOO으로부터 부동산 및 의료사업일체를 부담부 증여 받았으나, 청구법인이 출연받은 OOO에 대하여상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 제48조 제1항에 따라 증여세 신고를 누락하였다가 2019.10.10. 증여세 기한 후 신고를 하였고, 또한 청구법인은 상증세법 제50조의2 제3항에 의거 최초로 공익법인 등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내인 2015.3.30.까지 공익법인 등의 전용계좌를 신고하였어야 함에도 신고를 하지 않고 있다가 2017.10.30. 전용계좌 신고(청구법인 19개, 쟁점요양원 5개)를 하였다. <표1> 사업개시 당시 자산 및 부채(개시 B/S) 상증세법 제78조 제10항 제2호에서는 전용계좌를 개설ㆍ신고하지 아니한 경우 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액 총액의 1천분의5를 그 공익법인이 납부할 세액에 가산하여 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제80조 제15항에서는 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액이란 해당 공익법인 등의 수입금액 총액에서법인세법에 따라 법인세가 과세되는 수익사업 관련 수입금액을 뺀 금액을 말한다고 규정하고 있는바, 동 규정은 의료법인의 직접 공익목적사업 수입금액에 대하여 공익법인 전용계좌를 사용하도록 강제하여 공익법인의 회계투명성을 제고하고 엄격한 관리를 하고자 하는 데 그 취지를 두고 있다. 먼저, 청구법인의 쟁점요양원 수입금액이 상증세법에서 규정하고 있는 직접 공익목적사업과 관련된 수입금액인지 여부에 대해 보면, 청구법인의 정관 제2조(목적)에 “이 법인은 비영리 의료법인으로서 의료기관을 설치 운영하고 보건의료에 관한 연구개발 등을 통하여 국민보건향상에 이바지함을 목적으로 한다.”라고 규정하여 의료기관 설치운영이 목적사업임을 규정하고 있고, 제3조(사업)에 이 법인은 목적을 달성하기 위하여 의료기관의 설치운영, 지역영세민 구료 및 무의촌 순회 진료,노인복지법제31조 제2호에 의한 노인의료복지시설의 설치·운영 등과 같은 기타 목적사업에 필요한 부대사업의 설치·운영 등의 사업을 수행한다고 하여 의료사업과 노인의료복지시설 운영은 공익목적사업을 위한 수익사업으로 규정하고 있으며,의료법제49조(부대사업) 제1항에서는 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외의노인복지법제31조 제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영 등의 부대사업을 할 수 있는데, 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다고 규정하여 노인요양원 사업이 공익목적사업을 위한 부대수익사업임을 알 수 있다. 국세청 홈택스 공익법인 공시서류 내역의 손익계산서 서식에는 ‘손익계산서 공익사업’ 과 ‘손익계산서 수익사업’으로 나누어 공시하도록 하여 직접 공익목적사업과 기타 수익사업이 구분되도록 하고 있음을 알 수 있고, 청구법인의 결산서류 공시자료 중 손익계산서를 보면 ‘수익사업’ 과 ‘공익사업’으로 구분 공시하면서 의료사업은 ‘수익사업’으로 요양사업은 ‘공익사업’으로 공시하였는데, 이는 쟁점요양원 사업이 수익사업임에도 착오로 공시한 자료에 불과하다. 기획재정부 유권해석에 따르면,의료법상 의료법인이 출연받은 현금으로 병원 등을 신축한 후 의료업을 영위하는 경우, 해당 의료업 소득은 상증세법 제48조 제2항이 적용되는 운용소득에 해당하고, 동 소득을 다른 공익법인 등에게 출연한 경우로서 상속·증여세를 결정하기 전까지 주무관청의 허가를 받은 경우에는 같은 법 시행령 제38조 제2항에 따라 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것(기획재정부 재산-724, 2013.10.23.)이라 하여 의료업 소득이 공익목적수입이 아님을 말해주고 있고, 법인세법 시행령제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) 제1항 3호에서는 의료법인의 고유목적사업지출은 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액,의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률제2조 제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액, 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액(2017.2.3. 개정) 등으로 규정하고 있어 의료법인의 의료업이나 요양원사업에 대한 수입과 지출이 직접 고유목적사업이 아님을 알 수 있다. 공익법인 회계기준 실무지침서에서는법인세법 상 수익사업으로 열거된 사업이지만 공익목적사업으로 수행하는 사업의 경우 공익법인회계기준에 따라 공익목적 사업부문으로 구분하여 표시해야 하고, 이러한 사업의 예시로는 문화·예술 전시사업, 연주회 등 공익을 목적으로 하는 사업의 입장료 수익 등이 있으며, 이러한 사업은법인세법 상 수익사업이지만 공익법인 회계기준 상 공익목적 사업부문으로 구분하고 있고(2018년 12월 기획재정부 발행 공익법인 회계기준 실무지침서 125면의 ‘공익목적 사업부문과 기타 사업부문의 구분’ 참조), 보건복지부령(2018.12.28. 개정)으로 제정된 회계기준규칙 제3조(회계의 구분) 제1항에서는 병원의 개설자인 법인의 회계와 병원의 회계는 이를 구분하여야 한다고 규정하고 있으며, 법인회계란 고유목적사업회계를 의미하고, 병원회계는 기타 수익사업 회계를 의미한다고 하고 있다. 이상에서 언급한 바와 같이 청구법인의 쟁점요양원 수입금액은 직접 공익목적사업 수입금액이 아닌 기타사업 수입금액이므로 처분청이 관련 법령을 오해하여 부과처분한 이 건 증여세(전용계좌 미신고가산세) 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) 상증세법 제48조에서는 공익법인이 출연받은 재산은 증여세 등 과세표준 계산시 과세가액에 불산입하여 증여세 등을 부담하지 않도록 함으로써 공익사업을 지원하는 한편, 상증세법에서 규정하고 있는 의무이행을 하지 않을 경우 상속세 및 증여세 과세표준에 다시 산입하여 상속세 및 증여세를 추징하거나 상속세 및 증여세 상당액에 일정율을 곱하는 방법으로 가산세를 부과하도로 규정하고 있는바, 처분청은 공익법인 등이 출연받은 자산을 매각한 경우 보고서미제출 재산가액에 증여세율을 곱하여 산출한 금액에 대하여 100분의 1을 곱하여 계산하여야 한다고 하면서 매각자산 전체를 보고서 제출 대상으로 하여 쟁점매각대금에 증여세율과 1%를 곱하여 가산세를 산정하였는바, 이는 부당하다. 먼저, 쟁점매각대금 전체가 상증세법상 매각자산 보고서 미제출대상금액인지 여부에 대해 보면, 사전적 의미로 출연재산이란 일반적으로 당사자 일방이 그 의사에 따라서 재산상의 손실을 봄으로써 타방을 이득시키는 것을 말하는데(무상이전 재산), 이 건에 있어 청구법인이 무상으로 받은 출여재산은 총재산 OOO에서 부채 OOO을 차감한 OOO으로, 출연재산을 총재산으로 나누면 출연비율은 2.94299%이고, 매각재산 중 보고대상금액은 OOO에 출연비율 2.97299%를 곱하여 계산한 OOO이 되는 것이
(1) 청구법인의 정관에 기재된 노인의료복지시설 설치·운영이 공익목적사업에 해당하는바, 쟁점요양원은 노인복지법에 따른 노인복지시설로 여기에서 발생한 수입금액은 직접 공익목적사업 수입금액에 해당하므로 청구주장은 이유 없다. 공익법인은 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출이 있는 경우에는 직접 공익목적사업용 전용계좌를 사용하여야 하고, 이때 전용계좌란 공익법인의 공익목적사업의 용도로만 사용되는 것으로서 금융회사에 개설한 계좌를 의미하며, 전용계좌를 사용하여야 하는 거래의 종류를 보면, 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 경우, 기부금･출연금 또는 회비를 받는 경우, 인건비･임차료를 지급하는 경우, 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계 에 전입하는 경우 등인바, 2008년 법령 개정시 공익법인의 회계투명성 확보를 위해 개인사업자의 사업용계좌와 유사한 고유목적사업회계용 전용계좌 개설을 의무화하였고, 공익법인의 수익사업회계는 법인세 과세대상인 점을 감안하여 전용계좌 개설, 사용 대상에서 제외하였을 뿐, 종교법인을 제외한 모든 공익법인은 전용계좌 개설･사용의무가 있는 것이다. 청구법인은 노인복지시설의 설치･운영이 공익목적사업을 위한 부대수익사업으로 공익목적사업이 아니라고 주장하나, 공익법인은 공익목적으로 수행할 사업을 정관에 기재하고 있고, 청구법인의 정관에 기재된 사업인 의료기관의 설치･운영, 지역영세민 구료 및 무의촌 순회 진료, 노인의료복지시설 설치･운영이 공익목적사업에 해당되며, 또한 쟁점요양원은노인복지법에 따른 노인복지시설에 해당되고,노인복지법에 노인복지시설의 설치신고를 한 경우사회복지사업법에 따른 사회복지시설 설치신고를 한 것으로 본다고 규정되어 있으므로 쟁점요양원은 상증세법 시행령 제12조 제3호에서 규정하고 있는 사회복지법인이 운영하는 사업으로 공익법인의 범위에 해당한다. 청구법인은 결산서류 공시내역 중 손익계산서상 쟁점요양원 사업이 수익사업임에도 착오로 공익사업으로 공시하였다고 주장하나, 2015〜2018사업연도 중 쟁점요양원 수익을 공익사업 수익으로 공시하였고, 쟁점요양원의 공익법인 전용계좌 5건을 신고하는 등 착오로 공익사업으로 공시하였다는 주장은 타당하지 아니하며, 기획재정부 유권해석(재산세제과-724, 2013.10.23.)을 근거로 의료업 소득은 운용소득에 해당하고 공익목적사업 수입이 아니라고 주장하나, 동 유권해석은 의료법인의 의료업 소득이 공익법인 사후관리대상 운용소득에 해당하는지 여부가 쟁점인 사항으로 이 건과 관련이 없고, 법인세법 시행령제56조 제1항 제3호를 근거로 의료법인의 의료업이나 요양원사업에 대한 수입 및 지출이 직접 공익목적사업이 아니라고 주장하나, 동 규정은 의료법인이 손금 산입한 고유목적사업준비금의 사용범위에 대한 내용으로 청구법인은법인세법상 비영리법인의 고유목적사업준비금 사용범위와 상증세법상 고유목적사업 지출과 혼동하여 주장하고 있다. 또한, 공익법인 회계기준 실무지침을 근거로 의료법인 요양원 수입이법인세법상 수익사업이라도 공익목적사업이 아니라고 주장하나, 해당 실무지침은 ‘법인세법의 수익사업 구분기준과 공익법인회계기준에서 의미하는 공익목적사업부문과 기타사업부문의 구분 기준은 별개로 판단하는 것이 중요하다...(중략) 공익목적사업부문과 기타사업부문의 구분은 중요성 판단에 따라 구분할 수 있다.’(2018년 12월 기획재정부발행 공익법인 회계기준 실무지침 132면)고 기재되어 있듯이 청구법인의 주장은 사실이 아니고,의료법에 따른 의료법인은 해당 근거법률에 따른 별도의 회계기준이 존재하며, 그 특수성을 인정하여 공익법인 회계기준 적용대상에서 제외되는 것이다(상증세법 제50조의4, 상증세법 시행령 제43조의4). 이에 더하여 의료기관 회계기준 규칙 제3조를 근거로 법인회계란 고유목적사업회계를 의미하고, 병원회계는 기타수익사업회계를 의미한다고 주장하나, 위 규칙은 법인의 회계와 병원의 회계를 구분하여야 한다고 정하고 있듯이 회계를 구분해야 함을 표기한 조문으로 문언 그대로 해석해야 할 것이고, 청구법인의 주장은 유추해석에 불과한 것이다. 청구법인의 주장대로 법인세가 부과되는 수입금액에서 제외되는 쟁점요양원 수입에 대해서 전용계좌개설 미신고 가산세를 부과하지 못한다면, 쟁점요양원의 수입과 지출에 대해서 전혀 관리를 할 수 없게 될 것이고, 나아가 회계투명성 확보라는 입법취지에 반하는 결론에 이를 것이므로, 쟁점요양원 수입금액은 직접 공익목적사업과 관련된 수입금액에 해당하는 것으로 보아야 하고, 전용계좌개설 미신고에 따른 가산세 부과대상이다.
(2) 상증세법 제78조 제3항 및 같은 법 시행령 제80조 제5항에서는 공익법인이 출연재산 등에 대한 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서에 출연재산·운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우에는 미제출 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 및 증여세액의 1%를 보고불성실가산세로 부과하도록 규정하고 있는데, 이때 가산세 적용 대상 금액은 보고서미제출 재산가액에 증여세율을 곱하여 산출한 금액에 대하여 100분의 1을 곱하여 계산하는 것으로 규정되어 있으므로(“상증세법 기본통칙” 78-80…1) 처분청이 청구법인이 신고누락한 매각대금 OOO에 상기 규정을 적용하여 가산세를 부과한 것은 정당하다. 청구법인은 가산세 부과대상 금액을 부담부 출연금액에 출연비율 2.9429%를 곱하여 계산한 순출연재산이라고 주장하나, 청구법인의 주장대로 당초 출연받은 재산의 비율로 가산세를 계산한다는 규정은 없고, 당초 면제받은 증여세를 추징하고자 하는 것도 아니므로 공익법인이 납세협력의무를 위반한 경우 부과되는 가산세는 의무불이행에 대한 벌과금 성격으로 법령 규정에 따라 엄격하게 해석하여야 한다. 또한, 청구법인의 주장대로 가산세를 부과할 경우 당초 출연재산의 비율이 낮은 공익법인에게는 매년 출연재산보고 등의 납세협력의무를 불성실하게 하여도 가산세를 부과하지 못하거나 소액의 가산세만 부과하게 될 것이므로 가산세 부과의 입법취지와는 다르게 해석되어 공익법인의 투명성을 희석시킬 수 있으므로 따라서, 청구법인이 신고 누락한 쟁점매각대금 OOO을 가산세 대상금액으로 계산하여 가산세를 부과한 처분은 정당하다.
① 공익법인 전용계좌개설 미신고 가산세를 산출함에 있어 쟁점요양원의 수입금액이 가산세 적용대상인 직접 공익목적사업과 관련된 수입금액에 해당하는지 여부
② 출연재산 보고불성실가산세를 산정함에 있어 신고누락한 쟁점매각대금 전체가 가산세 적용 대상금액인지 여부
(1) 국세통합전산망 조회자료에 나타난 청구법인과 쟁점요양원의 사업자현황은 아래 <표2>와 같은바, 쟁점요양원은 설립 당시 청구법인의 지점으로 설립되었다가 2016.4.4. 본점으로 변경되었고, 2017.7.12. 다시 지점으로 변경된 것으로 나타나며, 청구법인의 정관 제3조에는 목적사업이 의료기관의 설치운영, 지역영세민 구료 및 무의촌 순회진료, 기타 목적달성에 필요한 부대사업의 설치·운영(노인복지법제31조 제2호에 의한 노인의료복지시설의 설치·운영 등) 등으로 기재되어 있고, 2015사업연도 당시 청구법인의 등기사항전부증명서의 사업목적에도노인복지법제31조 제2호에 의한 노인의료복지시설의 설치·운영이 기재된 것으로 나타난다. <표2> 사업자 현황
(2) 처분청이 제시한 이 건 증여세(가산세) 결정·결의서에 의하면, 2015〜2016사업연도의 경우, 전용계좌개설을 신고누락 하였다 하여 청구법인의 손익계산서의 공익사업 항목의 노인요양수익금액(쟁점요양원 관련 수익으로 2015년 OOO, 2016년 OOO)에 0.5%를 곱하여 전용계좌 미신고 가산세(2015년 OOO, 2016년 OOO)를 결정하였고, 2018사업연도의 경우 매각자산 관련 쟁점매각대금을 보고 누락하였다 하여 쟁점매각대금OOO에 증여세율과 1%를 곱한 OOO을 보고불성실가산세로 결정한 것으로 나타난
(4) 청구법인은 OOO로부터 부동산 및 의료사업일체를 부담부로 증여받고 2019.10.10. 증여세 기한후 신고를 하 였다며 증여세 신고서를 제출하였으나, 처분청은 국 세통합전산망에서 증여세 신고내역이 조회되지 않는다는 의견이다.
(5) 청구법인은 출연재산 등 보고불성실가산세 대상금액이 쟁점매각대금이 아니라 출연재산에서 부담부 부분을 차감한 실 출연재산이므로 처분청이 산정한 OOO이 아니라 OOO이 되어야 한다고 주장하며, 부담부 출연 부동산 취득가액 산정내역을 제출하였고, 해당 부동산 매각시 처분손실이 발생하여 출연재산에 더할 매각차익은 없다고 주장하고 있다.
(6) 청구법인은 쟁점요양원 수입이법인세법상 수익사업이라고 하더라도 공익목적사업이 아니라고 주장하면서, 그 근거로 2018년 12월 기획재정부에서 발간한 공익법인 회계기준 실무지침서를 제시하였는바, 동 지침서의 125면에는법인세법 상 수익사업과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업을 구분하여 기록하도록 규정하고 있고,법인세법의 수익사업 구분 기준과 공익법인 회계기준에서 의미하는 공익목적 사업부문과 기타사업부문의 구분 기준은 별개로 보아 판단하는 것이 중요하며, 법인세법 상 수익사업으로 열거된 사업이지만 공익목적사업으로 수행하는 사업의 경우 공익법인회계기준에 따라 공익목적 사업부문으로 구분하여 표시해야 하고, 이러한 사업의 예시로는 문화·예술 전시사업, 연주회 등 공익을 목적으로 하는 사업의 입장료 수익 등이 있으며, 이러한 사업은법인세법 상 수익사업이지만 공 익법인 회계기준 상 공익목적 사업부문으로 구분한다고 기술하고 있다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 상증세법 제78조 제10항에서는 공익법인 등이 공익법인 등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설ㆍ신고하지 아니한 경우, 개설ㆍ신고하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액 총액의 1천분의 5를 그 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다고 하고 있고, 같은 법 시행령 제80조 제15항에서 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액이란 해당 공익법인 등의 수입금액 총액에서법인세법에 따라 법인세가 과세되는 수익사업 관련 수입금액을 뺀 금액을 말한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점요양원 사업이 출연재산 등을 기타 수익사업에 전용하여 발생한 운용소득이고, 정관에서 정하는 목적사업을 위한 부대사업으로 직접 공익목적사업에 해당하지 않으므로 이 건 전용계좌 미신고가산세가 부당하다고 주장하나,법인세법제4조 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제4호 라목에서 비영리내국법인의 각 사업연도 소득(수익사업에서 생기는 소득)을 규정하면서 보건업 및 사회복지 서비스업의 경우노인복지법제31조에 따른 노인복지시설에서 제공하는 사회복지사업을 제외한 사업 또는 수입(수익사업)에서 생기는 소득으로 한정한다고 규정하고 있는 점, 청구법인은의료법에 따라 설립된 의료법인이고, 쟁점요양원은노인복지법에 따라 설립된 노인의료 복지시설로, 청구법인의 정관과 법인등기사항전부증명서에노인복지법제31조 제2호에 의한 노인의료 복지시설의 설치·운영을 목적사업으로 하고 있어, 쟁점요양원에서 발생한 수익은 노인의료 복지시설 운영과 관련된 직접 공익목적사업과 관련된 수익에 해당한다고 보이는 점, 청구법인의 2015〜2016사업연도 공익법인 결산서류 등의 공시에서 수익사업(의료업)과 공익사업(요양원)을 구분하여 손익계산서를 제출하였고, 2015사업연도 법인세 신고서상 손익계산서 매출액이 공익법인 결산서류의 손익계산서(수익사업)상 매출액과 동일한 것으로 확인되는 점, 청구법인이 2015사업연도 이후 계속적으로 쟁점요양원 수익을 공익사업 수익으로 공시하였고, 쟁점요양원의 공익법인 전용계좌 5건을 신고하는 등 착오로 공익사업으로 공시하였다는 청구주장에 신빙성이 있다고 보기 어려운 점 등에서 쟁점요양원에서 발생한 수익을 기타수익사업에서 발생한 것으로 보기는 어려우므로 처분청의 이 건 증여세(전용계좌 미신고가산세) 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(8) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 상증세법 제78조 제3항에서 공익법인 등이 재산을 출연받은 경우 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서의 내용이 대통령령으로 정하는 바에 따라 불분명한 경우에는 그 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 100분의 1에 상당하는 금액을 징수하여야 한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제80조 제5항에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 불분명한 경우란 제출된 보고서에 출연재산ㆍ운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우를 말한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 출연재산 보고불성실 가산세 대상을 당초 출연받은 재산가액(순출연재산)의 비율을 적용한 금액으로 하여 재계산하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 출연받은 자산을 2018.9.10. 매각한 후, 그 내용을 2018사업연도 종료일부터 3개월 이내에 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서에 작성ㆍ제출하였어야 함에도 청구법인의 2018사업연도 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서의 출연재산ㆍ운용소득ㆍ매각대금의 사용계획 및 진도내역서에 쟁점매각대금이 누락된 점, 관련 법령에서 보고불성실가산세 대상금액을 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액, 보고서 미제출 재산가액이라고 명시적으로 규정하고 있을 뿐, 당초 출연받은 재산가액의 비율에 따라 가산세를 산정한다고 규정하고 있지 아니하는 점 등에서 처분청이 쟁점매각대금을 가산세 산정 대상으로 보아 출연재산 보고불성실가산세를 부과한 것은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 <쟁점① 관련> (1) 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】① 법 제4조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.
4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업
제31조의2【사회복지사업법에 따른 신고와의 관계】제35조 제2항에 따라 노인복지시설의 설치신고를 한 경우사회복지사업법제34조제2항에 따른 사회복지시설 설치신고를 한 것으로 본다. 제34조【노인의료복지시설】① 노인의료복지시설은 다음 각 호의 시설로 한다.
1. 노인요양시설: 치매ㆍ중풍 등 노인성질환 등으로 심신에 상당한 장애가 발생하여 도움을 필요로 하는 노인을 입소시켜 급식ㆍ요양과 그 밖에 일상생활에 필요한 편의를 제공함을 목적으로 하는 시설 제35조【노인의료복지시설의 설치】② 국가 또는 지방자치단체외의 자가 노인의료복지시설을 설치하고자 하는 경우에는 시장･군수･구청장에게 신고하여야 한다. (4) 상속세 및 증여세법 제50조의2 【공익법인 등의 전용계좌 개설ㆍ사용의무】① 공익법인 등(사업의 특성을 고려하여 대통령령 으로 정하는 공익법인 등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령 으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.
1. 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 대통령령 으로 정하는 금융회사 등을 통하여 결제하거나 결제받는 경우
2. 기부금, 출연금 또는 회비를 받는 경우. 다만, 현금을 직접 받은 경우로서 대통령령 으로 정하는 경우는 제외한다.
3. 인건비, 임차료를 지급하는 경우
4. 기부금, 장학금, 연구비 등 대통령령 으로 정하는 직접 공익목적사 업비를 지출하는 경우. 다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한
② 공익법인 등은 직접 공익목적사업과 관련하여 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 경우에는 명세서를 별도로 작성ㆍ보관하여야 한다. 다만,소득세법제160조의2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증명서류를 갖춘 경우 등 대통령령 으로 정하는 수입과 지출의 경우에는 그러하지 아니하다.
③ 공익법인 등은 최초로 공익법인 등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 해당 공익법인 등의 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 2016년 1월 1일, 2017년 1월 1일 또는 2018년 1월 1일이 속하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된소득세법에 따른 수입금액 또는 법인세법에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 5억원 미만인 공익법인 등으로서 본문에 따라 개설 신고를 하지 아니한 경우에는 2019년 6월 30일까지 전용계좌의 개설 신고를 할 수 있다.
④ 공익법인 등은 전용계좌를 변경하거나 추가로 개설하려면 대통령령 으로 정하는 바에 따라 신고하여야 한다.
⑤ 공익법인 등의 전용계좌 개설ㆍ신고ㆍ변경ㆍ추가 및 그 신고방법, 전용계좌를 사용하여야 하는 범위 및 명세서 작성 등에 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다. 제78조【가산세 등】⑩ 세무서장 등은 공익법인 등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호의 구분에 따른 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.
1. 제50조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우: 전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5
2. 제50조의2 제3항 에 따른 전용계좌의 개설ㆍ신고를 하지 아니한 경우: 다음 각 목의 금액 중 큰 금액
② 법 제50조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다.
1. 금융회사 등에 개설한 계좌일 것
2. 공익법인 등의 공익목적사업 외의 용도로 사용되지 아니할 것
③ 법 제50조의2 제1항 각 호 외의 부분에 따른 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)는 공익법인 등별로 둘 이상 개설할 수 있다.
④ 법 제50조의2 제1항 제1호에 따라 전용계좌를 사용하여야 하는 거래의 범위에는 금융회사 등의 중개 또는 금융회사 등에 대한 위탁 등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 그 대금을 결제하는 경우를 포함한다.
2. 수표법 제1조 에 따른 수표로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취
3. 어음법제1조 및 제75조에 따른 어음으로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취 4.여신전문금융업법또는전자금융거래법에 따른 신용카드ㆍ선불카드(선불전자지급수단 및 전자화폐를 포함한다)ㆍ직불카드(직불전자지급수단을 포함한다)를 통하여 이루어진 거래대금의 지급 및 수취
⑤ 법 제50조의2 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 현금으로 직접 지급받은 기부금ㆍ출연금 또는 회비를 지급받는 날부터 5일(5일이 되는 날이 공휴일ㆍ토요일 또는근로자의 날 제정에 관한 법률에 따른 근로자의 날에 해당하면 그 다음 날)까지 전용계좌에 입금하는 경우를 말한다. 이 경우 기부금ㆍ출연금 또는 회비의 현금수입 명세를 작성하여 보관하여야 한다.
⑥ 법 제50조의2 제1항 제4호 본문에서 "대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우"란 공익목적 사업과 관련된 기부금ㆍ장학금ㆍ연구비ㆍ생활비 등을 지출하는 경우를 말한다.
⑦ 공익법인 등은 법 제50조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 거래의 경우 같은 조 제2항에 따라 그 거래일자, 거래상대방(확인이 가능한 경우에 한한다) 및 거래금액 등을 기재한 기획재정부령으로 정하는 전용계좌 외 거래명세서 (이하 "전용계좌외거래명세서"라 한다)를 작성하여 보관하여야 한다. 이 경우 전산처리된 테이프 또는 디스크 등에 수록ㆍ보관하여 즉시 출력할 수 있는 상태에 둔 때에는 전용계좌외거래명세서를 작성하여 보관한 것으로 본다.
⑧ 법 제50조의2 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입과 지출"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입과 지출을 말한다.
1. 소득세법제160조의2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증거 서류를 받은 지출
2. 거래건당 금액(부가가치세를 포함한다)이 1만원(2008년 12월 31일까지는 3만원) 이하인 수입과 지출
3. 그 밖에 증거서류를 받기 곤란한 거래 등으로서 기획재정부령으로 정하는 수입과 지출
⑨ 공익법인 등은 해당 과세기간 또는 사업연도별로 전용계좌를 사용하여야 할 수입과 지출, 실제 사용한 금액 및 미사용 금액을 구분하여 기록ㆍ관리하여야 한다.
⑩ 공익법인 등은 법 제50조의2 제3항에 따라 해당 기간에 기획재정부령으로 정하는 전용계좌개설 (변경ㆍ추가)신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 전용계좌를 변경ㆍ추가하는 때에는 사유 발생일부터 1개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
⑪ 국세청장은 납세관리상 필요한 범위에서 전용계좌의 개설, 신고, 명세서 작성 등에 필요한 세부적인 사항을 정할 수 있다. 제80조【가산세 등】⑮ 법 제78조 제10항 제2호 가목에서 "직접 공익목적사업과 관련한 수입금액"이란 해당 공익법인 등의 수입금액 총액에서법인세법에 따라 법인세가 과세되는 수익사업 관련 수입금액을 뺀 금액을 말한
② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.
2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다. 이하 이 호 및 제3항에서 같다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조 제3항 제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 "출연"은 "취득"으로 본다)와산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단이 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.
3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우
4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경 우
5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우
⑤ 제1항 및 제16조 제1항에 따라 공익법인 등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통 령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한
2. 제16조 제3항 각 호 또는 제48조 제2항 제2호 단서에 따른 공익법인 등이 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인등에 해당하지 아니하게 되거나 해당 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 경우 제78조【가산세 등】③ 세무서장등은 공익법인 등이 제48조 제5항에 따라 제출하여야 할 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서의 내용이 대통령령으로 정하는 바에 따라 불분명한 경우에는 그 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 100분의 1에 상당하는 금액을 징수하여야 한다. (7) 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】② 법 제48조 제2항 제1호 및 제7호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인 등에게 출연하는 것을 포함한다.
1. 법인세법 시행령제56조 제11항에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액
2. 해당 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비
⑱ 법 제48조 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 출연재산가액"이란 직접 공익목적사업에 사용하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 재무상태표상 가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 법 제4장에 따라 평가한 가액을 말한다.<신설 2017.2.7.>
⑲ 법 제48조 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 1을 말한다. 다만, 법 제16조 제2항 제2호 가목에 해당하는 성실공익법인 등이 발행주식총수 등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3을 말한다.<신설 2017.2.7.> 제41조【출연재산 명세의 보고 등】① 법 제48조 제5항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등은 결산에 관한 서류[공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률및 그 밖의 법령에 따라 공익법인 등이 주무관청에 제출하는 대차대조표 및 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함한다)에 한한다] 및 기획재정 부령으로 정하는 다음 각 호에 규정하는 사항에 관한 서류를 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
2. 출연재산(출연재산의 운용소득을 포함한다)의 사용계획 및 진도현 황
3. 법 제48조 제2항 제4호 및 같은 항 제5호(제38조 제7항에 해당하 는 경우에 한정한다)에 해당하는 경우에는 매각재산 및 그 사용명세
4. 운용소득의 직접 공익목적사업 사용명세
기획재정부령으로 정하는 필요한 서류 제80조【가산세 등】⑤ 법 제78조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 불분명한 경우"란 제출된 보고서에 출연재산ㆍ운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우를 말한다. (8) 의료법 제3조 【회계의 구분】① 병원의 개설자인 법인의 회계와 병원의 회계는 이를 구분하여야 한다.
② 법인이 2 이상의 병원을 설치·운영하는 경우에는 각 병원마다 회계를 구분하여야 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.