쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출한 시점에 영구적으로 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 해석하지 않는 이상, 실제 5년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그 추징사유가 발생하였다고 보아야 할 것이므로 처분청이 청구법인이 쟁점준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 잔액을 익금산입하여 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.
쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출한 시점에 영구적으로 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 해석하지 않는 이상, 실제 5년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그 추징사유가 발생하였다고 보아야 할 것이므로 처분청이 청구법인이 쟁점준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 잔액을 익금산입하여 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.
[주 문] OOO시장이 2021.2.15. 청구인에게 한 2015.3.1.∼2016.2.28.사업연도 법인지방소득세 OOO원의 부과처분은 가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) 청구법인은 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출하여 이를 모두 고유목적사업에 사용하였으므로 이 건 처분은 위법하다. (가) 청구법인은 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전입함으로써 이를 비영리사업에 지출한 것으로 간주된다. 1) 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 전문은 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 실제로 지출한 경우 고유목적사업에의 지출로 인정하는 반면, 같은 항 후문은 청구법인과 같은 사립학교법에 의한 학교법인 등에 대하여는 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입만 하여도 이를 비영리사업에 지출한 것으로 인정하고 있다. 이러한 규정은 교육의 공공성을 고려하여 교육사업에 대한 재원 공급을 촉진함을 목적으로 하고, 학교법인의 비영리사업회계에 대하여는 사립학교법에 따라 고유목적사업 외 용도로 부당 지출되는 것을 차단할 수 있는 여러 제도적 안전장치가 확보되어 있음을 고려한 것이다. 즉 학교법인의 경우 일단 비영리사업회계로 전출이 이루어지면 사립학교법에 따라 사실상 고유목적사업 외의 용도로 부당 지출될 수 없으므로 비영리사업회계로 전출이 이루어진 시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 간주함으로써 그 사용시점을 앞당기는 특례규정을 두고 있는 것이다.
2. 청구법인은 2010사업연도에 쟁점전출금을 비영리사업회계로 전출한 이상 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문에 따라 이를 비영리사업에 지출하고 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다. (나) 청구법인은 쟁점전출금을 비영리사업회계로 전출한 이후에도 5년 이상 이를 고유목적사업에 계속 사용하였으므로 그 이후에 수익용부동산(상가)을 취득하였다는 이유만으로 위 전출이 명목상 전출에 불과하다고 볼 수 없다.
1. 처분청은 비영리사업회계로 전출된 쟁점전출금으로 2016년 4월경 수익용 부동산(상가)을 취득하여 고유목적사업에 미사용한 혐의가 있다며 과세하였는데, 처분청은 청구법인이 2016년 4월경 정기예금 가운데 OOO원을 처분하여 상가를 취득한 것을 들어 당초 비영리사업회계로의 전출이 명목상 전출에 불과하다고 보아 실질과세원칙을 적용하여 이 건 처분을 한 것으로 이해된다. 2) 법인세법 제29조 제4항 제4호 는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 이를 고유목적사업등에 사용하지 않은 경우에 그 미사용한 잔액을 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 그런데 청구법인은 2010사업연도에 쟁점준비금을 손금에 계상하였고, 그 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날(2016.2.28.) 이후인 2016년 4월경에서야 교육부의 허가를 받아 상가를 취득하였다. 따라서 청구법인은 적어도 2016.2.28.까지는 쟁점전출금을 고유목적사업 등에 계속 사용한 것이므로 위 추징규정의 요건이 충족될 수 없고, 청구법인이 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출한 것을 명목상 전출이라고 볼 수 없다.
3. 대법원(대법원 2013.3.28. 선고 2012두690 판결, 참조)은 학교법인 등의 경우에는 비영리사업회계로 명목상 전입한 것에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 이상 비영리사업회계로 전출한 시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있다는 취지로 판시하면서 명목상 전입에 해당하는지 여부를 ① 비영리사업회계로 전출할 당시 전출금을 수익사업에 사용할 용도로 예정되어 있었고, ② 실제로 대부분의 전출금이 수익사업에 사용되었는지 여부를 고려하여 판단하였다. 위 판단기준에 따라 살피건대, 청구법인의 경우 ① 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시(2010사업연도)에는 위 자산을 수익사업(상가취득)에 사용할 목적이 없었고, ② 그 후 실제 5년 동안 정기예금에 예치하는 등으로 고유목적사업에 사용하였을 뿐 수익사업에 사용하지도 않았으므로 이에 비추어 보더라도 이를 명목상 전입으로 볼 수 없다.
4. 학교법인의 기본재산 중 교육용 기본재산은 교육용으로 직접 사용되는 부동산만을 말하고, 수익용 기본재산은 위 교육용 기본재산을 제외한 나머지 기본재산을 말한다. 청구법인이 정기예금에 대해 수익용 기본재산이라는 표현을 사용하였다고 하여 이를 이유로 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전입한 것을 명목상 전입이라고 볼 수 없다. (다) 설령 비영리사업회계로의 전출만으로 부족하고 실제 학교법인 운영자금으로 지출해야 한다는 처분청의 의견이 맞다고 가정하더라도, 청구법인은 연간 운영예산만 OOO원에 달하고 현금자산은 꼬리표가 없이 통합적으로 자금이 운용되는 것으로 보는 것이 상식적이므로 2010사업연도부터 2015사업연도 사이에 쟁점전출금을 이미 학교법인 운영자금으로 지출하였다고 보아야 한다.
1. 청구법인은 OOO 및 OOO를 경영하는 학교법인으로, 2010사업연도부터 2015사업연도 사이에 교직원 인건비, 관리운영비 및 연구·학생경비 등으로 매년 OOO원에서 최대 OOO원 이상의 금액을 지출하여 왔다. 따라서 청구법인이 처분청의 익금산입액(약 OOO원) 상당의 정기예금을 보유하여 왔다고 하더라도 쟁점전출금이 사용되지 않고 그대로 남아 있다고 할 수 없다.
2. 청구법인은 보다 높고 안정적인 이자수익을 얻어 이를 학교법인 운영에 사용하기 위해 쟁점전출금을 학교법인 운영계좌에 넣어두고 관리‧운영하는 대신 대부분을 정기예금에 예치해 두었고, 그 이자수익을 학교법인 운영에 사용하여 왔다. 처분청은 쟁점전출금을 별도의 정기예금으로 예치해두었다는 사정에만 주목하여 위 자금이 다른 학교법인 운영자금과 혼용되지 않았으므로 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 없다고 주장한다. 돈에는 꼬리표가 없으므로 비록 청구법인이 쟁점전출금을 정기예금으로 예치해두었다고 하더라도 청구법인이 지출한 연간 OOO원에 달하는 학교법인의 운영자금을 쟁점전출금으로 지출한 것으로 볼 수도 있다. 중요한 것은 쟁점전출금을 고유목적사업에 사용하였는지 여부라 할 것인데, 청구법인의 경우에는 전출금을 훨씬 초과하는 금액을 이미 학교법인의 인건비 등으로 지출하였으므로 이와 다른 전제에 선 이 건 처분은 위법하다.
3. 처분청의 주장에 따르면 청구법인과 같이 고유목적사업준비금을 비영리사업회계로 전출한 뒤 일정 규모의 정기예금을 계속 보유하고 있으면 그 금액 상당은 무조건 그 고유목적사업에 실제로 지출되지 않았다는 결론이 되므로 그 자체로 부당하고, 쟁점전출금을 정기예금에 예치하여 관리한 법인과 이를 학교법인의 운영계좌에 넣어두고 함께 관리한 법인이 있을 경우, 전자에 대하여는 과세처분을 할 수 있고 후자에 대하여는 과세처분을 할 수 없다는 불합리한 결과가 초래되는바, 이는 평등의 원칙 및 실질과세원칙에도 위배된다. (라) 과세관청의 장기간에 걸친 다수의 예규 등 지속적인 공적인 견해표명에 대한 청구법인의 신뢰가 보호되어야 한다는 점에서도 이 건 처분은 위법하다.
1. 과세관청은 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산시 법인세법 제29조 의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 전출시점에서 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것”이라는 내용의 예규를, 1998년부터 2011년 사이에 청구법인이 확인한 것만 최소 4차례에 걸쳐 반복하여 내놓은 바 있고(법인 46012-1542, 1998.6.12., 서면인터넷방문상담2팀-1135, 2004.6.2., 서면인터넷방문상담2팀-1370, 2006.7.20., 법인세과-616, 2011.8.25.). 동일한 내용의 ‘공익법인 세무안내’를 지속적으로 하여오고 있다.
2. 청구법인은 위와 같은 과세관청의 명백한 공적인 견해표명을 정당하게 신뢰하고 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계로 전출한 뒤 고유목적사업준비금과 상계하여 법인세 신고를 하였으므로 이러한 청구법인의 정당한 신뢰는 보호되어야 한다는 점에서도 이 건 처분은 위법하다.
(2) (예비적 청구: 법인지방소득세) 법인세분 가산세는 이미 과세전적부심사를 통해 정당한 사유가 인정되어 면제되었는바, 국세(법인세)와 동일한 내용의 규정에 의해 부과되는 법인지방소득세분 가산세도 면제되어야 한다. (가) 조사청은 ‘① 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문에 "사립학교의 경우 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다."라고 명시되어 있어 청구법인과 같이 쟁점준비금을 설정한 후 일련의 과정을 거친 경우 전출시점에 쟁점준비금을 사용한 것으로 해석할 여지가 충분한 점, ② 국세청의 각종 질의회신 및 공익법인 세무안내에서도 수년 간 위 규정의 후문에 대해 동일한 취지로 안내해 온 점 등’을 고려하면 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 존재함을 인정하여 과소신고가산세 및 납부불성실가산세 부분은 부과하지 아니한다는 일부채택 결정을 하였고, 이에 OOO서장은 청구법인에게 가산세를 제외한 본세만을 부과하였다. (나) 지방세기본법 역시 국세기본법과 마찬가지로 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있는 때’ 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 그럼에도 불구하고 OOO시장은 청구법인에 대하여 지방소득세 본세에 대한 가산세를 취소하여 주지 않고 있는바, 이 건 처분 중 법인지방소득세 가산세 부분은 이러한 점에서도 위법하다.
(1) 쟁점전출금의 비영리사업회계 전출만으로 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없고, 쟁점전출금이 실제 학교법인 운영자금으로 사용되지 아니하였으므로 미사용잔액을 익금산입한 이 건 처분은 정당하다. (가) 고유목적사업준비금을 예금으로 예치하고 비영리사업회계로 전출한 사유만으로 고유목적사업에 지출하였다고 볼 수 없다.
1. 비영리법인이 수익용 자산을 처분하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당하나(법인세법 제3조 제3항 제5호), 비영리법인이 수익사업을 영위하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데, 과세소득에 한하여 비영리사업에 사용될 수 있도록 한다면 교육, 사회복지 등 각종 고유목적을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 된다. 이러한 상황을 방지하기 위하여 비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 이를 인정하고 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 익금에 산입하도록 규정하여 설정된 고유목적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하고 있다(법인세법 제29조).
2. 청구법인은 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문의 규정에 따라 고유목적사업준비금을 비영리사업회계의 정기예금으로 예치한 행위를 고유목적사업에 지출한 것으로 주장하나, 법인세법 제29조 의 입법취지에 비추어 비영리사업회계로 전출된 현금성 자산인 고유목적사업준비금은 위 시행규칙 조문에 불구하고 향후 고유목적사업(법인세법 시행령 제56조)에 사용되어야 하는 것으로 그 용도가 한정되어 있다고 보아야 하고, 쟁점전출금을 실제 고유목적사업에 사용하였는지 여부를 불문하고 영구적으로 법인세 부담이 면제된다고 볼 수 없다.
3. 위와 같이 고유목적사업준비금을 예금으로 예치하고 비영리사업회계로 전출한 사유만으로 고유목적사업에 지출하였다고 볼 수 없고, 조세심판원과 법원에서도 전출행위 자체를 고유목적사업의 지출로 판단하고 있지 않다(조심 2015중2367, 2015.7.16., 대법원 2016.7.7. 선고 2016두36154 판결, 참조). (나) 쟁점전출금을 5년 동안 고유목적사업에 전혀 사용하지 않고 정기예금을 예치하여 이자수입만을 기대하고 있다가 사용의무기한 종료 후 즉시 다른 수익용부동산을 취득하였으므로 쟁점전출금의 전출은 명목상 전출에 해당한다.
1. 청구법인은 2016년 4월 수익용부동산을 취득한 행위에 대해 예금 예치행위를 명목상 전입으로 보더라도 추징규정의 판단기준시점(2016년 2월)을 경과하여 취득하였으므로 추징사유에 해당하지 않는다고 주장하나, 앞서 언급한 바와 같이 명목상 전입의 여부와 관계없이 정기예금 예치는 고유목적사업의 지출에 해당하지 아니하므로 청구주장은 이유 없다.
2. 만약 명목상 전입여부에 대한 판단이 필요하다 하더라도 고유목적사업준비금으로 손금산입한 부동산 처분이익을 5년이 넘도록 고유목적사업에 전혀 사용하지 않고 정기예금을 예치하여 이자수입만을 기대하고 있다가 사용의무기한 종료 후 즉시 다른 수익용부동산을 취득한 행위는 처음부터 수익용 대체 부동산을 취득하기 위한 목적으로 밖에는 해석되지 않고, 기한 내 취득할 경우 법인세 추징을 우려한 계획적인 행위로 판단되므로 쟁점전출금의 전출은 명목상 전출에 해당한다.
3. 청구법인이 2016년 4월 교육부에 수익용 기본재산 처분 허가 신청을 하면서 제출한 이사회 회의록(2016.3.31. 작성)을 보면 “시중 예금 이자율이 지속적으로 하락하면서 수익용 예금으로 인한 이자수입이 지속적으로 줄어들고 있어 수익용 예금을 처분하고 수익용 재산인 건물을 매입하고자 하며, 그동안 수많은 부동산을 답사하여 임대소득이 높고 자산가치가 높은 서울시 은평구 갈현동 소재 건물을 매입하고자 한다.”고 기재되어 있어 고유목적사업준비금의 정기예금 예치는 이자수입만을 위해 예치한 것으로 정기예금 원본을 고유목적사업에 사용하려는 의도가 당초부터 없었던 것으로 봄이 타당하고, 실제로 청구법인이 정기예금을 해지하여 대체자산의 취득에 사용하였으므로 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출한 것은 명목뿐인 전출에 해당한다.
4. 또한 명목상 전입을 판단함에 있어 의무사용기한 이전과 이후가 달라질 이유도 없다. 의무사용기한은 고유목적사업준비금의 사용을 강제하기 위한 기한으로 해당 기한이 경과하였다고 하여 명목상 전입이 해소되었다고 볼 수 없다.
5. 대법원(대법원 2016.4.15. 선고 2015누52784 판결, 참조)과 조세심판원(조심 2013중3164, 2013.10.22., 참조)에서도 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 위 자산을 수익사업에 사용할 목적이었고, 그 후 실제 위 자산을 수익사업에 사용한 경우에는 법인세법 제29조 의 입법취지에 비추어 볼 때 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로 이를 손금에 산입할 수 없다고 판단하고 있다. (다) 청구법인은 쟁점전출금에서 교비회계로 지출한 금액 외에는 고유목적사업에 지출한 금액이 없다.
1. 청구법인은 현금자산은 꼬리표가 없이 통합적으로 자금이 운용되는 것으로 보는 것이 상식적이므로 쟁점전출금도 학교법인 운영자금으로 지출한 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 수익용 기본재산인 정기예금은 사립학교법 제28조 에 따라 교육부 허가없이 사용이 불가하다.
2. 교육부에 확인한 결과, 수익용 기본재산인 정기예금 중 고유목적사업에 사용한 것은 강원관광대학 교비회계로 지출한 OOO원(처분청에서 고유목적사업 지출로 인정함)에 불과하여 정기예금은 학교법인 운용자금으로 사용되지 않았음이 확인된다. (라) 과세관청의 예규는 시행규칙에 대한 일반론적인 견해표명에 불과하고, 관련예규 및 심판례에서 단서조항을 함께 명기하여 청구법인과 유사한 경우에 유권해석을 하였다고 볼 수 없다.
1. 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 과세관청이 그 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.
2. 국세청에서는 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 에서 “학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비용리사업에 지출한 것으로 보아 고유목적사업에 사용한 것으로 인정한다”는 규정을 공익법인 세무안내 책자 및 홈페이지에 안내하고 있다. 그러나 이는 시행규칙에 대한 일반론적인 견해 표명에 불과하고 청구인의 주장대로 세무안내 책자의 관련 예규 및 심판례에서 단서조항을 함께 명시하며 “다만 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우에는 그 전출이 없는 것으로 본다”고 설명하고 있고, 이와 관련한 유사사례에 대한 심판례 및 예규 또한 다수이다.
3. 따라서 명목상 전출에 해당하는 청구법인과 유사한 경우에 “학교법인이 손금계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우 전출시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 본다”는 내용의 유권해석을 하였다고 인정할 만한 증거가 없고, 설령 유사한 사안에서 위와 같은 유권해석을 하였다고 하더라도 이를 청구법인에 대한 공적인 견해표명에 해당한다고 볼 수 없다.
(2) (법인지방소득세) 청구법인의 경우는 지방세 관계법 운영예규에서 예를 들고 있는 가산세 감면사유에 해당하지 않고, 청구법인이 수정신고 및 가산세 감면을 지방자치단체장에게 신청하지 아니하였으므로 가산세를 부과하는 것은 정당하다. (가) 2014.1.1. 지방세법 개정을 통해 법인지방소득세는 독립된 세목으로 규정되어 있고, 국세인 법인세와는 부과 주체와 절차, 과세요건이 다른 별개의 조세이므로 청구법인이 OOO서장으로부터 가산세 감면을 받았다고 하더라도 법인지방소득세의 가산세는 지방세기본법을 따르는바, 가산세 감면은 지방세기본법 제57조 제1항 을 따라 별도로 판단해야 한다. (나) 지방세기본법 제57조 제1항 은 “지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 정당한 사유에 대해서는 지방세 관계법 운영예규에 열거하고 있다. 또한 지방세기본법 제57조 제3항 및 같은 법 시행령 제35조에 따르면 지방세 가산세 감면 등을 받으려는 자는 감면 등을 받으려는 가산세와 관계되는 세목 및 부과연도, 가산세의 종류 및 금액. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유를 기재한 신청서를 지방자치단체장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (다) 위와 같이 지방세는 가산세 감면의 사유를 열거하고 있으나, 청구법인은 이에 해당하지 아니한다. 또한 가산세를 감면받으려는 납세자는 감면신청서를 해당 지방자치단체장에게 신청하여야 지방자치단체장은 이를 검토하여 그 뜻을 지체없이 납세자에게 통보할 수 있으나, 청구법인은 2020.12.7. OOO서장의 법인세 고지 이후 2020.2.15. OOO시장의 법인지방소득세 고지시까지 어떠한 수정신고나 감면신청을 한 적이 없으며, 국세의 가산세를 감면받았다는 사유로 지방세도 가산세를 감면해야 한다는 주장은 지방세의 독립세화를 간과한 것이라 하겠다.
① 고유목적사업준비금으로 손금 계상한 고정자산처분이익을 정기예금에 예치하고 비영리사업회계에 전출한 경우, 전출한 시점에 이를 비영리사업에 지출한 것으로 볼 수 있는지 여부
② (법인지방소득세) 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.
4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.
④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
5. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다)
⑤ 제4항 제4호 및 제5호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.
⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
⑦ 법 제29조 제5항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액
2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 (3) 법인세법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.
(4) 조세특례제한법 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 사립학교법에 따른 학교법인, 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단 및 평생교육법에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조 에 따른 비영리법인 (5) 국세기본법 제48조(가산세 감면등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. (6) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등 신청) ① 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.
1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액
2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조 제1항의 경우만 해당한다)
② 제1항의 경우에 같은 항 제2호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.
③ 관할 세무서장은 제1항에 따른 신청서를 제출받은 경우에는 그 승인여부를 통지하여야 한다. (7) 지방세기본법 제57조(가산세 감면등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.
④ 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. (8) 지방세기본법 시행령 제35조(가산세의 감면 등 신청) ① 법 제57조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다.
1. 감면 등을 받으려는 가산세와 관계되는 세목, 과세연도
2. 감면 등을 받으려는 가산세의 종류 및 금액
3. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유
② 제1항의 경우에 같은 항 제3호의 사유를 증명할 수 있는 서류가 있을 때에는 이를 첨부하여야 한다.
③ 지방자치단체의 장은 법 제57조에 따라 가산세의 감면 등을 하였을 때에는 지체 없이 그 사실을 문서로 해당 납세자에게 통지하여야 한다. 이 경우 제1항에 따른 가산세의 감면 등의 신청을 받은 경우에는 그 승인 여부를 신청일부터 5일 이내에 통지하여야 한다.
(1) 청구법인이 2010사업연도에 고유목적사업준비금을 손금계상하고, 쟁점전출금을 비영리사업회계로 전출한 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 출연받아 보유하고 있던 수익용 기본재산인 OOO 등 11필지를 수익용 기본재산인 정기예금에 대체할 용도로 교육과학기술부의 처분허가를 받아 2010사업연도에 매도하여 OOO원 상당의 고정자산처분이익이 발생하였고, 이를 정기예금에 예치하였다. <교육부의 수익용기본재산 처분허가 공문(2010.5.3.)> OOO (나) 청구법인은 위 <표1>과 같이 쟁점준비금을 손금으로 계상(결산조정)하였다가, 쟁점전출금을 비영리사업회계로 전출하면서 해당 사업연도에 모두 고유목적사업에 지출(사용)한 것으로 보아 고유목적사업준비금과 상계하여 2010사업연도 법인세를 신고하였다. <2010사업연도 고유목적사업준비금 조정명세서> OOO
(2) 청구법인은 쟁점준비금을 설정한 사업연도(2010사업연도) 종료일로부터 5년이 경과한 2016.4.20.에 교육부의 허가를 받은 후, 2016.4.21. OOO 소재 상가를 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결하고, 2016.4.29. 소유권이전등기를 완료하였다. <이사회의사록(2016.3.31.)> OOO <수익용 기본재산 처분허가 신청서(2016.4.6.)> OOO <교육부의 수익용기본재산(정기예금) 처분허가 공문(2016.4.20.)> OOO
(3) 처분청의 과세내역은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2010사업연도에 손금으로 계상한 쟁점준비금을 위 해당 사업연도에 모두 사용한 것으로 보아 법인세를 신고하였으나, 처분청은 2010사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날(2016.2.28.)까지 아래와 같이 일부의 금액만 쟁점준비금을 사용한 것으로 인정하여 미사용 잔액 OOO원을 2015사업연도(2015.3.1.∼2016.2.28.)에 익금산입하여 2015사업연도 법인세 OOO원을 과세하는 내용의 과세예고통지를 하였다. <처분청이 인정한 쟁점준비금 사용내역> OOO (나) 청구법인이 이에 대해 2020.10.12. 과세전적부심사청구를 하자, OOO청장은 세법해석상 의의로 인해 청구법인이 납세의무를 이행하지 못한데 정당한 사유가 있다며 2020.11.23. 법인세분 가산세 합계 OOO원을 적용하지 아니하는 것으로 청구주장을 일부채택하였다. <과세전적부심사청구 결정서 가산세 판단 부분> OOO (다) 이에 따라 OOO서장은 2020.12.7. 가산세를 제외한 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지한 반면, OOO시장은 2021.2.15. 2015사업연도 법인지방소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정‧고지하였다. <표2> 법인세 고지내역 OOO <표3> 법인지방소득세 고지내역 OOO
(4) 그 밖의 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 국세청이 유권해석과 “공익법인 세무안내”라는 책자 및 홈페이지에서 사립학교법에 의한 학교법인 등이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 금액은 고유목적사업에 사용한 것으로 인정한다는 안내 및 해석을 하고 있다며 관련 자료를 제출하였다. 【서면인터넷방문상담2팀-1135, 2004.6.2.】 (질의) 학교법인이 출연받은 수익용 부동산을 매각한 후 매매차익을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고, 금융권에 예치한후 예치기간 중 발생된금융이자를 고유목적사업에 사용시 예치원금에 대해서도 고유목적사업에 사용한 것으로 보는지 여부 (회신) 귀 질의의 경우 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산시 법인세법 제29조 의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 전출시점에서 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임 【 법인세과-616, 2011.8.25. 】 (질의) 학교법인이 기숙사 신축비용을 제외한 토지매매대금을 비수익사업회계에 전입하여 정기예금에 예치하고, 발생한 이자를 학교시설교체 등에 사용할 경우 고유목적사업준비금의 사용 또는 지출로 볼 수 있는 지 여 부 (회신) 귀 질의의 경우 사립학교법에에 의하여 설립된 학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산시 법인세법 제29조 의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 전출시점에서 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임 <국세청 유권해석> <공익법인 세무안내 책자, 국세청, 2010년> <국세청 홈페이지, 고유목적사업준비금 설명> (나) 청구법인은 쟁점전출금을 정기예금으로 보유하면서 이자수입으로 유입된 현금을 학교 운용비로 사용해왔으며, 매년 <표4>와 같이 학교운영비 등의 고유목적사업비를 지출하였다고 주장한다. <표4> OOO 자금계산서 총괄표 OOO 다만, 이자수입에 대한 회계처리와 학교 운영비 지출에 대한 회계처리만으로는 이자수입이 학교 운영비에 사용되었다는 사실을 확인하기는 어려우나, 이자수입만을 별도로 관리하는 계좌(A)와 운영비를 지출하는 계좌(B)가 있고, 청구법인이 필요시마다 계좌이체(A계좌 ⇨ B계좌)로 자금을 이체하여 사용한 사실이 확인된다고 주장한다. (다) 청구법인은 이 건 심판청구 이후인 2021.6.4. OOO시장에게 지방세 가산세 감면 신청서를 제출하였다며 관련 자료를 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출하여 이를 모두 고유목적사업에 사용하였으므로 이 건 처분은 위법하다고 주장하나, 법인세법 제29조 규정을 보면 법인세법은 비영리내국법인에게 법인세의 과세대상이 되는 수입이 있다하더라도 당해 법인이 이를 고유목적사업준비금으로 계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용하려는 경우 이를 손금에 산입할 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그에 대한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과하도록 규정하고 있음을 알 수 있고, 이는 법인의 수입이 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련하지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되기보다는 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는데 그 입법취지가 있다 할 것인바, 위와 같은 법인세법 제29조 의 입법취지에 비추어 법인세법 시행규칙 제76조 에서 “수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다”고 규정하고 있더라도 해당 규정에 의하여 ‘법인세를 면제받은 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과’하도록 규정한 법인세법 제29조 의 적용을 배제하고 실제 고유목적사업에 사용하였는지 여부에 관계없이 전출시점에 해당자산을 고유목적사업에 사용한 것으로 의제하여 영구적으로 법인세 부담을 면제하는 취지로 해석하기는 어려워 보인다(대법원 2013.3.28. 선고 2012두690 판결, 대법원 2017.8.18. 선고 2017두48611 선고 판결, 참조). 즉, 고유목적사업준비금에 계상되었다가 비영리사업회계로 전출된 현금성 자산은 위 시행규칙 조항에도 불구하고 향후 고유목적사업에 사용되어야 하는 것으로 그 용도가 한정되어 있다고 보아야 하고, 고유목적사업준비금을 손금으로 산입해 주는 것 역시 전출금을 위와 같이 한정된 용도에 사용하지 않거나 용도 외에 사용할 경우를 해제 조건으로 하고 있는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2016.7.7. 선고 2016두36154 판결, 참조). 한편, 청구법인은 처분청이 인정한 OOO원 상당을 제외하고는 쟁점전출금을 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보기 어렵고, 쟁점전출금의 이자수입을 고유목적사업에 사용하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다. 따라서 위와 같이 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출한 시점에 영구적으로 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 해석하지 않는 이상, 실제 5년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그 추징사유가 발생하였다고 보아야 할 것이므로 처분청이 청구법인이 쟁점준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 잔액을 익금산입하여 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, OOO시장은 청구법인이 지방세 관계법 운영예규(법57-2)에서 예를 들고 있는 가산세 감면사유에 해당하지 않고, 법인세가 과세된 이후 수정신고 및 가산세 감면을 지방자치단체장에게 신청하지 아니하였으므로 가산세를 부과하는 것은 정당하다는 의견이나, 법인세법 시행규칙 제76조 후문에서 사립학교법에 따른 학교법인을 비롯한 각종 교육관련 비영리법인에 대하여는 “수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다”고 명시하고 있는 점, 국세청은 질의회신 등을 통해 일관되게 위 시행규칙 후문에 대해 동일한 취지로 안내해 온 점(2021년 2월에서야 기획재정부가 기존해석을 변경하였음을 사유로 국세청의 일부 예규를 삭제한 것으로 나타남), 청구법인은 쟁점준비금을 손금산입한 사업연도 종료일 이후 5년이 경과한 후에서야 쟁점전출금을 고유목적사업 외 목적으로 사용하였고, 그 사유도 예금이자율의 급락으로 법인 운영의 어려움을 초래하였기 때문으로 나타나는바, 쟁점전출금을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 수익사업에 사용할 목적을 가지고 있었음에도 법인세 과세를 피하기 위하여 명목상 전입한 것으로 단정하기 어려운 점, OOO청장은 세법 규정에 대한 해석상의 의의(疑意)로 납세의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아 과세전적부심사청구 과정에 법인세분 가산세를 전액 감면한 점, 지방세기본법에 따른 가산세 감면여부도 지방세 관계법 운영예규에 그 사유가 열거되어 있지 아니하다고 하여 이를 무조건 부인할 것은 아니고, OOO서장의 법인세 고지 이후, 법인세분 가산세가 감면되었으므로 청구법인이 법인지방소득세분 가산세에 대한 수정신고를 한다거나 감면신청을 할 것을 기대하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점전출금 전출시점에 쟁점준비금을 사용한 것으로 해석하여 법인세를 신고‧납부하지 못한 것에 책임이 있다고 보기 어려우므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호와 지방세기본법 제96조 제6항 에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.