2주차장사업이 당초계약상 AAA사업의 일부를 구성하고 있었다 하더라도, 당초 계약이 아닌 새롭게 체결된 쟁점계약에 따라 공급된 별도의 용역에 해당하고, 이러한 점은 쟁점계약의 수수료율이 당초 계약과 별도로 독립되어 적용된 사실에서 재차 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 2주차장사업을 과세사업으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단됨
2주차장사업이 당초계약상 AAA사업의 일부를 구성하고 있었다 하더라도, 당초 계약이 아닌 새롭게 체결된 쟁점계약에 따라 공급된 별도의 용역에 해당하고, 이러한 점은 쟁점계약의 수수료율이 당초 계약과 별도로 독립되어 적용된 사실에서 재차 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 2주차장사업을 과세사업으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2020.12.11. 청구법인에게 <별지1>과 같이 한 부가가치세 부과처분은 청구법인이 OOO 제2주차장 조성사업과 관련하여 OOO에 공급한 용역과 아래 <표1>의 국가․지방자치단체의 업무를 대행․위탁받아 독점적으로 수행한 사업을 위하여 공급한 용역에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) 청구법인이 2016년 제1기에 OOO에 공급한 OOO 제2주차장 조성사업(이하 “2주차장사업”이라 한다)과 관련한 위탁ㆍ대행용역은 쟁점규정①이 시행되기 전인 2010.1.18. 청구법인과 OOO가 체결한 OOO 환경복원사업(이하 “OOO사업”이라 한다) 계약(이하 “당초계약”이라 한다)에 기초한 것이어서, 청구법인은 부가가치세를 신고하였어야 함에도 신고하지 않았다.
(2) 청구법인은 2018∼2019년 중 폐비닐처리사업(이하 “폐비닐사업”이라 한다)과 관련하여 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)의 매입세액이 발생하였는데, 쟁점매입세액은 공통매입세액으로 ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조 제1항 단서(이하 “쟁점안분규정”이라 한다)에 따라 안분ㆍ계산된 부분만을 공제하였어야 함에도 부당하게 전액을 공제하였다.
(3) 청구법인의 수행사업 중 일부(이하 “쟁점사업”이라 한다)는 쟁점규정② 단서가 규정한 시험ㆍ분석ㆍ검사ㆍ진단사업으로 예외과세사업에 해당하는바, 그와 관련하여 공급한 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 신고하였어야 함에도 신고하지 않았다.
(2) 쟁점매입세액은 하나의 단일과세사업인 폐비닐사업과 관련한 매입세액으로 전액 공제되어야 한다. (가) 우선 쟁점규정②는 폐비닐사업을 구분 없이 하나의 단일과세사업으로 규정하고 있고, ｢폐기물관리법｣ 및 한국표준산업분류 등도 폐비닐사업 전체를 하나의 단일한 사업으로 구분하고 있을 뿐이어서, 폐비닐사업을 과세/면세 2중 겸영사업으로 보는 것은 오로지 과세할 목적의 자의적 유추ㆍ해석이다. (나) 쟁점안분규정은 보조금 등을 비과세 공급가액으로 보아 안분ㆍ계산하는 것이기는 하나, 쟁점안분규정 본문은 “과세사업과 면세사업을 겸영”하는 경우로 규정하여, 해 당 사업이 비과세/과세사업으로 구분되어 있음을 전제한 것인데, 폐비닐사업이 하나의 단일과세사업에 해당하는 이상, 쟁점안분규정이 적용될 여지는 없다. (다) 처분청 제시 대법원판례(대법원 2016.3.24. 선고 2013두19875 판결)는 쟁점규정②가 개정되기 전의 것으로 이 사건에 직접 적용될 수 없으며, 조세심판원 선결정(조심 2014중4523, 2014.11.25. 외 다수)의 경우 폐비닐사업을 폐비닐재활용사업과 폐비닐소각사업을 구분하여 폐비닐소각사업만을 비과세로 판단한 것이나, 이 사건 폐비닐사업에는 폐비닐소각사업이 존재하지 않아 조세심판원의 선결정례 또한 적용될 이유가 없다.
(3) 처분청은 이 건 처분에 앞서 쟁점사업을 예외과세사업으로 보아 부가가치세를 과세(2015년 제1기)하였는데, 청구법인이 불복하자 조세심판원은 쟁점사업을 면세사업으로 봄이 타당하다는 결정(이하 “선결정”이라 한다)을 하였는바, 이 건 처분은 과세기간을 달리하여 과세된 것으로, 선결정에 따라 취소되어야 한다.
(2) 폐비닐사업은 환경보전 등 공익목적으로 수행하는 (비과세)사업으로 그 과정에서 부수적으로 폐비닐을 가공한 상품판매가 발생하는데, 그 상품이 민간이 판매하는 상품과 경합하기 때문에 어쩔 수 없이 과세매출(폐비닐가공품 등)로 규정한 것으로, 부수적인 판매활동을 이유로 폐비닐사업 전체를 과세사업으로 볼 수는 없다. (가) 대법원은 동일쟁점 소송에서 폐비닐사업을 비과세/과세 겸영사업으로 보되, 매입세액 안분․계산방법은 기존규정을 적용할 수 없으니, 다른 합리적인 방법을 찾아야 한다는 취지로 판시하였다. (나) 이에 매출이 없더라도 보조금 등을 안분기준으로 사용할 수 있도록 법령이 개정(쟁점안분규정)되었는바, 청구법인이 수령한 보조금 등을 폐비닐사업의 비과세사업 공급가액으로 보아 쟁점매입세액 중 안분ㆍ계산된 부분이 불공제된 이 건 처분은 적법하다. (다) 조세심판원도 그간 같거나 유사한 쟁점에 대하여 23건의 선결정을 생산하였는바, 이들은 쟁점규정②에 대한 해석문제로서, 이미 폐비닐사업에는 과세사업과 비과세사업이 공존하는 것으로 보는 해석이 정립되어 있는 것으로 보아야 한다.
① 2주차장사업 관련 용역은 당초계약이 아닌 쟁점계약에 따라 공급되었다는 청구주장의 당부
② 폐비닐사업은 하나의 단일과세사업으로 쟁점매입세액이 전액 공제되어야 한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점사업을 위해 공급한 용역의 부가가치세 과세여부
(1) 쟁점①과 관련한 사실관계 등을 정리하면 다음과 같다. (가) 당초계약의 주요내용은 아래와 같다. OOO (나) 쟁점통보(2015.2.16.)의 내용은 다음과 같다. OOO (다) 쟁점통보 후 OOO는 시비(지방세)를 확보하여 청구법인과 쟁점계약(2016.1.22.)을 체결하였는데, 주요내용은 다음과 같다. OOO
(2) 처분청의 쟁점①에 대한 처분근거를 정리하면 다음과 같다. OOO
(3) 쟁점①에 대한 청구법인의 항변 등을 정리하면 다음과 같다. OOO
(4) 쟁점②에 대한 처분청의 처분근거 등을 정리하면 다음과 같다. (가) 폐비닐사업은 농경지 등에 방치된 폐비닐, 농약용기․봉지를 무상수거하여 지역사업소에서 선별하여, 즉시 판매할 수 있는 것은 가공 없이 바로 판매하고, 그 외 오염도가 높은 폐비닐은 자체 재활용처리시설에서 가공․처리 후 생산·판매하는 사업이다. (나) 폐비닐사업 관련 청구법인의 매출 대비 매입은 5〜6배로서, 매출을 초과한 매입은 모두 보조금 등으로 충당하고 있다. OOO (다) 폐비닐사업은 아래와 같이 5개 사업으로 분류되는데, 이중 3개 사업만 가공품 판매매출이 발생하고, 나머지는 매출 없이 보조금 등을 받아 지출만 발생하고 있다. OOO (라) 폐비닐사업에 대한 부가가치세 신고현황은 아래와 같다. (단위: 백만원) OOO (마) 청구법인은 2010년에 OOO으로부터 동일쟁점의 처분(2005∼2009년 과세기간 분)을 받았는데, 소송결과는 다음과 같다. OOO
(5) 쟁점②에 대한 청구법인의 항변 등을 정리하면 다음과 같다. OOO
(6) 쟁점사업은 아래 <표1>의 15개 사업으로, 우리 원은 2021.8.23. 정부(OOO)가 수행하여야 할 고유사업 등을 대행․위탁받아 수행한 것에 해당하므로, 이를 위해 공급한 용역은 부가가치세의 면세대상에 해당한다는 취지의 인용결정(조심 OOO, 2021.8.23.)을 하였다. <표1> 청구법인이 OOO로부터 대행․위탁받아 수행한 쟁점사업 OOO
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점계약은 당초계약의 부분적인 변경(조건부 정지 후 재개)에 불과하므로, 쟁점계약에 따라 공급된 2주차장사업 관련 용역은 당초계약에 따라 공급된 것으로 보아 과세되어야 한다는 의견이나, 2주차장사업이 당초계약상 OOO사업의 일부를 구성하고 있었다 하더라도, 쟁점통보에 따라 OOO사업에서 2주차장사업이 제외된 이상, 이는 지급수단의 변경 등 단순한 계약변경이 아닌 당초 약정된 용역의 공급 자체가 소멸된 것으로 봄이 상당하고, 소멸된 용역을 이후 쟁점계약을 체결하여 다시 공급하였다 하더라도, 이 또한 당초계약이 아닌 새롭게 체결된 쟁점계약에 따라 공급된 별도의 용역에 해당하고, 이러한 점은 쟁점계약의 수수료율이 당초계약과 별도로 독립되어 적용된 사실에서 재차 확인되는 점, 2주차장사업은 청구법인이 OOO(지방자치단체)로부터 이를 대행ㆍ위탁받아 수행한 것이어서 원칙적으로 면세사업에 해당하고, 설령 부가가치세를 부담한다 하더라도, 실질부담자는 청구법인이 아닌 지방자치단체인 OOO로서, 청구법인과 OOO가 쟁점계약을 체결할 때, 부가가치세에 관한 규정이 없었을 뿐만 아니라 실제로도 거래징수를 하지 않은 이상, 이에 대하여 과세하더라도 특별한 실익이 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 2주차장사업을 과세사업으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정②가폐비닐사업을 하나의 단일과세사업으로 규정하고 있다면서 그와 관련한 쟁점매입세액은 전액 공제되어야 한다고 주장하나, 쟁점규정②는 조문의 문언형식이 단서, 즉 예외규정에 해당하는바, 본문과 함께 단서를 규정해야 했던 취지나 사정을 함께 살펴볼 필요가 있는데, 청구법인이 면세사업자로 지정된 것은 공익목적사업(비과세사업)을 영위하기 위해 설립된 정부업무대행단체이기 때문이라 할 것이고, 폐비닐사업 또한 그 주된 목적이 환경보전 등 공익목적으로, 당연히 비과세사업이 되어야 함에도, 폐비닐 등을 처리(재활용)하는 과정에서 재활용품을 판매할 경우 민간사업자와의 경합이 발생하기 때문에 과세중립성 유지를 위해 쟁점규정②에서 폐비닐사업을 과세사업으로 규정한 것인바, 그럼에도 청구법인이 폐비닐사업을 영위하면서도 일부의 과세사업(재활용품 판매)을 함께 영위한다는 이유로 폐비닐사업 전체를 과세사업으로 보아 관련 매입세액 전부를 공제할 경우, 과세사업과 관련된 매입세액만을 공제하라는 부가가치세의 기본원리에 반하게 되므로(대법원 2016.3.24. 선고 2013두19875 판결, 같은 뜻임), 쟁점매입세액 전부가 공제되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 결국, 폐비닐사업이 (비과세/과세) 겸영사업에 해당하는 이상, 처분청이 쟁점매입세액에 대하여 쟁점안분규정에 따라 안분․계산한 부분을 불공제한 이 건 처분에는 달리 잘못은 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③은 선결정에서 심리한 쟁점과 동일하므로, 선결정 취지에 따라 청구법인이 쟁점사업을 위해 공급한 용역에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 이 사건 부가가치세 부과처분 내역 OOO <별지2> 관련 법령
(1) 부가가치세법 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제29조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.
4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부 가가치세액 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세 사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제46조(국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.
1. 우정사업 운영에 관한 특례법에 따른 우정사업조직이 제공하는 다음 각 목의 용역
2. 철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역
3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역
(3) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (4) 조세특례제한법 시행령 제106조(부가가치세의 면제) ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. (2010.12.30. 개정)
47. OOO법에 따른 OOO ※ 부칙 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 제5조(정부업무대행단체에 관한 적용례) 제106조 제7항 제47호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 계약을 체결하여 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.
⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령 제45조제1호 에도 불구하고 적용한다.
1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업
2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조 제2항 에 규정된 사업
4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업
6. 유원지ㆍ테마파크운영업
(5) 조세특례제한법 시행규칙 제48조(부가가치세의 면제 등) ① 영 제106조 제8항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. <별표 10> 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제1항 관련) 단체명 면세사업
47. ｢OOO법｣에 따른 OOO ｢OOO법｣ 제17조에 따른 사업 중 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업. 다만, 시험ㆍ분석ㆍ검사ㆍ진단사업, 폐비닐처리사업, 압수폐기물자원화사업은 제외한다.
(6) OOO법 제17조(사업) ① 공단은 다음 각 호의 사업을 한다.
1. 환경오염방지·환경개선 및 자원순환(｢자원의 절약과 재활용 촉진에 관한 법률｣ 제2조제1호 에 따른 자원순환을 말한다. 이하 같다) 촉진을 통한 자원생산성 향상 등을 위한 정책의 연구, 개발 및 지원
2. 재활용 가능자원 관련 물류시설, 폐기물에너지화시설, 폐기물재활용단지 및 연구시설 등 환경복합시설의 설치·운영
3. 환경기술 및 환경산업 지원법에 따른 환경시설(이하 “환경시설”이라 한다)의 점검·진단·검사·설치·운영 및 기술지원
4. 환경산업의 육성, 환경시설의 설치, 환경기술의 개발 등 환경개선사업에 필요한 자금의 융자
5. 폐기물의 발생 억제, 부산물·폐기물의 순환이용(재사용·재생이용·재활용 등을 말한다), 폐기물의 친환경적 처리를 위한 사업
6. 대기·수질·소음·실내공기질 등을 측정하기 위한 환경측정망 및 관제센터의 설치·운영
7. 토양·지하수 환경의 조사·평가·검증·인증·정화 사업 및 관리
8. 환경유해인자(화학물질을 포함한다)의 검사·분석, 유해성시험, 위해성평가 및 관리
9. 환경 관련 국제협약 대응 및 환경시설 설치·운영 등 국제협력사업
10. 수변구역 매수토지관리·생태복원, 비점오염원 관리 및 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 제21조의4에 따른 완충저류시설 설치
11. 재활용산업의 육성지원, 재활용제품의 수요촉진, 제품의 자원 순환성 평가 및 개발사업의 자원순환성 고려의 지원 등 자원순환 촉진을 위한 사업
12. 기후변화대응을 위한 온실가스 감축사업과 국가나 지방자치단체의 온실가스 정책지원 사업
13. 국가나 지방자치단체가 위탁하는 수도시설 설치, 운영·관리 및 진단·지원
14. 녹색기술·녹색산업 집적지 및 단지 조성·운영
15. 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따른 환경분야 사업의 평가·협상, 총사업비 검증 및 이에 수반되는 공사비와 설계의 경제성 검토 등 지원. 다만, 사회기반시설에 대한 민간투자법 제23조 에 따른 공공투자관리센터에서 수행하는 사업은 제외한다.
16. 석면피해 구제·예방 및 석면안전관리 사업
18. 국가나 지방자치단체가 압수·몰수한 물품의 운송·보관, 폐기·자원화 및 공매
19. 환경분야 지식·정보수집, 교육·홍보, 국내외 협력 및 각급 기관에 대한 지원
20. 공익상 그 수행이 필요하거나 공단의 설립목적을 달성하기 위하여 필요한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
21. 제1호부터 제20호까지의 사업을 위한 조사·측량, 시험·연구, 통계관리, 정보화, 기술용역, 설계 및 공사의 관리·감독·감리
22. 환경오염방지 및 폐자원의 효율적 이용 등에 관한 대국민홍보 및 교육
23. 다른 법령에 따라 공단이 수행할 수 있는 사업
24. 그 밖에 공단의 설립목적을 달성하기 위하여 필요하다고 OOO장관이 인정하는 사업
25. 제1호부터 제24호까지의 사업에 딸린 업무로서 정관으로 정하는 사항
② 공단은 국가나 지방자치단체 또는 그 밖의 자로부터 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이나 그 밖의 환경개선 및 자원순환 촉진사업을 위탁받아 시행할 수 있다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.