종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 쟁점시행령조항 및 산식에 따라 산정한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1956.7.20. 개업하여 OOO, 설탕정제사업을 영위하는 법인이고, 처분청은 청구법인이 2020년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2020.6.1.) 현재 소유하고 있는 토지를 종합합산과세대상(53건, 합계 1,284,425.91㎡) 및 별도합산과세대상(20건, 합계 55,550.92㎡)으로 하여 2020.11.25. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세법 시행령제5조의3에 따라 재산세액을 공제한 쟁점토지의 종합부동산세 부과처분은 위법하므로 그 재산세액 공제액을 다시 산정하여야 한다. 종합부동산세법제14조 제3항, 제6항은 종합부동산세액에서 공제대상 재산세 전부를 공제하도록 하고, 같은 조 제7항은 산정방법 등 기술적 사항을 시행령에 위임한 것인데, 종합부동산세법 시행령제5조의3은 재산세의 공정시장가액비율 및 종합부동산세의 공정시장가액비율을 모두 적용하여 재산세를 과소공제하고 있으므로 종합부동산세법 시행령제5조의3은 위임입법의 범위를 벗어나 위법ㆍ무효인 규정이다. OOO법원 역시 2019.4.3. 종합부동산세법 시행령제5조의3이 위임입법의 범위를 벗어나 위법하고, 이에 근거한 처분도 위법하다고 판단(OOO법원 2019.4.3. 선고, 2018누47310 판결)한 바 있다. 따라서 이 건 종합부동산세 부과처분은 위법한 시행령 조문에 근거하여 재산세를 과소공제하여 종합부동산세액이 산정되었으므로, 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율(재산세 토지에 대한 공정시장가액비율인 70%)을 적용하여 공제되는 재산세액을 다시 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법제13조 제1항 및 제2항에 의하면 과세기준금액을 초과한 공시가격(공시가격 - 종합부동산세 과세기준금액)에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 산정하고 있고, 같은 법 제14조 제3항 및 제4항에는 ‘과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액은 토지분 종합(별도)합산세액에서 이를 공제한다’고 규정하여 종합부동산세액에서 부과된 재산세 상당액을 공제하는 것으로 규정하고 있다. 또한 같은 법 제14조 제7항에서 ‘토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 하여 구체적인 계산방법을 대통령령에 위임하고 있고, 2015.11.30. 개정된 같은 법 시행령 제5조의3 제1항 및 제2항에서 그 계산방법을 명확히 하고 있는바, 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다. 과세표준 세율 15억원 이하 1천분의 10 15억원 초과 45억원 이하 1천500만원 + (15억원을 초과하는 금액의 1천분의 20) 45억원 초과 7천500만원 + (45억원을 초과하는 금액의 1천분의 30)

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 별도합산세액"이라 한다)으로 한다. 과세표준 세율 200억원 이하 1천분의 5 200억원 초과 400억원 이하 1억원 + (200억원을 초과하는 금액의 1천분의 6) 400억원 초과 2억2천만원 + (400억원을 초과하는 금액의 1천분의 7)

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액을 계산할 때 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2020년: 100분의 90

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2020년: 100분의 90 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ①법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 – 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 – 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법 제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 (4) 지방세법 시행령 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인에 대한 2020년 귀속 종합부동산세를 계산하면서 아래 <표>와 같이 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세법 시행령제5조의3에 따라 ‘[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 90%] × 재산세 공정가액비율 70% × 재산세율’의 산식을 적용하여 계산한 후, 2020.11.25. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 OOO, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정⋅고지하였다. <표> 종합부동산세액 계산내역

(2) 대법원은 2015.6.23. 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 구 종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 일부개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]에서 정한 산식[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정가액비율 × 재산세율]으로 계산하여 종합부동산세액을 산정⋅부과한 사안과 관련하여, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식상의 계산방식은 종합부동산세법령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 이에 근거한 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다고 판시(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다.

(3) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 종합부동산세 시행령제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 다음과 같이 개정하였다. 종 전 개 정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (4) 종합부동산세법 시행령제5조의3 규정의 적법 여부가 쟁점이 된 사건들에서 OOO법원에서는 해당 규정이 모법에서 위임한 범위를 벗어난 것으로 보이지 않으며, 이중과세금지ㆍ비례원칙에 위반된다거나 납세자의 재산권을 침해하였다고 볼 수는 없다고 판단하였으나(OOO법원 2018.8.24. 선고 2017구합86972 판결 외 다수), OOO고등법원은 해당 규정이 위임입법의 범위를 벗어난 위법한 것으로 판단하였고(OOO법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결), 현재 관련 사건이 대법원(사건번호: 대법원 2019두39796)에 계류되어 심리가 진행 중인 것으로 확인된다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것으로서, 이를 위하여 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “(종합·별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 (종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있는바, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2017중884, 2017.4.24. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.